Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/LAMP5-CXCL14_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for LAMP5-CXCL14_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: LAMP5-CXCL14_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_LAMP5-CXCL14_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_LAMP5-CXCL14_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_LAMP5-CXCL14_GABA [0.00378, 2.03]
n
1,159,197,276
mean
0.00863
sd
0.0157

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1159197276 94519361
chr1 91424390 41.95% 7467818
chr2 81671780 39.94% 6649893
chr3 65424240 34.09% 5341347
chr4 67778610 38.94% 5515081
chr5 82044560 49.92% 6703038
chr6 64883269 40.30% 5279419
chr7 71461910 45.36% 5823749
chr8 50041280 39.45% 4066056
chr9 56616090 42.24% 4618064
chr10 59006980 42.86% 4806692
chr11 56658220 43.69% 4625658
chr12 55988230 44.98% 4559387
chr13 48069090 40.42% 3903501
chr14 46508270 41.49% 3780867
chr15 44385437 44.74% 3613898
chr16 38774650 39.64% 3156356
chr17 28950020 38.63% 2349806
chr18 20078270 42.69% 1638516
chr19 22944430 44.49% 1863368
chr20 21064570 46.18% 1715697
chr21 19101160 37.26% 1556571
chr22 27404380 53.42% 2270659
chrUn_NW_026528016v1 400 38
chrUn_NW_026528017v1 3670 331
chrUn_NW_026528021v1 5505 457
chrUn_NW_026528026v1 7800 689
chrUn_NW_026528029v1 3707 283
chrUn_NW_026528038v1 5780 471
chrUn_NW_026528039v1 8770 752
chrUn_NW_026528065v1 1650 119
chrUn_NW_026528075v1 3420 295
chrUn_NW_026528103v1 1010 95
chrUn_NW_026528123v1 110 11
chrUn_NW_026528125v1 1980 177
chrUn_NW_026528140v1 6550 560
chrUn_NW_026528210v1 1640 152
chrUn_NW_026528215v1 3120 273
chrUn_NW_026528217v1 50 4
chrUn_NW_026528218v1 50 5
chrUn_NW_026528219v1 150 14
chrUn_NW_026528220v1 60 6
chrUn_NW_026528221v1 40 4
chrUn_NW_026528222v1 60 5
chrUn_NW_026528224v1 150 15
chrUn_NW_026528225v1 930 87
chrUn_NW_026528226v1 770 66
chrUn_NW_026528228v1 4740 416
chrUn_NW_026528230v1 3510 295
chrUn_NW_026528232v1 10300 829
chrUn_NW_026528259v1 120 11
chrUn_NW_026528278v1 4640 377
chrUn_NW_026528285v1 540 47
chrUn_NW_026528292v1 250 25
chrUn_NW_026528295v1 5190 435
chrUn_NW_026528296v1 49120 4082
chrUn_NW_026528310v1 2240 203
chrUn_NW_026528320v1 320 31
chrUn_NW_026528327v1 200 20
chrUn_NW_026528332v1 380 36
chrUn_NW_026528335v1 180 18
chrUn_NW_026528338v1 710 69
chrUn_NW_026528339v1 550 52
chrUn_NW_026528345v1 190 19
chrUn_NW_026528347v1 200 17
chrUn_NW_026528350v1 240 24
chrUn_NW_026528353v1 490 47
chrUn_NW_026528356v1 480 46
chrUn_NW_026528358v1 60 6
chrUn_NW_026528360v1 60 5
chrUn_NW_026528363v1 3120 263
chrUn_NW_026528370v1 1410 123
chrUn_NW_026528371v1 7520 614
chrUn_NW_026528372v1 3350 288
chrUn_NW_026528373v1 9400 759
chrUn_NW_026528378v1 90 9
chrUn_NW_026528380v1 150 13
chrUn_NW_026528381v1 20 2
chrUn_NW_026528382v1 40 4
chrUn_NW_026528384v1 120 12
chrUn_NW_026528385v1 700 66
chrUn_NW_026528390v1 480 44
chrUn_NW_026528393v1 170 15
chrUn_NW_026528396v1 40 4
chrUn_NW_026528397v1 200 20
chrUn_NW_026528402v1 60 6
chrUn_NW_026528403v1 130 10
chrUn_NW_026528404v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 40 4
chrUn_NW_026528409v1 180 18
chrUn_NW_026528412v1 250 24
chrUn_NW_026528413v1 100 8
chrUn_NW_026528416v1 100 9
chrUn_NW_026528419v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 720 70
chrUn_NW_026528431v1 4080 356
chrUn_NW_026528432v1 6050 497
chrUn_NW_026528433v1 19460 1552
chrUn_NW_026528440v1 90 9
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 7140 640
chrUn_NW_026528558v1 32430 2815
chrUn_NW_026528559v1 1060 92
chrUn_NW_026528561v1 1710 158
chrUn_NW_026528588v1 220 21
chrUn_NW_026528589v1 260 25
chrUn_NW_026528590v1 21560 1931
chrUn_NW_026528596v1 32530 2828
chrUn_NW_026528609v1 310 27
chrUn_NW_026528611v1 230 22
chrUn_NW_026528615v1 240 20
chrUn_NW_026528621v1 2210 189
chrUn_NW_026528631v1 1580 129
chrUn_NW_026528634v1 3150 281
chrUn_NW_026528635v1 100 10
