Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/LAMP5-LHX6_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for LAMP5-LHX6_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: LAMP5-LHX6_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_LAMP5-LHX6_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_LAMP5-LHX6_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_LAMP5-LHX6_GABA [0.00325, 2.06]
n
1,246,562,924
mean
0.00802
sd
0.015

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1246562924 102033706
chr1 98275530 45.09% 8065583
chr2 88278860 43.17% 7215827
chr3 70719140 36.85% 5775701
chr4 72708640 41.78% 5936285
chr5 86421470 52.58% 7100391
chr6 70775959 43.96% 5782208
chr7 76556520 48.59% 6265210
chr8 54343960 42.84% 4433933
chr9 60830810 45.38% 4980312
chr10 63390600 46.04% 5188141
chr11 60717720 46.82% 4976876
chr12 60182920 48.34% 4929587
chr13 52801810 44.40% 4304679
chr14 49543890 44.20% 4045656
chr15 47563740 47.95% 3890163
chr16 42167200 43.11% 3443745
chr17 31798360 42.43% 2587924
chr18 21273080 45.23% 1742871
chr19 24241950 47.01% 1979267
chr20 22611300 49.57% 1852884
chr21 20494280 39.98% 1673894
chr22 28564460 55.68% 2380465
chrUn_NW_026528016v1 780 67
chrUn_NW_026528017v1 5460 504
chrUn_NW_026528021v1 5885 470
chrUn_NW_026528026v1 7900 689
chrUn_NW_026528029v1 3967 315
chrUn_NW_026528038v1 5810 479
chrUn_NW_026528039v1 10640 912
chrUn_NW_026528065v1 1740 146
chrUn_NW_026528075v1 4070 348
chrUn_NW_026528103v1 1160 109
chrUn_NW_026528123v1 100 10
chrUn_NW_026528125v1 1850 166
chrUn_NW_026528140v1 7010 585
chrUn_NW_026528210v1 1240 121
chrUn_NW_026528215v1 3620 329
chrUn_NW_026528218v1 100 9
chrUn_NW_026528219v1 140 13
chrUn_NW_026528221v1 40 4
chrUn_NW_026528222v1 60 6
chrUn_NW_026528224v1 150 14
chrUn_NW_026528225v1 1060 98
chrUn_NW_026528226v1 880 75
chrUn_NW_026528228v1 3370 302
chrUn_NW_026528230v1 3350 281
chrUn_NW_026528232v1 13950 1113
chrUn_NW_026528259v1 60 6
chrUn_NW_026528278v1 5050 412
chrUn_NW_026528285v1 620 56
chrUn_NW_026528292v1 360 30
chrUn_NW_026528295v1 4280 378
chrUn_NW_026528296v1 49900 4188
chrUn_NW_026528310v1 1990 180
chrUn_NW_026528320v1 640 60
chrUn_NW_026528327v1 420 40
chrUn_NW_026528332v1 400 36
chrUn_NW_026528335v1 290 28
chrUn_NW_026528338v1 730 59
chrUn_NW_026528339v1 590 53
chrUn_NW_026528345v1 270 27
chrUn_NW_026528347v1 70 7
chrUn_NW_026528350v1 450 37
chrUn_NW_026528353v1 790 71
chrUn_NW_026528356v1 400 36
chrUn_NW_026528358v1 100 10
chrUn_NW_026528360v1 70 7
chrUn_NW_026528363v1 4358 370
chrUn_NW_026528370v1 1520 126
chrUn_NW_026528371v1 8070 647
chrUn_NW_026528372v1 3590 301
chrUn_NW_026528373v1 11240 889
chrUn_NW_026528378v1 50 5
chrUn_NW_026528380v1 170 16
chrUn_NW_026528381v1 40 4
chrUn_NW_026528382v1 40 4
chrUn_NW_026528384v1 440 42
chrUn_NW_026528385v1 490 48
chrUn_NW_026528390v1 440 40
chrUn_NW_026528393v1 220 20
chrUn_NW_026528396v1 50 3
chrUn_NW_026528397v1 280 27
chrUn_NW_026528402v1 60 6
chrUn_NW_026528403v1 100 10
chrUn_NW_026528404v1 60 6
chrUn_NW_026528408v1 120 12
chrUn_NW_026528409v1 120 11
chrUn_NW_026528412v1 210 19
chrUn_NW_026528413v1 120 12
chrUn_NW_026528416v1 60 6
chrUn_NW_026528419v1 40 4
chrUn_NW_026528420v1 70 5
chrUn_NW_026528423v1 930 84
chrUn_NW_026528431v1 4680 394
chrUn_NW_026528432v1 7090 585
chrUn_NW_026528433v1 20820 1708
chrUn_NW_026528440v1 90 9
chrUn_NW_026528471v1 40 4
chrUn_NW_026528480v1 8340 740
chrUn_NW_026528558v1 38980 3385
chrUn_NW_026528559v1 1140 101
chrUn_NW_026528561v1 3360 291
chrUn_NW_026528588v1 370 36
chrUn_NW_026528589v1 470 43
chrUn_NW_026528590v1 24240 2141
chrUn_NW_026528596v1 37050 3233
chrUn_NW_026528609v1 340 30
chrUn_NW_026528611v1 160 16
chrUn_NW_026528615v1 350 32
chrUn_NW_026528621v1 3000 250
chrUn_NW_026528631v1 2140 192
chrUn_NW_026528634v1 3160 282
chrUn_NW_026528635v1 140 13
