Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/OPC/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for OPC cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: OPC
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_OPC float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_OPC
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_OPC [0.00192, 10.5]
n
1,340,982,297
mean
0.00746
sd
0.0292

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1340982297 110964295
chr1 103975350 47.70% 8618675
chr2 93667260 45.81% 7719006
chr3 77992610 40.64% 6399907
chr4 78419210 45.06% 6463413
chr5 90701630 55.19% 7577324
chr6 75190139 46.70% 6202617
chr7 82021430 52.06% 6801342
chr8 57670030 45.46% 4741665
chr9 63865290 47.64% 5279797
chr10 69384230 50.40% 5749384
chr11 66706520 51.44% 5555231
chr12 64255180 51.62% 5343488
chr13 55493360 46.66% 4556812
chr14 52707100 47.02% 4339767
chr15 51525970 51.94% 4269094
chr16 45604040 46.62% 3746296
chr17 34739170 46.35% 2849238
chr18 23769980 50.54% 1973898
chr19 26298710 51.00% 2184203
chr20 24417950 53.53% 2036973
chr21 23015800 44.90% 1901562
chr22 31816470 62.02% 2719963
chrUn_NW_026528016v1 590 56
chrUn_NW_026528017v1 8260 741
chrUn_NW_026528021v1 6065 511
chrUn_NW_026528026v1 7820 699
chrUn_NW_026528029v1 4627 402
chrUn_NW_026528038v1 5770 471
chrUn_NW_026528039v1 7950 694
chrUn_NW_026528065v1 2460 219
chrUn_NW_026528075v1 3630 308
chrUn_NW_026528103v1 850 80
chrUn_NW_026528123v1 160 16
chrUn_NW_026528125v1 1640 151
chrUn_NW_026528140v1 9790 771
chrUn_NW_026528210v1 2460 217
chrUn_NW_026528215v1 4890 420
chrUn_NW_026528217v1 60 6
chrUn_NW_026528218v1 180 18
chrUn_NW_026528219v1 560 50
chrUn_NW_026528220v1 150 13
chrUn_NW_026528221v1 110 10
chrUn_NW_026528222v1 80 7
chrUn_NW_026528224v1 170 15
chrUn_NW_026528225v1 1300 117
chrUn_NW_026528226v1 1580 127
chrUn_NW_026528228v1 3250 280
chrUn_NW_026528230v1 3510 308
chrUn_NW_026528232v1 11840 969
chrUn_NW_026528259v1 120 10
chrUn_NW_026528278v1 7480 619
chrUn_NW_026528285v1 720 59
chrUn_NW_026528292v1 290 28
chrUn_NW_026528295v1 4248 370
chrUn_NW_026528296v1 55903 4801
chrUn_NW_026528310v1 2240 200
chrUn_NW_026528320v1 640 60
chrUn_NW_026528327v1 360 35
chrUn_NW_026528332v1 470 46
chrUn_NW_026528335v1 610 58
chrUn_NW_026528338v1 1310 120
chrUn_NW_026528339v1 930 88
chrUn_NW_026528345v1 380 34
chrUn_NW_026528347v1 310 28
chrUn_NW_026528350v1 530 48
chrUn_NW_026528353v1 970 89
chrUn_NW_026528356v1 490 45
chrUn_NW_026528358v1 40 4
chrUn_NW_026528360v1 40 4
chrUn_NW_026528363v1 5308 433
chrUn_NW_026528370v1 3090 262
chrUn_NW_026528371v1 9730 792
chrUn_NW_026528372v1 2930 256
chrUn_NW_026528373v1 10290 830
chrUn_NW_026528378v1 80 8
chrUn_NW_026528380v1 220 21
chrUn_NW_026528381v1 20 2
chrUn_NW_026528382v1 110 10
chrUn_NW_026528384v1 610 56
chrUn_NW_026528385v1 1250 112
chrUn_NW_026528390v1 960 91
chrUn_NW_026528393v1 390 36
chrUn_NW_026528396v1 90 8
chrUn_NW_026528397v1 290 28
chrUn_NW_026528402v1 100 10
chrUn_NW_026528403v1 110 11
chrUn_NW_026528404v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 170 17
chrUn_NW_026528409v1 310 31
chrUn_NW_026528412v1 300 30
chrUn_NW_026528413v1 120 12
chrUn_NW_026528416v1 80 8
chrUn_NW_026528420v1 60 6
chrUn_NW_026528423v1 1410 119
chrUn_NW_026528431v1 4120 359
chrUn_NW_026528432v1 11070 922
chrUn_NW_026528433v1 30030 2714
chrUn_NW_026528440v1 40 4
chrUn_NW_026528471v1 60 6
chrUn_NW_026528480v1 8640 739
chrUn_NW_026528558v1 36700 3226
chrUn_NW_026528559v1 1740 153
chrUn_NW_026528561v1 2660 247
chrUn_NW_026528588v1 790 74
chrUn_NW_026528589v1 520 47
chrUn_NW_026528590v1 33520 2895
chrUn_NW_026528596v1 39310 3436
chrUn_NW_026528609v1 580 52
chrUn_NW_026528611v1 220 21
chrUn_NW_026528615v1 550 46
chrUn_NW_026528621v1 2180 190
chrUn_NW_026528631v1 1900 164
chrUn_NW_026528634v1 4040 351
chrUn_NW_026528635v1 110 10
chrUn_NW_026528644v1 210 20
chrUn_NW_026528650v1 510 45
chrUn_NW_026528656v1 80 8
