Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0072_1.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0072_1.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0072_1.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0072_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ACAACACTCCATCAGG-P0072_1, AACCCGCAGGCATGTT-P0072_1, ATTCAACCAGCTCATA-P0072_1, ACACGGACAAACGCGA-P0072_1, GTAGCGCTCTGTTCAT-P0072_1 (top 5 of 5407 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
219,282,715
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 219282715
chr1 16855994
chr2 14291589
chr3 10106679
chr4 11981114
chr5 17975559
chr6 10672720
chr7 14287986
chr8 8758848
chr9 10967856
chr10 12162020
chr11 11883562
chr12 11636673
chr13 8423679
chr14 8476129
chr15 8626871
chr16 6306076
chr17 4829068
chr18 4329573
chr19 4719723
chr20 4249924
chr21 3152734
chr22 9227278
chrUn_NW_026528016v1 36
chrUn_NW_026528017v1 649
chrUn_NW_026528021v1 733
chrUn_NW_026528026v1 442
chrUn_NW_026528029v1 542
chrUn_NW_026528038v1 548
chrUn_NW_026528039v1 968
chrUn_NW_026528065v1 238
chrUn_NW_026528075v1 150
chrUn_NW_026528103v1 40
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 37
chrUn_NW_026528140v1 382
chrUn_NW_026528210v1 150
chrUn_NW_026528215v1 206
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528220v1 10
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 12
chrUn_NW_026528225v1 74
chrUn_NW_026528226v1 161
chrUn_NW_026528228v1 162
chrUn_NW_026528230v1 205
chrUn_NW_026528232v1 3623
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 463
chrUn_NW_026528285v1 78
chrUn_NW_026528292v1 11
chrUn_NW_026528295v1 141
chrUn_NW_026528296v1 13655
chrUn_NW_026528310v1 208
chrUn_NW_026528320v1 5
chrUn_NW_026528327v1 11
chrUn_NW_026528332v1 21
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 9
chrUn_NW_026528339v1 29
chrUn_NW_026528345v1 27
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 20
chrUn_NW_026528353v1 30
chrUn_NW_026528356v1 27
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528363v1 141
chrUn_NW_026528370v1 206
chrUn_NW_026528371v1 1121
chrUn_NW_026528372v1 208
chrUn_NW_026528373v1 696
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 6
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 1
chrUn_NW_026528384v1 20
chrUn_NW_026528385v1 40
chrUn_NW_026528390v1 11
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 9
chrUn_NW_026528397v1 15
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528404v1 7
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 13
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 34
chrUn_NW_026528431v1 274
chrUn_NW_026528432v1 848
chrUn_NW_026528433v1 4939
chrUn_NW_026528480v1 607
chrUn_NW_026528558v1 1749
chrUn_NW_026528559v1 72
chrUn_NW_026528561v1 273
chrUn_NW_026528588v1 17
chrUn_NW_026528589v1 18
chrUn_NW_026528590v1 1186
chrUn_NW_026528596v1 2197
chrUn_NW_026528609v1 53
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 6
chrUn_NW_026528621v1 171
chrUn_NW_026528631v1 186
chrUn_NW_026528634v1 267
chrUn_NW_026528635v1 59
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 33
chrUn_NW_026528656v1 47
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 6
chrUn_NW_026528668v1 31
chrUn_NW_026528670v1 14
chrUn_NW_026528677v1 19
chrUn_NW_026528708v1 7
chrUn_NW_026528719v1 419
chrUn_NW_026528737v1 28
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 8
chrUn_NW_026528748v1 11
chrUn_NW_026528749v1 3
chrUn_NW_026528750v1 9
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 6
chrUn_NW_026528754v1 21
chrUn_NW_026528755v1 113
chrUn_NW_026528772v1 13
chrUn_NW_026528775v1 38
chrUn_NW_026528777v1 6
chrUn_NW_026528784v1 19
chrUn_NW_026528785v1 28
chrUn_NW_026528786v1 27
chrUn_NW_026528788v1 26
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 75
chrUn_NW_026528795v1 70
chrUn_NW_026528796v1 160
chrUn_NW_026528797v1 2199
chrUn_NW_026528798v1 1559
chrUn_NW_026528799v1 387
chrUn_NW_026528880v1 10
chrUn_NW_026528882v1 6
chrUn_NW_026528884v1 11
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 60
chrUn_NW_026528888v1 12
chrUn_NW_026528889v1 13
chrUn_NW_026528891v1 50
chrUn_NW_026528893v1 12
chrUn_NW_026528894v1 523
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 11
chrUn_NW_026528900v1 127
chrUn_NW_026528902v1 230
chrUn_NW_026528903v1 349
chrUn_NW_026528917v1 190
chrUn_NW_026528926v1 74
chrUn_NW_026528928v1 765
chrUn_NW_026528937v1 59
chrUn_NW_026528938v1 9
chrUn_NW_026528950v1 12
chrUn_NW_026528952v1 20
chrUn_NW_026528957v1 852
chrUn_NW_026528960v1 798
chrUn_NW_026528975v1 56
chrUn_NW_026528984v1 38
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 20
chrUn_NW_026528987v1 15
chrUn_NW_026528988v1 177
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528990v1 11
chrUn_NW_026528992v1 18
chrUn_NW_026528994v1 12
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 21
chrUn_NW_026529007v1 563
chrUn_NW_026529008v1 3545
chrUn_NW_026529013v1 43
chrUn_NW_026529015v1 94
chrUn_NW_026529016v1 749
chrUn_NW_026529060v1 2050
chrUn_NW_026529081v1 286
chrUn_NW_026529085v1 878
chrX 5259234
chrX_NW_026527892v1_random 348
chrX_NW_026527894v1_random 875
chrX_NW_026527897v1_random 192
chrY 21126
chrY_NW_026527911v1_random 28
chrY_NW_026527913v1_random 58
chrY_NW_026527914v1_random 541
chrY_NW_026527915v1_random 3
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 19
chrY_NW_026527927v1_random 5
chrY_NW_026527932v1_random 10
chrY_NW_026527938v1_random 456
chrY_NW_026527939v1_random 21
chrY_NW_026527942v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 2
chrY_NW_026527949v1_random 22
chrY_NW_026527950v1_random 1160
chrY_NW_026527951v1_random 322
chrY_NW_026527955v1_random 260
chrY_NW_026527956v1_random 2490
chrY_NW_026527958v1_random 2190
chrY_NW_026527960v1_random 116
chrY_NW_026527961v1_random 331
chrY_NW_026527966v1_random 11584
chrY_NW_026527967v1_random 291
chrY_NW_026527968v1_random 1497
chrY_NW_026527969v1_random 7
chrY_NW_026527974v1_random 1
chrY_NW_026527980v1_random 17

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 219282715 1 5031 132.17 102
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0072_1.h5ad.gz 2.03 GB defa07d65b35520050b28a26c374bd9d
P0072_1.h5ad.gz.tbi 1.0 MB babfb69421e551eeac1e22035007e384
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB bbbcd74aed0368000e6a137962b15e8f
statistics/