Resource

Id	summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0074_2.h5adcontent_copy
Type	fragment_score
Version	0
Summary	ATAC fragments for marmoset from library P0074_2.h5ad
Description
Labels	assay: 10x_Multiome brain_region: basal ganglia cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data data_types: fragments dataset: johansen2025Crossspecies library: P0074_2.h5ad modalities: ATAC processing_level: aligned reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4 resolution: single_nucleus sample_id: P0074_2 sequencing_platform: Illumina species: marmoset vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID	Type	Default annotation	Description	Histogram	Range	Summary
cell	str	cell			TGAGGCACAAATGCCC-P0074_2, TGGCCTTTCCCGTTGT-P0074_2, TAGTTGTCAACACTTG-P0074_2, TGAGCCGGTTATGTGG-P0074_2, GTTCCTGGTAATCCCT-P0074_2 (top 5 of 1024 values)
count	int	count			[1, 1]	n 50,945,355 mean 1 sd 0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome	Fragments
all chromosomes	50945355
chr1	4092467
chr2	3369281
chr3	2353861
chr4	2740149
chr5	4238341
chr6	2626255
chr7	3318963
chr8	1939425
chr9	2502039
chr10	2667950
chr11	2720806
chr12	2705947
chr13	1967335
chr14	1923933
chr15	2007240
chr16	1520299
chr17	1147138
chr18	969513
chr19	1084063
chr20	1029416
chr21	743929
chr22	1995144
chrUn_NW_026528016v1	9
chrUn_NW_026528017v1	31
chrUn_NW_026528021v1	200
chrUn_NW_026528026v1	156
chrUn_NW_026528029v1	118
chrUn_NW_026528038v1	140
chrUn_NW_026528039v1	133
chrUn_NW_026528065v1	47
chrUn_NW_026528075v1	62
chrUn_NW_026528103v1	3
chrUn_NW_026528125v1	19
chrUn_NW_026528140v1	156
chrUn_NW_026528210v1	23
chrUn_NW_026528215v1	78
chrUn_NW_026528218v1	2
chrUn_NW_026528219v1	3
chrUn_NW_026528222v1	1
chrUn_NW_026528224v1	5
chrUn_NW_026528225v1	26
chrUn_NW_026528226v1	47
chrUn_NW_026528228v1	45
chrUn_NW_026528230v1	58
chrUn_NW_026528232v1	292
chrUn_NW_026528259v1	1
chrUn_NW_026528278v1	154
chrUn_NW_026528285v1	6
chrUn_NW_026528292v1	4
chrUn_NW_026528295v1	59
chrUn_NW_026528296v1	3406
chrUn_NW_026528310v1	49
chrUn_NW_026528320v1	3
chrUn_NW_026528327v1	5
chrUn_NW_026528332v1	13
chrUn_NW_026528335v1	2
chrUn_NW_026528338v1	21
chrUn_NW_026528339v1	14
chrUn_NW_026528345v1	7
chrUn_NW_026528347v1	2
chrUn_NW_026528350v1	7
chrUn_NW_026528353v1	12
chrUn_NW_026528356v1	4
chrUn_NW_026528358v1	2
chrUn_NW_026528363v1	61
chrUn_NW_026528370v1	47
chrUn_NW_026528371v1	276
chrUn_NW_026528372v1	107
chrUn_NW_026528373v1	242
chrUn_NW_026528378v1	1
chrUn_NW_026528380v1	1
chrUn_NW_026528382v1	1
chrUn_NW_026528384v1	5
chrUn_NW_026528385v1	11
chrUn_NW_026528390v1	6
chrUn_NW_026528393v1	4
chrUn_NW_026528396v1	1
chrUn_NW_026528397v1	2
chrUn_NW_026528403v1	1
chrUn_NW_026528408v1	1
chrUn_NW_026528409v1	2
chrUn_NW_026528412v1	8
chrUn_NW_026528413v1	2
chrUn_NW_026528416v1	1
chrUn_NW_026528420v1	1
chrUn_NW_026528423v1	22
chrUn_NW_026528431v1	88
chrUn_NW_026528432v1	126
chrUn_NW_026528433v1	1134
chrUn_NW_026528440v1	4
chrUn_NW_026528480v1	171
chrUn_NW_026528558v1	477
chrUn_NW_026528559v1	17
chrUn_NW_026528588v1	3
chrUn_NW_026528589v1	5
