Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0073_4.h5adcontent_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0073_4.h5ad
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0073_4.h5ad
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0073_4
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell TGAGCACGTGCTGTAA-P0073_4, TGGATTCAGTAACGAG-P0073_4, CGCTAATAGGTGTCCA-P0073_4, CAGGGCTTCATGCAAC-P0073_4, AGGTTTGGTTGTAACG-P0073_4 (top 5 of 222 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
13,172,766
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 13172766
chr1 1102002
chr2 844238
chr3 620005
chr4 701386
chr5 1094939
chr6 656747
chr7 856760
chr8 494737
chr9 621124
chr10 690853
chr11 719189
chr12 717547
chr13 480366
chr14 482575
chr15 502626
chr16 366132
chr17 296869
chr18 256834
chr19 303989
chr20 279837
chr21 187706
chr22 543994
chrUn_NW_026528016v1 7
chrUn_NW_026528017v1 21
chrUn_NW_026528021v1 29
chrUn_NW_026528026v1 75
chrUn_NW_026528029v1 26
chrUn_NW_026528038v1 19
chrUn_NW_026528039v1 41
chrUn_NW_026528065v1 38
chrUn_NW_026528075v1 9
chrUn_NW_026528103v1 1
chrUn_NW_026528125v1 6
chrUn_NW_026528140v1 77
chrUn_NW_026528210v1 9
chrUn_NW_026528215v1 7
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 2
chrUn_NW_026528219v1 1
chrUn_NW_026528222v1 2
chrUn_NW_026528225v1 4
chrUn_NW_026528226v1 23
chrUn_NW_026528228v1 14
chrUn_NW_026528230v1 14
chrUn_NW_026528232v1 44
chrUn_NW_026528278v1 58
chrUn_NW_026528292v1 1
chrUn_NW_026528295v1 20
chrUn_NW_026528296v1 1090
chrUn_NW_026528310v1 22
chrUn_NW_026528320v1 3
chrUn_NW_026528327v1 17
chrUn_NW_026528332v1 2
chrUn_NW_026528335v1 4
chrUn_NW_026528338v1 10
chrUn_NW_026528339v1 5
chrUn_NW_026528345v1 6
chrUn_NW_026528347v1 3
chrUn_NW_026528350v1 3
chrUn_NW_026528353v1 6
chrUn_NW_026528356v1 6
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 37
chrUn_NW_026528370v1 36
chrUn_NW_026528371v1 47
chrUn_NW_026528372v1 17
chrUn_NW_026528373v1 60
chrUn_NW_026528380v1 1
chrUn_NW_026528384v1 1
chrUn_NW_026528385v1 2
chrUn_NW_026528390v1 3
chrUn_NW_026528393v1 1
chrUn_NW_026528397v1 5
chrUn_NW_026528403v1 1
chrUn_NW_026528412v1 1
chrUn_NW_026528413v1 1
chrUn_NW_026528416v1 3
chrUn_NW_026528419v1 1
chrUn_NW_026528423v1 9
chrUn_NW_026528431v1 15
chrUn_NW_026528432v1 78
chrUn_NW_026528433v1 724
chrUn_NW_026528480v1 129
chrUn_NW_026528558v1 210
chrUn_NW_026528559v1 9
chrUn_NW_026528589v1 1
chrUn_NW_026528590v1 67
chrUn_NW_026528596v1 298
chrUn_NW_026528609v1 2
chrUn_NW_026528611v1 2
chrUn_NW_026528615v1 1
chrUn_NW_026528621v1 11
chrUn_NW_026528631v1 8
chrUn_NW_026528634v1 22
chrUn_NW_026528644v1 2
chrUn_NW_026528650v1 3
chrUn_NW_026528656v1 2
chrUn_NW_026528661v1 1
chrUn_NW_026528668v1 2
chrUn_NW_026528670v1 2
chrUn_NW_026528677v1 1
chrUn_NW_026528708v1 3
chrUn_NW_026528719v1 58
chrUn_NW_026528737v1 1
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528745v1 1
chrUn_NW_026528748v1 1
chrUn_NW_026528750v1 3
chrUn_NW_026528755v1 12
chrUn_NW_026528772v1 3
chrUn_NW_026528775v1 3
chrUn_NW_026528777v1 2
chrUn_NW_026528785v1 1
chrUn_NW_026528786v1 4
chrUn_NW_026528788v1 1
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 1
chrUn_NW_026528793v1 17
chrUn_NW_026528795v1 5
chrUn_NW_026528796v1 25
chrUn_NW_026528797v1 346
chrUn_NW_026528798v1 110
chrUn_NW_026528799v1 25
chrUn_NW_026528880v1 3
chrUn_NW_026528882v1 1
chrUn_NW_026528883v1 1
chrUn_NW_026528884v1 4
chrUn_NW_026528885v1 1
chrUn_NW_026528887v1 1
chrUn_NW_026528888v1 4
chrUn_NW_026528891v1 4
chrUn_NW_026528894v1 43
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 2
chrUn_NW_026528900v1 5
chrUn_NW_026528902v1 13
chrUn_NW_026528903v1 91
chrUn_NW_026528917v1 31
chrUn_NW_026528926v1 12
chrUn_NW_026528928v1 67
chrUn_NW_026528937v1 4
chrUn_NW_026528950v1 3
chrUn_NW_026528952v1 1
chrUn_NW_026528957v1 106
chrUn_NW_026528960v1 22
chrUn_NW_026528975v1 15
chrUn_NW_026528984v1 4
chrUn_NW_026528985v1 2
chrUn_NW_026528986v1 1
chrUn_NW_026528987v1 1
chrUn_NW_026528988v1 9
chrUn_NW_026528989v1 1
chrUn_NW_026528996v1 13
chrUn_NW_026529007v1 50
chrUn_NW_026529008v1 468
chrUn_NW_026529013v1 8
chrUn_NW_026529015v1 9
chrUn_NW_026529016v1 118
chrUn_NW_026529060v1 70
chrUn_NW_026529081v1 22
chrUn_NW_026529085v1 23
chrX 334928
chrX_NW_026527892v1_random 32
chrX_NW_026527894v1_random 43
chrX_NW_026527897v1_random 18
chrY 2088
chrY_NW_026527913v1_random 8
chrY_NW_026527914v1_random 39
chrY_NW_026527919v1_random 1
chrY_NW_026527938v1_random 102
chrY_NW_026527939v1_random 3
chrY_NW_026527949v1_random 168
chrY_NW_026527950v1_random 148
chrY_NW_026527951v1_random 15
chrY_NW_026527955v1_random 11
chrY_NW_026527956v1_random 1700
chrY_NW_026527958v1_random 1265
chrY_NW_026527960v1_random 12
chrY_NW_026527961v1_random 24
chrY_NW_026527966v1_random 6088
chrY_NW_026527967v1_random 23
chrY_NW_026527968v1_random 181
chrY_NW_026527969v1_random 1
chrY_NW_026527980v1_random 11

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 13172766 1 5035 207.01 180
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0073_4.h5ad.gz 107.41 MB 607414626cf1d931e0c43f3e313c3757
P0073_4.h5ad.gz.tbi 582.13 KB b45937f5730b950e07d899278380ffe7
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.42 KB e7f97775d2ee132e73351ad8db0e0020
statistics/