Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/BF_SKOR1_Glut/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for BF_SKOR1_Glut cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: BF_SKOR1_Glut
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_BF_SKOR1_Glut float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_BF_SKOR1_Glut
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_BF_SKOR1_Glut [0.0175, 2.06]
n
391,267,619
mean
0.0256
sd
0.0277

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 391267619 33611496
chr1 30939190 14.19% 2648710
chr2 26228010 12.83% 2266049
chr3 20317030 10.59% 1782936
chr4 21333960 12.26% 1855960
chr5 30558340 18.59% 2573793
chr6 21173579 13.15% 1829298
chr7 25539450 16.21% 2173905
chr8 17038570 13.43% 1470655
chr9 19261570 14.37% 1652467
chr10 20786410 15.10% 1777247
chr11 19761330 15.24% 1686693
chr12 20245810 16.26% 1720196
chr13 16086480 13.53% 1389105
chr14 15050800 13.43% 1299666
chr15 15184800 15.31% 1299581
chr16 12687760 12.97% 1098339
chr17 9343590 12.47% 812497
chr18 7021480 14.93% 600651
chr19 7862400 15.25% 671896
chr20 7267080 15.93% 617616
chr21 6108830 11.92% 529672
chr22 11416780 22.25% 947726
chrUn_NW_026528016v1 40 4
chrUn_NW_026528017v1 500 49
chrUn_NW_026528021v1 1815 154
chrUn_NW_026528026v1 1440 129
chrUn_NW_026528029v1 1160 94
chrUn_NW_026528038v1 1850 170
chrUn_NW_026528039v1 2990 281
chrUn_NW_026528065v1 510 41
chrUn_NW_026528075v1 490 47
chrUn_NW_026528103v1 160 15
chrUn_NW_026528125v1 120 12
chrUn_NW_026528140v1 1730 157
chrUn_NW_026528210v1 240 22
chrUn_NW_026528215v1 570 57
chrUn_NW_026528217v1 20 2
chrUn_NW_026528218v1 20 2
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 170 17
chrUn_NW_026528226v1 270 24
chrUn_NW_026528228v1 350 34
chrUn_NW_026528230v1 960 93
chrUn_NW_026528232v1 3440 309
chrUn_NW_026528278v1 1670 144
chrUn_NW_026528285v1 120 12
chrUn_NW_026528292v1 40 4
chrUn_NW_026528295v1 420 42
chrUn_NW_026528296v1 20740 1717
chrUn_NW_026528310v1 320 30
chrUn_NW_026528320v1 40 4
chrUn_NW_026528327v1 100 9
chrUn_NW_026528332v1 60 6
chrUn_NW_026528338v1 100 10
chrUn_NW_026528339v1 120 12
chrUn_NW_026528345v1 100 7
chrUn_NW_026528350v1 60 6
chrUn_NW_026528353v1 140 14
chrUn_NW_026528356v1 50 5
chrUn_NW_026528358v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 690 64
chrUn_NW_026528370v1 530 48
chrUn_NW_026528371v1 1910 178
chrUn_NW_026528372v1 1280 115
chrUn_NW_026528373v1 3520 316
chrUn_NW_026528378v1 20 2
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 180 16
chrUn_NW_026528385v1 160 15
chrUn_NW_026528390v1 80 8
chrUn_NW_026528393v1 40 4
chrUn_NW_026528397v1 80 8
chrUn_NW_026528403v1 20 2
chrUn_NW_026528409v1 20 2
chrUn_NW_026528412v1 20 2
chrUn_NW_026528416v1 20 2
chrUn_NW_026528419v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 80 8
chrUn_NW_026528431v1 930 91
chrUn_NW_026528432v1 1570 146
chrUn_NW_026528433v1 6920 604
chrUn_NW_026528440v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 1230 120
chrUn_NW_026528558v1 4180 397
chrUn_NW_026528559v1 100 10
chrUn_NW_026528561v1 510 49
chrUn_NW_026528588v1 60 6
chrUn_NW_026528589v1 80 8
chrUn_NW_026528590v1 4090 400
chrUn_NW_026528596v1 5170 498
chrUn_NW_026528609v1 50 5
chrUn_NW_026528615v1 60 6
chrUn_NW_026528621v1 570 52
chrUn_NW_026528631v1 410 39
chrUn_NW_026528634v1 660 64
