Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/Microglia/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for Microglia cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: Microglia
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Microglia float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Microglia
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Microglia [0.00218, 9.29]
n
1,289,203,655
mean
0.00776
sd
0.0311

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1289203655 105787962
chr1 99667090 45.73% 8170937
chr2 91691660 44.84% 7492071
chr3 81627830 42.53% 6620338
chr4 81122640 46.61% 6641635
chr5 76354080 46.46% 6384711
chr6 71390929 44.34% 5817789
chr7 74329300 47.18% 6123216
chr8 57639970 45.44% 4690420
chr9 63681490 47.51% 5228907
chr10 66821310 48.54% 5483486
chr11 61594170 47.49% 5062422
chr12 60162720 48.33% 4958193
chr13 53273627 44.79% 4334224
chr14 52755110 47.06% 4308866
chr15 45250170 45.62% 3737312
chr16 45113610 46.12% 3671204
chr17 34712890 46.32% 2833256
chr18 23274670 49.49% 1927514
chr19 24004430 46.55% 1981532
chr20 22776010 49.93% 1872714
chr21 23933290 46.69% 1944901
chr22 29630610 57.76% 2520677
chrUn_NW_026528016v1 1140 95
chrUn_NW_026528017v1 20920 1727
chrUn_NW_026528021v1 6105 515
chrUn_NW_026528026v1 10670 928
chrUn_NW_026528029v1 4700 384
chrUn_NW_026528038v1 4800 398
chrUn_NW_026528039v1 11280 951
chrUn_NW_026528065v1 1690 126
chrUn_NW_026528075v1 6160 515
chrUn_NW_026528103v1 1740 161
chrUn_NW_026528123v1 230 21
chrUn_NW_026528125v1 2800 238
chrUn_NW_026528140v1 14720 1231
chrUn_NW_026528210v1 2870 255
chrUn_NW_026528215v1 7790 654
chrUn_NW_026528217v1 130 12
chrUn_NW_026528218v1 190 18
chrUn_NW_026528219v1 310 28
chrUn_NW_026528220v1 80 8
chrUn_NW_026528221v1 180 17
chrUn_NW_026528222v1 40 4
chrUn_NW_026528224v1 240 20
chrUn_NW_026528225v1 1650 141
chrUn_NW_026528226v1 3040 268
chrUn_NW_026528228v1 3670 322
chrUn_NW_026528230v1 4840 400
chrUn_NW_026528232v1 7500 638
chrUn_NW_026528259v1 260 23
chrUn_NW_026528278v1 7340 621
chrUn_NW_026528285v1 400 35
chrUn_NW_026528292v1 450 41
chrUn_NW_026528295v1 6180 529
chrUn_NW_026528296v1 52933 4592
chrUn_NW_026528310v1 4690 394
chrUn_NW_026528320v1 920 86
chrUn_NW_026528327v1 830 78
chrUn_NW_026528332v1 1070 96
chrUn_NW_026528335v1 2180 188
chrUn_NW_026528338v1 1010 94
chrUn_NW_026528339v1 1390 121
chrUn_NW_026528345v1 570 50
chrUn_NW_026528347v1 450 43
chrUn_NW_026528350v1 1070 90
chrUn_NW_026528353v1 1690 146
chrUn_NW_026528356v1 570 52
chrUn_NW_026528358v1 90 9
chrUn_NW_026528360v1 140 13
chrUn_NW_026528363v1 8190 665
chrUn_NW_026528370v1 1800 152
chrUn_NW_026528371v1 11220 935
chrUn_NW_026528372v1 3950 327
chrUn_NW_026528373v1 10410 835
chrUn_NW_026528378v1 370 34
chrUn_NW_026528380v1 170 17
chrUn_NW_026528381v1 60 6
chrUn_NW_026528382v1 130 12
chrUn_NW_026528384v1 900 79
chrUn_NW_026528385v1 1420 133
chrUn_NW_026528390v1 620 57
chrUn_NW_026528393v1 310 28
chrUn_NW_026528396v1 130 13
chrUn_NW_026528397v1 560 51
chrUn_NW_026528402v1 80 8
chrUn_NW_026528403v1 110 10
chrUn_NW_026528404v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 120 10
chrUn_NW_026528409v1 300 29
chrUn_NW_026528412v1 810 78
chrUn_NW_026528413v1 120 12
chrUn_NW_026528416v1 290 26
chrUn_NW_026528419v1 80 8
chrUn_NW_026528420v1 90 9
chrUn_NW_026528423v1 2020 179
chrUn_NW_026528431v1 6260 538
chrUn_NW_026528432v1 10750 884
chrUn_NW_026528433v1 23450 1948
chrUn_NW_026528440v1 260 26
chrUn_NW_026528471v1 90 8
chrUn_NW_026528480v1 18350 1584
chrUn_NW_026528558v1 55260 4739
chrUn_NW_026528559v1 3730 318
chrUn_NW_026528561v1 2870 255
chrUn_NW_026528588v1 1480 123
chrUn_NW_026528589v1 1040 99
chrUn_NW_026528590v1 52200 4406
chrUn_NW_026528596v1 95190 7757
chrUn_NW_026528609v1 570 52
chrUn_NW_026528611v1 720 68
chrUn_NW_026528615v1 750 66
chrUn_NW_026528621v1 2670 231
chrUn_NW_026528631v1 630 54
chrUn_NW_026528634v1 6690 559
chrUn_NW_026528635v1 160 15
chrUn_NW_026528644v1 190 16
