Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0072_2content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0072_2
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0072_2 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0072_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			GATGGCTGTAGGTTTG-P0072_2, TAGGTGCGTTCACTGT-P0072_2, GCTGTGATCGCTATAA-P0072_2, ACCCAACCACGAACAG-P0072_2, GAGGACTAGCGATACT-P0072_2 (top 5 of 4806 values)
count	int	count			[1, 1]	n 198,826,720 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	198826720
chr1	15287105
chr2	12852811
chr3	9111340
chr4	10780830
chr5	16443530
chr6	9608308
chr7	13036387
chr8	7866643
chr9	10024574
chr10	11065247
chr11	10784733
chr12	10491036
chr13	7588757
chr14	7682586
chr15	7937102
chr16	5717753
chr17	4341927
chr18	3932919
chr19	4308832
chr20	3857635
chr21	2829685
chr22	8451658
chrUn_NW_026528016v1	36
chrUn_NW_026528017v1	542
chrUn_NW_026528021v1	734
chrUn_NW_026528026v1	365
chrUn_NW_026528029v1	538
chrUn_NW_026528038v1	493
chrUn_NW_026528039v1	801
chrUn_NW_026528065v1	262
chrUn_NW_026528075v1	118
chrUn_NW_026528103v1	28
chrUn_NW_026528123v1	6
chrUn_NW_026528125v1	26
chrUn_NW_026528140v1	334
chrUn_NW_026528210v1	134
chrUn_NW_026528215v1	196
chrUn_NW_026528217v1	3
chrUn_NW_026528218v1	5
chrUn_NW_026528219v1	5
chrUn_NW_026528220v1	13
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	5
chrUn_NW_026528224v1	9
chrUn_NW_026528225v1	48
chrUn_NW_026528226v1	154
chrUn_NW_026528228v1	127
chrUn_NW_026528230v1	173
chrUn_NW_026528232v1	3371
chrUn_NW_026528259v1	6
chrUn_NW_026528278v1	387
chrUn_NW_026528285v1	93
chrUn_NW_026528292v1	18
chrUn_NW_026528295v1	99
chrUn_NW_026528296v1	12900
chrUn_NW_026528310v1	144
chrUn_NW_026528320v1	5
chrUn_NW_026528327v1	11
chrUn_NW_026528332v1	15
chrUn_NW_026528335v1	10
chrUn_NW_026528338v1	6
chrUn_NW_026528339v1	28
chrUn_NW_026528345v1	23
chrUn_NW_026528347v1	5
chrUn_NW_026528350v1	19
chrUn_NW_026528353v1	24
chrUn_NW_026528356v1	22
chrUn_NW_026528358v1	3
chrUn_NW_026528363v1	143
chrUn_NW_026528370v1	160
chrUn_NW_026528371v1	998
chrUn_NW_026528372v1	200
chrUn_NW_026528373v1	631
chrUn_NW_026528378v1	8
chrUn_NW_026528380v1	9
chrUn_NW_026528381v1	2
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	16
chrUn_NW_026528385v1	30
chrUn_NW_026528390v1	6
chrUn_NW_026528393v1	9
chrUn_NW_026528396v1	12
chrUn_NW_026528397v1	8
chrUn_NW_026528402v1	4
chrUn_NW_026528403v1	2
chrUn_NW_026528408v1	3
chrUn_NW_026528409v1	6
chrUn_NW_026528412v1	2
chrUn_NW_026528413v1	8
chrUn_NW_026528416v1	3
chrUn_NW_026528419v1	3
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	34
chrUn_NW_026528431v1	195
chrUn_NW_026528432v1	776
chrUn_NW_026528433v1	4275
chrUn_NW_026528440v1	1
chrUn_NW_026528480v1	466
chrUn_NW_026528558v1	1366
chrUn_NW_026528559v1	52
chrUn_NW_026528561v1	290
chrUn_NW_026528588v1	20
chrUn_NW_026528589v1	25
chrUn_NW_026528590v1	1200
chrUn_NW_026528596v1	1788
chrUn_NW_026528609v1	58
chrUn_NW_026528611v1	6
chrUn_NW_026528615v1	10
chrUn_NW_026528621v1	147
chrUn_NW_026528631v1	200
chrUn_NW_026528634v1	234
chrUn_NW_026528635v1	42
