Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0074_1.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0074_1.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0074_1.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0074_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			ACAGCCGGTGGTGAGA-P0074_1, AGGTATTGTCCGCTGT-P0074_1, AGATGAAGTTCGCTTG-P0074_1, CGAAGTAAGCAGGTGG-P0074_1, GAAAGCCAGTGGACAA-P0074_1 (top 5 of 819 values)
count	int	count			[1, 1]	n 39,601,038 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	39601038
chr1	3212130
chr2	2601175
chr3	1832405
chr4	2117440
chr5	3310266
chr6	1992155
chr7	2573742
chr8	1512788
chr9	1955697
chr10	2085619
chr11	2122177
chr12	2094090
chr13	1521279
chr14	1483091
chr15	1574684
chr16	1180769
chr17	875602
chr18	743122
chr19	835357
chr20	802506
chr21	581149
chr22	1575752
chrUn_NW_026528016v1	6
chrUn_NW_026528017v1	21
chrUn_NW_026528021v1	194
chrUn_NW_026528026v1	120
chrUn_NW_026528029v1	88
chrUn_NW_026528038v1	133
chrUn_NW_026528039v1	105
chrUn_NW_026528065v1	45
chrUn_NW_026528075v1	70
chrUn_NW_026528103v1	7
chrUn_NW_026528123v1	2
chrUn_NW_026528125v1	26
chrUn_NW_026528140v1	137
chrUn_NW_026528210v1	30
chrUn_NW_026528215v1	51
chrUn_NW_026528219v1	1
chrUn_NW_026528221v1	1
chrUn_NW_026528222v1	1
chrUn_NW_026528224v1	4
chrUn_NW_026528225v1	13
chrUn_NW_026528226v1	33
chrUn_NW_026528228v1	31
chrUn_NW_026528230v1	50
chrUn_NW_026528232v1	207
chrUn_NW_026528259v1	3
chrUn_NW_026528278v1	115
chrUn_NW_026528285v1	15
chrUn_NW_026528292v1	2
chrUn_NW_026528295v1	68
chrUn_NW_026528296v1	2511
chrUn_NW_026528310v1	33
chrUn_NW_026528320v1	3
chrUn_NW_026528327v1	4
chrUn_NW_026528332v1	9
chrUn_NW_026528335v1	6
chrUn_NW_026528338v1	10
chrUn_NW_026528339v1	8
chrUn_NW_026528345v1	5
chrUn_NW_026528347v1	2
chrUn_NW_026528350v1	7
chrUn_NW_026528353v1	9
chrUn_NW_026528356v1	5
chrUn_NW_026528363v1	54
chrUn_NW_026528370v1	47
chrUn_NW_026528371v1	224
chrUn_NW_026528372v1	76
chrUn_NW_026528373v1	171
chrUn_NW_026528378v1	1
chrUn_NW_026528380v1	2
chrUn_NW_026528384v1	4
chrUn_NW_026528385v1	8
chrUn_NW_026528390v1	5
chrUn_NW_026528393v1	3
chrUn_NW_026528396v1	2
chrUn_NW_026528397v1	10
chrUn_NW_026528402v1	1
chrUn_NW_026528403v1	3
chrUn_NW_026528408v1	2
chrUn_NW_026528412v1	5
chrUn_NW_026528413v1	3
chrUn_NW_026528416v1	2
chrUn_NW_026528419v1	2
chrUn_NW_026528423v1	11
chrUn_NW_026528431v1	82
chrUn_NW_026528432v1	141
chrUn_NW_026528433v1	962
chrUn_NW_026528440v1	2
chrUn_NW_026528480v1	134
chrUn_NW_026528558v1	391
chrUn_NW_026528559v1	15
chrUn_NW_026528588v1	2
chrUn_NW_026528589v1	5
chrUn_NW_026528590v1	331
chrUn_NW_026528596v1	508
chrUn_NW_026528609v1	5
chrUn_NW_026528611v1	1
