Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/GPe_MEIS2-SOX6_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for GPe_MEIS2-SOX6_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: GPe_MEIS2-SOX6_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPe_MEIS2-SOX6_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPe_MEIS2-SOX6_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPe_MEIS2-SOX6_GABA [0.0284, 2.33]
n
261,166,595
mean
0.0383
sd
0.0343

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 261166595 23009288
chr1 21533530 9.88% 1884849
chr2 17843670 8.73% 1580185
chr3 12526550 6.53% 1129501
chr4 14323020 8.23% 1274621
chr5 20643230 12.56% 1787065
chr6 14296090 8.88% 1265643
chr7 17299760 10.98% 1511068
chr8 10688790 8.43% 950429
chr9 12760170 9.52% 1122902
chr10 14362680 10.43% 1259539
chr11 13536960 10.44% 1184579
chr12 12660680 10.17% 1109369
chr13 9975460 8.39% 887597
chr14 10311730 9.20% 912419
chr15 10600560 10.69% 929490
chr16 8185950 8.37% 728195
chr17 6104100 8.15% 545659
chr18 4573980 9.73% 402043
chr19 5458410 10.58% 477967
chr20 5437530 11.92% 471675
chr21 3920310 7.65% 350189
chr22 8144210 15.88% 693222
chrUn_NW_026528017v1 340 34
chrUn_NW_026528021v1 1025 95
chrUn_NW_026528026v1 600 59
chrUn_NW_026528029v1 980 83
chrUn_NW_026528038v1 960 92
chrUn_NW_026528039v1 1500 146
chrUn_NW_026528065v1 470 39
chrUn_NW_026528075v1 390 39
chrUn_NW_026528103v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 170 15
chrUn_NW_026528140v1 1020 95
chrUn_NW_026528210v1 200 20
chrUn_NW_026528215v1 300 30
chrUn_NW_026528217v1 20 2
chrUn_NW_026528218v1 20 2
chrUn_NW_026528219v1 60 5
chrUn_NW_026528221v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 60 5
chrUn_NW_026528225v1 40 4
chrUn_NW_026528226v1 90 8
chrUn_NW_026528228v1 280 28
chrUn_NW_026528230v1 260 26
chrUn_NW_026528232v1 2570 232
chrUn_NW_026528278v1 1140 100
chrUn_NW_026528285v1 60 6
chrUn_NW_026528292v1 20 2
chrUn_NW_026528295v1 200 20
chrUn_NW_026528296v1 15270 1311
chrUn_NW_026528310v1 20 2
chrUn_NW_026528320v1 50 5
chrUn_NW_026528327v1 20 2
chrUn_NW_026528335v1 40 4
chrUn_NW_026528339v1 60 6
chrUn_NW_026528345v1 20 2
chrUn_NW_026528347v1 60 6
chrUn_NW_026528353v1 70 7
chrUn_NW_026528363v1 280 28
chrUn_NW_026528370v1 490 44
chrUn_NW_026528371v1 1690 157
chrUn_NW_026528372v1 1050 92
chrUn_NW_026528373v1 1440 139
chrUn_NW_026528384v1 20 2
chrUn_NW_026528385v1 40 4
chrUn_NW_026528390v1 40 4
chrUn_NW_026528393v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 40 4
chrUn_NW_026528412v1 20 2
chrUn_NW_026528416v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 40 4
chrUn_NW_026528431v1 530 51
chrUn_NW_026528432v1 1080 99
chrUn_NW_026528433v1 4800 427
chrUn_NW_026528480v1 550 52
chrUn_NW_026528558v1 2300 225
chrUn_NW_026528559v1 150 14
chrUn_NW_026528561v1 380 36
chrUn_NW_026528590v1 1850 181
chrUn_NW_026528596v1 2850 283
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 20 2
chrUn_NW_026528621v1 160 16
