Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0071_4.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0071_4.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0071_4.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0071_4 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			CAGGACCTCTTGAGCG-P0071_4, ATGACAACATATAACC-P0071_4, TCCTCTAAGCTTACTT-P0071_4, GCTTGTTGTCAGGCAT-P0071_4, AGCTACTAGCGATAAG-P0071_4 (top 5 of 898 values)
count	int	count			[1, 1]	n 48,516,186 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	48516186
chr1	3872764
chr2	3202682
chr3	2333611
chr4	2651241
chr5	3942374
chr6	2518261
chr7	3149718
chr8	1949799
chr9	2424659
chr10	2556404
chr11	2538715
chr12	2489778
chr13	1890199
chr14	1829837
chr15	1930928
chr16	1462867
chr17	1096078
chr18	909161
chr19	1023409
chr20	955048
chr21	711665
chr22	1857018
chrUn_NW_026528016v1	11
chrUn_NW_026528017v1	28
chrUn_NW_026528021v1	223
chrUn_NW_026528026v1	175
chrUn_NW_026528029v1	147
chrUn_NW_026528038v1	138
chrUn_NW_026528039v1	163
chrUn_NW_026528065v1	44
chrUn_NW_026528075v1	55
chrUn_NW_026528103v1	16
chrUn_NW_026528125v1	41
chrUn_NW_026528140v1	130
chrUn_NW_026528210v1	28
chrUn_NW_026528215v1	50
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	3
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	1
chrUn_NW_026528224v1	1
chrUn_NW_026528225v1	8
chrUn_NW_026528226v1	24
chrUn_NW_026528228v1	53
chrUn_NW_026528230v1	64
chrUn_NW_026528232v1	397
chrUn_NW_026528259v1	4
chrUn_NW_026528278v1	140
chrUn_NW_026528285v1	11
chrUn_NW_026528292v1	1
chrUn_NW_026528295v1	95
chrUn_NW_026528296v1	3074
chrUn_NW_026528310v1	42
chrUn_NW_026528320v1	4
chrUn_NW_026528327v1	4
chrUn_NW_026528332v1	6
chrUn_NW_026528335v1	5
chrUn_NW_026528338v1	12
chrUn_NW_026528339v1	8
chrUn_NW_026528345v1	7
chrUn_NW_026528347v1	4
chrUn_NW_026528350v1	7
chrUn_NW_026528353v1	13
chrUn_NW_026528356v1	6
chrUn_NW_026528358v1	2
chrUn_NW_026528360v1	1
chrUn_NW_026528363v1	69
chrUn_NW_026528370v1	38
chrUn_NW_026528371v1	246
chrUn_NW_026528372v1	84
chrUn_NW_026528373v1	347
chrUn_NW_026528378v1	1
chrUn_NW_026528380v1	3
chrUn_NW_026528384v1	3
chrUn_NW_026528385v1	7
chrUn_NW_026528390v1	2
chrUn_NW_026528393v1	2
chrUn_NW_026528397v1	6
chrUn_NW_026528403v1	3
chrUn_NW_026528408v1	1
chrUn_NW_026528409v1	3
chrUn_NW_026528412v1	3
chrUn_NW_026528416v1	2
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528423v1	13
chrUn_NW_026528431v1	77
chrUn_NW_026528432v1	205
chrUn_NW_026528433v1	877
chrUn_NW_026528440v1	4
chrUn_NW_026528471v1	3
chrUn_NW_026528480v1	185
chrUn_NW_026528558v1	674
chrUn_NW_026528559v1	16
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528588v1	9
chrUn_NW_026528589v1	5
chrUn_NW_026528590v1	282
chrUn_NW_026528596v1	652
chrUn_NW_026528609v1	3
chrUn_NW_026528611v1	2
chrUn_NW_026528615v1	5
chrUn_NW_026528621v1	72
chrUn_NW_026528631v1	15
chrUn_NW_026528634v1	48
chrUn_NW_026528644v1	3
chrUn_NW_026528650v1	5
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	2
chrUn_NW_026528668v1	2
chrUn_NW_026528677v1	3
chrUn_NW_026528708v1	1
chrUn_NW_026528719v1	223
chrUn_NW_026528737v1	6
chrUn_NW_026528745v1	2
chrUn_NW_026528750v1	4
chrUn_NW_026528754v1	2
chrUn_NW_026528755v1	39
chrUn_NW_026528772v1	7
chrUn_NW_026528775v1	1
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	1
chrUn_NW_026528785v1	1
chrUn_NW_026528786v1	2
chrUn_NW_026528788v1	2
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528792v1	2
chrUn_NW_026528793v1	20
chrUn_NW_026528795v1	35
chrUn_NW_026528796v1	76
chrUn_NW_026528797v1	989
chrUn_NW_026528798v1	341
chrUn_NW_026528799v1	62
chrUn_NW_026528880v1	3
chrUn_NW_026528882v1	4
chrUn_NW_026528884v1	3
chrUn_NW_026528885v1	2
chrUn_NW_026528887v1	9
chrUn_NW_026528888v1	6
chrUn_NW_026528889v1	3
chrUn_NW_026528891v1	8
chrUn_NW_026528893v1	1
chrUn_NW_026528894v1	105
chrUn_NW_026528899v1	3
chrUn_NW_026528900v1	23
chrUn_NW_026528902v1	15
chrUn_NW_026528903v1	229
chrUn_NW_026528917v1	88
chrUn_NW_026528926v1	36
chrUn_NW_026528928v1	382
chrUn_NW_026528937v1	16
chrUn_NW_026528938v1	3
chrUn_NW_026528950v1	5
chrUn_NW_026528952v1	4
chrUn_NW_026528957v1	321
chrUn_NW_026528960v1	62
chrUn_NW_026528975v1	65
chrUn_NW_026528984v1	10
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528987v1	1
chrUn_NW_026528988v1	28
chrUn_NW_026528989v1	6
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	8
chrUn_NW_026529007v1	125
chrUn_NW_026529008v1	1098
chrUn_NW_026529013v1	28
chrUn_NW_026529015v1	34
chrUn_NW_026529016v1	381
chrUn_NW_026529060v1	438
chrUn_NW_026529081v1	32
chrUn_NW_026529085v1	77
chrX	1193169
chrX_NW_026527892v1_random	95
chrX_NW_026527894v1_random	212
chrX_NW_026527897v1_random	60
chrY	5429
chrY_NW_026527911v1_random	3
chrY_NW_026527913v1_random	14
chrY_NW_026527914v1_random	123
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	3
chrY_NW_026527932v1_random	2
chrY_NW_026527938v1_random	172
chrY_NW_026527939v1_random	11
chrY_NW_026527948v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	483
chrY_NW_026527950v1_random	279
chrY_NW_026527951v1_random	40
chrY_NW_026527955v1_random	21
chrY_NW_026527956v1_random	928
chrY_NW_026527958v1_random	479
chrY_NW_026527960v1_random	13
chrY_NW_026527961v1_random	53
chrY_NW_026527966v1_random	3248
chrY_NW_026527967v1_random	45
chrY_NW_026527968v1_random	354
chrY_NW_026527969v1_random	4
chrY_NW_026527980v1_random	12

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	48516186	1	5027	127.28	95

Files

Filename	Size	md5
P0071_4.h5ad.gz	450.65 MB	47e710641afecda94dbbf7bcc4e0aa08
P0071_4.h5ad.gz.tbi	600.69 KB	fca37e6d1e630ba4408bf77648bfacf9
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	72fe3d09e99278813800a1d87ef595d4
statistics/