Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0073_3.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0073_3.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0073_3.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0073_3 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			AAGTTAGCAATGAATG-P0073_3, ACTAGGCGTGTTGTAG-P0073_3, CATTTGTTCAACAAGG-P0073_3, ATGAAGCCATTATGCG-P0073_3, ATCCTGACACACTAAT-P0073_3 (top 5 of 334 values)
count	int	count			[1, 1]	n 23,385,724 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	23385724
chr1	1900833
chr2	1517990
chr3	1072139
chr4	1255371
chr5	1923466
chr6	1198259
chr7	1525011
chr8	891399
chr9	1122086
chr10	1263139
chr11	1262975
chr12	1259319
chr13	873377
chr14	876295
chr15	903094
chr16	674763
chr17	530869
chr18	451509
chr19	508683
chr20	485348
chr21	324425
chr22	952165
chrUn_NW_026528016v1	4
chrUn_NW_026528017v1	14
chrUn_NW_026528021v1	75
chrUn_NW_026528026v1	82
chrUn_NW_026528029v1	43
chrUn_NW_026528038v1	42
chrUn_NW_026528039v1	65
chrUn_NW_026528065v1	58
chrUn_NW_026528075v1	29
chrUn_NW_026528103v1	10
chrUn_NW_026528123v1	1
chrUn_NW_026528125v1	8
chrUn_NW_026528140v1	141
chrUn_NW_026528210v1	10
chrUn_NW_026528215v1	23
chrUn_NW_026528217v1	3
chrUn_NW_026528218v1	1
chrUn_NW_026528219v1	2
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	2
chrUn_NW_026528225v1	14
chrUn_NW_026528226v1	43
chrUn_NW_026528228v1	21
chrUn_NW_026528230v1	24
chrUn_NW_026528232v1	87
chrUn_NW_026528278v1	66
chrUn_NW_026528285v1	3
chrUn_NW_026528292v1	1
chrUn_NW_026528295v1	22
chrUn_NW_026528296v1	1697
chrUn_NW_026528310v1	13
chrUn_NW_026528320v1	1
chrUn_NW_026528327v1	12
chrUn_NW_026528332v1	4
chrUn_NW_026528335v1	1
chrUn_NW_026528338v1	14
chrUn_NW_026528339v1	2
chrUn_NW_026528345v1	5
chrUn_NW_026528347v1	3
chrUn_NW_026528350v1	2
chrUn_NW_026528353v1	3
chrUn_NW_026528363v1	39
chrUn_NW_026528370v1	61
chrUn_NW_026528371v1	93
chrUn_NW_026528372v1	33
chrUn_NW_026528373v1	74
chrUn_NW_026528378v1	3
chrUn_NW_026528380v1	1
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	2
chrUn_NW_026528384v1	4
chrUn_NW_026528385v1	6
chrUn_NW_026528390v1	2
chrUn_NW_026528393v1	3
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	1
chrUn_NW_026528403v1	2
chrUn_NW_026528408v1	1
chrUn_NW_026528409v1	2
chrUn_NW_026528412v1	1
chrUn_NW_026528416v1	2
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	17
chrUn_NW_026528431v1	14
chrUn_NW_026528432v1	58
chrUn_NW_026528433v1	1195
chrUn_NW_026528480v1	88
chrUn_NW_026528558v1	231
chrUn_NW_026528559v1	6
chrUn_NW_026528561v1	1
chrUn_NW_026528589v1	1
chrUn_NW_026528590v1	111
chrUn_NW_026528596v1	290
chrUn_NW_026528609v1	1
chrUn_NW_026528611v1	1
chrUn_NW_026528615v1	1
chrUn_NW_026528621v1	10
chrUn_NW_026528631v1	6
chrUn_NW_026528634v1	19
chrUn_NW_026528635v1	1
chrUn_NW_026528644v1	2
