Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/AMY-SLEA-BNST_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for AMY-SLEA-BNST_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: AMY-SLEA-BNST_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_AMY-SLEA-BNST_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_AMY-SLEA-BNST_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_AMY-SLEA-BNST_GABA [0.00579, 2.51]
n
878,863,970
mean
0.0114
sd
0.0202

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 878863970 72062546
chr1 68808030 31.57% 5638056
chr2 60804540 29.74% 4997693
chr3 48940560 25.50% 4060374
chr4 50687870 29.12% 4171804
chr5 63732320 38.78% 5175173
chr6 48218260 29.95% 3957079
chr7 55437250 35.19% 4517979
chr8 37362110 29.45% 3070963
chr9 42367280 31.61% 3470207
chr10 46464730 33.75% 3796301
chr11 43572420 33.60% 3563363
chr12 44367280 35.64% 3607597
chr13 35869070 30.16% 2942591
chr14 34270350 30.57% 2809710
chr15 33822940 34.10% 2757465
chr16 27961230 28.59% 2305548
chr17 21997600 29.35% 1808831
chr18 15223720 32.37% 1248196
chr19 17465560 33.87% 1422354
chr20 16367810 35.88% 1331608
chr21 14493860 28.28% 1193107
chr22 22591290 44.04% 1837961
chrUn_NW_026528016v1 460 44
chrUn_NW_026528017v1 4300 403
chrUn_NW_026528021v1 3590 283
chrUn_NW_026528026v1 4190 370
chrUn_NW_026528029v1 2727 219
chrUn_NW_026528038v1 4210 356
chrUn_NW_026528039v1 7030 609
chrUn_NW_026528065v1 1430 108
chrUn_NW_026528075v1 2050 187
chrUn_NW_026528103v1 490 42
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 820 75
chrUn_NW_026528140v1 4250 370
chrUn_NW_026528210v1 800 77
chrUn_NW_026528215v1 2180 195
chrUn_NW_026528217v1 40 4
chrUn_NW_026528218v1 80 6
chrUn_NW_026528219v1 180 18
chrUn_NW_026528220v1 70 6
chrUn_NW_026528222v1 60 6
chrUn_NW_026528224v1 40 4
chrUn_NW_026528225v1 850 76
chrUn_NW_026528226v1 480 45
chrUn_NW_026528228v1 2040 188
chrUn_NW_026528230v1 2140 198
chrUn_NW_026528232v1 10750 869
chrUn_NW_026528259v1 40 4
chrUn_NW_026528278v1 3350 279
chrUn_NW_026528285v1 480 42
chrUn_NW_026528292v1 300 28
chrUn_NW_026528295v1 2480 214
chrUn_NW_026528296v1 39883 3210
chrUn_NW_026528310v1 1310 124
chrUn_NW_026528320v1 220 22
chrUn_NW_026528327v1 160 16
chrUn_NW_026528332v1 260 24
chrUn_NW_026528335v1 320 32
chrUn_NW_026528338v1 290 28
chrUn_NW_026528339v1 380 38
chrUn_NW_026528345v1 290 27
chrUn_NW_026528347v1 160 15
chrUn_NW_026528350v1 310 29
chrUn_NW_026528353v1 570 55
chrUn_NW_026528356v1 220 19
chrUn_NW_026528358v1 40 4
chrUn_NW_026528360v1 40 4
chrUn_NW_026528363v1 2190 194
chrUn_NW_026528370v1 870 83
chrUn_NW_026528371v1 5810 491
chrUn_NW_026528372v1 3010 256
chrUn_NW_026528373v1 7050 592
chrUn_NW_026528378v1 60 6
chrUn_NW_026528380v1 80 8
chrUn_NW_026528381v1 20 2
chrUn_NW_026528382v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 430 40
chrUn_NW_026528385v1 390 36
chrUn_NW_026528390v1 180 18
chrUn_NW_026528393v1 280 26
chrUn_NW_026528396v1 60 6
chrUn_NW_026528397v1 90 9
chrUn_NW_026528402v1 40 4
chrUn_NW_026528403v1 100 10
chrUn_NW_026528408v1 80 8
chrUn_NW_026528409v1 100 10
chrUn_NW_026528412v1 170 17
chrUn_NW_026528416v1 40 4
chrUn_NW_026528420v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 670 66
chrUn_NW_026528431v1 2110 186
chrUn_NW_026528432v1 5360 432
chrUn_NW_026528433v1 15570 1226
chrUn_NW_026528440v1 80 7
chrUn_NW_026528480v1 4480 392
chrUn_NW_026528558v1 19670 1767
chrUn_NW_026528559v1 580 47
chrUn_NW_026528561v1 1770 155
chrUn_NW_026528588v1 140 14
chrUn_NW_026528589v1 380 35
chrUn_NW_026528590v1 15150 1417
chrUn_NW_026528596v1 18860 1715
chrUn_NW_026528609v1 250 22
chrUn_NW_026528611v1 90 8
chrUn_NW_026528615v1 150 15
chrUn_NW_026528621v1 1800 149
chrUn_NW_026528631v1 1280 116
chrUn_NW_026528634v1 1690 159
chrUn_NW_026528635v1 100 10
