Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/atac_fragments/marmoset/P0074_3content_copy
Type fragment_score
Version 0
Summary ATAC fragments for marmoset from library P0074_3
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_meta_resource_id: summary/johansen2025Crossspecies/10x_multiomics_cell_meta_data
  • data_types: fragments
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • library: P0074_3
  • modalities: ATAC
  • processing_level: aligned
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: single_nucleus
  • sample_id: P0074_3
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (2)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
cell str

cell
HISTOGRAM FOR cell CTGAATATCGGTTCCT-P0074_3, GCAAGCCTCGATATTG-P0074_3, CTCTAAGCATCGTTCT-P0074_3, AGTAATGCAGGCTACT-P0074_3, GCACGAACAATATGGA-P0074_3 (top 5 of 5845 values)
count int

count
HISTOGRAM FOR count [1, 1]
n
300,890,610
mean
1
sd
0

n counts fragments; sd is the population standard deviation.

Fragments

Chromosome Fragments
all chromosomes 300890610
chr1 23690639
chr2 19668945
chr3 13840101
chr4 16632438
chr5 24976008
chr6 14812672
chr7 19677483
chr8 11799686
chr9 15166933
chr10 16713583
chr11 16373332
chr12 15826741
chr13 11607503
chr14 11538368
chr15 11665086
chr16 8681682
chr17 6559799
chr18 5874595
chr19 6425399
chr20 5863150
chr21 4230187
chr22 12289775
chrUn_NW_026528016v1 27
chrUn_NW_026528017v1 84
chrUn_NW_026528021v1 1137
chrUn_NW_026528026v1 481
chrUn_NW_026528029v1 619
chrUn_NW_026528038v1 673
chrUn_NW_026528039v1 975
chrUn_NW_026528065v1 363
chrUn_NW_026528075v1 163
chrUn_NW_026528103v1 39
chrUn_NW_026528123v1 5
chrUn_NW_026528125v1 58
chrUn_NW_026528140v1 649
chrUn_NW_026528210v1 143
chrUn_NW_026528215v1 195
chrUn_NW_026528217v1 1
chrUn_NW_026528218v1 8
chrUn_NW_026528219v1 9
chrUn_NW_026528221v1 3
chrUn_NW_026528222v1 6
chrUn_NW_026528224v1 6
chrUn_NW_026528225v1 52
chrUn_NW_026528226v1 190
chrUn_NW_026528228v1 221
chrUn_NW_026528230v1 261
chrUn_NW_026528232v1 4018
chrUn_NW_026528259v1 6
chrUn_NW_026528278v1 824
chrUn_NW_026528285v1 56
chrUn_NW_026528292v1 18
chrUn_NW_026528295v1 202
chrUn_NW_026528296v1 19467
chrUn_NW_026528310v1 114
chrUn_NW_026528320v1 25
chrUn_NW_026528327v1 12
chrUn_NW_026528332v1 26
chrUn_NW_026528335v1 12
chrUn_NW_026528338v1 43
chrUn_NW_026528339v1 38
chrUn_NW_026528345v1 19
chrUn_NW_026528347v1 7
chrUn_NW_026528350v1 13
chrUn_NW_026528353v1 25
chrUn_NW_026528356v1 8
chrUn_NW_026528358v1 3
chrUn_NW_026528360v1 2
chrUn_NW_026528363v1 184
chrUn_NW_026528370v1 269
chrUn_NW_026528371v1 2062
chrUn_NW_026528372v1 291
chrUn_NW_026528373v1 1069
chrUn_NW_026528378v1 8
chrUn_NW_026528380v1 9
chrUn_NW_026528382v1 4
chrUn_NW_026528384v1 16
chrUn_NW_026528385v1 35
chrUn_NW_026528390v1 16
chrUn_NW_026528393v1 7
chrUn_NW_026528396v1 4
chrUn_NW_026528397v1 10
chrUn_NW_026528402v1 4
chrUn_NW_026528403v1 7
chrUn_NW_026528404v1 1
chrUn_NW_026528408v1 3
chrUn_NW_026528409v1 11
chrUn_NW_026528412v1 6
chrUn_NW_026528413v1 2
chrUn_NW_026528416v1 5
chrUn_NW_026528419v1 4
chrUn_NW_026528420v1 1
chrUn_NW_026528423v1 54
chrUn_NW_026528431v1 265
chrUn_NW_026528432v1 601
chrUn_NW_026528433v1 7066
chrUn_NW_026528440v1 8
chrUn_NW_026528471v1 1
chrUn_NW_026528480v1 417
chrUn_NW_026528558v1 1382
chrUn_NW_026528559v1 65
chrUn_NW_026528561v1 3
chrUn_NW_026528588v1 10
chrUn_NW_026528589v1 17
chrUn_NW_026528590v1 1205