chrUn_NW_026528590v1	404
chrUn_NW_026528596v1	523
chrUn_NW_026528609v1	6
chrUn_NW_026528611v1	3
chrUn_NW_026528615v1	3
chrUn_NW_026528621v1	42
chrUn_NW_026528631v1	24
chrUn_NW_026528634v1	67
chrUn_NW_026528635v1	1
chrUn_NW_026528644v1	2
chrUn_NW_026528650v1	11
chrUn_NW_026528656v1	1
chrUn_NW_026528661v1	5
chrUn_NW_026528668v1	6
chrUn_NW_026528670v1	2
chrUn_NW_026528677v1	9
chrUn_NW_026528708v1	3
chrUn_NW_026528719v1	106
chrUn_NW_026528737v1	14
chrUn_NW_026528745v1	4
chrUn_NW_026528748v1	2
chrUn_NW_026528749v1	1
chrUn_NW_026528750v1	5
chrUn_NW_026528754v1	5
chrUn_NW_026528755v1	34
chrUn_NW_026528772v1	6
chrUn_NW_026528775v1	1
chrUn_NW_026528784v1	4
chrUn_NW_026528785v1	3
chrUn_NW_026528786v1	4
chrUn_NW_026528788v1	1
chrUn_NW_026528792v1	1
chrUn_NW_026528793v1	51
chrUn_NW_026528795v1	40
chrUn_NW_026528796v1	71
chrUn_NW_026528797v1	1170
chrUn_NW_026528798v1	391
chrUn_NW_026528799v1	59
chrUn_NW_026528880v1	9
chrUn_NW_026528882v1	2
chrUn_NW_026528883v1	1
chrUn_NW_026528884v1	4
chrUn_NW_026528885v1	3
chrUn_NW_026528887v1	12
chrUn_NW_026528888v1	7
chrUn_NW_026528889v1	5
chrUn_NW_026528891v1	9
chrUn_NW_026528893v1	1
chrUn_NW_026528894v1	152
chrUn_NW_026528896v1	2
chrUn_NW_026528899v1	5
chrUn_NW_026528900v1	27
chrUn_NW_026528902v1	30
chrUn_NW_026528903v1	348
chrUn_NW_026528917v1	134
chrUn_NW_026528926v1	28
chrUn_NW_026528928v1	208
chrUn_NW_026528937v1	9
chrUn_NW_026528938v1	1
chrUn_NW_026528950v1	4
chrUn_NW_026528957v1	256
chrUn_NW_026528960v1	41
chrUn_NW_026528975v1	48
chrUn_NW_026528984v1	9
chrUn_NW_026528985v1	2
chrUn_NW_026528987v1	4
chrUn_NW_026528988v1	58
chrUn_NW_026528989v1	5
chrUn_NW_026528995v1	1
chrUn_NW_026528996v1	17
chrUn_NW_026529007v1	125
chrUn_NW_026529008v1	1263
chrUn_NW_026529013v1	25
chrUn_NW_026529015v1	33
chrUn_NW_026529016v1	246
chrUn_NW_026529060v1	394
chrUn_NW_026529081v1	65
chrUn_NW_026529085v1	138
chrX	1251365
chrX_NW_026527892v1_random	120
chrX_NW_026527894v1_random	185
chrX_NW_026527897v1_random	70
chrY	5892
chrY_NW_026527911v1_random	10
chrY_NW_026527913v1_random	26
chrY_NW_026527914v1_random	165
chrY_NW_026527915v1_random	1
chrY_NW_026527919v1_random	8
chrY_NW_026527927v1_random	1
chrY_NW_026527932v1_random	2
chrY_NW_026527938v1_random	165
chrY_NW_026527939v1_random	12
chrY_NW_026527942v1_random	2
chrY_NW_026527949v1_random	561
chrY_NW_026527950v1_random	442
chrY_NW_026527951v1_random	47
chrY_NW_026527955v1_random	24
chrY_NW_026527956v1_random	1595
chrY_NW_026527958v1_random	775
chrY_NW_026527960v1_random	25
chrY_NW_026527961v1_random	86
chrY_NW_026527966v1_random	4646
chrY_NW_026527967v1_random	75
chrY_NW_026527968v1_random	459
chrY_NW_026527969v1_random	4
chrY_NW_026527980v1_random	29

Fragment lengths

	fragments	min	max	mean	median
fragments	50945355	1	5003	144.27	125

Files

Filename	Size	md5
P0074_2.h5ad.gz	473.35 MB	36bc23d7de8f48f5c8d921b5cb09c31f
P0074_2.h5ad.gz.tbi	606.93 KB	38034b70a2a7a3bd94d85147f00cd31f
fragment_count_dist_plot.py	853.0 B	9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml	1.42 KB	cd8ce3b29949985d92a9d6f7216fffce
statistics/