Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/OB_FRMD7_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for OB_FRMD7_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: OB_FRMD7_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_OB_FRMD7_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_OB_FRMD7_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_OB_FRMD7_GABA [0.0526, 3.52]
n
145,763,425
mean
0.0686
sd
0.0605

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 145763425 13264782
chr1 11744420 5.39% 1065157
chr2 10229390 5.00% 934585
chr3 7421680 3.87% 686988
chr4 7884940 4.53% 723783
chr5 10903030 6.63% 977726
chr6 7956270 4.94% 728221
chr7 9114080 5.79% 825870
chr8 5904410 4.65% 542649
chr9 7219210 5.39% 655279
chr10 7814550 5.68% 707299
chr11 7544090 5.82% 680881
chr12 6976400 5.60% 632224
chr13 6050440 5.09% 553442
chr14 5572130 4.97% 509360
chr15 5500090 5.54% 500747
chr16 4648050 4.75% 426847
chr17 3469390 4.63% 319713
chr18 2804690 5.96% 253002
chr19 2874870 5.57% 260562
chr20 2763490 6.06% 249506
chr21 2519290 4.91% 230067
chr22 4813970 9.38% 422885
chrUn_NW_026528017v1 380 38
chrUn_NW_026528021v1 690 64
chrUn_NW_026528026v1 520 49
chrUn_NW_026528029v1 330 30
chrUn_NW_026528038v1 420 40
chrUn_NW_026528039v1 840 78
chrUn_NW_026528065v1 200 20
chrUn_NW_026528075v1 390 37
chrUn_NW_026528103v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 40 4
chrUn_NW_026528140v1 400 40
chrUn_NW_026528210v1 140 14
chrUn_NW_026528215v1 260 25
chrUn_NW_026528218v1 40 3
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 40 4
chrUn_NW_026528226v1 110 9
chrUn_NW_026528228v1 120 11
chrUn_NW_026528230v1 400 40
chrUn_NW_026528232v1 690 69
chrUn_NW_026528259v1 40 4
chrUn_NW_026528278v1 450 43
chrUn_NW_026528285v1 20 2
chrUn_NW_026528292v1 60 6
chrUn_NW_026528295v1 150 13
chrUn_NW_026528296v1 6390 589
chrUn_NW_026528310v1 100 10
chrUn_NW_026528320v1 20 2
chrUn_NW_026528338v1 40 4
chrUn_NW_026528339v1 20 2
chrUn_NW_026528345v1 20 2
chrUn_NW_026528350v1 40 4
chrUn_NW_026528353v1 20 2
chrUn_NW_026528356v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 270 27
chrUn_NW_026528370v1 80 8
chrUn_NW_026528371v1 480 46
chrUn_NW_026528372v1 810 76
chrUn_NW_026528373v1 790 76
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528385v1 100 10
chrUn_NW_026528390v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 100 10
chrUn_NW_026528431v1 140 13
chrUn_NW_026528432v1 820 80
chrUn_NW_026528433v1 3670 325
chrUn_NW_026528480v1 660 62
chrUn_NW_026528558v1 3350 325
chrUn_NW_026528559v1 100 10
chrUn_NW_026528561v1 120 12
chrUn_NW_026528588v1 20 2
chrUn_NW_026528589v1 20 2
chrUn_NW_026528590v1 1550 152
chrUn_NW_026528596v1 1870 185
chrUn_NW_026528609v1 60 6
chrUn_NW_026528611v1 40 4
chrUn_NW_026528621v1 400 39
chrUn_NW_026528631v1 260 24
chrUn_NW_026528634v1 330 30
chrUn_NW_026528635v1 40 3
chrUn_NW_026528644v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 20 2
chrUn_NW_026528668v1 20 2
chrUn_NW_026528670v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 650 64
chrUn_NW_026528737v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 60 6
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 100 10
chrUn_NW_026528772v1 30 3
chrUn_NW_026528777v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 80 8
chrUn_NW_026528793v1 350 35
chrUn_NW_026528795v1 60 6
chrUn_NW_026528796v1 160 16
chrUn_NW_026528797v1 2600 251
chrUn_NW_026528798v1 730 69
chrUn_NW_026528799v1 230 21
chrUn_NW_026528880v1 20 2
chrUn_NW_026528885v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 60 6
chrUn_NW_026528888v1 40 4
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 100 10
chrUn_NW_026528893v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 320 32
chrUn_NW_026528900v1 80 8
chrUn_NW_026528902v1 80 7
chrUn_NW_026528903v1 840 81
chrUn_NW_026528917v1 260 24
chrUn_NW_026528926v1 300 29
chrUn_NW_026528928v1 1170 115
chrUn_NW_026528937v1 130 13
chrUn_NW_026528938v1 20 2
chrUn_NW_026528950v1 40 4
chrUn_NW_026528957v1 1590 156
chrUn_NW_026528960v1 610 59
chrUn_NW_026528975v1 340 32
chrUn_NW_026528984v1 80 8
chrUn_NW_026528987v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 410 41
chrUn_NW_026528989v1 40 4
chrUn_NW_026528992v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 20 2
chrUn_NW_026529007v1 380 37
chrUn_NW_026529008v1 3690 346
chrUn_NW_026529013v1 100 10
chrUn_NW_026529015v1 250 23
chrUn_NW_026529016v1 1990 188
chrUn_NW_026529060v1 1325 127
chrUn_NW_026529081v1 220 22
chrUn_NW_026529085v1 830 80
chrX 3922400 2.65% 367469
chrX_NW_026527892v1_random 440 41
chrX_NW_026527894v1_random 800 74
chrX_NW_026527897v1_random 310 30
chrY 39560 0.48% 3681
chrY_NW_026527906v1_random 20 2
chrY_NW_026527909v1_random 60 6
chrY_NW_026527911v1_random 40 4
chrY_NW_026527913v1_random 490 49
chrY_NW_026527914v1_random 530 52
chrY_NW_026527916v1_random 60 6
chrY_NW_026527918v1_random 30 3
chrY_NW_026527919v1_random 150 12
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 60 6
chrY_NW_026527938v1_random 830 80
chrY_NW_026527939v1_random 20 2
chrY_NW_026527942v1_random 220 22
chrY_NW_026527945v1_random 40 4
chrY_NW_026527949v1_random 750 72
chrY_NW_026527950v1_random 1940 177
chrY_NW_026527951v1_random 180 18
chrY_NW_026527955v1_random 140 14
chrY_NW_026527956v1_random 1220 111
chrY_NW_026527958v1_random 1120 98
chrY_NW_026527960v1_random 40 4
chrY_NW_026527961v1_random 200 20
chrY_NW_026527966v1_random 10420 930
chrY_NW_026527967v1_random 380 37
chrY_NW_026527968v1_random 1420 139
chrY_NW_026527969v1_random 110 11
chrY_NW_026527974v1_random 60 6
chrY_NW_026527980v1_random 200 17

Segment lengths

segments min max mean median
segments 13264782 5 110 10.99 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
OB_FRMD7_GABA.bw 81.06 MB 4f979b19ca20ebc876a5e0b00306f78f
genomic_resource.yaml 1.12 KB 23ef1bc81b182482660891dda7f084f7
statistics/