Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0073_1content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0073_1
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0073_1
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0073_1
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell AACCGGCTCCGGGACT-P0073_1, TTGGGCGGTTTGCAGA-P0073_1, AGGTACGCACTATGGC-P0073_1, ATGTCAATCCCTGGTT-P0073_1, CGGTTATAGGCATTGT-P0073_1 (top 5 of 4427 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
356,096,888
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 356096888
chr1 28284356
chr2 24203067
chr3 18684406
chr4 19835592
chr5 27368173
chr6 18963911
chr7 22458721
chr8 14699199
chr9 17611427
chr10 18556381
chr11 18664197
chr12 17815277
chr13 14273080
chr14 13718959
chr15 13599077
chr16 11384097
chr17 8597834
chr18 6608152
chr19 7223543
chr20 6894887
chr21 5540095
chr22 11290198
chrUn_NW_026528016v1 58
chrUn_NW_026528017v1 169
chrUn_NW_026528021v1 1412
chrUn_NW_026528026v1 1046
chrUn_NW_026528029v1 794
chrUn_NW_026528038v1 921
chrUn_NW_026528039v1 1214
chrUn_NW_026528065v1 420
chrUn_NW_026528075v1 345
chrUn_NW_026528103v1 85
chrUn_NW_026528123v1 7
chrUn_NW_026528125v1 160
chrUn_NW_026528140v1 1100
chrUn_NW_026528210v1 286
chrUn_NW_026528215v1 360
chrUn_NW_026528217v1 3
chrUn_NW_026528218v1 16
chrUn_NW_026528219v1 19
chrUn_NW_026528220v1 6
chrUn_NW_026528221v1 8
chrUn_NW_026528222v1 5
chrUn_NW_026528224v1 13
chrUn_NW_026528225v1 125
chrUn_NW_026528226v1 175
chrUn_NW_026528228v1 347
chrUn_NW_026528230v1 563
chrUn_NW_026528232v1 2606
chrUn_NW_026528259v1 16
chrUn_NW_026528278v1 944
chrUn_NW_026528285v1 73
chrUn_NW_026528292v1 25
chrUn_NW_026528295v1 470
chrUn_NW_026528296v1 23396
chrUn_NW_026528310v1 225
chrUn_NW_026528320v1 56
chrUn_NW_026528327v1 21
chrUn_NW_026528332v1 50
chrUn_NW_026528335v1 25
chrUn_NW_026528338v1 69
chrUn_NW_026528339v1 67
chrUn_NW_026528345v1 52
chrUn_NW_026528347v1 26
chrUn_NW_026528350v1 38
chrUn_NW_026528353v1 62
chrUn_NW_026528356v1 52
chrUn_NW_026528358v1 5
chrUn_NW_026528360v1 5
chrUn_NW_026528363v1 470
chrUn_NW_026528370v1 276
chrUn_NW_026528371v1 1751
chrUn_NW_026528372v1 711
chrUn_NW_026528373v1 1901
chrUn_NW_026528378v1 11
chrUn_NW_026528380v1 19
chrUn_NW_026528382v1 7
chrUn_NW_026528384v1 29
chrUn_NW_026528385v1 67
chrUn_NW_026528390v1 36
chrUn_NW_026528393v1 20
chrUn_NW_026528396v1 10
chrUn_NW_026528397v1 25
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 20
chrUn_NW_026528404v1 2
chrUn_NW_026528408v1 4
chrUn_NW_026528409v1 21
chrUn_NW_026528412v1 27
chrUn_NW_026528413v1 8
chrUn_NW_026528416v1 6
chrUn_NW_026528419v1 3
chrUn_NW_026528420v1 6
chrUn_NW_026528423v1 112
chrUn_NW_026528431v1 605
chrUn_NW_026528432v1 940
chrUn_NW_026528433v1 5782
chrUn_NW_026528440v1 13
chrUn_NW_026528471v1 2
chrUn_NW_026528480v1 1208
chrUn_NW_026528558v1 3194
chrUn_NW_026528559v1 118
chrUn_NW_026528561v1 8
chrUn_NW_026528588v1 17
chrUn_NW_026528589v1 47
chrUn_NW_026528590v1 2424
chrUn_NW_026528596v1 5797
chrUn_NW_026528609v1 45
chrUn_NW_026528611v1 28
chrUn_NW_026528615v1 30
chrUn_NW_026528621v1 479
chrUn_NW_026528631v1 120
chrUn_NW_026528634v1 421
chrUn_NW_026528635v1 12
chrUn_NW_026528644v1 8
chrUn_NW_026528650v1 36
