Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/GPi_Core/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for GPi_Core cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: GPi_Core
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPi_Core float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPi_Core
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPi_Core [0.033, 3.04]
n
225,386,030
mean
0.0444
sd
0.0376

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 225386030 20052800
chr1 18292680 8.39% 1620773
chr2 15280760 7.47% 1365655
chr3 11416540 5.95% 1033316
chr4 12583880 7.23% 1129288
chr5 17556150 10.68% 1539047
chr6 11960960 7.43% 1069641
chr7 15121910 9.60% 1333615
chr8 9454040 7.45% 845991
chr9 11018370 8.22% 979341
chr10 12099100 8.79% 1074001
chr11 11834120 9.13% 1044769
chr12 11827840 9.50% 1043632
chr13 8695990 7.31% 778121
chr14 8918490 7.96% 796165
chr15 8822730 8.89% 783686
chr16 6728880 6.88% 604907
chr17 5199810 6.94% 468278
chr18 3771590 8.02% 335591
chr19 4699220 9.11% 415221
chr20 4312520 9.45% 380572
chr21 3453300 6.74% 310034
chr22 6751620 13.16% 584605
chrUn_NW_026528016v1 40 4
chrUn_NW_026528017v1 260 26
chrUn_NW_026528021v1 650 57
chrUn_NW_026528026v1 770 73
chrUn_NW_026528029v1 690 62
chrUn_NW_026528038v1 720 67
chrUn_NW_026528039v1 1810 171
chrUn_NW_026528065v1 450 43
chrUn_NW_026528075v1 290 29
chrUn_NW_026528103v1 100 10
chrUn_NW_026528125v1 140 14
chrUn_NW_026528140v1 830 72
chrUn_NW_026528210v1 140 13
chrUn_NW_026528215v1 560 55
chrUn_NW_026528218v1 20 2
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528221v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 80 8
chrUn_NW_026528226v1 330 31
chrUn_NW_026528228v1 340 33
chrUn_NW_026528230v1 370 37
chrUn_NW_026528232v1 1550 144
chrUn_NW_026528259v1 20 2
chrUn_NW_026528278v1 820 74
chrUn_NW_026528285v1 20 2
chrUn_NW_026528292v1 40 4
chrUn_NW_026528295v1 300 28
chrUn_NW_026528296v1 14210 1222
chrUn_NW_026528310v1 290 29
chrUn_NW_026528320v1 80 7
chrUn_NW_026528327v1 60 6
chrUn_NW_026528332v1 120 12
chrUn_NW_026528335v1 20 2
chrUn_NW_026528338v1 60 6
chrUn_NW_026528339v1 100 10
chrUn_NW_026528345v1 50 5
chrUn_NW_026528347v1 70 7
chrUn_NW_026528350v1 20 2
chrUn_NW_026528353v1 20 2
chrUn_NW_026528356v1 80 8
chrUn_NW_026528363v1 380 38
chrUn_NW_026528370v1 300 29
chrUn_NW_026528371v1 1770 161
chrUn_NW_026528372v1 750 68
chrUn_NW_026528373v1 910 89
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528381v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 40 4
chrUn_NW_026528385v1 40 4
chrUn_NW_026528390v1 40 4
chrUn_NW_026528397v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 20 2
chrUn_NW_026528409v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 230 22
chrUn_NW_026528431v1 510 47
chrUn_NW_026528432v1 1810 162
chrUn_NW_026528433v1 4070 355
chrUn_NW_026528440v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 680 66
chrUn_NW_026528558v1 2840 275
chrUn_NW_026528559v1 120 12
chrUn_NW_026528561v1 590 55
chrUn_NW_026528588v1 20 2
chrUn_NW_026528589v1 40 4
chrUn_NW_026528590v1 3360 323
chrUn_NW_026528596v1 2440 243
