Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0073_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0073_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0073_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0073_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TTGGGCGGTTTGCAGA-P0073_1, TACTCGCTCCTTGCAC-P0073_1, AGTTTGCAGCGATAGA-P0073_1, GCACTAAGTGACATGC-P0073_1, CAGATTCAGTCACTCC-P0073_1 (top 5 of 646 values)
count	int	count			[1, 1]	n 30,560,592 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	30560592
chr1	2449910
chr2	2043333
chr3	1530052
chr4	1699626
chr5	2373084
chr6	1577341
chr7	1872842
chr8	1199824
chr9	1482176
chr10	1568527
chr11	1595468
chr12	1531662
chr13	1187841
chr14	1195877
chr15	1176855
chr16	925958
chr17	727088
chr18	597925
chr19	626471
chr20	603199
chr21	466873
chr22	1191823
chrUn_NW_026528016v1	9
chrUn_NW_026528017v1	27
chrUn_NW_026528021v1	116
chrUn_NW_026528026v1	160
chrUn_NW_026528029v1	89
chrUn_NW_026528038v1	54
chrUn_NW_026528039v1	74
chrUn_NW_026528065v1	44
chrUn_NW_026528075v1	36
chrUn_NW_026528103v1	12
chrUn_NW_026528123v1	1
chrUn_NW_026528125v1	29
chrUn_NW_026528140v1	176
chrUn_NW_026528210v1	41
chrUn_NW_026528215v1	40
chrUn_NW_026528217v1	1
chrUn_NW_026528218v1	2
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528220v1	2
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	1
chrUn_NW_026528224v1	2
chrUn_NW_026528225v1	12
chrUn_NW_026528226v1	35
chrUn_NW_026528228v1	30
chrUn_NW_026528230v1	49
chrUn_NW_026528232v1	104
chrUn_NW_026528259v1	2
chrUn_NW_026528278v1	86
chrUn_NW_026528285v1	8
chrUn_NW_026528295v1	73
chrUn_NW_026528296v1	1864
chrUn_NW_026528310v1	34
chrUn_NW_026528320v1	12
chrUn_NW_026528327v1	4
chrUn_NW_026528332v1	8
chrUn_NW_026528335v1	4
chrUn_NW_026528338v1	15
chrUn_NW_026528339v1	10
chrUn_NW_026528345v1	11
chrUn_NW_026528347v1	3
chrUn_NW_026528350v1	6
chrUn_NW_026528353v1	10
chrUn_NW_026528356v1	15
chrUn_NW_026528358v1	1
chrUn_NW_026528363v1	55
chrUn_NW_026528370v1	43
chrUn_NW_026528371v1	160
chrUn_NW_026528372v1	47
chrUn_NW_026528373v1	100
chrUn_NW_026528378v1	2
chrUn_NW_026528380v1	3
chrUn_NW_026528384v1	3
chrUn_NW_026528385v1	7
chrUn_NW_026528390v1	3
chrUn_NW_026528393v1	1
chrUn_NW_026528397v1	4
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	2
chrUn_NW_026528409v1	2
chrUn_NW_026528412v1	3
chrUn_NW_026528413v1	3
chrUn_NW_026528423v1	19
chrUn_NW_026528431v1	72
chrUn_NW_026528432v1	158
chrUn_NW_026528433v1	1134
chrUn_NW_026528440v1	4
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	203
chrUn_NW_026528558v1	448
chrUn_NW_026528559v1	18
chrUn_NW_026528588v1	1
chrUn_NW_026528589v1	6
chrUn_NW_026528590v1	320
chrUn_NW_026528596v1	834
chrUn_NW_026528609v1	7
chrUn_NW_026528611v1	4
chrUn_NW_026528615v1	7
chrUn_NW_026528621v1	29
chrUn_NW_026528631v1	6
chrUn_NW_026528634v1	66
chrUn_NW_026528635v1	2
chrUn_NW_026528650v1	4
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528661v1	13
chrUn_NW_026528668v1	7
chrUn_NW_026528677v1	4
chrUn_NW_026528708v1	6
chrUn_NW_026528719v1	135
chrUn_NW_026528737v1	8
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	2
chrUn_NW_026528750v1	3
chrUn_NW_026528754v1	5
chrUn_NW_026528755v1	33
chrUn_NW_026528772v1	8
chrUn_NW_026528775v1	4
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	1
chrUn_NW_026528785v1	6
chrUn_NW_026528786v1	5
chrUn_NW_026528788v1	4
chrUn_NW_026528793v1	37
chrUn_NW_026528795v1	33
chrUn_NW_026528796v1	90
chrUn_NW_026528797v1	1084
chrUn_NW_026528798v1	194
chrUn_NW_026528799v1	31
chrUn_NW_026528880v1	3
chrUn_NW_026528884v1	3
chrUn_NW_026528887v1	14
chrUn_NW_026528888v1	10
chrUn_NW_026528889v1	4
chrUn_NW_026528891v1	9
chrUn_NW_026528893v1	2
chrUn_NW_026528894v1	135
chrUn_NW_026528899v1	3
chrUn_NW_026528900v1	19
chrUn_NW_026528902v1	29
chrUn_NW_026528903v1	262
chrUn_NW_026528917v1	121
chrUn_NW_026528926v1	18
chrUn_NW_026528928v1	259
chrUn_NW_026528937v1	10
chrUn_NW_026528938v1	2
chrUn_NW_026528950v1	4
chrUn_NW_026528952v1	3
chrUn_NW_026528957v1	255
chrUn_NW_026528960v1	25
chrUn_NW_026528975v1	67
chrUn_NW_026528984v1	7
chrUn_NW_026528987v1	2
chrUn_NW_026528988v1	30
chrUn_NW_026528989v1	1
chrUn_NW_026528996v1	9
chrUn_NW_026529007v1	83
chrUn_NW_026529008v1	830
chrUn_NW_026529013v1	15
chrUn_NW_026529015v1	37
chrUn_NW_026529016v1	300
chrUn_NW_026529060v1	206
chrUn_NW_026529081v1	37
chrUn_NW_026529085v1	115
chrX	907439
chrX_NW_026527892v1_random	96
chrX_NW_026527894v1_random	96
chrX_NW_026527897v1_random	46
chrY	4095
chrY_NW_026527911v1_random	1
chrY_NW_026527913v1_random	6
chrY_NW_026527914v1_random	112
chrY_NW_026527927v1_random	1
chrY_NW_026527932v1_random	2
chrY_NW_026527938v1_random	233
chrY_NW_026527939v1_random	9
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527945v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	247
chrY_NW_026527950v1_random	311
chrY_NW_026527951v1_random	41
chrY_NW_026527955v1_random	22
chrY_NW_026527956v1_random	2975
chrY_NW_026527958v1_random	1535
chrY_NW_026527960v1_random	19
chrY_NW_026527961v1_random	69
chrY_NW_026527966v1_random	7231
chrY_NW_026527967v1_random	58
chrY_NW_026527968v1_random	398
chrY_NW_026527980v1_random	48

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	30560592	1	4949	136.47	105

Files

Filename	Size	md5
P0073_1.h5ad.gz	276.31 MB	78654b7defe41e4b1871f026943a0bdf
P0073_1.h5ad.gz.tbi	555.48 KB	5ba6f5f19aa35f5993651a4b162c372c
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	c7bdef46439407def3ff272e4f55b8b5
statistics/