Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0072_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0072_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0072_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0072_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GATGGCTGTAGGTTTG-P0072_2, TAGGTGCGTTCACTGT-P0072_2, GCTGTGATCGCTATAA-P0072_2, ACCCAACCACGAACAG-P0072_2, GAGGACTAGCGATACT-P0072_2 (top 5 of 4622 values)
count	int	count			[1, 1]	n 188,454,915 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	188454915
chr1	14477996
chr2	12131078
chr3	8624292
chr4	10223723
chr5	15589244
chr6	9059150
chr7	12368300
chr8	7471590
chr9	9489467
chr10	10520799
chr11	10223442
chr12	9949204
chr13	7197175
chr14	7283633
chr15	7532191
chr16	5402390
chr17	4111829
chr18	3737896
chr19	4086753
chr20	3662290
chr21	2680221
chr22	8060989
chrUn_NW_026528016v1	36
chrUn_NW_026528017v1	476
chrUn_NW_026528021v1	688
chrUn_NW_026528026v1	323
chrUn_NW_026528029v1	505
chrUn_NW_026528038v1	465
chrUn_NW_026528039v1	760
chrUn_NW_026528065v1	243
chrUn_NW_026528075v1	111
chrUn_NW_026528103v1	27
chrUn_NW_026528123v1	6
chrUn_NW_026528125v1	24
chrUn_NW_026528140v1	281
chrUn_NW_026528210v1	126
chrUn_NW_026528215v1	186
chrUn_NW_026528217v1	3
chrUn_NW_026528218v1	5
chrUn_NW_026528219v1	5
chrUn_NW_026528220v1	12
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	5
chrUn_NW_026528224v1	9
chrUn_NW_026528225v1	48
chrUn_NW_026528226v1	149
chrUn_NW_026528228v1	109
chrUn_NW_026528230v1	165
chrUn_NW_026528232v1	3289
chrUn_NW_026528259v1	6
chrUn_NW_026528278v1	360
chrUn_NW_026528285v1	89
chrUn_NW_026528292v1	15
chrUn_NW_026528295v1	88
chrUn_NW_026528296v1	12274
chrUn_NW_026528310v1	139
chrUn_NW_026528320v1	3
chrUn_NW_026528327v1	11
chrUn_NW_026528332v1	15
chrUn_NW_026528335v1	10
chrUn_NW_026528338v1	6
chrUn_NW_026528339v1	26
chrUn_NW_026528345v1	20
chrUn_NW_026528347v1	4
chrUn_NW_026528350v1	18
chrUn_NW_026528353v1	23
chrUn_NW_026528356v1	19
chrUn_NW_026528358v1	2
chrUn_NW_026528363v1	138
chrUn_NW_026528370v1	153
chrUn_NW_026528371v1	950
chrUn_NW_026528372v1	187
chrUn_NW_026528373v1	597
chrUn_NW_026528378v1	7
chrUn_NW_026528380v1	9
chrUn_NW_026528381v1	2
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	13
chrUn_NW_026528385v1	28
chrUn_NW_026528390v1	6
chrUn_NW_026528393v1	8
chrUn_NW_026528396v1	12
chrUn_NW_026528397v1	7
chrUn_NW_026528402v1	4
chrUn_NW_026528403v1	2
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	5
chrUn_NW_026528412v1	2
chrUn_NW_026528413v1	8
chrUn_NW_026528416v1	3
chrUn_NW_026528419v1	3
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	31
chrUn_NW_026528431v1	188
chrUn_NW_026528432v1	736
chrUn_NW_026528433v1	4147
chrUn_NW_026528440v1	1
chrUn_NW_026528480v1	444
chrUn_NW_026528558v1	1273
chrUn_NW_026528559v1	50
chrUn_NW_026528561v1	261
chrUn_NW_026528588v1	16
chrUn_NW_026528589v1	24
chrUn_NW_026528590v1	1123
chrUn_NW_026528596v1	1694
chrUn_NW_026528609v1	58
chrUn_NW_026528611v1	6
chrUn_NW_026528615v1	10
chrUn_NW_026528621v1	144
chrUn_NW_026528631v1	194
chrUn_NW_026528634v1	222
chrUn_NW_026528635v1	39
chrUn_NW_026528644v1	7