chrUn_NW_026528609v1 20 2
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 40 4
chrUn_NW_026528621v1 40 4
chrUn_NW_026528631v1 210 20
chrUn_NW_026528634v1 240 24
chrUn_NW_026528644v1 40 4
chrUn_NW_026528650v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 20 2
chrUn_NW_026528668v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 870 85
chrUn_NW_026528737v1 180 18
chrUn_NW_026528739v1 60 6
chrUn_NW_026528745v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 170 16
chrUn_NW_026528772v1 40 4
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 40 4
chrUn_NW_026528793v1 140 14
chrUn_NW_026528795v1 200 19
chrUn_NW_026528796v1 330 33
chrUn_NW_026528797v1 5240 484
chrUn_NW_026528798v1 1330 119
chrUn_NW_026528799v1 320 32
chrUn_NW_026528880v1 70 7
chrUn_NW_026528887v1 220 21
chrUn_NW_026528888v1 20 2
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 140 14
chrUn_NW_026528894v1 730 69
chrUn_NW_026528896v1 20 2
chrUn_NW_026528899v1 60 6
chrUn_NW_026528900v1 230 23
chrUn_NW_026528902v1 390 39
chrUn_NW_026528903v1 1360 132
chrUn_NW_026528917v1 350 34
chrUn_NW_026528926v1 270 27
chrUn_NW_026528928v1 1260 122
chrUn_NW_026528937v1 160 16
chrUn_NW_026528938v1 40 4
chrUn_NW_026528950v1 20 2
chrUn_NW_026528952v1 60 6
chrUn_NW_026528957v1 1360 134
chrUn_NW_026528960v1 590 55
chrUn_NW_026528975v1 280 26
chrUn_NW_026528984v1 160 15
chrUn_NW_026528987v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 140 14
chrUn_NW_026528989v1 40 4
chrUn_NW_026528996v1 100 10
chrUn_NW_026529007v1 580 53
chrUn_NW_026529008v1 7610 658
chrUn_NW_026529013v1 60 6
chrUn_NW_026529015v1 180 18
chrUn_NW_026529016v1 2100 204
chrUn_NW_026529060v1 2300 204
chrUn_NW_026529081v1 640 64
chrUn_NW_026529085v1 1560 140
chrX 5394180 3.64% 498878
chrX_NW_026527892v1_random 460 46
chrX_NW_026527894v1_random 1200 108
chrX_NW_026527897v1_random 100 10
chrY 83950 1.02% 7781
chrY_NW_026527909v1_random 60 6
chrY_NW_026527911v1_random 480 48
chrY_NW_026527913v1_random 700 68
chrY_NW_026527914v1_random 930 91
chrY_NW_026527916v1_random 40 4
chrY_NW_026527918v1_random 40 4
chrY_NW_026527919v1_random 190 19
chrY_NW_026527927v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 40 4
chrY_NW_026527938v1_random 490 49
chrY_NW_026527939v1_random 40 4
chrY_NW_026527942v1_random 510 50
chrY_NW_026527945v1_random 20 2
chrY_NW_026527948v1_random 60 6
chrY_NW_026527949v1_random 1440 140
chrY_NW_026527950v1_random 2830 244
chrY_NW_026527951v1_random 540 49
chrY_NW_026527955v1_random 510 49
chrY_NW_026527956v1_random 950 84
chrY_NW_026527958v1_random 760 63
chrY_NW_026527960v1_random 430 41
chrY_NW_026527961v1_random 1150 111
chrY_NW_026527966v1_random 10150 914
chrY_NW_026527967v1_random 300 30
chrY_NW_026527968v1_random 2000 197
chrY_NW_026527969v1_random 230 20
chrY_NW_026527974v1_random 20 2
chrY_NW_026527980v1_random 200 18

Segment lengths

segments min max mean median
segments 20052800 10 100 11.24 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
GPi_Core.bw 148.27 MB 0adb6b73a7d53e1d71392197a2be946e
genomic_resource.yaml 1.1 KB 5c27a9416949a5f917f18541594e6972
statistics/