Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/BAM/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for BAM cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: BAM
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_BAM float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_BAM
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_BAM [0.0752, 11.8]
n
94,638,630
mean
0.106
sd
0.112

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 94638630 8702873
chr1 7202300 3.30% 661228
chr2 6222340 3.04% 576247
chr3 4693150 2.45% 440454
chr4 5729630 3.29% 529099
chr5 7397960 4.50% 667240
chr6 4974200 3.09% 461436
chr7 5613850 3.56% 513534
chr8 3844980 3.03% 358596
chr9 4643450 3.46% 427291
chr10 5072080 3.68% 465588
chr11 4824650 3.72% 440693
chr12 4830360 3.88% 440845
chr13 3456460 2.91% 321704
chr14 3619440 3.23% 334432
chr15 3618820 3.65% 331275
chr16 2848450 2.91% 264864
chr17 2350110 3.14% 218961
chr18 1962300 4.17% 178011
chr19 1924800 3.73% 175762
chr20 1750860 3.84% 159823
chr21 1713310 3.34% 159781
chr22 3648370 7.11% 321783
chrUn_NW_026528016v1 60 6
chrUn_NW_026528017v1 630 62
chrUn_NW_026528021v1 480 46
chrUn_NW_026528026v1 650 63
chrUn_NW_026528029v1 140 14
chrUn_NW_026528038v1 600 54
chrUn_NW_026528039v1 350 35
chrUn_NW_026528065v1 90 9
chrUn_NW_026528075v1 300 30
chrUn_NW_026528103v1 160 15
chrUn_NW_026528125v1 210 21
chrUn_NW_026528140v1 520 52
chrUn_NW_026528210v1 80 8
chrUn_NW_026528215v1 600 58
chrUn_NW_026528221v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 60 6
chrUn_NW_026528226v1 400 35
chrUn_NW_026528228v1 240 21
chrUn_NW_026528230v1 200 20
chrUn_NW_026528232v1 200 20
chrUn_NW_026528278v1 390 37
chrUn_NW_026528292v1 40 4
chrUn_NW_026528295v1 210 21
chrUn_NW_026528296v1 4860 438
chrUn_NW_026528310v1 220 22
chrUn_NW_026528320v1 60 6
chrUn_NW_026528335v1 110 11
chrUn_NW_026528338v1 20 2
chrUn_NW_026528339v1 40 4
chrUn_NW_026528345v1 50 5
chrUn_NW_026528347v1 20 2
chrUn_NW_026528350v1 20 2
chrUn_NW_026528353v1 80 8
chrUn_NW_026528356v1 60 6
chrUn_NW_026528363v1 210 20
chrUn_NW_026528370v1 60 6
chrUn_NW_026528371v1 730 65
chrUn_NW_026528372v1 220 21
chrUn_NW_026528373v1 530 52
chrUn_NW_026528384v1 80 8
chrUn_NW_026528385v1 60 6
chrUn_NW_026528393v1 20 2
chrUn_NW_026528402v1 40 4
chrUn_NW_026528413v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 80 8
chrUn_NW_026528431v1 370 36
chrUn_NW_026528432v1 660 64
chrUn_NW_026528433v1 860 80
chrUn_NW_026528480v1 850 77
chrUn_NW_026528558v1 3610 343
chrUn_NW_026528559v1 130 13
chrUn_NW_026528561v1 20 2
chrUn_NW_026528588v1 40 4
chrUn_NW_026528589v1 20 2
chrUn_NW_026528590v1 1780 177
chrUn_NW_026528596v1 3400 332
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 20 2
chrUn_NW_026528621v1 120 10
chrUn_NW_026528631v1 40 4
chrUn_NW_026528634v1 220 22
chrUn_NW_026528650v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 60 6
chrUn_NW_026528677v1 20 2
chrUn_NW_026528708v1 40 4
chrUn_NW_026528719v1 870 86
chrUn_NW_026528737v1 340 30
chrUn_NW_026528739v1 40 4
chrUn_NW_026528745v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 180 18
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528785v1 50 5
chrUn_NW_026528786v1 40 4
chrUn_NW_026528793v1 90 8
chrUn_NW_026528795v1 40 4
chrUn_NW_026528796v1 100 10
chrUn_NW_026528797v1 1870 178
chrUn_NW_026528798v1 940 88
chrUn_NW_026528799v1 80 8
chrUn_NW_026528887v1 40 4
chrUn_NW_026528888v1 20 2
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 460 45
chrUn_NW_026528899v1 30 2
chrUn_NW_026528900v1 60 5
chrUn_NW_026528902v1 40 4
chrUn_NW_026528903v1 1420 123
chrUn_NW_026528917v1 540 46
chrUn_NW_026528926v1 250 23
chrUn_NW_026528928v1 1560 155
chrUn_NW_026528937v1 100 10
chrUn_NW_026528938v1 60 6
chrUn_NW_026528950v1 40 4
chrUn_NW_026528952v1 20 2
chrUn_NW_026528957v1 2040 201
chrUn_NW_026528960v1 160 14
chrUn_NW_026528975v1 360 36
chrUn_NW_026528984v1 40 4
chrUn_NW_026528988v1 340 26
chrUn_NW_026528992v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 80 8
chrUn_NW_026529007v1 260 25
chrUn_NW_026529008v1 5120 462
chrUn_NW_026529013v1 100 10
chrUn_NW_026529015v1 160 16
chrUn_NW_026529016v1 1590 153
chrUn_NW_026529060v1 900 86
chrUn_NW_026529081v1 220 22
chrUn_NW_026529085v1 550 53
chrX 2587870 1.75% 244052
chrX_NW_026527892v1_random 100 10
chrX_NW_026527894v1_random 430 41
chrX_NW_026527897v1_random 190 19
chrY 39050 0.47% 3643
chrY_NW_026527909v1_random 100 10
chrY_NW_026527911v1_random 80 8
chrY_NW_026527913v1_random 40 4
chrY_NW_026527914v1_random 280 25
chrY_NW_026527916v1_random 40 4
chrY_NW_026527918v1_random 40 4
chrY_NW_026527919v1_random 40 4
chrY_NW_026527938v1_random 1080 107
chrY_NW_026527939v1_random 40 4
chrY_NW_026527942v1_random 410 41
chrY_NW_026527945v1_random 40 4
chrY_NW_026527948v1_random 80 8
chrY_NW_026527949v1_random 140 14
chrY_NW_026527950v1_random 2820 248
chrY_NW_026527951v1_random 140 14
chrY_NW_026527955v1_random 220 21
chrY_NW_026527956v1_random 1160 101
chrY_NW_026527958v1_random 1000 88
chrY_NW_026527960v1_random 60 6
chrY_NW_026527961v1_random 200 20
chrY_NW_026527966v1_random 10660 943
chrY_NW_026527967v1_random 400 38
chrY_NW_026527968v1_random 1950 194
chrY_NW_026527969v1_random 60 6
chrY_NW_026527974v1_random 40 4
chrY_NW_026527980v1_random 60 6

Segment lengths

segments min max mean median
segments 8702873 10 120 10.87 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
BAM.bw 59.6 MB 37d239444beaa898e22ceb551e6faa80
genomic_resource.yaml 1.08 KB a1529cfabb82122d7b8dadd489451d49
statistics/