chrUn_NW_026528615v1	7
chrUn_NW_026528621v1	34
chrUn_NW_026528631v1	12
chrUn_NW_026528634v1	55
chrUn_NW_026528644v1	4
chrUn_NW_026528650v1	3
chrUn_NW_026528661v1	1
chrUn_NW_026528668v1	2
chrUn_NW_026528677v1	7
chrUn_NW_026528708v1	1
chrUn_NW_026528719v1	96
chrUn_NW_026528737v1	12
chrUn_NW_026528739v1	1
chrUn_NW_026528745v1	4
chrUn_NW_026528750v1	7
chrUn_NW_026528754v1	1
chrUn_NW_026528755v1	32
chrUn_NW_026528772v1	5
chrUn_NW_026528775v1	2
chrUn_NW_026528777v1	1
chrUn_NW_026528784v1	3
chrUn_NW_026528785v1	7
chrUn_NW_026528786v1	5
chrUn_NW_026528788v1	5
chrUn_NW_026528791v1	1
chrUn_NW_026528793v1	32
chrUn_NW_026528795v1	21
chrUn_NW_026528796v1	66
chrUn_NW_026528797v1	903
chrUn_NW_026528798v1	283
chrUn_NW_026528799v1	46
chrUn_NW_026528880v1	7
chrUn_NW_026528882v1	3
chrUn_NW_026528884v1	2
chrUn_NW_026528885v1	1
chrUn_NW_026528887v1	12
chrUn_NW_026528888v1	8
chrUn_NW_026528889v1	3
chrUn_NW_026528891v1	14
chrUn_NW_026528894v1	103
chrUn_NW_026528899v1	5
chrUn_NW_026528900v1	21
chrUn_NW_026528902v1	35
chrUn_NW_026528903v1	236
chrUn_NW_026528917v1	94
chrUn_NW_026528926v1	38
chrUn_NW_026528928v1	212
chrUn_NW_026528937v1	9
chrUn_NW_026528938v1	1
chrUn_NW_026528950v1	1
chrUn_NW_026528952v1	7
chrUn_NW_026528957v1	206
chrUn_NW_026528960v1	49
chrUn_NW_026528975v1	40
chrUn_NW_026528984v1	6
chrUn_NW_026528985v1	1
chrUn_NW_026528987v1	3
chrUn_NW_026528988v1	49
chrUn_NW_026528989v1	5
chrUn_NW_026528996v1	7
chrUn_NW_026529007v1	95
chrUn_NW_026529008v1	974
chrUn_NW_026529013v1	9
chrUn_NW_026529015v1	30
chrUn_NW_026529016v1	251
chrUn_NW_026529060v1	242
chrUn_NW_026529081v1	46
chrUn_NW_026529085v1	92
chrX	993209
chrX_NW_026527892v1_random	109
chrX_NW_026527894v1_random	128
chrX_NW_026527897v1_random	47
chrY	4862
chrY_NW_026527911v1_random	1
chrY_NW_026527913v1_random	6
chrY_NW_026527914v1_random	129
chrY_NW_026527919v1_random	6
chrY_NW_026527932v1_random	1
chrY_NW_026527938v1_random	121
chrY_NW_026527939v1_random	4
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	467
chrY_NW_026527950v1_random	297
chrY_NW_026527951v1_random	23
chrY_NW_026527955v1_random	18
chrY_NW_026527956v1_random	1519
chrY_NW_026527958v1_random	705
chrY_NW_026527960v1_random	15
chrY_NW_026527961v1_random	63
chrY_NW_026527966v1_random	3887
chrY_NW_026527967v1_random	42
chrY_NW_026527968v1_random	375
chrY_NW_026527980v1_random	25

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	39601038	1	5041	137.46	112

Files

Filename	Size	md5
P0074_1.h5ad.gz	365.24 MB	64e1778752241500ce89b980489f3fbe
P0074_1.h5ad.gz.tbi	581.45 KB	4387a21ce13e76e37f5b2c87f80a1ba6
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	04a067f5408ca31b7f53f140f9a839be
statistics/