Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/Ependymal/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for Ependymal cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: Ependymal
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Ependymal float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Ependymal
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Ependymal [0.0127, 12.8]
n
451,290,028
mean
0.0222
sd
0.0455

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 451290028 38773766
chr1 35743840 16.40% 3061307
chr2 30698990 15.01% 2654820
chr3 26048550 13.57% 2271262
chr4 26750880 15.37% 2308383
chr5 31905460 19.41% 2698243
chr6 24207650 15.04% 2089874
chr7 28128620 17.85% 2397890
chr8 19176360 15.12% 1658085
chr9 21576390 16.10% 1854549
chr10 24011535 17.44% 2050936
chr11 22651490 17.47% 1934350
chr12 21717490 17.45% 1851316
chr13 17310650 14.55% 1502059
chr14 17141620 15.29% 1479971
chr15 17001340 17.14% 1453336
chr16 14503680 14.83% 1257271
chr17 11637620 15.53% 1003427
chr18 7936920 16.88% 679013
chr19 8808770 17.08% 753323
chr20 8650410 18.96% 731593
chr21 7625180 14.88% 659213
chr22 12902960 25.15% 1073270
chrUn_NW_026528016v1 260 26
chrUn_NW_026528017v1 1790 174
chrUn_NW_026528021v1 1985 173
chrUn_NW_026528026v1 3460 312
chrUn_NW_026528029v1 2010 159
chrUn_NW_026528038v1 950 91
chrUn_NW_026528039v1 1910 175
chrUn_NW_026528065v1 1350 103
chrUn_NW_026528075v1 1400 128
chrUn_NW_026528103v1 380 37
chrUn_NW_026528125v1 630 62
chrUn_NW_026528140v1 2740 242
chrUn_NW_026528210v1 600 56
chrUn_NW_026528215v1 1310 121
chrUn_NW_026528218v1 40 4
chrUn_NW_026528219v1 60 6
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528221v1 40 4
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 410 41
chrUn_NW_026528226v1 970 80
chrUn_NW_026528228v1 1180 111
chrUn_NW_026528230v1 1070 98
chrUn_NW_026528232v1 2340 222
chrUn_NW_026528259v1 40 4
chrUn_NW_026528278v1 1610 137
chrUn_NW_026528285v1 40 4
chrUn_NW_026528292v1 120 12
chrUn_NW_026528295v1 1610 144
chrUn_NW_026528296v1 24420 1981
chrUn_NW_026528310v1 1020 93
chrUn_NW_026528320v1 150 15
chrUn_NW_026528327v1 310 30
chrUn_NW_026528332v1 180 18
chrUn_NW_026528335v1 100 10
chrUn_NW_026528338v1 320 31
chrUn_NW_026528339v1 380 34
chrUn_NW_026528345v1 180 17
chrUn_NW_026528347v1 60 6
chrUn_NW_026528350v1 230 20
chrUn_NW_026528353v1 240 23
chrUn_NW_026528356v1 220 20
chrUn_NW_026528363v1 1630 147
chrUn_NW_026528370v1 410 35
chrUn_NW_026528371v1 1970 179
chrUn_NW_026528372v1 880 78
chrUn_NW_026528373v1 3400 302
chrUn_NW_026528378v1 50 4
chrUn_NW_026528380v1 40 4
chrUn_NW_026528382v1 40 4
chrUn_NW_026528384v1 190 19
chrUn_NW_026528385v1 290 27
chrUn_NW_026528390v1 90 9
chrUn_NW_026528393v1 100 9
chrUn_NW_026528397v1 180 16
chrUn_NW_026528403v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 80 8
chrUn_NW_026528409v1 60 6
chrUn_NW_026528412v1 120 12
chrUn_NW_026528413v1 40 4
chrUn_NW_026528416v1 60 6
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 420 42
chrUn_NW_026528431v1 1910 176
chrUn_NW_026528432v1 3720 307
chrUn_NW_026528433v1 7550 633
chrUn_NW_026528440v1 60 6
chrUn_NW_026528480v1 3880 351
chrUn_NW_026528558v1 14510 1331
chrUn_NW_026528559v1 330 29
chrUn_NW_026528561v1 1510 134
chrUn_NW_026528588v1 120 12
chrUn_NW_026528589v1 120 12
chrUn_NW_026528590v1 9960 934
chrUn_NW_026528596v1 14820 1347
chrUn_NW_026528609v1 140 14
chrUn_NW_026528611v1 40 4
chrUn_NW_026528615v1 80 8
chrUn_NW_026528621v1 340 34
chrUn_NW_026528631v1 220 21
chrUn_NW_026528634v1 1870 175
chrUn_NW_026528635v1 40 4
chrUn_NW_026528644v1 110 11
chrUn_NW_026528650v1 100 10
