Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/COP/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for COP cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: COP
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_COP float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_COP
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_COP [0.0428, 5.99]
n
164,207,070
mean
0.0609
sd
0.0659

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 164207070 14801907
chr1 12939770 5.94% 1163298
chr2 10959860 5.36% 992287
chr3 8299830 4.32% 761188
chr4 9306840 5.35% 843458
chr5 12453020 7.58% 1107969
chr6 8971700 5.57% 812670
chr7 10374150 6.58% 930081
chr8 6901340 5.44% 627011
chr9 7914740 5.90% 714128
chr10 8778100 6.38% 788570
chr11 8646300 6.67% 773602
chr12 8533680 6.86% 761930
chr13 6302720 5.30% 572508
chr14 6266230 5.59% 566675
chr15 6318750 6.37% 568545
chr16 4992270 5.10% 455063
chr17 4212860 5.62% 381895
chr18 3085250 6.56% 276550
chr19 3325710 6.45% 298302
chr20 3205190 7.03% 285817
chr21 2662680 5.19% 242587
chr22 5365240 10.46% 468729
chrUn_NW_026528017v1 400 38
chrUn_NW_026528021v1 770 69
chrUn_NW_026528026v1 730 70
chrUn_NW_026528029v1 520 50
chrUn_NW_026528038v1 680 61
chrUn_NW_026528039v1 530 49
chrUn_NW_026528065v1 640 51
chrUn_NW_026528075v1 300 30
chrUn_NW_026528103v1 100 10
chrUn_NW_026528125v1 230 21
chrUn_NW_026528140v1 1550 145
chrUn_NW_026528210v1 100 10
chrUn_NW_026528215v1 220 22
chrUn_NW_026528219v1 70 6
chrUn_NW_026528220v1 60 6
chrUn_NW_026528225v1 60 5
chrUn_NW_026528226v1 120 11
chrUn_NW_026528228v1 240 24
chrUn_NW_026528230v1 430 42
chrUn_NW_026528232v1 670 63
chrUn_NW_026528278v1 830 76
chrUn_NW_026528285v1 60 6
chrUn_NW_026528295v1 380 36
chrUn_NW_026528296v1 10220 886
chrUn_NW_026528310v1 160 16
chrUn_NW_026528320v1 90 9
chrUn_NW_026528327v1 80 8
chrUn_NW_026528332v1 20 2
chrUn_NW_026528335v1 30 3
chrUn_NW_026528338v1 90 9
chrUn_NW_026528339v1 100 10
chrUn_NW_026528353v1 40 4
chrUn_NW_026528356v1 40 4
chrUn_NW_026528358v1 20 2
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 320 32
chrUn_NW_026528370v1 380 35
chrUn_NW_026528371v1 890 81
chrUn_NW_026528372v1 330 30
chrUn_NW_026528373v1 660 63
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 20 2
chrUn_NW_026528385v1 80 8
chrUn_NW_026528390v1 20 2
chrUn_NW_026528393v1 20 2
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528409v1 20 2
chrUn_NW_026528413v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 60 6
chrUn_NW_026528431v1 520 52
chrUn_NW_026528432v1 1040 95
chrUn_NW_026528433v1 6340 546
chrUn_NW_026528480v1 700 67
chrUn_NW_026528558v1 3360 328
chrUn_NW_026528559v1 150 15
chrUn_NW_026528561v1 320 29
chrUn_NW_026528588v1 20 2
chrUn_NW_026528589v1 40 3
chrUn_NW_026528590v1 3050 295
chrUn_NW_026528596v1 2630 262
chrUn_NW_026528609v1 20 2
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 40 4
chrUn_NW_026528621v1 40 4
chrUn_NW_026528631v1 100 9
chrUn_NW_026528634v1 180 18
chrUn_NW_026528644v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 40 4
chrUn_NW_026528708v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 780 77
chrUn_NW_026528737v1 40 4
chrUn_NW_026528739v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 60 6
chrUn_NW_026528752v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 160 15
chrUn_NW_026528772v1 40 4
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 80 8
chrUn_NW_026528795v1 200 20
chrUn_NW_026528796v1 240 24
chrUn_NW_026528797v1 4670 433
chrUn_NW_026528798v1 2130 176
chrUn_NW_026528799v1 270 27
chrUn_NW_026528880v1 40 4
chrUn_NW_026528882v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 100 10
chrUn_NW_026528891v1 60 6
chrUn_NW_026528894v1 950 92
chrUn_NW_026528899v1 20 2
chrUn_NW_026528900v1 180 17
chrUn_NW_026528902v1 240 24
chrUn_NW_026528903v1 1550 144
chrUn_NW_026528917v1 270 25
chrUn_NW_026528926v1 100 10
chrUn_NW_026528928v1 1580 153
chrUn_NW_026528937v1 100 10
chrUn_NW_026528950v1 40 4
chrUn_NW_026528952v1 20 2
chrUn_NW_026528957v1 1590 158
chrUn_NW_026528960v1 220 20
chrUn_NW_026528975v1 260 23
chrUn_NW_026528985v1 20 2
chrUn_NW_026528987v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 100 9
chrUn_NW_026528989v1 40 4
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 60 6
chrUn_NW_026529007v1 620 56
chrUn_NW_026529008v1 5940 529
chrUn_NW_026529013v1 120 11
chrUn_NW_026529015v1 200 20
chrUn_NW_026529016v1 2080 193
chrUn_NW_026529060v1 1050 96
chrUn_NW_026529081v1 700 69
chrUn_NW_026529085v1 1890 175
chrX 4229940 2.85% 394094
chrX_NW_026527892v1_random 220 22
chrX_NW_026527894v1_random 610 59
chrX_NW_026527897v1_random 40 4
chrY 64350 0.78% 6042
chrY_NW_026527909v1_random 60 6
chrY_NW_026527911v1_random 140 14
chrY_NW_026527913v1_random 230 23
chrY_NW_026527914v1_random 480 48
chrY_NW_026527915v1_random 40 4
chrY_NW_026527916v1_random 180 18
chrY_NW_026527918v1_random 140 14
chrY_NW_026527919v1_random 90 9
chrY_NW_026527927v1_random 30 3
chrY_NW_026527932v1_random 80 8
chrY_NW_026527938v1_random 1210 118
chrY_NW_026527939v1_random 20 2
chrY_NW_026527942v1_random 600 60
chrY_NW_026527945v1_random 20 2
chrY_NW_026527948v1_random 120 12
chrY_NW_026527949v1_random 520 51
chrY_NW_026527950v1_random 1780 161
chrY_NW_026527951v1_random 410 39
chrY_NW_026527955v1_random 630 59
chrY_NW_026527956v1_random 1100 99
chrY_NW_026527958v1_random 1110 96
chrY_NW_026527960v1_random 160 16
chrY_NW_026527961v1_random 620 59
chrY_NW_026527966v1_random 11980 1071
chrY_NW_026527967v1_random 200 20
chrY_NW_026527968v1_random 2130 210
chrY_NW_026527969v1_random 300 29
chrY_NW_026527974v1_random 80 8
chrY_NW_026527980v1_random 80 8

Segment lengths

segments min max mean median
segments 14801907 10 110 11.09 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
COP.bw 122.73 MB af38d6b5996f2731ce7a7e5d504e20b9
genomic_resource.yaml 1.08 KB ea379c37cd830993ddd8ffb4cbe57e68
statistics/