Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/GPi_Shell/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for GPi_Shell cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: GPi_Shell
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPi_Shell float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPi_Shell
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPi_Shell [0.0753, 3.16]
n
110,318,780
mean
0.0906
sd
0.0528

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 110318780 10142305
chr1 8588960 3.94% 788183
chr2 7371970 3.61% 679817
chr3 5469910 2.85% 509966
chr4 6089680 3.50% 562687
chr5 9084460 5.53% 825649
chr6 5828350 3.62% 538850
chr7 7390030 4.69% 676630
chr8 4568260 3.60% 422828
chr9 5390430 4.02% 495033
chr10 5848320 4.25% 536973
chr11 5779040 4.46% 528060
chr12 5785650 4.65% 528596
chr13 4215260 3.54% 390172
chr14 4203630 3.75% 387844
chr15 4464730 4.50% 410491
chr16 3310760 3.38% 306891
chr17 2594770 3.46% 240745
chr18 1909420 4.06% 174742
chr19 2269300 4.40% 208106
chr20 2286050 5.01% 208340
chr21 1714730 3.35% 158594
chr22 3676640 7.17% 328695
chrUn_NW_026528016v1 20 2
chrUn_NW_026528017v1 220 21
chrUn_NW_026528021v1 320 31
chrUn_NW_026528026v1 530 53
chrUn_NW_026528029v1 290 26
chrUn_NW_026528038v1 290 28
chrUn_NW_026528039v1 730 71
chrUn_NW_026528065v1 260 25
chrUn_NW_026528075v1 80 8
chrUn_NW_026528103v1 20 2
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 60 6
chrUn_NW_026528140v1 450 44
chrUn_NW_026528210v1 170 17
chrUn_NW_026528215v1 120 12
chrUn_NW_026528225v1 40 4
chrUn_NW_026528226v1 60 6
chrUn_NW_026528228v1 80 8
chrUn_NW_026528230v1 250 24
chrUn_NW_026528232v1 740 73
chrUn_NW_026528278v1 530 48
chrUn_NW_026528285v1 40 4
chrUn_NW_026528292v1 20 2
chrUn_NW_026528295v1 120 12
chrUn_NW_026528296v1 6940 619
chrUn_NW_026528310v1 20 2
chrUn_NW_026528327v1 40 4
chrUn_NW_026528332v1 20 2
chrUn_NW_026528335v1 20 2
chrUn_NW_026528338v1 20 2
chrUn_NW_026528350v1 40 4
chrUn_NW_026528353v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 160 16
chrUn_NW_026528370v1 260 25
chrUn_NW_026528371v1 670 64
chrUn_NW_026528372v1 120 12
chrUn_NW_026528373v1 520 50
chrUn_NW_026528403v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528431v1 100 10
chrUn_NW_026528432v1 610 59
chrUn_NW_026528433v1 2130 185
chrUn_NW_026528480v1 370 37
chrUn_NW_026528558v1 1350 135
chrUn_NW_026528559v1 40 4
chrUn_NW_026528561v1 190 19
chrUn_NW_026528589v1 20 2
chrUn_NW_026528590v1 1530 149
chrUn_NW_026528596v1 1710 170
chrUn_NW_026528621v1 80 7
chrUn_NW_026528631v1 70 7
chrUn_NW_026528634v1 140 14
chrUn_NW_026528656v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 220 22
chrUn_NW_026528737v1 80 8
chrUn_NW_026528745v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 40 4
chrUn_NW_026528775v1 20 2
chrUn_NW_026528777v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 120 12
chrUn_NW_026528795v1 100 10
chrUn_NW_026528796v1 120 12
chrUn_NW_026528797v1 1960 184
chrUn_NW_026528798v1 710 65
chrUn_NW_026528799v1 230 22
chrUn_NW_026528880v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 190 19
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 60 6
chrUn_NW_026528894v1 450 45
chrUn_NW_026528899v1 20 2
chrUn_NW_026528900v1 260 26
chrUn_NW_026528902v1 170 17
chrUn_NW_026528903v1 840 82
chrUn_NW_026528917v1 120 11
chrUn_NW_026528926v1 20 2
chrUn_NW_026528928v1 650 65
chrUn_NW_026528937v1 20 2
chrUn_NW_026528950v1 20 2
chrUn_NW_026528952v1 20 2
chrUn_NW_026528957v1 440 44
chrUn_NW_026528960v1 120 12
chrUn_NW_026528975v1 180 18
chrUn_NW_026528984v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 60 6
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026529007v1 290 26
chrUn_NW_026529008v1 4650 411
chrUn_NW_026529013v1 20 2
chrUn_NW_026529015v1 20 2
chrUn_NW_026529016v1 450 44
chrUn_NW_026529060v1 930 88
chrUn_NW_026529081v1 270 27
chrUn_NW_026529085v1 750 67
chrX 2389250 1.61% 226027
chrX_NW_026527892v1_random 170 16
chrX_NW_026527894v1_random 610 58
chrX_NW_026527897v1_random 370 37
chrY 40690 0.49% 3831
chrY_NW_026527909v1_random 20 2
chrY_NW_026527911v1_random 100 10
chrY_NW_026527913v1_random 140 14
chrY_NW_026527914v1_random 340 33
chrY_NW_026527916v1_random 20 2
chrY_NW_026527919v1_random 50 5
chrY_NW_026527927v1_random 40 4
chrY_NW_026527932v1_random 40 4
chrY_NW_026527938v1_random 280 28
chrY_NW_026527939v1_random 20 2
chrY_NW_026527942v1_random 210 21
chrY_NW_026527949v1_random 450 45
chrY_NW_026527950v1_random 690 65
chrY_NW_026527951v1_random 180 18
chrY_NW_026527955v1_random 220 22
chrY_NW_026527956v1_random 400 39
chrY_NW_026527958v1_random 310 29
chrY_NW_026527960v1_random 100 10
chrY_NW_026527961v1_random 300 30
chrY_NW_026527966v1_random 4500 399
chrY_NW_026527967v1_random 120 12
chrY_NW_026527968v1_random 1260 122
chrY_NW_026527969v1_random 20 2
chrY_NW_026527974v1_random 20 2

Segment lengths

segments min max mean median
segments 10142305 10 100 10.88 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
GPi_Shell.bw 66.77 MB c79f417a30234c9e1b998336c150a29c
genomic_resource.yaml 1.1 KB 96b61f1a2312260b0c959952e3dfb1ca
statistics/