Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/Astrocyte/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for Astrocyte cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: Astrocyte
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Astrocyte float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Astrocyte
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Astrocyte [0.000961, 5.98]
n
1,758,599,727
mean
0.00569
sd
0.0313

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1758599727 147798631
chr1 136793130 62.76% 11532633
chr2 125299191 61.28% 10457097
chr3 110549660 57.60% 9142001
chr4 105820500 60.80% 8835555
chr5 112340580 68.35% 9635404
chr6 98554979 61.21% 8232002
chr7 105181090 66.76% 8924188
chr8 77860850 61.38% 6482808
chr9 84304630 62.89% 7072268
chr10 89702340 65.16% 7589913
chr11 85579250 65.99% 7276109
chr12 80640560 64.78% 6826316
chr13 73608980 61.89% 6139268
chr14 69779790 62.25% 5852891
chr15 64823960 65.35% 5487373
chr16 60566060 61.92% 5041295
chr17 46248860 61.71% 3854135
chr18 30196680 64.21% 2557307
chr19 33722370 65.39% 2856545
chr20 30053880 65.89% 2549274
chr21 30435160 59.37% 2524977
chr22 37525260 73.15% 3312045
chrUn_NW_026528016v1 1560 130
chrUn_NW_026528017v1 14890 1272
chrUn_NW_026528021v1 6975 615
chrUn_NW_026528026v1 15510 1331
chrUn_NW_026528029v1 5357 496
chrUn_NW_026528038v1 7960 626
chrUn_NW_026528039v1 12230 1042
chrUn_NW_026528065v1 2510 217
chrUn_NW_026528075v1 6720 567
chrUn_NW_026528103v1 1680 145
chrUn_NW_026528123v1 250 24
chrUn_NW_026528125v1 3260 282
chrUn_NW_026528140v1 15890 1320
chrUn_NW_026528210v1 4670 391
chrUn_NW_026528215v1 9690 793
chrUn_NW_026528217v1 100 10
chrUn_NW_026528218v1 350 32
chrUn_NW_026528219v1 730 64
chrUn_NW_026528220v1 230 22
chrUn_NW_026528221v1 180 16
chrUn_NW_026528222v1 170 15
chrUn_NW_026528224v1 320 24
chrUn_NW_026528225v1 3020 238
chrUn_NW_026528226v1 2190 186
chrUn_NW_026528228v1 7170 610
chrUn_NW_026528230v1 7480 607
chrUn_NW_026528232v1 16530 1339
chrUn_NW_026528259v1 290 28
chrUn_NW_026528278v1 9180 781
chrUn_NW_026528285v1 780 64
chrUn_NW_026528292v1 430 37
chrUn_NW_026528295v1 8440 714
chrUn_NW_026528296v1 62450 5621
chrUn_NW_026528310v1 6090 521
chrUn_NW_026528320v1 1600 147
chrUn_NW_026528327v1 1290 110
chrUn_NW_026528332v1 1170 105
chrUn_NW_026528335v1 1040 96
chrUn_NW_026528338v1 2220 194
chrUn_NW_026528339v1 1730 158
chrUn_NW_026528345v1 720 67
chrUn_NW_026528347v1 650 56
chrUn_NW_026528350v1 1380 123
chrUn_NW_026528353v1 2550 219
chrUn_NW_026528356v1 1260 110
chrUn_NW_026528358v1 270 24
chrUn_NW_026528360v1 100 10
chrUn_NW_026528363v1 10220 822
chrUn_NW_026528370v1 3490 293
chrUn_NW_026528371v1 14060 1171
chrUn_NW_026528372v1 5850 449
chrUn_NW_026528373v1 15480 1236
chrUn_NW_026528378v1 420 36
chrUn_NW_026528380v1 330 30
chrUn_NW_026528381v1 50 4
chrUn_NW_026528382v1 200 19
chrUn_NW_026528384v1 1180 100
chrUn_NW_026528385v1 1860 163
chrUn_NW_026528390v1 1340 123
chrUn_NW_026528393v1 600 56
chrUn_NW_026528396v1 120 11
chrUn_NW_026528397v1 610 56
chrUn_NW_026528402v1 260 26
chrUn_NW_026528403v1 510 44
chrUn_NW_026528404v1 60 6
chrUn_NW_026528408v1 380 35
chrUn_NW_026528409v1 430 39
chrUn_NW_026528412v1 670 61
chrUn_NW_026528413v1 390 35
chrUn_NW_026528416v1 250 25
chrUn_NW_026528419v1 110 9
chrUn_NW_026528420v1 80 8
chrUn_NW_026528423v1 2830 243
chrUn_NW_026528431v1 12000 985
chrUn_NW_026528432v1 15150 1287
chrUn_NW_026528433v1 27430 2321
chrUn_NW_026528440v1 240 22
chrUn_NW_026528471v1 170 17
chrUn_NW_026528480v1 15730 1377
chrUn_NW_026528558v1 65190 5652
chrUn_NW_026528559v1 2490 209
chrUn_NW_026528561v1 6090 504
chrUn_NW_026528588v1 1080 97
chrUn_NW_026528589v1 1330 119
chrUn_NW_026528590v1 69760 5787
chrUn_NW_026528596v1 85710 7054
chrUn_NW_026528609v1 930 81
chrUn_NW_026528611v1 380 33
chrUn_NW_026528615v1 910 81
chrUn_NW_026528621v1 3950 328
chrUn_NW_026528631v1 2460 214
chrUn_NW_026528634v1 10680 863
chrUn_NW_026528635v1 260 26
chrUn_NW_026528644v1 430 39
chrUn_NW_026528650v1 1300 110