chrUn_NW_026528631v1 520 47
chrUn_NW_026528634v1 140 14
chrUn_NW_026528650v1 80 8
chrUn_NW_026528668v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 20 2
chrUn_NW_026528708v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 1430 137
chrUn_NW_026528737v1 120 12
chrUn_NW_026528739v1 60 6
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 20 2
chrUn_NW_026528772v1 20 2
chrUn_NW_026528775v1 40 4
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 80 8
chrUn_NW_026528795v1 100 10
chrUn_NW_026528796v1 330 32
chrUn_NW_026528797v1 5060 481
chrUn_NW_026528798v1 1200 108
chrUn_NW_026528799v1 360 35
chrUn_NW_026528880v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 370 32
chrUn_NW_026528888v1 20 2
chrUn_NW_026528889v1 100 10
chrUn_NW_026528891v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 580 56
chrUn_NW_026528899v1 20 2
chrUn_NW_026528900v1 510 46
chrUn_NW_026528902v1 270 25
chrUn_NW_026528903v1 2060 185
chrUn_NW_026528917v1 410 41
chrUn_NW_026528926v1 230 23
chrUn_NW_026528928v1 1620 158
chrUn_NW_026528937v1 190 18
chrUn_NW_026528938v1 40 4
chrUn_NW_026528950v1 80 8
chrUn_NW_026528952v1 20 2
chrUn_NW_026528957v1 1300 127
chrUn_NW_026528960v1 350 33
chrUn_NW_026528975v1 320 32
chrUn_NW_026528984v1 60 6
chrUn_NW_026528987v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 140 14
chrUn_NW_026528996v1 60 6
chrUn_NW_026529007v1 720 62
chrUn_NW_026529008v1 8650 774
chrUn_NW_026529013v1 120 12
chrUn_NW_026529015v1 180 18
chrUn_NW_026529016v1 1780 172
chrUn_NW_026529060v1 3600 314
chrUn_NW_026529081v1 670 66
chrUn_NW_026529085v1 1440 133
chrX 5782650 3.90% 532980
chrX_NW_026527892v1_random 1060 100
chrX_NW_026527894v1_random 990 90
chrX_NW_026527897v1_random 250 25
chrY 90100 1.10% 8306
chrY_NW_026527906v1_random 20 2
chrY_NW_026527909v1_random 40 4
chrY_NW_026527911v1_random 360 35
chrY_NW_026527913v1_random 350 35
chrY_NW_026527914v1_random 470 47
chrY_NW_026527915v1_random 20 2
chrY_NW_026527916v1_random 80 8
chrY_NW_026527918v1_random 60 6
chrY_NW_026527919v1_random 180 18
chrY_NW_026527927v1_random 100 10
chrY_NW_026527932v1_random 180 18
chrY_NW_026527938v1_random 800 78
chrY_NW_026527939v1_random 40 4
chrY_NW_026527942v1_random 220 22
chrY_NW_026527948v1_random 80 8
chrY_NW_026527949v1_random 1710 161
chrY_NW_026527950v1_random 1700 155
chrY_NW_026527951v1_random 200 20
chrY_NW_026527955v1_random 300 30
chrY_NW_026527956v1_random 810 75
chrY_NW_026527958v1_random 650 57
chrY_NW_026527960v1_random 130 13
chrY_NW_026527961v1_random 480 47
chrY_NW_026527966v1_random 8460 742
chrY_NW_026527967v1_random 150 14
chrY_NW_026527968v1_random 2220 219
chrY_NW_026527969v1_random 250 22
chrY_NW_026527974v1_random 60 6
chrY_NW_026527980v1_random 60 6

Segment lengths

segments min max mean median
segments 23009288 5 140 11.35 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
GPe_MEIS2-SOX6_GABA.bw 160.48 MB f14260932879dec53383a3fbb9b90e5f
genomic_resource.yaml 1.14 KB 5304c7da14171a829c37f33a0ededff4
statistics/