Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0073_4content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0073_4
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0073_4 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0073_4 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TGAGCACGTGCTGTAA-P0073_4, TCTAATCTCTGGCATG-P0073_4, CAGTACCCATTCCTCG-P0073_4, CCGGTTAAGGAGGGTT-P0073_4, TCAGTGAGTTACGCGG-P0073_4 (top 5 of 443 values)
count	int	count			[1, 1]	n 43,063,802 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	43063802
chr1	3502983
chr2	2851939
chr3	2103582
chr4	2315557
chr5	3496440
chr6	2235803
chr7	2812238
chr8	1705192
chr9	2075783
chr10	2263438
chr11	2310747
chr12	2269714
chr13	1669431
chr14	1623116
chr15	1666110
chr16	1294102
chr17	980706
chr18	822996
chr19	917942
chr20	888742
chr21	638876
chr22	1531913
chrUn_NW_026528016v1	14
chrUn_NW_026528017v1	37
chrUn_NW_026528021v1	159
chrUn_NW_026528026v1	156
chrUn_NW_026528029v1	101
chrUn_NW_026528038v1	112
chrUn_NW_026528039v1	164
chrUn_NW_026528065v1	96
chrUn_NW_026528075v1	35
chrUn_NW_026528103v1	10
chrUn_NW_026528125v1	20
chrUn_NW_026528140v1	163
chrUn_NW_026528210v1	24
chrUn_NW_026528215v1	27
chrUn_NW_026528217v1	2
chrUn_NW_026528218v1	2
chrUn_NW_026528219v1	2
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	2
chrUn_NW_026528224v1	2
chrUn_NW_026528225v1	22
chrUn_NW_026528226v1	35
chrUn_NW_026528228v1	37
chrUn_NW_026528230v1	51
chrUn_NW_026528232v1	199
chrUn_NW_026528259v1	4
chrUn_NW_026528278v1	147
chrUn_NW_026528285v1	5
chrUn_NW_026528292v1	5
chrUn_NW_026528295v1	54
chrUn_NW_026528296v1	3517
chrUn_NW_026528310v1	42
chrUn_NW_026528320v1	5
chrUn_NW_026528327v1	31
chrUn_NW_026528332v1	7
chrUn_NW_026528335v1	5
chrUn_NW_026528338v1	19
chrUn_NW_026528339v1	12
chrUn_NW_026528345v1	10
chrUn_NW_026528347v1	6
chrUn_NW_026528350v1	7
chrUn_NW_026528353v1	10
chrUn_NW_026528356v1	14
chrUn_NW_026528358v1	3
chrUn_NW_026528360v1	6
chrUn_NW_026528363v1	57
chrUn_NW_026528370v1	64
chrUn_NW_026528371v1	226
chrUn_NW_026528372v1	74
chrUn_NW_026528373v1	272
chrUn_NW_026528380v1	1
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	9
chrUn_NW_026528385v1	4
chrUn_NW_026528390v1	10
chrUn_NW_026528393v1	4
chrUn_NW_026528397v1	9
chrUn_NW_026528403v1	2
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528409v1	1
chrUn_NW_026528412v1	2
chrUn_NW_026528413v1	3
chrUn_NW_026528416v1	7
chrUn_NW_026528419v1	2
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	22
chrUn_NW_026528431v1	57
chrUn_NW_026528432v1	145
chrUn_NW_026528433v1	1094
chrUn_NW_026528440v1	1
chrUn_NW_026528480v1	233
chrUn_NW_026528558v1	481
chrUn_NW_026528559v1	18
chrUn_NW_026528589v1	4
chrUn_NW_026528590v1	201
chrUn_NW_026528596v1	560
chrUn_NW_026528609v1	6
chrUn_NW_026528611v1	4
chrUn_NW_026528615v1	4
chrUn_NW_026528621v1	52
chrUn_NW_026528631v1	24
chrUn_NW_026528634v1	51
chrUn_NW_026528635v1	3
chrUn_NW_026528644v1	5
chrUn_NW_026528650v1	6