chrUn_NW_026528656v1 5
chrUn_NW_026528661v1 39
chrUn_NW_026528668v1 36
chrUn_NW_026528670v1 3
chrUn_NW_026528677v1 49
chrUn_NW_026528708v1 16
chrUn_NW_026528719v1 1042
chrUn_NW_026528737v1 68
chrUn_NW_026528739v1 5
chrUn_NW_026528741v1 3
chrUn_NW_026528745v1 15
chrUn_NW_026528748v1 3
chrUn_NW_026528749v1 2
chrUn_NW_026528750v1 36
chrUn_NW_026528751v1 2
chrUn_NW_026528754v1 22
chrUn_NW_026528755v1 223
chrUn_NW_026528772v1 28
chrUn_NW_026528775v1 15
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 23
chrUn_NW_026528785v1 21
chrUn_NW_026528786v1 36
chrUn_NW_026528788v1 18
chrUn_NW_026528791v1 4
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 295
chrUn_NW_026528795v1 355
chrUn_NW_026528796v1 885
chrUn_NW_026528797v1 11242
chrUn_NW_026528798v1 2060
chrUn_NW_026528799v1 450
chrUn_NW_026528880v1 40
chrUn_NW_026528882v1 16
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 15
chrUn_NW_026528885v1 8
chrUn_NW_026528886v1 1
chrUn_NW_026528887v1 119
chrUn_NW_026528888v1 40
chrUn_NW_026528889v1 23
chrUn_NW_026528891v1 70
chrUn_NW_026528893v1 10
chrUn_NW_026528894v1 799
chrUn_NW_026528896v1 2
chrUn_NW_026528899v1 19
chrUn_NW_026528900v1 231
chrUn_NW_026528902v1 229
chrUn_NW_026528903v1 2435
chrUn_NW_026528917v1 579
chrUn_NW_026528926v1 205
chrUn_NW_026528928v1 1953
chrUn_NW_026528937v1 78
chrUn_NW_026528938v1 13
chrUn_NW_026528950v1 38
chrUn_NW_026528952v1 20
chrUn_NW_026528957v1 1600
chrUn_NW_026528960v1 414
chrUn_NW_026528975v1 384
chrUn_NW_026528984v1 100
chrUn_NW_026528985v1 13
chrUn_NW_026528986v1 4
chrUn_NW_026528987v1 18
chrUn_NW_026528988v1 305
chrUn_NW_026528989v1 33
chrUn_NW_026528992v1 7
chrUn_NW_026528994v1 3
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 72
chrUn_NW_026529007v1 830
chrUn_NW_026529008v1 8014
chrUn_NW_026529013v1 153
chrUn_NW_026529015v1 274
chrUn_NW_026529016v1 2118
chrUn_NW_026529060v1 3116
chrUn_NW_026529081v1 448
chrUn_NW_026529085v1 1107
chrX 9615108
chrX_NW_026527892v1_random 1099
chrX_NW_026527894v1_random 1991
chrX_NW_026527897v1_random 413
chrY 43627
chrY_NW_026527911v1_random 39
chrY_NW_026527913v1_random 246
chrY_NW_026527914v1_random 1384
chrY_NW_026527915v1_random 6
chrY_NW_026527918v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 48
chrY_NW_026527927v1_random 13
chrY_NW_026527932v1_random 19
chrY_NW_026527938v1_random 1253
chrY_NW_026527939v1_random 63
chrY_NW_026527942v1_random 15
chrY_NW_026527945v1_random 1
chrY_NW_026527948v1_random 2
chrY_NW_026527949v1_random 4084
chrY_NW_026527950v1_random 2122
chrY_NW_026527951v1_random 256
chrY_NW_026527955v1_random 152
chrY_NW_026527956v1_random 8678
chrY_NW_026527958v1_random 4065
chrY_NW_026527960v1_random 162
chrY_NW_026527961v1_random 490
chrY_NW_026527966v1_random 25583
chrY_NW_026527967v1_random 307
chrY_NW_026527968v1_random 3015
chrY_NW_026527969v1_random 33
chrY_NW_026527980v1_random 193

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 356096888 1 5037 146.17 129
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0073_1.gz 3.31 GB 8173aff5c4311589d3ea9d5922eebe04
P0073_1.gz.tbi 1.32 MB 4c1322efa7430026071c5b2bad48b3fa
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 9584710b450b3c29e31f2e56da139091
statistics/