Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/GPin-BF_Cholinergic_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for GPin-BF_Cholinergic_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: GPin-BF_Cholinergic_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPin-BF_Cholinergic_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPin-BF_Cholinergic_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_GPin-BF_Cholinergic_GABA [0.0205, 2.09]
n
349,318,827
mean
0.0286
sd
0.0255

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 349318827 30135275
chr1 27539380 12.63% 2369117
chr2 24300630 11.88% 2102478
chr3 18316320 9.54% 1609514
chr4 19292210 11.08% 1679613
chr5 27096860 16.49% 2297048
chr6 19592340 12.17% 1693215
chr7 22535990 14.30% 1928773
chr8 14746500 11.63% 1280717
chr9 17251670 12.87% 1487773
chr10 17963340 13.05% 1546449
chr11 17880790 13.79% 1529874
chr12 17813270 14.31% 1523413
chr13 14404730 12.11% 1247628
chr14 13880260 12.38% 1197991
chr15 13397820 13.51% 1150383
chr16 11335960 11.59% 984392
chr17 8444940 11.27% 736176
chr18 6054990 12.87% 521861
chr19 6793510 13.17% 585085
chr20 6744460 14.79% 575464
chr21 5553290 10.83% 481462
chr22 9202370 17.94% 777206
chrUn_NW_026528017v1 630 63
chrUn_NW_026528021v1 1670 137
chrUn_NW_026528026v1 1050 96
chrUn_NW_026528029v1 1037 93
chrUn_NW_026528038v1 870 84
chrUn_NW_026528039v1 2120 195
chrUn_NW_026528065v1 480 39
chrUn_NW_026528075v1 230 23
chrUn_NW_026528103v1 60 6
chrUn_NW_026528125v1 140 14
chrUn_NW_026528140v1 2620 233
chrUn_NW_026528210v1 330 32
chrUn_NW_026528215v1 740 70
chrUn_NW_026528218v1 60 6
chrUn_NW_026528219v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 100 9
chrUn_NW_026528225v1 220 21
chrUn_NW_026528226v1 480 42
chrUn_NW_026528228v1 420 42
chrUn_NW_026528230v1 1320 123
chrUn_NW_026528232v1 2930 263
chrUn_NW_026528278v1 1050 94
chrUn_NW_026528285v1 160 14
chrUn_NW_026528292v1 20 2
chrUn_NW_026528295v1 240 23
chrUn_NW_026528296v1 20830 1737
chrUn_NW_026528310v1 260 26
chrUn_NW_026528320v1 20 2
chrUn_NW_026528327v1 40 4
chrUn_NW_026528332v1 110 9
chrUn_NW_026528335v1 40 4
chrUn_NW_026528338v1 100 10
chrUn_NW_026528339v1 160 15
chrUn_NW_026528345v1 70 7
chrUn_NW_026528347v1 40 4
chrUn_NW_026528350v1 60 6
chrUn_NW_026528353v1 120 12
chrUn_NW_026528356v1 40 3
chrUn_NW_026528363v1 370 35
chrUn_NW_026528370v1 230 22
chrUn_NW_026528371v1 2030 179
chrUn_NW_026528372v1 1050 93
chrUn_NW_026528373v1 2850 253
chrUn_NW_026528378v1 40 4
chrUn_NW_026528380v1 40 4
chrUn_NW_026528384v1 70 7
chrUn_NW_026528385v1 80 8
chrUn_NW_026528390v1 100 10
chrUn_NW_026528393v1 60 6
chrUn_NW_026528397v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 20 2
chrUn_NW_026528409v1 20 2
chrUn_NW_026528412v1 40 4
chrUn_NW_026528413v1 20 2
chrUn_NW_026528416v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 100 9
chrUn_NW_026528431v1 650 63
chrUn_NW_026528432v1 2070 188
chrUn_NW_026528433v1 6230 553
chrUn_NW_026528480v1 1210 114
chrUn_NW_026528558v1 3120 303
chrUn_NW_026528559v1 220 21
chrUn_NW_026528561v1 1000 88
chrUn_NW_026528588v1 140 14
chrUn_NW_026528589v1 20 2
chrUn_NW_026528590v1 4020 378
chrUn_NW_026528596v1 5280 511
chrUn_NW_026528609v1 180 18
chrUn_NW_026528611v1 80 8
chrUn_NW_026528615v1 60 6
