Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0073_2.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0073_2.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0073_2.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0073_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TAGCTTAAGCTGGACC-P0073_2, TCAAGTATCTGGCAAT-P0073_2, TCACATAAGCTAAGTC-P0073_2, GCCATGATCGTTAGCG-P0073_2, AGCCTGGGTTAGGTTG-P0073_2 (top 5 of 529 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
24,394,250
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 24394250
chr1 1955392
chr2 1617013
chr3 1177542
chr4 1339991
chr5 1962469
chr6 1280107
chr7 1544037
chr8 947397
chr9 1188724
chr10 1277973
chr11 1312703
chr12 1278351
chr13 899547
chr14 902823
chr15 930927
chr16 723074
chr17 548071
chr18 471447
chr19 512194
chr20 491979
chr21 351285
chr22 1028638
chrUn_NW_026528016v1 8
chrUn_NW_026528017v1 9
chrUn_NW_026528021v1 93
chrUn_NW_026528026v1 121
chrUn_NW_026528029v1 73
chrUn_NW_026528038v1 41
chrUn_NW_026528039v1 75
chrUn_NW_026528065v1 45
chrUn_NW_026528075v1 23
chrUn_NW_026528103v1 9
chrUn_NW_026528123v1 1
chrUn_NW_026528125v1 8
chrUn_NW_026528140v1 149
chrUn_NW_026528210v1 18
chrUn_NW_026528215v1 23
chrUn_NW_026528218v1 1
chrUn_NW_026528219v1 3
chrUn_NW_026528221v1 1
chrUn_NW_026528224v1 1
chrUn_NW_026528225v1 4
chrUn_NW_026528226v1 35
chrUn_NW_026528228v1 27
chrUn_NW_026528230v1 32
chrUn_NW_026528232v1 65
chrUn_NW_026528259v1 1
chrUn_NW_026528278v1 73
chrUn_NW_026528285v1 2
chrUn_NW_026528295v1 35
chrUn_NW_026528296v1 1642
chrUn_NW_026528310v1 20
chrUn_NW_026528320v1 13
chrUn_NW_026528327v1 2
chrUn_NW_026528332v1 5
chrUn_NW_026528335v1 3
chrUn_NW_026528338v1 6
chrUn_NW_026528339v1 8
chrUn_NW_026528345v1 3
chrUn_NW_026528347v1 1
chrUn_NW_026528350v1 3
chrUn_NW_026528353v1 7
chrUn_NW_026528356v1 3
chrUn_NW_026528360v1 1
chrUn_NW_026528363v1 45
chrUn_NW_026528370v1 27
chrUn_NW_026528371v1 131
chrUn_NW_026528372v1 37
chrUn_NW_026528373v1 53
chrUn_NW_026528380v1 2
chrUn_NW_026528384v1 1
chrUn_NW_026528385v1 3
chrUn_NW_026528390v1 2
chrUn_NW_026528393v1 2
chrUn_NW_026528396v1 1
chrUn_NW_026528397v1 3
chrUn_NW_026528403v1 2
chrUn_NW_026528412v1 2
chrUn_NW_026528423v1 10
chrUn_NW_026528431v1 43
chrUn_NW_026528432v1 109
chrUn_NW_026528433v1 1095
chrUn_NW_026528440v1 1
chrUn_NW_026528480v1 99
chrUn_NW_026528558v1 294
chrUn_NW_026528559v1 8
chrUn_NW_026528561v1 1
chrUn_NW_026528588v1 3
chrUn_NW_026528589v1 3
chrUn_NW_026528590v1 219
chrUn_NW_026528596v1 456
chrUn_NW_026528609v1 1
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 4
chrUn_NW_026528621v1 22
chrUn_NW_026528631v1 6
chrUn_NW_026528634v1 40
chrUn_NW_026528644v1 1
chrUn_NW_026528650v1 2
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 6
chrUn_NW_026528668v1 5
chrUn_NW_026528677v1 4
chrUn_NW_026528708v1 5
chrUn_NW_026528719v1 65
chrUn_NW_026528737v1 6
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528745v1 2
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 5
chrUn_NW_026528754v1 3
chrUn_NW_026528755v1 18
chrUn_NW_026528772v1 1
chrUn_NW_026528775v1 3
chrUn_NW_026528784v1 3
chrUn_NW_026528785v1 3
chrUn_NW_026528786v1 2
chrUn_NW_026528788v1 3
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528793v1 33
chrUn_NW_026528795v1 20
chrUn_NW_026528796v1 65
chrUn_NW_026528797v1 778
chrUn_NW_026528798v1 199
chrUn_NW_026528799v1 26
chrUn_NW_026528880v1 2
chrUn_NW_026528882v1 3
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 1
chrUn_NW_026528885v1 2
chrUn_NW_026528887v1 8
chrUn_NW_026528888v1 7
chrUn_NW_026528889v1 1
chrUn_NW_026528891v1 5
chrUn_NW_026528894v1 99
chrUn_NW_026528899v1 5
chrUn_NW_026528900v1 17
chrUn_NW_026528902v1 18
chrUn_NW_026528903v1 180
chrUn_NW_026528917v1 106
chrUn_NW_026528926v1 23
chrUn_NW_026528928v1 152
chrUn_NW_026528937v1 10
chrUn_NW_026528950v1 1
chrUn_NW_026528952v1 1
chrUn_NW_026528957v1 137
chrUn_NW_026528960v1 31
chrUn_NW_026528975v1 46
chrUn_NW_026528984v1 6
chrUn_NW_026528985v1 1
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 18
chrUn_NW_026528989v1 2
chrUn_NW_026528996v1 10
chrUn_NW_026529007v1 74
chrUn_NW_026529008v1 730
chrUn_NW_026529013v1 10
chrUn_NW_026529015v1 24
chrUn_NW_026529016v1 192
chrUn_NW_026529060v1 162
chrUn_NW_026529081v1 25
chrUn_NW_026529085v1 60
chrX 629010
chrX_NW_026527892v1_random 51
chrX_NW_026527894v1_random 82
chrX_NW_026527897v1_random 27
chrY 2894
chrY_NW_026527911v1_random 4
chrY_NW_026527913v1_random 4
chrY_NW_026527914v1_random 98
chrY_NW_026527919v1_random 3
chrY_NW_026527932v1_random 2
chrY_NW_026527938v1_random 109
chrY_NW_026527939v1_random 2
chrY_NW_026527949v1_random 216
chrY_NW_026527950v1_random 282
chrY_NW_026527951v1_random 28
chrY_NW_026527955v1_random 16
chrY_NW_026527956v1_random 2684
chrY_NW_026527958v1_random 1345
chrY_NW_026527960v1_random 9
chrY_NW_026527961v1_random 39
chrY_NW_026527966v1_random 6520
chrY_NW_026527967v1_random 36
chrY_NW_026527968v1_random 237
chrY_NW_026527980v1_random 15

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 24394250 1 4905 151.21 134
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0073_2.h5ad.gz 216.91 MB f19907eec324b67b0038b24fa40610bf
P0073_2.h5ad.gz.tbi 554.42 KB c3cdaf4dc51b13525b0909eceebb4cdd
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB 9c90bf7ca34a304541f34471a0e666eb
statistics/