chrUn_NW_026528644v1 100 10
chrUn_NW_026528650v1 540 48
chrUn_NW_026528656v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 300 30
chrUn_NW_026528668v1 280 28
chrUn_NW_026528670v1 90 9
chrUn_NW_026528677v1 350 30
chrUn_NW_026528708v1 220 22
chrUn_NW_026528719v1 11490 1000
chrUn_NW_026528737v1 780 69
chrUn_NW_026528739v1 300 29
chrUn_NW_026528741v1 40 4
chrUn_NW_026528745v1 190 18
chrUn_NW_026528748v1 60 6
chrUn_NW_026528749v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 240 22
chrUn_NW_026528751v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 40 4
chrUn_NW_026528754v1 160 15
chrUn_NW_026528755v1 2160 205
chrUn_NW_026528772v1 380 38
chrUn_NW_026528775v1 140 12
chrUn_NW_026528777v1 130 13
chrUn_NW_026528784v1 110 11
chrUn_NW_026528785v1 150 12
chrUn_NW_026528786v1 200 18
chrUn_NW_026528788v1 40 4
chrUn_NW_026528791v1 30 3
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 1950 175
chrUn_NW_026528795v1 1470 135
chrUn_NW_026528796v1 4000 348
chrUn_NW_026528797v1 37430 3111
chrUn_NW_026528798v1 7580 590
chrUn_NW_026528799v1 2240 189
chrUn_NW_026528880v1 280 27
chrUn_NW_026528882v1 170 16
chrUn_NW_026528884v1 160 16
chrUn_NW_026528885v1 40 4
chrUn_NW_026528887v1 1110 100
chrUn_NW_026528888v1 230 21
chrUn_NW_026528889v1 160 16
chrUn_NW_026528891v1 660 59
chrUn_NW_026528893v1 60 6
chrUn_NW_026528894v1 6910 596
chrUn_NW_026528899v1 160 15
chrUn_NW_026528900v1 1780 152
chrUn_NW_026528902v1 1830 168
chrUn_NW_026528903v1 8816 728
chrUn_NW_026528917v1 2150 186
chrUn_NW_026528926v1 1460 124
chrUn_NW_026528928v1 18000 1584
chrUn_NW_026528937v1 1250 115
chrUn_NW_026528938v1 270 27
chrUn_NW_026528950v1 480 44
chrUn_NW_026528952v1 310 30
chrUn_NW_026528957v1 17640 1513
chrUn_NW_026528960v1 2440 209
chrUn_NW_026528975v1 3110 265
chrUn_NW_026528984v1 490 48
chrUn_NW_026528985v1 60 6
chrUn_NW_026528986v1 50 5
chrUn_NW_026528987v1 190 18
chrUn_NW_026528988v1 2880 247
chrUn_NW_026528989v1 180 15
chrUn_NW_026528990v1 20 2
chrUn_NW_026528992v1 240 23
chrUn_NW_026528994v1 40 4
chrUn_NW_026528996v1 450 39
chrUn_NW_026529007v1 2950 248
chrUn_NW_026529008v1 32070 2628
chrUn_NW_026529013v1 1280 104
chrUn_NW_026529015v1 2670 232
chrUn_NW_026529016v1 16850 1464
chrUn_NW_026529060v1 11415 905
chrUn_NW_026529081v1 4220 384
chrUn_NW_026529085v1 8280 717
chrX 37865037 25.56% 3123546
chrX_NW_026527892v1_random 3790 333
chrX_NW_026527894v1_random 5270 433
chrX_NW_026527897v1_random 2270 194
chrY 380310 4.62% 32767
chrY_NW_026527906v1_random 80 8
chrY_NW_026527909v1_random 540 53
chrY_NW_026527911v1_random 1720 162
chrY_NW_026527913v1_random 2360 215
chrY_NW_026527914v1_random 6140 499
chrY_NW_026527915v1_random 140 13
chrY_NW_026527916v1_random 460 42
chrY_NW_026527918v1_random 320 30
chrY_NW_026527919v1_random 1050 94
chrY_NW_026527927v1_random 160 16
chrY_NW_026527928v1_random 40 4
chrY_NW_026527931v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 660 66
chrY_NW_026527938v1_random 10310 887
chrY_NW_026527939v1_random 560 55
chrY_NW_026527942v1_random 2340 226
chrY_NW_026527945v1_random 100 10
chrY_NW_026527948v1_random 390 37
chrY_NW_026527949v1_random 12890 1052
chrY_NW_026527950v1_random 10510 878
chrY_NW_026527951v1_random 2250 208
chrY_NW_026527955v1_random 2070 198
chrY_NW_026527956v1_random 1920 178
chrY_NW_026527958v1_random 2320 197
chrY_NW_026527960v1_random 1170 106
chrY_NW_026527961v1_random 3430 307
chrY_NW_026527966v1_random 38060 3394
chrY_NW_026527967v1_random 2670 257
chrY_NW_026527968v1_random 21460 1885
chrY_NW_026527969v1_random 800 66
chrY_NW_026527974v1_random 400 37
chrY_NW_026527980v1_random 1340 121

Segment lengths

segments min max mean median
segments 94519361 5 140 12.26 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
LAMP5-CXCL14_GABA.bw 602.34 MB fdefb884219692cecc3b0033425932da
genomic_resource.yaml 1.13 KB 5985a7cc0fca3016f656380980f5cbae
statistics/