Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/Endo/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for Endo cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: Endo
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Endo float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Endo
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Endo [0.0338, 6.77]
n
234,108,395
mean
0.0427
sd
0.0386

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 234108395 21129722
chr1 18656780 8.56% 1676150
chr2 16316680 7.98% 1481390
chr3 13699530 7.14% 1255936
chr4 14770340 8.49% 1336343
chr5 15439940 9.39% 1374034
chr6 12675120 7.87% 1150861
chr7 13702290 8.70% 1232058
chr8 10030560 7.91% 913289
chr9 11206930 8.36% 1011528
chr10 11784790 8.56% 1061224
chr11 11598210 8.94% 1039610
chr12 11149220 8.96% 998683
chr13 9915900 8.34% 899680
chr14 9640600 8.60% 871166
chr15 8611810 8.68% 775666
chr16 7576080 7.75% 691236
chr17 6012870 8.02% 545342
chr18 4217190 8.97% 377263
chr19 4470970 8.67% 402268
chr20 4420510 9.69% 393373
chr21 4238420 8.27% 383455
chr22 6753990 13.17% 583781
chrUn_NW_026528016v1 100 10
chrUn_NW_026528017v1 2390 226
chrUn_NW_026528021v1 1480 131
chrUn_NW_026528026v1 2350 211
chrUn_NW_026528029v1 920 83
chrUn_NW_026528038v1 600 56
chrUn_NW_026528039v1 870 86
chrUn_NW_026528065v1 410 36
chrUn_NW_026528075v1 960 91
chrUn_NW_026528103v1 380 38
chrUn_NW_026528125v1 570 52
chrUn_NW_026528140v1 1150 107
chrUn_NW_026528210v1 270 26
chrUn_NW_026528215v1 1150 110
chrUn_NW_026528219v1 40 4
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 200 20
chrUn_NW_026528226v1 490 46
chrUn_NW_026528228v1 520 52
chrUn_NW_026528230v1 990 89
chrUn_NW_026528232v1 1170 114
chrUn_NW_026528259v1 60 6
chrUn_NW_026528278v1 1000 95
chrUn_NW_026528285v1 80 8
chrUn_NW_026528295v1 1490 136
chrUn_NW_026528296v1 10260 909
chrUn_NW_026528310v1 900 84
chrUn_NW_026528320v1 150 15
chrUn_NW_026528327v1 80 8
chrUn_NW_026528332v1 60 6
chrUn_NW_026528335v1 120 12
chrUn_NW_026528338v1 280 27
chrUn_NW_026528339v1 380 38
chrUn_NW_026528345v1 100 9
chrUn_NW_026528347v1 40 4
chrUn_NW_026528350v1 80 8
chrUn_NW_026528353v1 220 19
chrUn_NW_026528356v1 140 14
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 1050 103
chrUn_NW_026528370v1 750 66
chrUn_NW_026528371v1 1490 141
chrUn_NW_026528372v1 280 26
chrUn_NW_026528373v1 1610 149
chrUn_NW_026528378v1 60 6
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 160 15
chrUn_NW_026528385v1 260 24
chrUn_NW_026528390v1 140 14
chrUn_NW_026528393v1 60 6
chrUn_NW_026528397v1 40 4
chrUn_NW_026528403v1 60 6
chrUn_NW_026528408v1 120 12
chrUn_NW_026528409v1 40 4
chrUn_NW_026528412v1 140 12
chrUn_NW_026528413v1 60 6
chrUn_NW_026528416v1 40 4
chrUn_NW_026528420v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 400 39
chrUn_NW_026528431v1 670 65
chrUn_NW_026528432v1 2720 233
chrUn_NW_026528433v1 6400 548
chrUn_NW_026528440v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 3140 283
chrUn_NW_026528558v1 11590 1080
chrUn_NW_026528559v1 570 53
chrUn_NW_026528561v1 460 46
chrUn_NW_026528588v1 100 10
chrUn_NW_026528589v1 130 13
chrUn_NW_026528590v1 8200 777
chrUn_NW_026528596v1 13650 1276
chrUn_NW_026528609v1 110 11
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 120 11
chrUn_NW_026528621v1 280 26
chrUn_NW_026528631v1 120 10
chrUn_NW_026528634v1 940 83
chrUn_NW_026528644v1 40 4
chrUn_NW_026528650v1 60 6