chrUn_NW_026528656v1 300 28
chrUn_NW_026528660v1 50 5
chrUn_NW_026528661v1 1150 107
chrUn_NW_026528668v1 860 80
chrUn_NW_026528670v1 280 26
chrUn_NW_026528677v1 890 73
chrUn_NW_026528708v1 530 50
chrUn_NW_026528719v1 18460 1551
chrUn_NW_026528737v1 1520 134
chrUn_NW_026528739v1 1060 97
chrUn_NW_026528740v1 40 4
chrUn_NW_026528741v1 170 15
chrUn_NW_026528745v1 860 75
chrUn_NW_026528748v1 310 27
chrUn_NW_026528749v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 630 59
chrUn_NW_026528751v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 260 24
chrUn_NW_026528754v1 500 46
chrUn_NW_026528755v1 6010 523
chrUn_NW_026528772v1 830 74
chrUn_NW_026528775v1 620 50
chrUn_NW_026528777v1 320 31
chrUn_NW_026528784v1 560 52
chrUn_NW_026528785v1 300 28
chrUn_NW_026528786v1 1160 101
chrUn_NW_026528788v1 300 28
chrUn_NW_026528791v1 70 7
chrUn_NW_026528792v1 110 8
chrUn_NW_026528793v1 5270 439
chrUn_NW_026528795v1 5950 521
chrUn_NW_026528796v1 15170 1259
chrUn_NW_026528797v1 104680 8896
chrUn_NW_026528798v1 12040 1064
chrUn_NW_026528799v1 4540 392
chrUn_NW_026528880v1 1010 82
chrUn_NW_026528882v1 430 40
chrUn_NW_026528883v1 80 8
chrUn_NW_026528884v1 880 79
chrUn_NW_026528885v1 250 25
chrUn_NW_026528887v1 2850 234
chrUn_NW_026528888v1 1090 92
chrUn_NW_026528889v1 920 82
chrUn_NW_026528891v1 2110 192
chrUn_NW_026528893v1 500 46
chrUn_NW_026528894v1 19480 1534
chrUn_NW_026528896v1 130 11
chrUn_NW_026528899v1 880 77
chrUn_NW_026528900v1 3550 289
chrUn_NW_026528902v1 6610 589
chrUn_NW_026528903v1 19610 1646
chrUn_NW_026528917v1 6110 493
chrUn_NW_026528926v1 3300 278
chrUn_NW_026528928v1 35320 3007
chrUn_NW_026528937v1 3800 325
chrUn_NW_026528938v1 550 52
chrUn_NW_026528950v1 920 77
chrUn_NW_026528952v1 610 54
chrUn_NW_026528957v1 34910 2973
chrUn_NW_026528960v1 5630 454
chrUn_NW_026528975v1 5850 457
chrUn_NW_026528984v1 2130 183
chrUn_NW_026528985v1 330 30
chrUn_NW_026528986v1 120 12
chrUn_NW_026528987v1 710 64
chrUn_NW_026528988v1 5810 470
chrUn_NW_026528989v1 770 63
chrUn_NW_026528990v1 90 9
chrUn_NW_026528992v1 580 54
chrUn_NW_026528994v1 100 7
chrUn_NW_026528995v1 60 6
chrUn_NW_026528996v1 2150 182
chrUn_NW_026529007v1 6130 534
chrUn_NW_026529008v1 47030 3940
chrUn_NW_026529013v1 2410 216
chrUn_NW_026529015v1 5010 415
chrUn_NW_026529016v1 33240 2855
chrUn_NW_026529060v1 16825 1480
chrUn_NW_026529081v1 13340 1134
chrUn_NW_026529085v1 21660 1833
chrX 66518807 44.89% 5408282
chrX_NW_026527892v1_random 9060 729
chrX_NW_026527894v1_random 8478 678
chrX_NW_026527897v1_random 4970 385
chrY 993990 12.08% 81895
chrY_NW_026527906v1_random 490 46
chrY_NW_026527909v1_random 1770 166
chrY_NW_026527911v1_random 7230 620
chrY_NW_026527913v1_random 6920 578
chrY_NW_026527914v1_random 15680 1311
chrY_NW_026527915v1_random 610 54
chrY_NW_026527916v1_random 2900 251
chrY_NW_026527918v1_random 1890 162
chrY_NW_026527919v1_random 3630 303
chrY_NW_026527927v1_random 1110 105
chrY_NW_026527928v1_random 120 11
chrY_NW_026527931v1_random 60 6
chrY_NW_026527932v1_random 2110 186
chrY_NW_026527938v1_random 19820 1653
chrY_NW_026527939v1_random 1060 91
chrY_NW_026527942v1_random 14470 1198
chrY_NW_026527945v1_random 790 72
chrY_NW_026527948v1_random 2790 249
chrY_NW_026527949v1_random 19480 1594
chrY_NW_026527950v1_random 23840 1921
chrY_NW_026527951v1_random 8770 791
chrY_NW_026527955v1_random 6740 565
chrY_NW_026527956v1_random 3785 357
chrY_NW_026527958v1_random 4550 408
chrY_NW_026527960v1_random 4120 350
chrY_NW_026527961v1_random 10750 920
chrY_NW_026527966v1_random 90350 7860
chrY_NW_026527967v1_random 11990 1025
chrY_NW_026527968v1_random 63240 5313
chrY_NW_026527969v1_random 1350 122
chrY_NW_026527974v1_random 2070 177
chrY_NW_026527980v1_random 3730 325

Segment lengths

segments min max mean median
segments 147798631 1 140 11.9 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
Astrocyte.bw 849.37 MB d9a1b02078e5a2a7d47f38cfa435e524
genomic_resource.yaml 1.1 KB 18e62aa531c0a6700fb049d0325f374e
statistics/