Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/GPe_SOX6-CTXND1_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for GPe_SOX6-CTXND1_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: GPe_SOX6-CTXND1_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPe_SOX6-CTXND1_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPe_SOX6-CTXND1_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPe_SOX6-CTXND1_GABA [0.0149, 3.74]
n
433,166,926
mean
0.0231
sd
0.0281

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 433166926 37131152
chr1 34671260 15.91% 2959023
chr2 30139130 14.74% 2594842
chr3 23191630 12.08% 2024786
chr4 23571480 13.54% 2043612
chr5 32861740 19.99% 2766776
chr6 23845679 14.81% 2050908
chr7 28158290 17.87% 2390556
chr8 18410990 14.51% 1588401
chr9 20963130 15.64% 1797628
chr10 22813220 16.57% 1947982
chr11 21764760 16.78% 1853054
chr12 22370720 17.97% 1896413
chr13 17668530 14.86% 1521138
chr14 16765580 14.96% 1441812
chr15 16841300 16.98% 1436821
chr16 13677770 13.98% 1182962
chr17 10209410 13.62% 885760
chr18 7450060 15.84% 638702
chr19 9033270 17.52% 767141
chr20 8210920 18.00% 696096
chr21 6774490 13.22% 585581
chr22 11759980 22.92% 982000
chrUn_NW_026528016v1 180 17
chrUn_NW_026528017v1 1330 129
chrUn_NW_026528021v1 1870 151
chrUn_NW_026528026v1 1630 149
chrUn_NW_026528029v1 1197 107
chrUn_NW_026528038v1 1570 143
chrUn_NW_026528039v1 2290 211
chrUn_NW_026528065v1 1190 87
chrUn_NW_026528075v1 820 77
chrUn_NW_026528103v1 80 8
chrUn_NW_026528123v1 40 4
chrUn_NW_026528125v1 310 31
chrUn_NW_026528140v1 2640 241
chrUn_NW_026528210v1 510 49
chrUn_NW_026528215v1 930 86
chrUn_NW_026528218v1 40 3
chrUn_NW_026528219v1 100 9
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 40 4
chrUn_NW_026528225v1 290 28
chrUn_NW_026528226v1 280 25
chrUn_NW_026528228v1 590 58
chrUn_NW_026528230v1 1550 137
chrUn_NW_026528232v1 4490 393
chrUn_NW_026528259v1 80 8
chrUn_NW_026528278v1 1690 141
chrUn_NW_026528285v1 100 9
chrUn_NW_026528292v1 60 6
chrUn_NW_026528295v1 1080 105
chrUn_NW_026528296v1 23360 1911
chrUn_NW_026528310v1 760 75
chrUn_NW_026528320v1 180 18
chrUn_NW_026528327v1 40 4
chrUn_NW_026528332v1 20 2
chrUn_NW_026528335v1 100 9
chrUn_NW_026528338v1 160 16
chrUn_NW_026528339v1 180 18
chrUn_NW_026528345v1 20 2
chrUn_NW_026528347v1 20 2
chrUn_NW_026528350v1 60 6
chrUn_NW_026528353v1 160 16
chrUn_NW_026528356v1 40 4
chrUn_NW_026528363v1 1000 94
chrUn_NW_026528370v1 560 49
chrUn_NW_026528371v1 3240 284
chrUn_NW_026528372v1 1270 104
chrUn_NW_026528373v1 3110 282
chrUn_NW_026528382v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 100 10
chrUn_NW_026528385v1 260 26
chrUn_NW_026528390v1 170 17
chrUn_NW_026528393v1 40 4
chrUn_NW_026528396v1 60 6
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 60 6
chrUn_NW_026528409v1 80 8
chrUn_NW_026528412v1 20 2
chrUn_NW_026528413v1 40 4
chrUn_NW_026528420v1 60 6
chrUn_NW_026528423v1 200 20
chrUn_NW_026528431v1 940 91
chrUn_NW_026528432v1 2470 224
chrUn_NW_026528433v1 7110 602
chrUn_NW_026528440v1 40 4
chrUn_NW_026528480v1 1170 110
chrUn_NW_026528558v1 6210 591
chrUn_NW_026528559v1 320 30
chrUn_NW_026528561v1 960 94
chrUn_NW_026528588v1 100 10
chrUn_NW_026528589v1 40 4
chrUn_NW_026528590v1 6350 598
chrUn_NW_026528596v1 7840 757
chrUn_NW_026528609v1 60 6
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 60 6
chrUn_NW_026528621v1 280 28
chrUn_NW_026528631v1 470 39
chrUn_NW_026528634v1 770 75
chrUn_NW_026528635v1 20 2
