Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0072_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0072_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0072_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0072_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell ACAACACTCCATCAGG-P0072_1, AACCCGCAGGCATGTT-P0072_1, ATTCAACCAGCTCATA-P0072_1, ACACGGACAAACGCGA-P0072_1, GTAGCGCTCTGTTCAT-P0072_1 (top 5 of 5621 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
231,676,236
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 231676236
chr1 17868801
chr2 15134386
chr3 10659180
chr4 12650658
chr5 18979334
chr6 11334081
chr7 15072885
chr8 9226837
chr9 11592536
chr10 12803213
chr11 12523861
chr12 12296771
chr13 8912073
chr14 8966822
chr15 9118646
chr16 6695825
chr17 5099125
chr18 4567115
chr19 4982600
chr20 4478394
chr21 3333297
chr22 9707901
chrUn_NW_026528016v1 36
chrUn_NW_026528017v1 677
chrUn_NW_026528021v1 774
chrUn_NW_026528026v1 486
chrUn_NW_026528029v1 608
chrUn_NW_026528038v1 577
chrUn_NW_026528039v1 1021
chrUn_NW_026528065v1 247
chrUn_NW_026528075v1 166
chrUn_NW_026528103v1 42
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 38
chrUn_NW_026528140v1 425
chrUn_NW_026528210v1 156
chrUn_NW_026528215v1 218
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 7
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528220v1 11
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 1
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 76
chrUn_NW_026528226v1 167
chrUn_NW_026528228v1 177
chrUn_NW_026528230v1 237
chrUn_NW_026528232v1 3723
chrUn_NW_026528259v1 5
chrUn_NW_026528278v1 492
chrUn_NW_026528285v1 85
chrUn_NW_026528292v1 12
chrUn_NW_026528295v1 151
chrUn_NW_026528296v1 14404
chrUn_NW_026528310v1 217
chrUn_NW_026528320v1 8
chrUn_NW_026528327v1 13
chrUn_NW_026528332v1 21
chrUn_NW_026528335v1 16
chrUn_NW_026528338v1 10
chrUn_NW_026528339v1 32
chrUn_NW_026528345v1 27
chrUn_NW_026528347v1 10
chrUn_NW_026528350v1 22
chrUn_NW_026528353v1 32
chrUn_NW_026528356v1 29
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528363v1 151
chrUn_NW_026528370v1 219
chrUn_NW_026528371v1 1189
chrUn_NW_026528372v1 235
chrUn_NW_026528373v1 740
chrUn_NW_026528378v1 7
chrUn_NW_026528380v1 7
chrUn_NW_026528381v1 2
chrUn_NW_026528382v1 2
chrUn_NW_026528384v1 21
chrUn_NW_026528385v1 44
chrUn_NW_026528390v1 11
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 9
chrUn_NW_026528397v1 15
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 3
chrUn_NW_026528404v1 7
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 14
chrUn_NW_026528412v1 7
chrUn_NW_026528413v1 4
chrUn_NW_026528416v1 2
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 38
chrUn_NW_026528431v1 300
chrUn_NW_026528432v1 892
chrUn_NW_026528433v1 5106
chrUn_NW_026528480v1 647
chrUn_NW_026528558v1 1859
chrUn_NW_026528559v1 78
chrUn_NW_026528561v1 305
chrUn_NW_026528588v1 17
chrUn_NW_026528589v1 18
chrUn_NW_026528590v1 1258
chrUn_NW_026528596v1 2335
chrUn_NW_026528609v1 58
chrUn_NW_026528611v1 4
chrUn_NW_026528615v1 6
chrUn_NW_026528621v1 178
chrUn_NW_026528631v1 194
chrUn_NW_026528634v1 278
chrUn_NW_026528635v1 62
chrUn_NW_026528644v1 7
chrUn_NW_026528650v1 34