chrUn_NW_026528644v1 20 2
chrUn_NW_026528650v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 60 6
chrUn_NW_026528677v1 60 6
chrUn_NW_026528719v1 1200 114
chrUn_NW_026528737v1 280 25
chrUn_NW_026528739v1 60 6
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 80 8
chrUn_NW_026528748v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 60 6
chrUn_NW_026528755v1 340 34
chrUn_NW_026528772v1 20 2
chrUn_NW_026528775v1 140 12
chrUn_NW_026528784v1 120 11
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 40 4
chrUn_NW_026528788v1 60 6
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 480 47
chrUn_NW_026528795v1 340 33
chrUn_NW_026528796v1 670 64
chrUn_NW_026528797v1 9590 881
chrUn_NW_026528798v1 1830 164
chrUn_NW_026528799v1 530 48
chrUn_NW_026528880v1 70 7
chrUn_NW_026528882v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 40 4
chrUn_NW_026528887v1 240 22
chrUn_NW_026528888v1 90 8
chrUn_NW_026528889v1 60 5
chrUn_NW_026528891v1 310 27
chrUn_NW_026528893v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 1270 124
chrUn_NW_026528899v1 40 4
chrUn_NW_026528900v1 640 57
chrUn_NW_026528902v1 440 43
chrUn_NW_026528903v1 2560 230
chrUn_NW_026528917v1 770 72
chrUn_NW_026528926v1 240 21
chrUn_NW_026528928v1 2130 204
chrUn_NW_026528937v1 190 19
chrUn_NW_026528938v1 60 6
chrUn_NW_026528950v1 20 2
chrUn_NW_026528952v1 60 6
chrUn_NW_026528957v1 2690 259
chrUn_NW_026528960v1 520 49
chrUn_NW_026528975v1 520 50
chrUn_NW_026528984v1 140 14
chrUn_NW_026528986v1 40 4
chrUn_NW_026528988v1 220 22
chrUn_NW_026528989v1 60 6
chrUn_NW_026528992v1 110 11
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 60 6
chrUn_NW_026529007v1 870 78
chrUn_NW_026529008v1 10030 854
chrUn_NW_026529013v1 80 8
chrUn_NW_026529015v1 280 27
chrUn_NW_026529016v1 2290 221
chrUn_NW_026529060v1 4965 410
chrUn_NW_026529081v1 1100 104
chrUn_NW_026529085v1 2680 250
chrX 9758830 6.59% 880064
chrX_NW_026527892v1_random 1160 113
chrX_NW_026527894v1_random 1720 141
chrX_NW_026527897v1_random 370 35
chrY 128040 1.56% 11602
chrY_NW_026527906v1_random 20 2
chrY_NW_026527909v1_random 170 17
chrY_NW_026527911v1_random 390 39
chrY_NW_026527913v1_random 750 72
chrY_NW_026527914v1_random 1190 109
chrY_NW_026527915v1_random 40 4
chrY_NW_026527916v1_random 160 15
chrY_NW_026527918v1_random 60 6
chrY_NW_026527919v1_random 320 31
chrY_NW_026527927v1_random 80 8
chrY_NW_026527932v1_random 140 14
chrY_NW_026527938v1_random 1210 117
chrY_NW_026527939v1_random 80 8
chrY_NW_026527942v1_random 510 50
chrY_NW_026527945v1_random 20 2
chrY_NW_026527948v1_random 80 8
chrY_NW_026527949v1_random 3390 308
chrY_NW_026527950v1_random 3290 297
chrY_NW_026527951v1_random 470 46
chrY_NW_026527955v1_random 470 44
chrY_NW_026527956v1_random 1140 99
chrY_NW_026527958v1_random 950 81
chrY_NW_026527960v1_random 330 33
chrY_NW_026527961v1_random 950 90
chrY_NW_026527966v1_random 12900 1151
chrY_NW_026527967v1_random 320 31
chrY_NW_026527968v1_random 3740 365
chrY_NW_026527969v1_random 310 30
chrY_NW_026527974v1_random 160 15
chrY_NW_026527980v1_random 160 16

Segment lengths

segments min max mean median
segments 33611496 5 120 11.64 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
BF_SKOR1_Glut.bw 207.98 MB 229fe4b776e0c767519d147c2e389189
genomic_resource.yaml 1.12 KB 3e9045227418076df557507623e94ba2
statistics/