chrUn_NW_026528644v1	8
chrUn_NW_026528650v1	16
chrUn_NW_026528656v1	51
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	1
chrUn_NW_026528668v1	19
chrUn_NW_026528670v1	7
chrUn_NW_026528677v1	17
chrUn_NW_026528708v1	11
chrUn_NW_026528719v1	346
chrUn_NW_026528737v1	36
chrUn_NW_026528739v1	6
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	7
chrUn_NW_026528748v1	8
chrUn_NW_026528749v1	3
chrUn_NW_026528750v1	8
chrUn_NW_026528752v1	7
chrUn_NW_026528754v1	16
chrUn_NW_026528755v1	120
chrUn_NW_026528772v1	17
chrUn_NW_026528775v1	29
chrUn_NW_026528777v1	8
chrUn_NW_026528784v1	12
chrUn_NW_026528785v1	20
chrUn_NW_026528786v1	25
chrUn_NW_026528788v1	17
chrUn_NW_026528791v1	3
chrUn_NW_026528792v1	4
chrUn_NW_026528793v1	71
chrUn_NW_026528795v1	57
chrUn_NW_026528796v1	149
chrUn_NW_026528797v1	2070
chrUn_NW_026528798v1	1378
chrUn_NW_026528799v1	364
chrUn_NW_026528880v1	16
chrUn_NW_026528882v1	8
chrUn_NW_026528883v1	2
chrUn_NW_026528884v1	12
chrUn_NW_026528885v1	2
chrUn_NW_026528886v1	3
chrUn_NW_026528887v1	59
chrUn_NW_026528888v1	11
chrUn_NW_026528889v1	11
chrUn_NW_026528891v1	49
chrUn_NW_026528893v1	6
chrUn_NW_026528894v1	429
chrUn_NW_026528896v1	4
chrUn_NW_026528899v1	12
chrUn_NW_026528900v1	100
chrUn_NW_026528902v1	202
chrUn_NW_026528903v1	325
chrUn_NW_026528917v1	138
chrUn_NW_026528926v1	60
chrUn_NW_026528928v1	602
chrUn_NW_026528937v1	41
chrUn_NW_026528938v1	6
chrUn_NW_026528950v1	16
chrUn_NW_026528952v1	14
chrUn_NW_026528957v1	687
chrUn_NW_026528960v1	752
chrUn_NW_026528975v1	63
chrUn_NW_026528984v1	28
chrUn_NW_026528986v1	14
chrUn_NW_026528987v1	24
chrUn_NW_026528988v1	166
chrUn_NW_026528989v1	6
chrUn_NW_026528990v1	11
chrUn_NW_026528992v1	13
chrUn_NW_026528994v1	7
chrUn_NW_026528996v1	21
chrUn_NW_026529007v1	502
chrUn_NW_026529008v1	3242
chrUn_NW_026529013v1	39
chrUn_NW_026529015v1	65
chrUn_NW_026529016v1	644
chrUn_NW_026529060v1	1722
chrUn_NW_026529081v1	239
chrUn_NW_026529085v1	774
chrX	4732747
chrX_NW_026527892v1_random	288
chrX_NW_026527894v1_random	795
chrX_NW_026527897v1_random	133
chrY	20427
chrY_NW_026527909v1_random	2
chrY_NW_026527911v1_random	19
chrY_NW_026527913v1_random	46
chrY_NW_026527914v1_random	460
chrY_NW_026527915v1_random	3
chrY_NW_026527919v1_random	17
chrY_NW_026527927v1_random	3
chrY_NW_026527932v1_random	5
chrY_NW_026527938v1_random	334
chrY_NW_026527939v1_random	25
chrY_NW_026527942v1_random	4
chrY_NW_026527949v1_random	14
chrY_NW_026527950v1_random	974
chrY_NW_026527951v1_random	315
chrY_NW_026527955v1_random	214
chrY_NW_026527956v1_random	2195
chrY_NW_026527958v1_random	1782
chrY_NW_026527960v1_random	120
chrY_NW_026527961v1_random	337
chrY_NW_026527966v1_random	10667
chrY_NW_026527967v1_random	223
chrY_NW_026527968v1_random	1273
chrY_NW_026527969v1_random	13
chrY_NW_026527980v1_random	29

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	198826720	1	5038	127.51	96

Files

Filename	Size	md5
P0072_2.gz	1.84 GB	b4fec23493db49dfa42eb6b5d2ea6d7b
P0072_2.gz.tbi	978.88 KB	c28bc2b4d2d4089f1f7f0f68c0d914fc
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	77bda8f18d6c8a6a717e117c5918b795
statistics/