chrUn_NW_026528650v1	15
chrUn_NW_026528656v1	50
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	1
chrUn_NW_026528668v1	19
chrUn_NW_026528670v1	5
chrUn_NW_026528677v1	16
chrUn_NW_026528708v1	11
chrUn_NW_026528719v1	314
chrUn_NW_026528737v1	34
chrUn_NW_026528739v1	6
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	5
chrUn_NW_026528748v1	8
chrUn_NW_026528749v1	3
chrUn_NW_026528750v1	8
chrUn_NW_026528752v1	6
chrUn_NW_026528754v1	16
chrUn_NW_026528755v1	115
chrUn_NW_026528772v1	17
chrUn_NW_026528775v1	29
chrUn_NW_026528777v1	7
chrUn_NW_026528784v1	11
chrUn_NW_026528785v1	18
chrUn_NW_026528786v1	23
chrUn_NW_026528788v1	15
chrUn_NW_026528791v1	3
chrUn_NW_026528792v1	4
chrUn_NW_026528793v1	66
chrUn_NW_026528795v1	52
chrUn_NW_026528796v1	136
chrUn_NW_026528797v1	1876
chrUn_NW_026528798v1	1327
chrUn_NW_026528799v1	356
chrUn_NW_026528880v1	15
chrUn_NW_026528882v1	6
chrUn_NW_026528883v1	2
chrUn_NW_026528884v1	12
chrUn_NW_026528885v1	2
chrUn_NW_026528886v1	3
chrUn_NW_026528887v1	53
chrUn_NW_026528888v1	11
chrUn_NW_026528889v1	10
chrUn_NW_026528891v1	47
chrUn_NW_026528893v1	6
chrUn_NW_026528894v1	399
chrUn_NW_026528896v1	4
chrUn_NW_026528899v1	12
chrUn_NW_026528900v1	91
chrUn_NW_026528902v1	190
chrUn_NW_026528903v1	285
chrUn_NW_026528917v1	133
chrUn_NW_026528926v1	58
chrUn_NW_026528928v1	558
chrUn_NW_026528937v1	40
chrUn_NW_026528938v1	6
chrUn_NW_026528950v1	14
chrUn_NW_026528952v1	11
chrUn_NW_026528957v1	644
chrUn_NW_026528960v1	743
chrUn_NW_026528975v1	59
chrUn_NW_026528984v1	28
chrUn_NW_026528986v1	14
chrUn_NW_026528987v1	22
chrUn_NW_026528988v1	157
chrUn_NW_026528989v1	6
chrUn_NW_026528990v1	11
chrUn_NW_026528992v1	12
chrUn_NW_026528994v1	7
chrUn_NW_026528996v1	20
chrUn_NW_026529007v1	476
chrUn_NW_026529008v1	2996
chrUn_NW_026529013v1	34
chrUn_NW_026529015v1	60
chrUn_NW_026529016v1	603
chrUn_NW_026529060v1	1644
chrUn_NW_026529081v1	225
chrUn_NW_026529085v1	734
chrX	4484310
chrX_NW_026527892v1_random	262
chrX_NW_026527894v1_random	736
chrX_NW_026527897v1_random	125
chrY	18991
chrY_NW_026527909v1_random	2
chrY_NW_026527911v1_random	19
chrY_NW_026527913v1_random	41
chrY_NW_026527914v1_random	414
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527919v1_random	16
chrY_NW_026527927v1_random	2
chrY_NW_026527932v1_random	4
chrY_NW_026527938v1_random	307
chrY_NW_026527939v1_random	24
chrY_NW_026527942v1_random	4
chrY_NW_026527949v1_random	13
chrY_NW_026527950v1_random	907
chrY_NW_026527951v1_random	290
chrY_NW_026527955v1_random	189
chrY_NW_026527956v1_random	2064
chrY_NW_026527958v1_random	1678
chrY_NW_026527960v1_random	112
chrY_NW_026527961v1_random	319
chrY_NW_026527966v1_random	10020
chrY_NW_026527967v1_random	202
chrY_NW_026527968v1_random	1129
chrY_NW_026527969v1_random	13
chrY_NW_026527980v1_random	25

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	188454915	1	5038	127.5	96

Files

Filename	Size	md5
P0072_2.h5ad.gz	1.75 GB	7ca0bc5d5d472bc3c8127935200df198
P0072_2.h5ad.gz.tbi	956.11 KB	fb813ebbe53e69455ffc914b699dbbd8
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	9a0de8cc09dadc71454fa34b820dbf69
statistics/