Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/GPe-NDB-SI_LHX6-LHX8-GBX1_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for GPe-NDB-SI_LHX6-LHX8-GBX1_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: GPe-NDB-SI_LHX6-LHX8-GBX1_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPe-NDB-SI_LHX6-LHX8-GBX1_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPe-NDB-SI_LHX6-LHX8-GBX1_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPe-NDB-SI_LHX6-LHX8-GBX1_GABA [0.00581, 1.78]
n
877,021,863
mean
0.0114
sd
0.0183

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 877021863 71779699
chr1 69579610 31.92% 5688749
chr2 61259220 29.96% 5024059
chr3 48630140 25.34% 4022791
chr4 50148110 28.81% 4120463
chr5 63461460 38.61% 5150820
chr6 48574350 30.17% 3976940
chr7 55913600 35.49% 4551550
chr8 37627560 29.66% 3084650
chr9 42773170 31.91% 3497000
chr10 45248580 32.87% 3692909
chr11 44001960 33.93% 3592355
chr12 43545380 34.98% 3543741
chr13 35727350 30.04% 2924585
chr14 34694990 30.95% 2839766
chr15 34101670 34.38% 2775558
chr16 28650760 29.29% 2351749
chr17 21979000 29.33% 1801435
chr18 15064060 32.03% 1232286
chr19 17809030 34.53% 1448663
chr20 16215040 35.55% 1317717
chr21 14366290 28.03% 1180871
chr22 21931880 42.75% 1779969
chrUn_NW_026528016v1 230 20
chrUn_NW_026528017v1 1610 153
chrUn_NW_026528021v1 3755 292
chrUn_NW_026528026v1 3530 315
chrUn_NW_026528029v1 2947 216
chrUn_NW_026528038v1 4220 358
chrUn_NW_026528039v1 6970 609
chrUn_NW_026528065v1 1640 118
chrUn_NW_026528075v1 1920 168
chrUn_NW_026528103v1 180 18
chrUn_NW_026528123v1 40 4
chrUn_NW_026528125v1 660 59
chrUn_NW_026528140v1 4950 408
chrUn_NW_026528210v1 950 87
chrUn_NW_026528215v1 2080 187
chrUn_NW_026528217v1 20 2
chrUn_NW_026528218v1 70 7
chrUn_NW_026528219v1 140 14
chrUn_NW_026528221v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 40 4
chrUn_NW_026528224v1 100 7
chrUn_NW_026528225v1 490 44
chrUn_NW_026528226v1 660 60
chrUn_NW_026528228v1 1710 155
chrUn_NW_026528230v1 2550 225
chrUn_NW_026528232v1 8600 716
chrUn_NW_026528259v1 40 4
chrUn_NW_026528278v1 3020 247
chrUn_NW_026528285v1 300 28
chrUn_NW_026528292v1 160 15
chrUn_NW_026528295v1 1690 154
chrUn_NW_026528296v1 41303 3375
chrUn_NW_026528310v1 790 77
chrUn_NW_026528320v1 160 15
chrUn_NW_026528327v1 370 35
chrUn_NW_026528332v1 210 21
chrUn_NW_026528335v1 120 12
chrUn_NW_026528338v1 400 39
chrUn_NW_026528339v1 190 18
chrUn_NW_026528345v1 120 11
chrUn_NW_026528347v1 80 8
chrUn_NW_026528350v1 80 8
chrUn_NW_026528353v1 290 28
chrUn_NW_026528356v1 190 17
chrUn_NW_026528360v1 80 8
chrUn_NW_026528363v1 1480 138
chrUn_NW_026528370v1 1100 99
chrUn_NW_026528371v1 6550 519
chrUn_NW_026528372v1 2720 231
chrUn_NW_026528373v1 8720 710
chrUn_NW_026528378v1 60 6
chrUn_NW_026528380v1 40 4
chrUn_NW_026528381v1 20 2
chrUn_NW_026528382v1 40 4
chrUn_NW_026528384v1 100 10
chrUn_NW_026528385v1 240 22
chrUn_NW_026528390v1 280 28
chrUn_NW_026528393v1 160 15
chrUn_NW_026528396v1 80 8
chrUn_NW_026528397v1 80 8
chrUn_NW_026528403v1 100 9
chrUn_NW_026528404v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 40 4
chrUn_NW_026528409v1 60 6
chrUn_NW_026528412v1 40 4
chrUn_NW_026528416v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 270 25
chrUn_NW_026528431v1 2600 231
chrUn_NW_026528432v1 4080 342
chrUn_NW_026528433v1 15050 1202
chrUn_NW_026528440v1 40 4
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 2950 269
chrUn_NW_026528558v1 12150 1111
chrUn_NW_026528559v1 450 44
chrUn_NW_026528561v1 1230 118
chrUn_NW_026528588v1 60 6
chrUn_NW_026528589v1 80 8
chrUn_NW_026528590v1 13160 1203
chrUn_NW_026528596v1 14830 1356
chrUn_NW_026528609v1 210 20
chrUn_NW_026528611v1 160 16
chrUn_NW_026528615v1 140 14
chrUn_NW_026528621v1 1110 103
