Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0074_1content_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0074_1
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0074_1 modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0074_1 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			ATAGGTACATCCTAGA-P0074_1, CTTGGACCAAAGCGCA-P0074_1, ACAGCCGGTGGTGAGA-P0074_1, GCGAGTGAGGGACCTC-P0074_1, TTCCCACAGCACAGGG-P0074_1 (top 5 of 4328 values)
count	int	count			[1, 1]	n 283,899,489 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	283899489
chr1	22854063
chr2	19076362
chr3	13748753
chr4	15192190
chr5	23235389
chr6	14571175
chr7	18395671
chr8	11273234
chr9	14132590
chr10	15059189
chr11	15256425
chr12	14825095
chr13	11035816
chr14	10776012
chr15	10963781
chr16	8748463
chr17	6466021
chr18	5291608
chr19	5953248
chr20	5424570
chr21	4216353
chr22	10337221
chrUn_NW_026528016v1	27
chrUn_NW_026528017v1	111
chrUn_NW_026528021v1	1258
chrUn_NW_026528026v1	651
chrUn_NW_026528029v1	604
chrUn_NW_026528038v1	756
chrUn_NW_026528039v1	1009
chrUn_NW_026528065v1	315
chrUn_NW_026528075v1	246
chrUn_NW_026528103v1	45
chrUn_NW_026528123v1	6
chrUn_NW_026528125v1	93
chrUn_NW_026528140v1	921
chrUn_NW_026528210v1	192
chrUn_NW_026528215v1	298
chrUn_NW_026528217v1	4
chrUn_NW_026528218v1	8
chrUn_NW_026528219v1	23
chrUn_NW_026528220v1	1
chrUn_NW_026528221v1	2
chrUn_NW_026528222v1	6
chrUn_NW_026528224v1	9
chrUn_NW_026528225v1	99
chrUn_NW_026528226v1	114
chrUn_NW_026528228v1	231
chrUn_NW_026528230v1	317
chrUn_NW_026528232v1	2357
chrUn_NW_026528259v1	8
chrUn_NW_026528278v1	1146
chrUn_NW_026528285v1	56
chrUn_NW_026528292v1	15
chrUn_NW_026528295v1	242
chrUn_NW_026528296v1	19340
chrUn_NW_026528310v1	176
chrUn_NW_026528320v1	31
chrUn_NW_026528327v1	18
chrUn_NW_026528332v1	55
chrUn_NW_026528335v1	15
chrUn_NW_026528338v1	64
chrUn_NW_026528339v1	58
chrUn_NW_026528345v1	36
chrUn_NW_026528347v1	9
chrUn_NW_026528350v1	30
chrUn_NW_026528353v1	46
chrUn_NW_026528356v1	27
chrUn_NW_026528360v1	2
chrUn_NW_026528363v1	287
chrUn_NW_026528370v1	192
chrUn_NW_026528371v1	1456
chrUn_NW_026528372v1	542
chrUn_NW_026528373v1	1239
chrUn_NW_026528378v1	8
chrUn_NW_026528380v1	9
chrUn_NW_026528381v1	1
chrUn_NW_026528382v1	7
chrUn_NW_026528384v1	31
chrUn_NW_026528385v1	49
chrUn_NW_026528390v1	24
chrUn_NW_026528393v1	22
chrUn_NW_026528396v1	7
chrUn_NW_026528397v1	29
chrUn_NW_026528402v1	4
chrUn_NW_026528403v1	8
chrUn_NW_026528404v1	2
chrUn_NW_026528408v1	12
chrUn_NW_026528409v1	18
chrUn_NW_026528412v1	20
chrUn_NW_026528413v1	8
chrUn_NW_026528416v1	14
chrUn_NW_026528419v1	4
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	87
chrUn_NW_026528431v1	394
chrUn_NW_026528432v1	734
chrUn_NW_026528433v1	5003
chrUn_NW_026528440v1	11
chrUn_NW_026528480v1	634
chrUn_NW_026528558v1	1755
chrUn_NW_026528559v1	62
chrUn_NW_026528561v1	6
chrUn_NW_026528588v1	14
chrUn_NW_026528589v1	25
chrUn_NW_026528590v1	1816
chrUn_NW_026528596v1	2856
chrUn_NW_026528609v1	35
chrUn_NW_026528611v1	16
chrUn_NW_026528615v1	21
chrUn_NW_026528621v1	337
chrUn_NW_026528631v1	109
chrUn_NW_026528634v1	319