chrUn_NW_026528660v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 160 16
chrUn_NW_026528668v1 450 44
chrUn_NW_026528670v1 80 8
chrUn_NW_026528677v1 300 28
chrUn_NW_026528708v1 240 22
chrUn_NW_026528719v1 10970 951
chrUn_NW_026528737v1 930 83
chrUn_NW_026528739v1 590 55
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528741v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 340 28
chrUn_NW_026528748v1 120 12
chrUn_NW_026528750v1 200 20
chrUn_NW_026528752v1 150 15
chrUn_NW_026528754v1 150 13
chrUn_NW_026528755v1 2540 232
chrUn_NW_026528772v1 210 20
chrUn_NW_026528775v1 440 39
chrUn_NW_026528777v1 170 17
chrUn_NW_026528784v1 250 21
chrUn_NW_026528785v1 200 16
chrUn_NW_026528786v1 560 53
chrUn_NW_026528788v1 150 14
chrUn_NW_026528791v1 80 8
chrUn_NW_026528792v1 60 6
chrUn_NW_026528793v1 2160 189
chrUn_NW_026528795v1 2220 193
chrUn_NW_026528796v1 5710 492
chrUn_NW_026528797v1 46830 3844
chrUn_NW_026528798v1 10860 924
chrUn_NW_026528799v1 3370 290
chrUn_NW_026528880v1 530 46
chrUn_NW_026528882v1 240 22
chrUn_NW_026528883v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 180 18
chrUn_NW_026528885v1 140 14
chrUn_NW_026528886v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 1610 135
chrUn_NW_026528888v1 620 58
chrUn_NW_026528889v1 350 33
chrUn_NW_026528891v1 1020 85
chrUn_NW_026528893v1 290 28
chrUn_NW_026528894v1 9670 790
chrUn_NW_026528896v1 80 7
chrUn_NW_026528899v1 420 41
chrUn_NW_026528900v1 2450 212
chrUn_NW_026528902v1 3630 327
chrUn_NW_026528903v1 14176 1169
chrUn_NW_026528917v1 3540 298
chrUn_NW_026528926v1 1870 163
chrUn_NW_026528928v1 17380 1510
chrUn_NW_026528937v1 1600 150
chrUn_NW_026528938v1 380 36
chrUn_NW_026528950v1 480 42
chrUn_NW_026528952v1 320 30
chrUn_NW_026528957v1 19340 1657
chrUn_NW_026528960v1 2900 254
chrUn_NW_026528975v1 3100 269
chrUn_NW_026528984v1 1010 94
chrUn_NW_026528985v1 160 16
chrUn_NW_026528986v1 100 10
chrUn_NW_026528987v1 210 20
chrUn_NW_026528988v1 3050 274
chrUn_NW_026528989v1 310 26
chrUn_NW_026528992v1 260 24
chrUn_NW_026528994v1 120 12
chrUn_NW_026528995v1 40 4
chrUn_NW_026528996v1 650 62
chrUn_NW_026529007v1 6200 510
chrUn_NW_026529008v1 46510 3930
chrUn_NW_026529013v1 1600 127
chrUn_NW_026529015v1 3090 260
chrUn_NW_026529016v1 18170 1590
chrUn_NW_026529060v1 13405 1102
chrUn_NW_026529081v1 7520 654
chrUn_NW_026529085v1 15580 1347
chrX 46144740 31.14% 3798486
chrX_NW_026527892v1_random 5080 412
chrX_NW_026527894v1_random 6848 573
chrX_NW_026527897v1_random 3040 255
chrY 700150 8.51% 58609
chrY_NW_026527906v1_random 390 37
chrY_NW_026527909v1_random 850 79
chrY_NW_026527911v1_random 3140 278
chrY_NW_026527913v1_random 3380 310
chrY_NW_026527914v1_random 8023 641
chrY_NW_026527915v1_random 340 32
chrY_NW_026527916v1_random 1520 134
chrY_NW_026527918v1_random 1090 91
chrY_NW_026527919v1_random 1580 136
chrY_NW_026527927v1_random 580 56
chrY_NW_026527928v1_random 40 4
chrY_NW_026527931v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 1320 122
chrY_NW_026527938v1_random 10910 965
chrY_NW_026527939v1_random 450 43
chrY_NW_026527942v1_random 8300 739
chrY_NW_026527945v1_random 140 14
chrY_NW_026527948v1_random 1240 114
chrY_NW_026527949v1_random 11300 933
chrY_NW_026527950v1_random 18220 1479
chrY_NW_026527951v1_random 4850 445
chrY_NW_026527955v1_random 6090 535
chrY_NW_026527956v1_random 3695 349
chrY_NW_026527958v1_random 3870 359
chrY_NW_026527960v1_random 2210 194
chrY_NW_026527961v1_random 10240 858
chrY_NW_026527966v1_random 60030 5299
chrY_NW_026527967v1_random 4930 455
chrY_NW_026527968v1_random 32450 2839
chrY_NW_026527969v1_random 940 80
chrY_NW_026527974v1_random 990 89
chrY_NW_026527980v1_random 1510 131

Segment lengths

segments min max mean median
segments 110964295 3 150 12.08 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
OPC.bw 685.1 MB eca2a863238d3c093c1310e2ac981b15
genomic_resource.yaml 1.08 KB 27612e8d6c77deeb8277ac9c791388c7
statistics/