chrUn_NW_026528644v1 60 6
chrUn_NW_026528650v1 290 29
chrUn_NW_026528660v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 280 25
chrUn_NW_026528668v1 210 21
chrUn_NW_026528670v1 120 10
chrUn_NW_026528677v1 180 18
chrUn_NW_026528708v1 180 17
chrUn_NW_026528719v1 5020 465
chrUn_NW_026528737v1 460 42
chrUn_NW_026528739v1 100 10
chrUn_NW_026528741v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 120 12
chrUn_NW_026528748v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 220 22
chrUn_NW_026528751v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 40 4
chrUn_NW_026528754v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 990 92
chrUn_NW_026528772v1 170 17
chrUn_NW_026528775v1 170 15
chrUn_NW_026528777v1 60 6
chrUn_NW_026528784v1 90 9
chrUn_NW_026528785v1 40 4
chrUn_NW_026528786v1 270 25
chrUn_NW_026528788v1 40 4
chrUn_NW_026528791v1 40 4
chrUn_NW_026528792v1 40 4
chrUn_NW_026528793v1 1300 120
chrUn_NW_026528795v1 700 68
chrUn_NW_026528796v1 2370 217
chrUn_NW_026528797v1 26320 2223
chrUn_NW_026528798v1 5770 464
chrUn_NW_026528799v1 2210 196
chrUn_NW_026528880v1 130 13
chrUn_NW_026528882v1 60 6
chrUn_NW_026528884v1 130 12
chrUn_NW_026528885v1 60 6
chrUn_NW_026528887v1 640 57
chrUn_NW_026528888v1 260 24
chrUn_NW_026528889v1 200 20
chrUn_NW_026528891v1 500 47
chrUn_NW_026528893v1 190 19
chrUn_NW_026528894v1 3860 348
chrUn_NW_026528899v1 140 13
chrUn_NW_026528900v1 1400 126
chrUn_NW_026528902v1 1640 150
chrUn_NW_026528903v1 7636 622
chrUn_NW_026528917v1 2000 167
chrUn_NW_026528926v1 940 83
chrUn_NW_026528928v1 10080 917
chrUn_NW_026528937v1 820 78
chrUn_NW_026528938v1 140 14
chrUn_NW_026528950v1 320 31
chrUn_NW_026528952v1 110 11
chrUn_NW_026528957v1 9900 880
chrUn_NW_026528960v1 2291 193
chrUn_NW_026528975v1 1580 138
chrUn_NW_026528984v1 490 46
chrUn_NW_026528985v1 80 8
chrUn_NW_026528986v1 60 6
chrUn_NW_026528987v1 100 9
chrUn_NW_026528988v1 1130 106
chrUn_NW_026528989v1 160 15
chrUn_NW_026528992v1 140 14
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 290 29
chrUn_NW_026529007v1 2560 230
chrUn_NW_026529008v1 24190 2007
chrUn_NW_026529013v1 680 55
chrUn_NW_026529015v1 1530 134
chrUn_NW_026529016v1 10290 913
chrUn_NW_026529060v1 9190 732
chrUn_NW_026529081v1 3080 283
chrUn_NW_026529085v1 6760 587
chrX 27201770 18.36% 2305948
chrX_NW_026527892v1_random 3510 293
chrX_NW_026527894v1_random 5660 454
chrX_NW_026527897v1_random 2130 182
chrY 346860 4.22% 30111
chrY_NW_026527906v1_random 120 10
chrY_NW_026527909v1_random 430 38
chrY_NW_026527911v1_random 940 88
chrY_NW_026527913v1_random 2630 236
chrY_NW_026527914v1_random 3753 332
chrY_NW_026527915v1_random 80 7
chrY_NW_026527916v1_random 640 59
chrY_NW_026527918v1_random 220 20
chrY_NW_026527919v1_random 840 77
chrY_NW_026527927v1_random 170 16
chrY_NW_026527932v1_random 370 34
chrY_NW_026527938v1_random 6080 529
chrY_NW_026527939v1_random 450 43
chrY_NW_026527942v1_random 3560 330
chrY_NW_026527945v1_random 180 18
chrY_NW_026527948v1_random 580 58
chrY_NW_026527949v1_random 9970 860
chrY_NW_026527950v1_random 7940 683
chrY_NW_026527951v1_random 2270 211
chrY_NW_026527955v1_random 2550 232
chrY_NW_026527956v1_random 2060 185
chrY_NW_026527958v1_random 2160 184
chrY_NW_026527960v1_random 1270 119
chrY_NW_026527961v1_random 3910 340
chrY_NW_026527966v1_random 34540 3101
chrY_NW_026527967v1_random 1820 173
chrY_NW_026527968v1_random 15080 1381
chrY_NW_026527969v1_random 540 49
chrY_NW_026527974v1_random 530 52
chrY_NW_026527980v1_random 830 81

Segment lengths

segments min max mean median
segments 72062546 1 150 12.2 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
AMY-SLEA-BNST_GABA.bw 503.97 MB d71dcb06374f4ddf19f7890c82c92111
genomic_resource.yaml 1.14 KB 965b79568d844c899e4ca826d4ccfe76
statistics/