Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0073_3content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0073_3
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0073_3 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0073_3 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TGGTGATTCCGGTTAG-P0073_3, AAGTTAGCAATGAATG-P0073_3, CCGTTTGGTTCCGGGA-P0073_3, CCCAGTTTCCACCCTG-P0073_3, GTTCATTTCAGCAAAG-P0073_3 (top 5 of 720 values)
count	int	count			[1, 1]	n 84,618,538 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	84618538
chr1	6843499
chr2	5647068
chr3	4128153
chr4	4534052
chr5	6823463
chr6	4406761
chr7	5537129
chr8	3397799
chr9	4129591
chr10	4467356
chr11	4528109
chr12	4465811
chr13	3307436
chr14	3222165
chr15	3296688
chr16	2579846
chr17	1947756
chr18	1578084
chr19	1762884
chr20	1726336
chr21	1221955
chr22	2945704
chrUn_NW_026528016v1	11
chrUn_NW_026528017v1	43
chrUn_NW_026528021v1	310
chrUn_NW_026528026v1	227
chrUn_NW_026528029v1	166
chrUn_NW_026528038v1	225
chrUn_NW_026528039v1	329
chrUn_NW_026528065v1	137
chrUn_NW_026528075v1	93
chrUn_NW_026528103v1	23
chrUn_NW_026528123v1	3
chrUn_NW_026528125v1	24
chrUn_NW_026528140v1	312
chrUn_NW_026528210v1	42
chrUn_NW_026528215v1	70
chrUn_NW_026528217v1	4
chrUn_NW_026528218v1	2
chrUn_NW_026528219v1	4
chrUn_NW_026528220v1	2
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	5
chrUn_NW_026528224v1	1
chrUn_NW_026528225v1	44
chrUn_NW_026528226v1	72
chrUn_NW_026528228v1	92
chrUn_NW_026528230v1	101
chrUn_NW_026528232v1	563
chrUn_NW_026528259v1	5
chrUn_NW_026528278v1	271
chrUn_NW_026528285v1	11
chrUn_NW_026528292v1	6
chrUn_NW_026528295v1	73
chrUn_NW_026528296v1	6396
chrUn_NW_026528310v1	40
chrUn_NW_026528320v1	11
chrUn_NW_026528327v1	36
chrUn_NW_026528332v1	6
chrUn_NW_026528335v1	7
chrUn_NW_026528338v1	29
chrUn_NW_026528339v1	13
chrUn_NW_026528345v1	17
chrUn_NW_026528347v1	12
chrUn_NW_026528350v1	4
chrUn_NW_026528353v1	10
chrUn_NW_026528356v1	5
chrUn_NW_026528358v1	5
chrUn_NW_026528360v1	2
chrUn_NW_026528363v1	100
chrUn_NW_026528370v1	107
chrUn_NW_026528371v1	505
chrUn_NW_026528372v1	137
chrUn_NW_026528373v1	327
chrUn_NW_026528378v1	3
chrUn_NW_026528380v1	5
chrUn_NW_026528381v1	3
chrUn_NW_026528382v1	4
chrUn_NW_026528384v1	9
chrUn_NW_026528385v1	20
chrUn_NW_026528390v1	15
chrUn_NW_026528393v1	6
chrUn_NW_026528396v1	2
chrUn_NW_026528397v1	7
chrUn_NW_026528403v1	5
chrUn_NW_026528404v1	2
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	3
chrUn_NW_026528412v1	3
chrUn_NW_026528413v1	4
chrUn_NW_026528416v1	5
chrUn_NW_026528419v1	1
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	32
chrUn_NW_026528431v1	93
chrUn_NW_026528432v1	187
chrUn_NW_026528433v1	1992
chrUn_NW_026528440v1	2
chrUn_NW_026528471v1	1
chrUn_NW_026528480v1	242
chrUn_NW_026528558v1	717
chrUn_NW_026528559v1	21
chrUn_NW_026528561v1	2
chrUn_NW_026528588v1	5
chrUn_NW_026528589v1	7
chrUn_NW_026528590v1	401
chrUn_NW_026528596v1	882
chrUn_NW_026528609v1	7
chrUn_NW_026528611v1	3
chrUn_NW_026528615v1	7
chrUn_NW_026528621v1	72
chrUn_NW_026528631v1	45
chrUn_NW_026528634v1	99
chrUn_NW_026528635v1	3
chrUn_NW_026528644v1	5