chrUn_NW_026528644v1 20 2
chrUn_NW_026528650v1 260 25
chrUn_NW_026528656v1 60 5
chrUn_NW_026528661v1 180 16
chrUn_NW_026528668v1 220 21
chrUn_NW_026528670v1 40 4
chrUn_NW_026528677v1 250 23
chrUn_NW_026528708v1 280 26
chrUn_NW_026528719v1 11640 1023
chrUn_NW_026528737v1 920 82
chrUn_NW_026528739v1 520 49
chrUn_NW_026528745v1 300 25
chrUn_NW_026528748v1 60 6
chrUn_NW_026528749v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 150 14
chrUn_NW_026528752v1 120 12
chrUn_NW_026528754v1 170 17
chrUn_NW_026528755v1 2310 214
chrUn_NW_026528772v1 210 20
chrUn_NW_026528775v1 200 16
chrUn_NW_026528777v1 90 9
chrUn_NW_026528784v1 140 14
chrUn_NW_026528785v1 220 17
chrUn_NW_026528786v1 290 29
chrUn_NW_026528788v1 180 18
chrUn_NW_026528791v1 20 2
chrUn_NW_026528792v1 40 4
chrUn_NW_026528793v1 1660 155
chrUn_NW_026528795v1 1220 112
chrUn_NW_026528796v1 3740 337
chrUn_NW_026528797v1 35190 2897
chrUn_NW_026528798v1 8690 726
chrUn_NW_026528799v1 2750 236
chrUn_NW_026528880v1 260 26
chrUn_NW_026528882v1 160 15
chrUn_NW_026528883v1 50 4
chrUn_NW_026528884v1 80 8
chrUn_NW_026528885v1 60 6
chrUn_NW_026528887v1 1340 118
chrUn_NW_026528888v1 350 32
chrUn_NW_026528889v1 160 16
chrUn_NW_026528891v1 740 58
chrUn_NW_026528893v1 150 14
chrUn_NW_026528894v1 7270 610
chrUn_NW_026528896v1 20 2
chrUn_NW_026528899v1 180 18
chrUn_NW_026528900v1 1890 162
chrUn_NW_026528902v1 2280 207
chrUn_NW_026528903v1 10030 800
chrUn_NW_026528917v1 2660 218
chrUn_NW_026528926v1 2080 177
chrUn_NW_026528928v1 18300 1624
chrUn_NW_026528937v1 1760 161
chrUn_NW_026528938v1 330 33
chrUn_NW_026528950v1 520 45
chrUn_NW_026528952v1 380 33
chrUn_NW_026528957v1 19830 1680
chrUn_NW_026528960v1 2470 210
chrUn_NW_026528975v1 3520 285
chrUn_NW_026528984v1 700 65
chrUn_NW_026528985v1 120 12
chrUn_NW_026528986v1 60 6
chrUn_NW_026528987v1 210 18
chrUn_NW_026528988v1 1690 149
chrUn_NW_026528989v1 210 20
chrUn_NW_026528992v1 160 16
chrUn_NW_026528994v1 40 4
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 550 53
chrUn_NW_026529007v1 4020 336
chrUn_NW_026529008v1 37410 3105
chrUn_NW_026529013v1 1470 127
chrUn_NW_026529015v1 3130 266
chrUn_NW_026529016v1 17550 1527
chrUn_NW_026529060v1 12695 1038
chrUn_NW_026529081v1 4240 383
chrUn_NW_026529085v1 8750 764
chrX 41079457 27.72% 3377672
chrX_NW_026527892v1_random 5580 441
chrX_NW_026527894v1_random 5858 488
chrX_NW_026527897v1_random 2420 202
chrY 480890 5.84% 40973
chrY_NW_026527906v1_random 210 21
chrY_NW_026527909v1_random 520 52
chrY_NW_026527911v1_random 2060 171
chrY_NW_026527913v1_random 3290 296
chrY_NW_026527914v1_random 6930 562
chrY_NW_026527915v1_random 160 16
chrY_NW_026527916v1_random 1050 95
chrY_NW_026527918v1_random 400 39
chrY_NW_026527919v1_random 1430 127
chrY_NW_026527927v1_random 330 31
chrY_NW_026527928v1_random 40 4
chrY_NW_026527932v1_random 1050 98
chrY_NW_026527938v1_random 11470 977
chrY_NW_026527939v1_random 570 54
chrY_NW_026527942v1_random 4420 412
chrY_NW_026527945v1_random 210 21
chrY_NW_026527948v1_random 850 83
chrY_NW_026527949v1_random 11800 986
chrY_NW_026527950v1_random 11090 935
chrY_NW_026527951v1_random 2280 215
chrY_NW_026527955v1_random 1880 176
chrY_NW_026527956v1_random 2045 182
chrY_NW_026527958v1_random 2150 196
chrY_NW_026527960v1_random 1110 102
chrY_NW_026527961v1_random 4090 344
chrY_NW_026527966v1_random 43580 3838
chrY_NW_026527967v1_random 3110 294
chrY_NW_026527968v1_random 22590 2017
chrY_NW_026527969v1_random 660 61
chrY_NW_026527974v1_random 790 75
chrY_NW_026527980v1_random 1640 149

Segment lengths

segments min max mean median
segments 102033706 5 150 12.22 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
LAMP5-LHX6_GABA.bw 639.1 MB 0b6cfdc962512896372708601c2bcace
genomic_resource.yaml 1.12 KB 42256624f885ff940eb5c05cb46135f0
statistics/