chrUn_NW_026528635v1	5
chrUn_NW_026528644v1	10
chrUn_NW_026528650v1	24
chrUn_NW_026528656v1	2
chrUn_NW_026528660v1	1
chrUn_NW_026528661v1	36
chrUn_NW_026528668v1	21
chrUn_NW_026528670v1	1
chrUn_NW_026528677v1	29
chrUn_NW_026528708v1	12
chrUn_NW_026528719v1	601
chrUn_NW_026528737v1	54
chrUn_NW_026528739v1	4
chrUn_NW_026528740v1	1
chrUn_NW_026528745v1	18
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528749v1	2
chrUn_NW_026528750v1	29
chrUn_NW_026528754v1	13
chrUn_NW_026528755v1	157
chrUn_NW_026528772v1	27
chrUn_NW_026528775v1	13
chrUn_NW_026528777v1	8
chrUn_NW_026528784v1	18
chrUn_NW_026528785v1	20
chrUn_NW_026528786v1	22
chrUn_NW_026528788v1	12
chrUn_NW_026528791v1	2
chrUn_NW_026528793v1	198
chrUn_NW_026528795v1	229
chrUn_NW_026528796v1	404
chrUn_NW_026528797v1	6397
chrUn_NW_026528798v1	1797
chrUn_NW_026528799v1	361
chrUn_NW_026528880v1	43
chrUn_NW_026528882v1	15
chrUn_NW_026528883v1	3
chrUn_NW_026528884v1	18
chrUn_NW_026528885v1	5
chrUn_NW_026528887v1	95
chrUn_NW_026528888v1	27
chrUn_NW_026528889v1	21
chrUn_NW_026528891v1	75
chrUn_NW_026528893v1	8
chrUn_NW_026528894v1	612
chrUn_NW_026528896v1	4
chrUn_NW_026528899v1	30
chrUn_NW_026528900v1	192
chrUn_NW_026528902v1	199
chrUn_NW_026528903v1	1881
chrUn_NW_026528917v1	414
chrUn_NW_026528926v1	143
chrUn_NW_026528928v1	985
chrUn_NW_026528937v1	47
chrUn_NW_026528938v1	5
chrUn_NW_026528950v1	11
chrUn_NW_026528952v1	16
chrUn_NW_026528957v1	926
chrUn_NW_026528960v1	439
chrUn_NW_026528975v1	200
chrUn_NW_026528984v1	114
chrUn_NW_026528985v1	12
chrUn_NW_026528986v1	3
chrUn_NW_026528987v1	17
chrUn_NW_026528988v1	388
chrUn_NW_026528989v1	46
chrUn_NW_026528992v1	3
chrUn_NW_026528994v1	1
chrUn_NW_026528995v1	2
chrUn_NW_026528996v1	60
chrUn_NW_026529007v1	642
chrUn_NW_026529008v1	6327
chrUn_NW_026529013v1	72
chrUn_NW_026529015v1	128
chrUn_NW_026529016v1	1191
chrUn_NW_026529060v1	2311
chrUn_NW_026529081v1	329
chrUn_NW_026529085v1	1034
chrX	6914617
chrX_NW_026527892v1_random	697
chrX_NW_026527894v1_random	1514
chrX_NW_026527897v1_random	261
chrY	34248
chrY_NW_026527911v1_random	26
chrY_NW_026527913v1_random	151
chrY_NW_026527914v1_random	995
chrY_NW_026527915v1_random	4
chrY_NW_026527919v1_random	39
chrY_NW_026527927v1_random	4
chrY_NW_026527932v1_random	15
chrY_NW_026527938v1_random	630
chrY_NW_026527939v1_random	37
chrY_NW_026527942v1_random	7
chrY_NW_026527949v1_random	3534
chrY_NW_026527950v1_random	1616
chrY_NW_026527951v1_random	147
chrY_NW_026527955v1_random	117
chrY_NW_026527956v1_random	5625
chrY_NW_026527958v1_random	2462
chrY_NW_026527960v1_random	111
chrY_NW_026527961v1_random	368
chrY_NW_026527966v1_random	17018
chrY_NW_026527967v1_random	312
chrY_NW_026527968v1_random	2578
chrY_NW_026527969v1_random	31
chrY_NW_026527980v1_random	167

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	283899489	1	5041	141.89	126

Files

Filename	Size	md5
P0074_1.gz	2.64 GB	b896432131a526369c621311fe9aa13f
P0074_1.gz.tbi	1.17 MB	da72d1406ff7835174eb1fd464d913e5
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.41 KB	84c003a2d9a98c726ab12fd3199b7278
statistics/