Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0073_2content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0073_2
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0073_2
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0073_2
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TAGCTAGGTTACGCGG-P0073_2, AACCGGCTCCCTCACG-P0073_2, ACTTAGTCATGAGTTT-P0073_2, AAGTTTGTCATGTTTC-P0073_2, TGCTTCCAGTCAATCA-P0073_2 (top 5 of 2584 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
228,045,291
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 228045291
chr1 18012200
chr2 15621510
chr3 11881370
chr4 12701830
chr5 17615167
chr6 12060858
chr7 14545203
chr8 9363442
chr9 11219004
chr10 11931160
chr11 12025606
chr12 11549208
chr13 9040291
chr14 8715414
chr15 8753590
chr16 7289381
chr17 5436377
chr18 4233840
chr19 4624386
chr20 4413545
chr21 3493786
chr22 7369490
chrUn_NW_026528016v1 46
chrUn_NW_026528017v1 95
chrUn_NW_026528021v1 895
chrUn_NW_026528026v1 726
chrUn_NW_026528029v1 529
chrUn_NW_026528038v1 616
chrUn_NW_026528039v1 780
chrUn_NW_026528065v1 268
chrUn_NW_026528075v1 193
chrUn_NW_026528103v1 58
chrUn_NW_026528123v1 8
chrUn_NW_026528125v1 87
chrUn_NW_026528140v1 748
chrUn_NW_026528210v1 178
chrUn_NW_026528215v1 184
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 11
chrUn_NW_026528220v1 1
chrUn_NW_026528221v1 2
chrUn_NW_026528222v1 4
chrUn_NW_026528224v1 8
chrUn_NW_026528225v1 63
chrUn_NW_026528226v1 109
chrUn_NW_026528228v1 208
chrUn_NW_026528230v1 298
chrUn_NW_026528232v1 1462
chrUn_NW_026528259v1 8
chrUn_NW_026528278v1 624
chrUn_NW_026528285v1 36
chrUn_NW_026528292v1 18
chrUn_NW_026528295v1 297
chrUn_NW_026528296v1 15141
chrUn_NW_026528310v1 118
chrUn_NW_026528320v1 39
chrUn_NW_026528327v1 17
chrUn_NW_026528332v1 24
chrUn_NW_026528335v1 15
chrUn_NW_026528338v1 48
chrUn_NW_026528339v1 54
chrUn_NW_026528345v1 28
chrUn_NW_026528347v1 12
chrUn_NW_026528350v1 24
chrUn_NW_026528353v1 48
chrUn_NW_026528356v1 27
chrUn_NW_026528358v1 2
chrUn_NW_026528360v1 3
chrUn_NW_026528363v1 274
chrUn_NW_026528370v1 161
chrUn_NW_026528371v1 1112
chrUn_NW_026528372v1 442
chrUn_NW_026528373v1 1176
chrUn_NW_026528378v1 6
chrUn_NW_026528380v1 12
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 11
chrUn_NW_026528385v1 28
chrUn_NW_026528390v1 34
chrUn_NW_026528393v1 10
chrUn_NW_026528396v1 5
chrUn_NW_026528397v1 18
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 13
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 7
chrUn_NW_026528409v1 7
chrUn_NW_026528412v1 15
chrUn_NW_026528413v1 3
chrUn_NW_026528416v1 9
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528420v1 3
chrUn_NW_026528423v1 76
chrUn_NW_026528431v1 372
chrUn_NW_026528432v1 585
chrUn_NW_026528433v1 4089
chrUn_NW_026528440v1 9
chrUn_NW_026528480v1 666
chrUn_NW_026528558v1 2010
chrUn_NW_026528559v1 55
chrUn_NW_026528561v1 3
chrUn_NW_026528588v1 12
chrUn_NW_026528589v1 18
chrUn_NW_026528590v1 1431
chrUn_NW_026528596v1 3487
chrUn_NW_026528609v1 21
chrUn_NW_026528611v1 12
chrUn_NW_026528615v1 19
chrUn_NW_026528621v1 263
chrUn_NW_026528631v1 62
chrUn_NW_026528634v1 237
chrUn_NW_026528635v1 2
chrUn_NW_026528644v1 6