chrUn_NW_026528631v1 1020 91
chrUn_NW_026528634v1 1260 120
chrUn_NW_026528635v1 20 2
chrUn_NW_026528644v1 60 5
chrUn_NW_026528650v1 100 10
chrUn_NW_026528656v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 80 8
chrUn_NW_026528677v1 250 23
chrUn_NW_026528708v1 80 8
chrUn_NW_026528719v1 3170 302
chrUn_NW_026528737v1 710 64
chrUn_NW_026528739v1 80 8
chrUn_NW_026528745v1 100 10
chrUn_NW_026528748v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 60 6
chrUn_NW_026528752v1 160 14
chrUn_NW_026528754v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 948 93
chrUn_NW_026528772v1 120 12
chrUn_NW_026528775v1 220 17
chrUn_NW_026528784v1 130 12
chrUn_NW_026528785v1 80 6
chrUn_NW_026528786v1 80 8
chrUn_NW_026528788v1 140 13
chrUn_NW_026528791v1 20 2
chrUn_NW_026528792v1 60 5
chrUn_NW_026528793v1 780 72
chrUn_NW_026528795v1 780 75
chrUn_NW_026528796v1 2080 186
chrUn_NW_026528797v1 24800 2092
chrUn_NW_026528798v1 4810 399
chrUn_NW_026528799v1 1780 158
chrUn_NW_026528880v1 280 25
chrUn_NW_026528882v1 20 2
chrUn_NW_026528883v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 140 14
chrUn_NW_026528885v1 60 6
chrUn_NW_026528887v1 780 67
chrUn_NW_026528888v1 100 10
chrUn_NW_026528889v1 40 4
chrUn_NW_026528891v1 370 35
chrUn_NW_026528893v1 60 6
chrUn_NW_026528894v1 2990 275
chrUn_NW_026528896v1 40 4
chrUn_NW_026528899v1 140 14
chrUn_NW_026528900v1 1440 126
chrUn_NW_026528902v1 870 83
chrUn_NW_026528903v1 8650 711
chrUn_NW_026528917v1 1490 131
chrUn_NW_026528926v1 890 81
chrUn_NW_026528928v1 6910 642
chrUn_NW_026528937v1 480 47
chrUn_NW_026528938v1 120 12
chrUn_NW_026528950v1 200 20
chrUn_NW_026528952v1 140 14
chrUn_NW_026528957v1 7840 715
chrUn_NW_026528960v1 1520 134
chrUn_NW_026528975v1 1240 114
chrUn_NW_026528984v1 440 42
chrUn_NW_026528985v1 60 5
chrUn_NW_026528987v1 90 8
chrUn_NW_026528988v1 990 89
chrUn_NW_026528989v1 80 8
chrUn_NW_026528990v1 40 4
chrUn_NW_026528992v1 120 12
chrUn_NW_026528996v1 230 22
chrUn_NW_026529007v1 2890 236
chrUn_NW_026529008v1 27990 2275
chrUn_NW_026529013v1 590 54
chrUn_NW_026529015v1 960 92
chrUn_NW_026529016v1 7340 661
chrUn_NW_026529060v1 10075 800
chrUn_NW_026529081v1 2520 235
chrUn_NW_026529085v1 6010 523
chrX 25000000 16.87% 2118813
chrX_NW_026527892v1_random 3050 265
chrX_NW_026527894v1_random 3770 334
chrX_NW_026527897v1_random 1360 122
chrY 295200 3.59% 25655
chrY_NW_026527906v1_random 40 4
chrY_NW_026527909v1_random 100 10
chrY_NW_026527911v1_random 1000 88
chrY_NW_026527913v1_random 2510 223
chrY_NW_026527914v1_random 3790 332
chrY_NW_026527915v1_random 20 2
chrY_NW_026527916v1_random 320 32
chrY_NW_026527918v1_random 190 19
chrY_NW_026527919v1_random 850 77
chrY_NW_026527927v1_random 260 26
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 620 58
chrY_NW_026527938v1_random 4310 396
chrY_NW_026527939v1_random 180 17
chrY_NW_026527942v1_random 1420 138
chrY_NW_026527945v1_random 20 2
chrY_NW_026527948v1_random 160 16
chrY_NW_026527949v1_random 11000 919
chrY_NW_026527950v1_random 8690 763
chrY_NW_026527951v1_random 1140 109
chrY_NW_026527955v1_random 1800 170
chrY_NW_026527956v1_random 1715 149
chrY_NW_026527958v1_random 1730 142
chrY_NW_026527960v1_random 1060 95
chrY_NW_026527961v1_random 3130 278
chrY_NW_026527966v1_random 24300 2143
chrY_NW_026527967v1_random 1240 121
chrY_NW_026527968v1_random 10960 979
chrY_NW_026527969v1_random 440 40
chrY_NW_026527974v1_random 170 17
chrY_NW_026527980v1_random 480 47

Segment lengths

segments min max mean median
segments 71779699 3 150 12.22 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
GPe-NDB-SI_LHX6-LHX8-GBX1_GABA.bw 503.32 MB 4b93663179da2518d47ada45a295fda6
genomic_resource.yaml 1.18 KB 52027e6a4f75ccc1f011bc3c854f89cd
statistics/