chrUn_NW_026528596v1 2004
chrUn_NW_026528609v1 38
chrUn_NW_026528611v1 10
chrUn_NW_026528615v1 10
chrUn_NW_026528621v1 448
chrUn_NW_026528631v1 261
chrUn_NW_026528634v1 203
chrUn_NW_026528635v1 5
chrUn_NW_026528644v1 8
chrUn_NW_026528650v1 25
chrUn_NW_026528656v1 1
chrUn_NW_026528660v1 1
chrUn_NW_026528661v1 20
chrUn_NW_026528668v1 23
chrUn_NW_026528677v1 21
chrUn_NW_026528708v1 4
chrUn_NW_026528719v1 577
chrUn_NW_026528737v1 29
chrUn_NW_026528739v1 1
chrUn_NW_026528740v1 1
chrUn_NW_026528741v1 1
chrUn_NW_026528745v1 12
chrUn_NW_026528748v1 5
chrUn_NW_026528749v1 1
chrUn_NW_026528750v1 14
chrUn_NW_026528751v1 1
chrUn_NW_026528752v1 3
chrUn_NW_026528754v1 16
chrUn_NW_026528755v1 83
chrUn_NW_026528772v1 20
chrUn_NW_026528775v1 13
chrUn_NW_026528777v1 8
chrUn_NW_026528784v1 8
chrUn_NW_026528785v1 11
chrUn_NW_026528786v1 15
chrUn_NW_026528788v1 5
chrUn_NW_026528791v1 1
chrUn_NW_026528792v1 2
chrUn_NW_026528793v1 153
chrUn_NW_026528795v1 120
chrUn_NW_026528796v1 303
chrUn_NW_026528797v1 4129
chrUn_NW_026528798v1 2271
chrUn_NW_026528799v1 668
chrUn_NW_026528880v1 42
chrUn_NW_026528882v1 7
chrUn_NW_026528883v1 2
chrUn_NW_026528884v1 8
chrUn_NW_026528885v1 5
chrUn_NW_026528887v1 47
chrUn_NW_026528888v1 34
chrUn_NW_026528889v1 12
chrUn_NW_026528891v1 30
chrUn_NW_026528893v1 3
chrUn_NW_026528894v1 454
chrUn_NW_026528896v1 1
chrUn_NW_026528899v1 14
chrUn_NW_026528900v1 154
chrUn_NW_026528902v1 145
chrUn_NW_026528903v1 1202
chrUn_NW_026528917v1 379
chrUn_NW_026528926v1 75
chrUn_NW_026528928v1 834
chrUn_NW_026528937v1 46
chrUn_NW_026528938v1 11
chrUn_NW_026528950v1 13
chrUn_NW_026528952v1 14
chrUn_NW_026528957v1 700
chrUn_NW_026528960v1 1128
chrUn_NW_026528975v1 153
chrUn_NW_026528984v1 46
chrUn_NW_026528985v1 7
chrUn_NW_026528986v1 2
chrUn_NW_026528987v1 11
chrUn_NW_026528988v1 201
chrUn_NW_026528989v1 15
chrUn_NW_026528992v1 3
chrUn_NW_026528994v1 1
chrUn_NW_026528996v1 39
chrUn_NW_026529007v1 793
chrUn_NW_026529008v1 5724
chrUn_NW_026529013v1 71
chrUn_NW_026529015v1 80
chrUn_NW_026529016v1 1007
chrUn_NW_026529060v1 2802
chrUn_NW_026529081v1 154
chrUn_NW_026529085v1 620
chrX 6838112
chrX_NW_026527892v1_random 432
chrX_NW_026527894v1_random 1105
chrX_NW_026527897v1_random 201
chrY 32804
chrY_NW_026527909v1_random 1
chrY_NW_026527911v1_random 44
chrY_NW_026527913v1_random 74
chrY_NW_026527914v1_random 879
chrY_NW_026527915v1_random 1
chrY_NW_026527919v1_random 33
chrY_NW_026527927v1_random 4
chrY_NW_026527931v1_random 1
chrY_NW_026527932v1_random 7
chrY_NW_026527938v1_random 462
chrY_NW_026527939v1_random 27
chrY_NW_026527942v1_random 5
chrY_NW_026527949v1_random 3703
chrY_NW_026527950v1_random 1650
chrY_NW_026527951v1_random 104
chrY_NW_026527955v1_random 92
chrY_NW_026527956v1_random 4380
chrY_NW_026527958v1_random 2359
chrY_NW_026527960v1_random 45
chrY_NW_026527961v1_random 194
chrY_NW_026527966v1_random 13162
chrY_NW_026527967v1_random 172
chrY_NW_026527968v1_random 1288
chrY_NW_026527969v1_random 13
chrY_NW_026527980v1_random 81

Fragment lengths

fragments min max mean median
fragments 300890610 1 5041 150.66 128
global fragment-length histogram

Files

Filename Size md5
P0074_3.gz 2.75 GB 82ef43b20a1383db7762926c0d405241
P0074_3.gz.tbi 1.18 MB 9f110b1eddcdd393f982e625797157a7
fragment_count_dist_plot.py 853.0 B 9d735ee8c687286d50484e7f1e398e60
genomic_resource.yaml 1.41 KB a21a483b2fd6c1b37f3dca8418c18e95
statistics/