Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0071_4content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0071_4
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0071_4
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0071_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CAGCAAGCAAGCTAAA-P0071_4, GTTTCAGCAACCGCCA-P0071_4, GGCTAGACATGACTAT-P0071_4, CTCATCATCCTTGCGT-P0071_4, CAGGACCTCTTGAGCG-P0071_4 (top 5 of 2471 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
156,859,502
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 156859502
chr1 12414028
chr2 10596723
chr3 7731240
chr4 8577009
chr5 12500855
chr6 8198729
chr7 10088800
chr8 6286573
chr9 7896633
chr10 8214379
chr11 8253912
chr12 8069370
chr13 6125986
chr14 5953619
chr15 6120880
chr16 4924839
chr17 3581188
chr18 2961643
chr19 3283806
chr20 2967731
chr21 2360348
chr22 5796167
chrUn_NW_026528016v1 29
chrUn_NW_026528017v1 78
chrUn_NW_026528021v1 644
chrUn_NW_026528026v1 462
chrUn_NW_026528029v1 466
chrUn_NW_026528038v1 450
chrUn_NW_026528039v1 582
chrUn_NW_026528065v1 165
chrUn_NW_026528075v1 165
chrUn_NW_026528103v1 39
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 71
chrUn_NW_026528140v1 456
chrUn_NW_026528210v1 100
chrUn_NW_026528215v1 114
chrUn_NW_026528217v1 4
chrUn_NW_026528218v1 5
chrUn_NW_026528219v1 8
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 3
chrUn_NW_026528225v1 35
chrUn_NW_026528226v1 80
chrUn_NW_026528228v1 136
chrUn_NW_026528230v1 168
chrUn_NW_026528232v1 1518
chrUn_NW_026528259v1 7
chrUn_NW_026528278v1 565
chrUn_NW_026528285v1 44
chrUn_NW_026528292v1 16
chrUn_NW_026528295v1 219
chrUn_NW_026528296v1 9690
chrUn_NW_026528310v1 112
chrUn_NW_026528320v1 11
chrUn_NW_026528327v1 10
chrUn_NW_026528332v1 21
chrUn_NW_026528335v1 11
chrUn_NW_026528338v1 34
chrUn_NW_026528339v1 22
chrUn_NW_026528345v1 20
chrUn_NW_026528347v1 7
chrUn_NW_026528350v1 23
chrUn_NW_026528353v1 30
chrUn_NW_026528356v1 12
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 187
chrUn_NW_026528370v1 111
chrUn_NW_026528371v1 742
chrUn_NW_026528372v1 290
chrUn_NW_026528373v1 832
chrUn_NW_026528378v1 3
chrUn_NW_026528380v1 4
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 14
chrUn_NW_026528385v1 28
chrUn_NW_026528390v1 16
chrUn_NW_026528393v1 8
chrUn_NW_026528397v1 15
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 9
chrUn_NW_026528412v1 10
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 2
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 45
chrUn_NW_026528431v1 215
chrUn_NW_026528432v1 475
chrUn_NW_026528433v1 2276
chrUn_NW_026528440v1 7
chrUn_NW_026528471v1 3
chrUn_NW_026528480v1 475
chrUn_NW_026528558v1 1460
chrUn_NW_026528559v1 54
chrUn_NW_026528561v1 2
chrUn_NW_026528588v1 15
chrUn_NW_026528589v1 9
chrUn_NW_026528590v1 849
chrUn_NW_026528596v1 2053
chrUn_NW_026528609v1 39
chrUn_NW_026528611v1 5
chrUn_NW_026528615v1 8
chrUn_NW_026528621v1 193
chrUn_NW_026528631v1 79
chrUn_NW_026528634v1 193
chrUn_NW_026528635v1 1
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 15
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 31
chrUn_NW_026528668v1 10
chrUn_NW_026528670v1 4
chrUn_NW_026528677v1 18
chrUn_NW_026528708v1 6
chrUn_NW_026528719v1 504
chrUn_NW_026528737v1 22
chrUn_NW_026528739v1 3
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 11
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 8
chrUn_NW_026528755v1 91
chrUn_NW_026528772v1 22
chrUn_NW_026528775v1 6
chrUn_NW_026528777v1 5
chrUn_NW_026528784v1 9
chrUn_NW_026528785v1 9
chrUn_NW_026528786v1 11
chrUn_NW_026528788v1 9
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 105
chrUn_NW_026528795v1 106
chrUn_NW_026528796v1 263
chrUn_NW_026528797v1 3314
chrUn_NW_026528798v1 809
chrUn_NW_026528799v1 148
chrUn_NW_026528880v1 15
chrUn_NW_026528882v1 13
chrUn_NW_026528884v1 13
chrUn_NW_026528885v1 3
chrUn_NW_026528887v1 40
chrUn_NW_026528888v1 12
chrUn_NW_026528889v1 13
chrUn_NW_026528891v1 34
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 351
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 19
chrUn_NW_026528900v1 109
chrUn_NW_026528902v1 92
chrUn_NW_026528903v1 1016
chrUn_NW_026528917v1 274
chrUn_NW_026528926v1 92
chrUn_NW_026528928v1 909
chrUn_NW_026528937v1 38
chrUn_NW_026528938v1 7
chrUn_NW_026528950v1 13
chrUn_NW_026528952v1 10
chrUn_NW_026528957v1 700
chrUn_NW_026528960v1 221
chrUn_NW_026528975v1 180
chrUn_NW_026528984v1 41
chrUn_NW_026528985v1 6
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 6
chrUn_NW_026528988v1 120
chrUn_NW_026528989v1 22
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 26
chrUn_NW_026529007v1 386
chrUn_NW_026529008v1 3885
chrUn_NW_026529013v1 51
chrUn_NW_026529015v1 85
chrUn_NW_026529016v1 907
chrUn_NW_026529060v1 1264
chrUn_NW_026529081v1 180
chrUn_NW_026529085v1 534
chrX 3873503
chrX_NW_026527892v1_random 377
chrX_NW_026527894v1_random 722
chrX_NW_026527897v1_random 160
chrY 19773
chrY_NW_026527909v1_random 2
chrY_NW_026527911v1_random 13
chrY_NW_026527913v1_random 65
chrY_NW_026527914v1_random 470
chrY_NW_026527915v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 23
chrY_NW_026527927v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 6
chrY_NW_026527938v1_random 498
chrY_NW_026527939v1_random 26
chrY_NW_026527942v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 1568
chrY_NW_026527950v1_random 883
chrY_NW_026527951v1_random 98
chrY_NW_026527955v1_random 70
chrY_NW_026527956v1_random 1857
chrY_NW_026527958v1_random 898
chrY_NW_026527960v1_random 60
chrY_NW_026527961v1_random 183
chrY_NW_026527966v1_random 7528
chrY_NW_026527967v1_random 214
chrY_NW_026527968v1_random 1323
chrY_NW_026527969v1_random 7
chrY_NW_026527980v1_random 62

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 156859502 1 5038 132.74 103
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0071_4.gz 1.46 GB b1ae4c3606e40ea1b7a53a2ddca6b9b4
P0071_4.gz.tbi 902.11 KB a982be6b659cebc7fe00db8dab8a9b3c
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 5821ea40033b0a0a8598966900e28a16
statistics/