chrUn_NW_026528650v1	22
chrUn_NW_026528656v1	5
chrUn_NW_026528660v1	2
chrUn_NW_026528661v1	14
chrUn_NW_026528668v1	18
chrUn_NW_026528677v1	11
chrUn_NW_026528708v1	8
chrUn_NW_026528719v1	235
chrUn_NW_026528737v1	14
chrUn_NW_026528739v1	4
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528741v1	2
chrUn_NW_026528745v1	3
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	8
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528752v1	1
chrUn_NW_026528754v1	6
chrUn_NW_026528755v1	39
chrUn_NW_026528772v1	12
chrUn_NW_026528775v1	12
chrUn_NW_026528777v1	6
chrUn_NW_026528784v1	10
chrUn_NW_026528785v1	6
chrUn_NW_026528786v1	10
chrUn_NW_026528788v1	9
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528792v1	6
chrUn_NW_026528793v1	87
chrUn_NW_026528795v1	95
chrUn_NW_026528796v1	151
chrUn_NW_026528797v1	1992
chrUn_NW_026528798v1	623
chrUn_NW_026528799v1	142
chrUn_NW_026528880v1	18
chrUn_NW_026528882v1	5
chrUn_NW_026528883v1	3
chrUn_NW_026528884v1	5
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528886v1	1
chrUn_NW_026528887v1	29
chrUn_NW_026528888v1	14
chrUn_NW_026528889v1	5
chrUn_NW_026528891v1	19
chrUn_NW_026528893v1	8
chrUn_NW_026528894v1	254
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	14
chrUn_NW_026528900v1	51
chrUn_NW_026528902v1	72
chrUn_NW_026528903v1	559
chrUn_NW_026528917v1	96
chrUn_NW_026528926v1	51
chrUn_NW_026528928v1	380
chrUn_NW_026528937v1	32
chrUn_NW_026528938v1	5
chrUn_NW_026528950v1	10
chrUn_NW_026528952v1	5
chrUn_NW_026528957v1	353
chrUn_NW_026528960v1	118
chrUn_NW_026528975v1	97
chrUn_NW_026528984v1	18
chrUn_NW_026528985v1	3
chrUn_NW_026528986v1	3
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	76
chrUn_NW_026528989v1	4
chrUn_NW_026528992v1	2
chrUn_NW_026528994v1	2
chrUn_NW_026528995v1	5
chrUn_NW_026528996v1	23
chrUn_NW_026529007v1	253
chrUn_NW_026529008v1	2603
chrUn_NW_026529013v1	38
chrUn_NW_026529015v1	71
chrUn_NW_026529016v1	444
chrUn_NW_026529060v1	780
chrUn_NW_026529081v1	72
chrUn_NW_026529085v1	220
chrX	2059685
chrX_NW_026527892v1_random	199
chrX_NW_026527894v1_random	471
chrX_NW_026527897v1_random	65
chrY	11810
chrY_NW_026527911v1_random	9
chrY_NW_026527913v1_random	54
chrY_NW_026527914v1_random	227
chrY_NW_026527919v1_random	10
chrY_NW_026527927v1_random	4
chrY_NW_026527932v1_random	9
chrY_NW_026527938v1_random	218
chrY_NW_026527939v1_random	8
chrY_NW_026527942v1_random	5
chrY_NW_026527948v1_random	1
chrY_NW_026527949v1_random	888
chrY_NW_026527950v1_random	708
chrY_NW_026527951v1_random	72
chrY_NW_026527955v1_random	33
chrY_NW_026527956v1_random	3661
chrY_NW_026527958v1_random	2537
chrY_NW_026527960v1_random	30
chrY_NW_026527961v1_random	143
chrY_NW_026527966v1_random	12961
chrY_NW_026527967v1_random	71
chrY_NW_026527968v1_random	600
chrY_NW_026527969v1_random	24
chrY_NW_026527980v1_random	39

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	84618538	1	5036	223.32	190

Files

Filename	Size	md5
P0073_3.gz	732.18 MB	f06b7338ec272e2d5ae9119b904ce267
P0073_3.gz.tbi	696.06 KB	1d1106bfc32d6492d8a04807e45aa287
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	5fdb451448cee6cd54fc77cfa9e85e21
statistics/