chrUn_NW_026528650v1 13
chrUn_NW_026528656v1 3
chrUn_NW_026528660v1 2
chrUn_NW_026528661v1 30
chrUn_NW_026528668v1 20
chrUn_NW_026528670v1 1
chrUn_NW_026528677v1 27
chrUn_NW_026528708v1 20
chrUn_NW_026528719v1 634
chrUn_NW_026528737v1 51
chrUn_NW_026528739v1 8
chrUn_NW_026528745v1 10
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528750v1 19
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 1
chrUn_NW_026528754v1 12
chrUn_NW_026528755v1 137
chrUn_NW_026528772v1 20
chrUn_NW_026528775v1 14
chrUn_NW_026528777v1 5
chrUn_NW_026528784v1 16
chrUn_NW_026528785v1 16
chrUn_NW_026528786v1 19
chrUn_NW_026528788v1 10
chrUn_NW_026528791v1 3
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 189
chrUn_NW_026528795v1 225
chrUn_NW_026528796v1 486
chrUn_NW_026528797v1 6909
chrUn_NW_026528798v1 1386
chrUn_NW_026528799v1 265
chrUn_NW_026528880v1 31
chrUn_NW_026528882v1 12
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 7
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528887v1 79
chrUn_NW_026528888v1 24
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 54
chrUn_NW_026528893v1 6
chrUn_NW_026528894v1 456
chrUn_NW_026528896v1 5
chrUn_NW_026528899v1 13
chrUn_NW_026528900v1 144
chrUn_NW_026528902v1 143
chrUn_NW_026528903v1 1421
chrUn_NW_026528917v1 376
chrUn_NW_026528926v1 128
chrUn_NW_026528928v1 1163
chrUn_NW_026528937v1 63
chrUn_NW_026528938v1 5
chrUn_NW_026528950v1 28
chrUn_NW_026528952v1 16
chrUn_NW_026528957v1 1045
chrUn_NW_026528960v1 239
chrUn_NW_026528975v1 253
chrUn_NW_026528984v1 80
chrUn_NW_026528985v1 8
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 8
chrUn_NW_026528988v1 155
chrUn_NW_026528989v1 16
chrUn_NW_026528992v1 2
chrUn_NW_026528995v1 2
chrUn_NW_026528996v1 42
chrUn_NW_026529007v1 597
chrUn_NW_026529008v1 5429
chrUn_NW_026529013v1 84
chrUn_NW_026529015v1 145
chrUn_NW_026529016v1 1410
chrUn_NW_026529060v1 1792
chrUn_NW_026529081v1 292
chrUn_NW_026529085v1 623
chrX 6015248
chrX_NW_026527892v1_random 658
chrX_NW_026527894v1_random 1339
chrX_NW_026527897v1_random 292
chrY 27120
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 35
chrY_NW_026527913v1_random 149
chrY_NW_026527914v1_random 866
chrY_NW_026527915v1_random 6
chrY_NW_026527919v1_random 37
chrY_NW_026527927v1_random 7
chrY_NW_026527932v1_random 13
chrY_NW_026527938v1_random 697
chrY_NW_026527939v1_random 45
chrY_NW_026527942v1_random 3
chrY_NW_026527948v1_random 1
chrY_NW_026527949v1_random 2585
chrY_NW_026527950v1_random 1380
chrY_NW_026527951v1_random 141
chrY_NW_026527955v1_random 98
chrY_NW_026527956v1_random 6187
chrY_NW_026527958v1_random 3070
chrY_NW_026527960v1_random 96
chrY_NW_026527961v1_random 268
chrY_NW_026527966v1_random 18369
chrY_NW_026527967v1_random 184
chrY_NW_026527968v1_random 1690
chrY_NW_026527969v1_random 19
chrY_NW_026527980v1_random 94

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 228045291 1 5037 158.48 149
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0073_2.gz 2.1 GB 4e2f2a11b5b598dbb7388441a58aa058
P0073_2.gz.tbi 1.06 MB 225d44ae01f6066bb4961db19d6ba618
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB 7c1429de0e7fd23abb416ff354e11c15
statistics/