chrUn_NW_026528650v1 1090 98
chrUn_NW_026528656v1 40 4
chrUn_NW_026528660v1 70 7
chrUn_NW_026528661v1 320 32
chrUn_NW_026528668v1 700 65
chrUn_NW_026528670v1 60 6
chrUn_NW_026528677v1 470 42
chrUn_NW_026528708v1 250 24
chrUn_NW_026528719v1 12010 1043
chrUn_NW_026528737v1 4080 363
chrUn_NW_026528739v1 1840 173
chrUn_NW_026528740v1 80 7
chrUn_NW_026528741v1 100 10
chrUn_NW_026528745v1 790 70
chrUn_NW_026528748v1 280 28
chrUn_NW_026528749v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 750 68
chrUn_NW_026528751v1 80 8
chrUn_NW_026528752v1 810 76
chrUn_NW_026528754v1 450 39
chrUn_NW_026528755v1 5140 459
chrUn_NW_026528772v1 540 52
chrUn_NW_026528775v1 420 36
chrUn_NW_026528777v1 250 22
chrUn_NW_026528784v1 480 45
chrUn_NW_026528785v1 390 37
chrUn_NW_026528786v1 840 79
chrUn_NW_026528788v1 350 28
chrUn_NW_026528791v1 100 10
chrUn_NW_026528792v1 80 7
chrUn_NW_026528793v1 3640 315
chrUn_NW_026528795v1 940 88
chrUn_NW_026528796v1 3260 297
chrUn_NW_026528797v1 41360 3420
chrUn_NW_026528798v1 10910 935
chrUn_NW_026528799v1 3900 341
chrUn_NW_026528880v1 530 46
chrUn_NW_026528882v1 250 24
chrUn_NW_026528883v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 180 18
chrUn_NW_026528885v1 140 11
chrUn_NW_026528886v1 70 7
chrUn_NW_026528887v1 1260 109
chrUn_NW_026528888v1 1050 92
chrUn_NW_026528889v1 350 32
chrUn_NW_026528891v1 1050 84
chrUn_NW_026528893v1 260 25
chrUn_NW_026528894v1 14540 1167
chrUn_NW_026528896v1 50 4
chrUn_NW_026528899v1 690 56
chrUn_NW_026528900v1 2180 182
chrUn_NW_026528902v1 3480 307
chrUn_NW_026528903v1 15966 1288
chrUn_NW_026528917v1 7650 673
chrUn_NW_026528926v1 2810 232
chrUn_NW_026528928v1 25590 2198
chrUn_NW_026528937v1 2610 240
chrUn_NW_026528938v1 600 53
chrUn_NW_026528950v1 660 60
chrUn_NW_026528952v1 420 39
chrUn_NW_026528957v1 29550 2454
chrUn_NW_026528960v1 3410 298
chrUn_NW_026528975v1 4730 389
chrUn_NW_026528984v1 1140 101
chrUn_NW_026528985v1 230 15
chrUn_NW_026528986v1 120 12
chrUn_NW_026528987v1 290 23
chrUn_NW_026528988v1 3450 298
chrUn_NW_026528989v1 280 27
chrUn_NW_026528990v1 30 3
chrUn_NW_026528992v1 300 27
chrUn_NW_026528994v1 100 10
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 1240 108
chrUn_NW_026529007v1 5040 414
chrUn_NW_026529008v1 44100 3719
chrUn_NW_026529013v1 1630 140
chrUn_NW_026529015v1 3760 308
chrUn_NW_026529016v1 26370 2260
chrUn_NW_026529060v1 13495 1088
chrUn_NW_026529081v1 7090 626
chrUn_NW_026529085v1 12390 1042
chrX 46496657 31.38% 3821400
chrX_NW_026527892v1_random 4830 397
chrX_NW_026527894v1_random 6628 544
chrX_NW_026527897v1_random 3510 291
chrY 756670 9.20% 63247
chrY_NW_026527906v1_random 340 34
chrY_NW_026527909v1_random 1840 170
chrY_NW_026527911v1_random 1660 153
chrY_NW_026527913v1_random 2530 222
chrY_NW_026527914v1_random 8730 703
chrY_NW_026527915v1_random 560 52
chrY_NW_026527916v1_random 2560 214
chrY_NW_026527918v1_random 1560 132
chrY_NW_026527919v1_random 1120 100
chrY_NW_026527927v1_random 220 22
chrY_NW_026527928v1_random 120 11
chrY_NW_026527932v1_random 830 79
chrY_NW_026527938v1_random 16910 1453
chrY_NW_026527939v1_random 1000 90
chrY_NW_026527942v1_random 11340 955
chrY_NW_026527945v1_random 510 47
chrY_NW_026527948v1_random 2270 207
chrY_NW_026527949v1_random 9180 780
chrY_NW_026527950v1_random 29950 2536
chrY_NW_026527951v1_random 5470 475
chrY_NW_026527955v1_random 5940 502
chrY_NW_026527956v1_random 3135 294
chrY_NW_026527958v1_random 3090 283
chrY_NW_026527960v1_random 2070 187
chrY_NW_026527961v1_random 6170 518
chrY_NW_026527966v1_random 75960 6607
chrY_NW_026527967v1_random 7930 697
chrY_NW_026527968v1_random 48920 4196
chrY_NW_026527969v1_random 420 37
chrY_NW_026527974v1_random 2150 190
chrY_NW_026527980v1_random 3880 324

Segment lengths

segments min max mean median
segments 105787962 3 140 12.19 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
Microglia.bw 660.47 MB 2d99ca70f1a7692df4083029ee9cf721
genomic_resource.yaml 1.1 KB 4dd74e90931b7116a999547e651558f6
statistics/