chrUn_NW_026528656v1	3
chrUn_NW_026528661v1	4
chrUn_NW_026528668v1	4
chrUn_NW_026528670v1	3
chrUn_NW_026528677v1	2
chrUn_NW_026528708v1	3
chrUn_NW_026528719v1	154
chrUn_NW_026528737v1	7
chrUn_NW_026528739v1	4
chrUn_NW_026528745v1	2
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528750v1	6
chrUn_NW_026528751v1	1
chrUn_NW_026528754v1	4
chrUn_NW_026528755v1	31
chrUn_NW_026528772v1	6
chrUn_NW_026528775v1	8
chrUn_NW_026528777v1	6
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	2
chrUn_NW_026528786v1	11
chrUn_NW_026528788v1	4
chrUn_NW_026528791v1	3
chrUn_NW_026528792v1	4
chrUn_NW_026528793v1	63
chrUn_NW_026528795v1	38
chrUn_NW_026528796v1	79
chrUn_NW_026528797v1	1110
chrUn_NW_026528798v1	315
chrUn_NW_026528799v1	96
chrUn_NW_026528880v1	13
chrUn_NW_026528882v1	2
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	5
chrUn_NW_026528885v1	2
chrUn_NW_026528887v1	17
chrUn_NW_026528888v1	7
chrUn_NW_026528889v1	3
chrUn_NW_026528891v1	16
chrUn_NW_026528893v1	2
chrUn_NW_026528894v1	107
chrUn_NW_026528896v1	1
chrUn_NW_026528899v1	4
chrUn_NW_026528900v1	30
chrUn_NW_026528902v1	33
chrUn_NW_026528903v1	298
chrUn_NW_026528917v1	76
chrUn_NW_026528926v1	25
chrUn_NW_026528928v1	191
chrUn_NW_026528937v1	11
chrUn_NW_026528950v1	7
chrUn_NW_026528952v1	3
chrUn_NW_026528957v1	233
chrUn_NW_026528960v1	66
chrUn_NW_026528975v1	43
chrUn_NW_026528984v1	15
chrUn_NW_026528985v1	3
chrUn_NW_026528986v1	1
chrUn_NW_026528987v1	2
chrUn_NW_026528988v1	36
chrUn_NW_026528989v1	5
chrUn_NW_026528992v1	2
chrUn_NW_026528994v1	2
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	17
chrUn_NW_026529007v1	167
chrUn_NW_026529008v1	1308
chrUn_NW_026529013v1	23
chrUn_NW_026529015v1	17
chrUn_NW_026529016v1	287
chrUn_NW_026529060v1	315
chrUn_NW_026529081v1	45
chrUn_NW_026529085v1	104
chrX	1050751
chrX_NW_026527892v1_random	125
chrX_NW_026527894v1_random	234
chrX_NW_026527897v1_random	41
chrY	6426
chrY_NW_026527909v1_random	1
chrY_NW_026527911v1_random	4
chrY_NW_026527913v1_random	34
chrY_NW_026527914v1_random	138
chrY_NW_026527916v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	7
chrY_NW_026527927v1_random	2
chrY_NW_026527932v1_random	1
chrY_NW_026527938v1_random	179
chrY_NW_026527939v1_random	6
chrY_NW_026527949v1_random	554
chrY_NW_026527950v1_random	320
chrY_NW_026527951v1_random	31
chrY_NW_026527955v1_random	24
chrY_NW_026527956v1_random	2302
chrY_NW_026527958v1_random	1597
chrY_NW_026527960v1_random	31
chrY_NW_026527961v1_random	69
chrY_NW_026527966v1_random	8462
chrY_NW_026527967v1_random	40
chrY_NW_026527968v1_random	417
chrY_NW_026527969v1_random	6
chrY_NW_026527980v1_random	19

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	43063802	1	5039	214.19	186

Files

Filename	Size	md5
P0073_4.gz	361.41 MB	2e79bf549d46e0f33519ee4289216928
P0073_4.gz.tbi	580.94 KB	f77aba246657b06f912993d14d016cd0
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	c3db37dc22cace5f5d52211b9bc52f02
statistics/