chrUn_NW_026528656v1 30 2
chrUn_NW_026528661v1 80 8
chrUn_NW_026528668v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 20 2
chrUn_NW_026528708v1 80 8
chrUn_NW_026528719v1 1700 165
chrUn_NW_026528737v1 150 14
chrUn_NW_026528739v1 260 26
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 130 13
chrUn_NW_026528750v1 80 8
chrUn_NW_026528752v1 40 4
chrUn_NW_026528754v1 80 8
chrUn_NW_026528755v1 850 80
chrUn_NW_026528772v1 140 14
chrUn_NW_026528775v1 60 6
chrUn_NW_026528777v1 20 2
chrUn_NW_026528784v1 40 4
chrUn_NW_026528785v1 40 4
chrUn_NW_026528786v1 130 13
chrUn_NW_026528788v1 80 8
chrUn_NW_026528791v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 470 47
chrUn_NW_026528795v1 170 16
chrUn_NW_026528796v1 620 61
chrUn_NW_026528797v1 6460 608
chrUn_NW_026528798v1 1130 98
chrUn_NW_026528799v1 240 24
chrUn_NW_026528880v1 100 10
chrUn_NW_026528882v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 180 16
chrUn_NW_026528888v1 60 6
chrUn_NW_026528889v1 80 8
chrUn_NW_026528891v1 220 20
chrUn_NW_026528893v1 60 6
chrUn_NW_026528894v1 2520 236
chrUn_NW_026528899v1 70 7
chrUn_NW_026528900v1 300 30
chrUn_NW_026528902v1 770 70
chrUn_NW_026528903v1 3620 320
chrUn_NW_026528917v1 810 73
chrUn_NW_026528926v1 240 22
chrUn_NW_026528928v1 5090 482
chrUn_NW_026528937v1 530 51
chrUn_NW_026528938v1 70 7
chrUn_NW_026528950v1 130 13
chrUn_NW_026528952v1 110 11
chrUn_NW_026528957v1 6080 560
chrUn_NW_026528960v1 380 35
chrUn_NW_026528975v1 790 72
chrUn_NW_026528984v1 200 20
chrUn_NW_026528985v1 20 2
chrUn_NW_026528986v1 20 2
chrUn_NW_026528987v1 30 3
chrUn_NW_026528988v1 640 62
chrUn_NW_026528989v1 40 4
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 170 16
chrUn_NW_026529007v1 640 61
chrUn_NW_026529008v1 7120 636
chrUn_NW_026529013v1 260 26
chrUn_NW_026529015v1 650 64
chrUn_NW_026529016v1 5670 521
chrUn_NW_026529060v1 1985 184
chrUn_NW_026529081v1 1390 133
chrUn_NW_026529085v1 2310 218
chrX 6922500 4.67% 647760
chrX_NW_026527892v1_random 900 83
chrX_NW_026527894v1_random 1210 109
chrX_NW_026527897v1_random 790 74
chrY 96200 1.17% 9044
chrY_NW_026527906v1_random 60 6
chrY_NW_026527909v1_random 260 26
chrY_NW_026527911v1_random 240 24
chrY_NW_026527913v1_random 280 28
chrY_NW_026527914v1_random 960 93
chrY_NW_026527915v1_random 80 8
chrY_NW_026527916v1_random 300 29
chrY_NW_026527918v1_random 180 18
chrY_NW_026527919v1_random 160 15
chrY_NW_026527927v1_random 80 8
chrY_NW_026527931v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 200 20
chrY_NW_026527938v1_random 2850 267
chrY_NW_026527939v1_random 140 14
chrY_NW_026527942v1_random 1350 132
chrY_NW_026527945v1_random 160 16
chrY_NW_026527948v1_random 260 26
chrY_NW_026527949v1_random 1470 145
chrY_NW_026527950v1_random 4300 390
chrY_NW_026527951v1_random 780 74
chrY_NW_026527955v1_random 600 57
chrY_NW_026527956v1_random 1440 134
chrY_NW_026527958v1_random 1500 134
chrY_NW_026527960v1_random 520 50
chrY_NW_026527961v1_random 1290 120
chrY_NW_026527966v1_random 23340 2081
chrY_NW_026527967v1_random 1330 127
chrY_NW_026527968v1_random 7870 757
chrY_NW_026527969v1_random 80 8
chrY_NW_026527974v1_random 220 22
chrY_NW_026527980v1_random 460 45

Segment lengths

segments min max mean median
segments 21129722 5 110 11.08 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
Endo.bw 152.86 MB 3ffc90280b15c21ababd122d919b41db
genomic_resource.yaml 1.08 KB d017c3fb7faf9828fffcd2a10b871d8c
statistics/