chrUn_NW_026528656v1 49
chrUn_NW_026528660v1 4
chrUn_NW_026528661v1 8
chrUn_NW_026528668v1 32
chrUn_NW_026528670v1 14
chrUn_NW_026528677v1 20
chrUn_NW_026528708v1 9
chrUn_NW_026528719v1 465
chrUn_NW_026528737v1 34
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 8
chrUn_NW_026528748v1 12
chrUn_NW_026528749v1 3
chrUn_NW_026528750v1 10
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 7
chrUn_NW_026528754v1 21
chrUn_NW_026528755v1 125
chrUn_NW_026528772v1 16
chrUn_NW_026528775v1 41
chrUn_NW_026528777v1 7
chrUn_NW_026528784v1 20
chrUn_NW_026528785v1 29
chrUn_NW_026528786v1 27
chrUn_NW_026528788v1 28
chrUn_NW_026528791v1 5
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 82
chrUn_NW_026528795v1 73
chrUn_NW_026528796v1 176
chrUn_NW_026528797v1 2427
chrUn_NW_026528798v1 1638
chrUn_NW_026528799v1 400
chrUn_NW_026528880v1 11
chrUn_NW_026528882v1 6
chrUn_NW_026528884v1 11
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 66
chrUn_NW_026528888v1 12
chrUn_NW_026528889v1 17
chrUn_NW_026528891v1 57
chrUn_NW_026528893v1 13
chrUn_NW_026528894v1 579
chrUn_NW_026528896v1 3
chrUn_NW_026528899v1 12
chrUn_NW_026528900v1 136
chrUn_NW_026528902v1 246
chrUn_NW_026528903v1 391
chrUn_NW_026528917v1 203
chrUn_NW_026528926v1 77
chrUn_NW_026528928v1 827
chrUn_NW_026528937v1 63
chrUn_NW_026528938v1 10
chrUn_NW_026528950v1 14
chrUn_NW_026528952v1 23
chrUn_NW_026528957v1 891
chrUn_NW_026528960v1 814
chrUn_NW_026528975v1 61
chrUn_NW_026528984v1 42
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528986v1 22
chrUn_NW_026528987v1 17
chrUn_NW_026528988v1 187
chrUn_NW_026528989v1 11
chrUn_NW_026528990v1 12
chrUn_NW_026528992v1 18
chrUn_NW_026528994v1 13
chrUn_NW_026528995v1 1
chrUn_NW_026528996v1 23
chrUn_NW_026529007v1 586
chrUn_NW_026529008v1 3799
chrUn_NW_026529013v1 44
chrUn_NW_026529015v1 96
chrUn_NW_026529016v1 795
chrUn_NW_026529060v1 2164
chrUn_NW_026529081v1 306
chrUn_NW_026529085v1 918
chrX 5563983
chrX_NW_026527892v1_random 388
chrX_NW_026527894v1_random 929
chrX_NW_026527897v1_random 203
chrY 22626
chrY_NW_026527911v1_random 32
chrY_NW_026527913v1_random 67
chrY_NW_026527914v1_random 619
chrY_NW_026527915v1_random 4
chrY_NW_026527916v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 19
chrY_NW_026527927v1_random 5
chrY_NW_026527932v1_random 10
chrY_NW_026527938v1_random 474
chrY_NW_026527939v1_random 21
chrY_NW_026527942v1_random 3
chrY_NW_026527948v1_random 2
chrY_NW_026527949v1_random 24
chrY_NW_026527950v1_random 1258
chrY_NW_026527951v1_random 343
chrY_NW_026527955v1_random 268
chrY_NW_026527956v1_random 2582
chrY_NW_026527958v1_random 2270
chrY_NW_026527960v1_random 126
chrY_NW_026527961v1_random 352
chrY_NW_026527966v1_random 12031
chrY_NW_026527967v1_random 326
chrY_NW_026527968v1_random 1632
chrY_NW_026527969v1_random 7
chrY_NW_026527974v1_random 1
chrY_NW_026527980v1_random 18

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 231676236 1 5031 132.23 102
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0072_1.gz 2.14 GB 02ef14eed9099dd05ed554dc80dc5f5b
P0072_1.gz.tbi 1.04 MB aeff379a186709da044b8bf3d165e87f
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 898d71a35507c3ca670df3cc94c33ba1
statistics/