chrUn_NW_026528644v1 40 3
chrUn_NW_026528650v1 160 16
chrUn_NW_026528660v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 80 6
chrUn_NW_026528677v1 150 14
chrUn_NW_026528708v1 60 6
chrUn_NW_026528719v1 1610 151
chrUn_NW_026528737v1 290 24
chrUn_NW_026528739v1 80 8
chrUn_NW_026528750v1 30 3
chrUn_NW_026528752v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 310 29
chrUn_NW_026528772v1 110 10
chrUn_NW_026528775v1 40 4
chrUn_NW_026528777v1 40 4
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 100 10
chrUn_NW_026528788v1 20 2
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 360 36
chrUn_NW_026528795v1 400 37
chrUn_NW_026528796v1 850 81
chrUn_NW_026528797v1 11370 1024
chrUn_NW_026528798v1 3360 292
chrUn_NW_026528799v1 770 71
chrUn_NW_026528880v1 120 11
chrUn_NW_026528882v1 40 4
chrUn_NW_026528883v1 40 3
chrUn_NW_026528884v1 40 4
chrUn_NW_026528885v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 520 44
chrUn_NW_026528888v1 90 9
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 240 22
chrUn_NW_026528893v1 40 4
chrUn_NW_026528894v1 2730 252
chrUn_NW_026528896v1 60 6
chrUn_NW_026528899v1 40 4
chrUn_NW_026528900v1 720 68
chrUn_NW_026528902v1 750 74
chrUn_NW_026528903v1 4660 404
chrUn_NW_026528917v1 520 50
chrUn_NW_026528926v1 510 48
chrUn_NW_026528928v1 2420 232
chrUn_NW_026528937v1 280 26
chrUn_NW_026528938v1 80 8
chrUn_NW_026528950v1 40 4
chrUn_NW_026528952v1 20 2
chrUn_NW_026528957v1 3370 316
chrUn_NW_026528960v1 850 82
chrUn_NW_026528975v1 560 51
chrUn_NW_026528984v1 270 27
chrUn_NW_026528985v1 20 2
chrUn_NW_026528987v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 450 43
chrUn_NW_026528989v1 20 2
chrUn_NW_026528992v1 80 8
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 210 21
chrUn_NW_026529007v1 1160 105
chrUn_NW_026529008v1 14900 1248
chrUn_NW_026529013v1 170 17
chrUn_NW_026529015v1 520 51
chrUn_NW_026529016v1 4270 391
chrUn_NW_026529060v1 3660 310
chrUn_NW_026529081v1 1670 161
chrUn_NW_026529085v1 3830 351
chrX 11620000 7.84% 1043644
chrX_NW_026527892v1_random 1280 126
chrX_NW_026527894v1_random 2010 176
chrX_NW_026527897v1_random 1220 115
chrY 172960 2.10% 15653
chrY_NW_026527906v1_random 40 4
chrY_NW_026527909v1_random 120 12
chrY_NW_026527911v1_random 670 64
chrY_NW_026527913v1_random 1990 175
chrY_NW_026527914v1_random 1990 181
chrY_NW_026527915v1_random 60 6
chrY_NW_026527916v1_random 250 25
chrY_NW_026527918v1_random 140 14
chrY_NW_026527919v1_random 250 25
chrY_NW_026527927v1_random 160 16
chrY_NW_026527932v1_random 400 36
chrY_NW_026527938v1_random 1390 133
chrY_NW_026527939v1_random 20 2
chrY_NW_026527942v1_random 1220 117
chrY_NW_026527948v1_random 120 12
chrY_NW_026527949v1_random 2450 223
chrY_NW_026527950v1_random 5050 453
chrY_NW_026527951v1_random 640 59
chrY_NW_026527955v1_random 990 94
chrY_NW_026527956v1_random 1430 133
chrY_NW_026527958v1_random 1340 123
chrY_NW_026527960v1_random 520 49
chrY_NW_026527961v1_random 1930 177
chrY_NW_026527966v1_random 17790 1601
chrY_NW_026527967v1_random 940 94
chrY_NW_026527968v1_random 5230 509
chrY_NW_026527969v1_random 440 41
chrY_NW_026527974v1_random 210 20
chrY_NW_026527980v1_random 260 26

Segment lengths

segments min max mean median
segments 37131152 7 140 11.67 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
GPe_SOX6-CTXND1_GABA.bw 224.42 MB 9a2d1c44de4082cd0a34e6aa4f5caa43
genomic_resource.yaml 1.14 KB 9e797712985f38e5111a89d0fe7d5a27
statistics/