chrUn_NW_026528650v1	5
chrUn_NW_026528656v1	2
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	4
chrUn_NW_026528668v1	7
chrUn_NW_026528677v1	4
chrUn_NW_026528708v1	2
chrUn_NW_026528719v1	64
chrUn_NW_026528737v1	4
chrUn_NW_026528739v1	2
chrUn_NW_026528741v1	1
chrUn_NW_026528745v1	1
chrUn_NW_026528750v1	3
chrUn_NW_026528754v1	2
chrUn_NW_026528755v1	13
chrUn_NW_026528772v1	5
chrUn_NW_026528775v1	4
chrUn_NW_026528777v1	3
chrUn_NW_026528785v1	3
chrUn_NW_026528786v1	3
chrUn_NW_026528788v1	2
chrUn_NW_026528792v1	2
chrUn_NW_026528793v1	34
chrUn_NW_026528795v1	25
chrUn_NW_026528796v1	43
chrUn_NW_026528797v1	633
chrUn_NW_026528798v1	204
chrUn_NW_026528799v1	36
chrUn_NW_026528880v1	7
chrUn_NW_026528882v1	1
chrUn_NW_026528884v1	1
chrUn_NW_026528887v1	3
chrUn_NW_026528888v1	9
chrUn_NW_026528889v1	1
chrUn_NW_026528891v1	7
chrUn_NW_026528893v1	1
chrUn_NW_026528894v1	71
chrUn_NW_026528899v1	4
chrUn_NW_026528900v1	17
chrUn_NW_026528902v1	22
chrUn_NW_026528903v1	166
chrUn_NW_026528917v1	42
chrUn_NW_026528926v1	15
chrUn_NW_026528928v1	105
chrUn_NW_026528937v1	10
chrUn_NW_026528938v1	4
chrUn_NW_026528950v1	5
chrUn_NW_026528952v1	4
chrUn_NW_026528957v1	118
chrUn_NW_026528960v1	36
chrUn_NW_026528975v1	25
chrUn_NW_026528984v1	3
chrUn_NW_026528985v1	1
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528988v1	25
chrUn_NW_026528989v1	2
chrUn_NW_026528992v1	2
chrUn_NW_026528994v1	2
chrUn_NW_026528995v1	2
chrUn_NW_026528996v1	4
chrUn_NW_026529007v1	87
chrUn_NW_026529008v1	760
chrUn_NW_026529013v1	10
chrUn_NW_026529015v1	35
chrUn_NW_026529016v1	171
chrUn_NW_026529060v1	145
chrUn_NW_026529081v1	21
chrUn_NW_026529085v1	44
chrX	587414
chrX_NW_026527892v1_random	42
chrX_NW_026527894v1_random	102
chrX_NW_026527897v1_random	31
chrY	3171
chrY_NW_026527911v1_random	1
chrY_NW_026527913v1_random	11
chrY_NW_026527914v1_random	61
chrY_NW_026527919v1_random	1
chrY_NW_026527927v1_random	2
chrY_NW_026527932v1_random	4
chrY_NW_026527938v1_random	63
chrY_NW_026527939v1_random	5
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527948v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	213
chrY_NW_026527950v1_random	348
chrY_NW_026527951v1_random	34
chrY_NW_026527955v1_random	13
chrY_NW_026527956v1_random	2676
chrY_NW_026527958v1_random	1895
chrY_NW_026527960v1_random	14
chrY_NW_026527961v1_random	47
chrY_NW_026527966v1_random	8677
chrY_NW_026527967v1_random	30
chrY_NW_026527968v1_random	192
chrY_NW_026527969v1_random	7
chrY_NW_026527980v1_random	13

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	23385724	1	5009	215.29	185

Files

Filename	Size	md5
P0073_3.h5ad.gz	195.59 MB	27a1de9ded5ec4fa034445fa93817e82
P0073_3.h5ad.gz.tbi	545.12 KB	5b67998a06e2103f6984e84b8e41e34f
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	edbc211d12b5e6e1ffd5aabd3269ceca
statistics/