chrUn_NW_026528656v1 20 2
chrUn_NW_026528660v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 150 14
chrUn_NW_026528670v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 100 10
chrUn_NW_026528708v1 60 5
chrUn_NW_026528719v1 5160 465
chrUn_NW_026528737v1 190 18
chrUn_NW_026528739v1 120 12
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 120 12
chrUn_NW_026528748v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 60 6
chrUn_NW_026528752v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 40 4
chrUn_NW_026528755v1 900 87
chrUn_NW_026528772v1 80 8
chrUn_NW_026528775v1 70 7
chrUn_NW_026528777v1 60 6
chrUn_NW_026528784v1 60 6
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 130 12
chrUn_NW_026528788v1 20 2
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 790 74
chrUn_NW_026528795v1 680 63
chrUn_NW_026528796v1 1640 154
chrUn_NW_026528797v1 17250 1539
chrUn_NW_026528798v1 2880 246
chrUn_NW_026528799v1 510 44
chrUn_NW_026528880v1 140 13
chrUn_NW_026528882v1 100 9
chrUn_NW_026528884v1 80 8
chrUn_NW_026528885v1 110 9
chrUn_NW_026528887v1 380 36
chrUn_NW_026528888v1 240 21
chrUn_NW_026528889v1 80 8
chrUn_NW_026528891v1 480 47
chrUn_NW_026528893v1 60 6
chrUn_NW_026528894v1 4490 391
chrUn_NW_026528896v1 20 2
chrUn_NW_026528899v1 60 6
chrUn_NW_026528900v1 530 49
chrUn_NW_026528902v1 930 92
chrUn_NW_026528903v1 6510 547
chrUn_NW_026528917v1 1280 110
chrUn_NW_026528926v1 840 75
chrUn_NW_026528928v1 7240 665
chrUn_NW_026528937v1 580 57
chrUn_NW_026528938v1 20 2
chrUn_NW_026528950v1 180 16
chrUn_NW_026528952v1 100 9
chrUn_NW_026528957v1 7590 688
chrUn_NW_026528960v1 1361 124
chrUn_NW_026528975v1 1330 126
chrUn_NW_026528984v1 370 37
chrUn_NW_026528985v1 80 8
chrUn_NW_026528987v1 80 7
chrUn_NW_026528988v1 960 92
chrUn_NW_026528989v1 80 8
chrUn_NW_026528992v1 60 6
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 180 16
chrUn_NW_026529007v1 1150 102
chrUn_NW_026529008v1 15570 1307
chrUn_NW_026529013v1 690 62
chrUn_NW_026529015v1 1110 105
chrUn_NW_026529016v1 7690 681
chrUn_NW_026529060v1 3780 316
chrUn_NW_026529081v1 1760 169
chrUn_NW_026529085v1 2930 264
chrX 14683097 9.91% 1308098
chrX_NW_026527892v1_random 1640 153
chrX_NW_026527894v1_random 2090 189
chrX_NW_026527897v1_random 650 64
chrY 151280 1.84% 13711
chrY_NW_026527906v1_random 20 2
chrY_NW_026527909v1_random 170 17
chrY_NW_026527911v1_random 1120 105
chrY_NW_026527913v1_random 730 67
chrY_NW_026527914v1_random 5530 465
chrY_NW_026527915v1_random 20 2
chrY_NW_026527916v1_random 310 30
chrY_NW_026527918v1_random 160 15
chrY_NW_026527919v1_random 600 55
chrY_NW_026527927v1_random 60 6
chrY_NW_026527928v1_random 40 4
chrY_NW_026527932v1_random 120 12
chrY_NW_026527938v1_random 4100 381
chrY_NW_026527939v1_random 160 16
chrY_NW_026527942v1_random 1050 105
chrY_NW_026527945v1_random 80 8
chrY_NW_026527948v1_random 160 16
chrY_NW_026527949v1_random 5970 521
chrY_NW_026527950v1_random 8030 672
chrY_NW_026527951v1_random 1140 106
chrY_NW_026527955v1_random 980 96
chrY_NW_026527956v1_random 2500 236
chrY_NW_026527958v1_random 2760 257
chrY_NW_026527960v1_random 530 51
chrY_NW_026527961v1_random 1800 170
chrY_NW_026527966v1_random 32290 2880
chrY_NW_026527967v1_random 1270 123
chrY_NW_026527968v1_random 9860 929
chrY_NW_026527969v1_random 140 13
chrY_NW_026527974v1_random 220 22
chrY_NW_026527980v1_random 720 66

Segment lengths

segments min max mean median
segments 38773766 1 130 11.64 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
Ependymal.bw 231.19 MB 9f596327ef83143ed1723408e3ef19f8
genomic_resource.yaml 1.1 KB 0b4d5c855ce406d087edbd059fc57e01
statistics/