chrUn_NW_026528621v1 310 31
chrUn_NW_026528631v1 450 44
chrUn_NW_026528634v1 430 43
chrUn_NW_026528644v1 20 2
chrUn_NW_026528650v1 120 12
chrUn_NW_026528656v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 40 4
chrUn_NW_026528677v1 80 7
chrUn_NW_026528708v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 910 90
chrUn_NW_026528737v1 130 13
chrUn_NW_026528739v1 60 6
chrUn_NW_026528745v1 60 6
chrUn_NW_026528748v1 40 4
chrUn_NW_026528749v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 180 17
chrUn_NW_026528772v1 90 9
chrUn_NW_026528775v1 80 8
chrUn_NW_026528777v1 20 2
chrUn_NW_026528784v1 40 4
chrUn_NW_026528786v1 70 6
chrUn_NW_026528788v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 310 30
chrUn_NW_026528795v1 60 6
chrUn_NW_026528796v1 660 66
chrUn_NW_026528797v1 9190 838
chrUn_NW_026528798v1 1970 176
chrUn_NW_026528799v1 480 46
chrUn_NW_026528880v1 60 5
chrUn_NW_026528884v1 80 8
chrUn_NW_026528887v1 490 46
chrUn_NW_026528888v1 40 4
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 300 27
chrUn_NW_026528894v1 1310 125
chrUn_NW_026528896v1 20 2
chrUn_NW_026528899v1 80 8
chrUn_NW_026528900v1 520 50
chrUn_NW_026528902v1 550 53
chrUn_NW_026528903v1 3470 288
chrUn_NW_026528917v1 450 42
chrUn_NW_026528926v1 320 30
chrUn_NW_026528928v1 1460 144
chrUn_NW_026528937v1 100 10
chrUn_NW_026528938v1 20 2
chrUn_NW_026528950v1 20 2
chrUn_NW_026528957v1 1660 162
chrUn_NW_026528960v1 590 56
chrUn_NW_026528975v1 430 41
chrUn_NW_026528984v1 160 16
chrUn_NW_026528986v1 40 4
chrUn_NW_026528987v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 200 20
chrUn_NW_026528989v1 20 2
chrUn_NW_026528992v1 40 4
chrUn_NW_026528996v1 190 18
chrUn_NW_026529007v1 780 72
chrUn_NW_026529008v1 14390 1193
chrUn_NW_026529013v1 150 15
chrUn_NW_026529015v1 280 28
chrUn_NW_026529016v1 2270 214
chrUn_NW_026529060v1 2600 231
chrUn_NW_026529081v1 930 92
chrUn_NW_026529085v1 2370 211
chrX 8909790 6.01% 805349
chrX_NW_026527892v1_random 1160 106
chrX_NW_026527894v1_random 1800 167
chrX_NW_026527897v1_random 330 33
chrY 106630 1.30% 9819
chrY_NW_026527909v1_random 80 8
chrY_NW_026527911v1_random 320 30
chrY_NW_026527913v1_random 560 53
chrY_NW_026527914v1_random 1380 126
chrY_NW_026527915v1_random 20 2
chrY_NW_026527916v1_random 140 14
chrY_NW_026527919v1_random 300 27
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 140 14
chrY_NW_026527938v1_random 880 81
chrY_NW_026527939v1_random 60 6
chrY_NW_026527942v1_random 540 52
chrY_NW_026527948v1_random 20 2
chrY_NW_026527949v1_random 2510 230
chrY_NW_026527950v1_random 4340 393
chrY_NW_026527951v1_random 760 74
chrY_NW_026527955v1_random 580 57
chrY_NW_026527956v1_random 1140 100
chrY_NW_026527958v1_random 830 72
chrY_NW_026527960v1_random 420 38
chrY_NW_026527961v1_random 1530 142
chrY_NW_026527966v1_random 10920 958
chrY_NW_026527967v1_random 700 65
chrY_NW_026527968v1_random 3930 372
chrY_NW_026527969v1_random 250 22
chrY_NW_026527974v1_random 100 10
chrY_NW_026527980v1_random 240 22

Segment lengths

segments min max mean median
segments 30135275 7 130 11.59 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
GPin-BF_Cholinergic_GABA.bw 193.33 MB bd510461ff9526a698bc3e7e05033bc8
genomic_resource.yaml 1.16 KB 664459d852ff664bb3c048b4e78e0798
statistics/