Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/OT_D1_ICj/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for OT_D1_ICj cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: OT_D1_ICj
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_OT_D1_ICj float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_OT_D1_ICj
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_OT_D1_ICj [0.0122, 2.44]
n
489,614,346
mean
0.0204
sd
0.0323

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 489614346 41657800
chr1 38535660 17.68% 3270476
chr2 33534200 16.40% 2868905
chr3 27453980 14.31% 2376560
chr4 27798730 15.97% 2385794
chr5 35750750 21.75% 2986970
chr6 26253180 16.31% 2243364
chr7 31301740 19.87% 2638098
chr8 21003180 16.56% 1796695
chr9 23768470 17.73% 2021093
chr10 25774600 18.72% 2183011
chr11 23930840 18.45% 2028296
chr12 23801940 19.12% 2007843
chr13 19948750 16.77% 1705913
chr14 19081680 17.02% 1627223
chr15 19063970 19.22% 1609424
chr16 15344770 15.69% 1321499
chr17 12248880 16.34% 1050488
chr18 9050860 19.24% 764540
chr19 10182650 19.74% 856151
chr20 8741100 19.16% 737314
chr21 7959880 15.53% 683717
chr22 13539930 26.39% 1117462
chrUn_NW_026528016v1 130 12
chrUn_NW_026528017v1 470 45
chrUn_NW_026528021v1 2425 202
chrUn_NW_026528026v1 2450 221
chrUn_NW_026528029v1 1580 132
chrUn_NW_026528038v1 1930 183
chrUn_NW_026528039v1 2510 235
chrUn_NW_026528065v1 700 55
chrUn_NW_026528075v1 800 77
chrUn_NW_026528103v1 230 21
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 400 39
chrUn_NW_026528140v1 1260 117
chrUn_NW_026528210v1 670 65
chrUn_NW_026528215v1 1020 96
chrUn_NW_026528217v1 20 2
chrUn_NW_026528219v1 70 7
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 40 4
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 290 28
chrUn_NW_026528226v1 530 50
chrUn_NW_026528228v1 810 78
chrUn_NW_026528230v1 690 65
chrUn_NW_026528232v1 4430 381
chrUn_NW_026528259v1 20 2
chrUn_NW_026528278v1 1800 151
chrUn_NW_026528285v1 160 16
chrUn_NW_026528292v1 80 6
chrUn_NW_026528295v1 780 76
chrUn_NW_026528296v1 23050 1908
chrUn_NW_026528310v1 750 71
chrUn_NW_026528320v1 120 12
chrUn_NW_026528327v1 120 12
chrUn_NW_026528332v1 60 6
chrUn_NW_026528335v1 20 2
chrUn_NW_026528338v1 120 12
chrUn_NW_026528339v1 230 23
chrUn_NW_026528345v1 130 11
chrUn_NW_026528347v1 60 6
chrUn_NW_026528350v1 150 14
chrUn_NW_026528353v1 260 25
chrUn_NW_026528356v1 120 12
chrUn_NW_026528358v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 1460 135
chrUn_NW_026528370v1 410 37
chrUn_NW_026528371v1 2820 241
chrUn_NW_026528372v1 870 77
chrUn_NW_026528373v1 3360 302
chrUn_NW_026528378v1 20 2
chrUn_NW_026528380v1 80 8
chrUn_NW_026528384v1 80 8
chrUn_NW_026528385v1 140 13
chrUn_NW_026528390v1 60 6
chrUn_NW_026528393v1 40 4
chrUn_NW_026528396v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 100 10
chrUn_NW_026528408v1 20 2
chrUn_NW_026528409v1 100 8
chrUn_NW_026528412v1 80 7
chrUn_NW_026528413v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 290 29
chrUn_NW_026528431v1 800 77
chrUn_NW_026528432v1 2320 208
chrUn_NW_026528433v1 12530 1034
chrUn_NW_026528440v1 40 4
chrUn_NW_026528480v1 2030 187
chrUn_NW_026528558v1 8230 767
chrUn_NW_026528559v1 310 30
chrUn_NW_026528561v1 120 12
chrUn_NW_026528588v1 20 2
chrUn_NW_026528589v1 20 2
chrUn_NW_026528590v1 5210 505
chrUn_NW_026528596v1 12060 1130
chrUn_NW_026528609v1 100 10
chrUn_NW_026528611v1 100 10
chrUn_NW_026528615v1 40 4
chrUn_NW_026528621v1 590 57
chrUn_NW_026528631v1 600 58
chrUn_NW_026528634v1 1010 101
chrUn_NW_026528635v1 40 4
chrUn_NW_026528644v1 20 2
chrUn_NW_026528650v1 40 4
chrUn_NW_026528656v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 200 20
chrUn_NW_026528668v1 80 8
chrUn_NW_026528677v1 140 14
chrUn_NW_026528708v1 40 4
chrUn_NW_026528719v1 2480 234
chrUn_NW_026528737v1 110 9
chrUn_NW_026528745v1 60 6
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 60 6
chrUn_NW_026528755v1 410 41
chrUn_NW_026528772v1 40 4
chrUn_NW_026528775v1 20 2
chrUn_NW_026528777v1 20 2
chrUn_NW_026528784v1 70 6
chrUn_NW_026528785v1 70 5
chrUn_NW_026528786v1 60 6
chrUn_NW_026528788v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 550 55
chrUn_NW_026528795v1 290 28
chrUn_NW_026528796v1 1110 109
chrUn_NW_026528797v1 13290 1185
chrUn_NW_026528798v1 3780 323
chrUn_NW_026528799v1 1180 108
chrUn_NW_026528880v1 110 9
chrUn_NW_026528882v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 20 2
chrUn_NW_026528885v1 100 10
chrUn_NW_026528887v1 170 17
chrUn_NW_026528888v1 150 14
chrUn_NW_026528889v1 70 7
chrUn_NW_026528891v1 160 15
chrUn_NW_026528893v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 2140 198
chrUn_NW_026528899v1 80 8
chrUn_NW_026528900v1 550 53
chrUn_NW_026528902v1 850 80
chrUn_NW_026528903v1 2776 260
chrUn_NW_026528917v1 700 62
chrUn_NW_026528926v1 570 52
chrUn_NW_026528928v1 4270 404
chrUn_NW_026528937v1 200 20
chrUn_NW_026528938v1 80 8
chrUn_NW_026528950v1 80 8
chrUn_NW_026528952v1 20 2
chrUn_NW_026528957v1 3670 344
chrUn_NW_026528960v1 1500 132
chrUn_NW_026528975v1 980 91
chrUn_NW_026528984v1 180 18
chrUn_NW_026528987v1 40 4
chrUn_NW_026528988v1 490 47
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 180 18
chrUn_NW_026529007v1 1560 131
chrUn_NW_026529008v1 10250 918
chrUn_NW_026529013v1 490 46
chrUn_NW_026529015v1 670 65
chrUn_NW_026529016v1 5010 453
chrUn_NW_026529060v1 6125 491
chrUn_NW_026529081v1 740 72
chrUn_NW_026529085v1 2040 186
chrX 15222470 10.27% 1348057
chrX_NW_026527892v1_random 1370 129
chrX_NW_026527894v1_random 3540 309
chrX_NW_026527897v1_random 830 78
chrY 90630 1.10% 8126
chrY_NW_026527909v1_random 40 4
chrY_NW_026527911v1_random 140 14
chrY_NW_026527913v1_random 970 88
chrY_NW_026527914v1_random 1460 131
chrY_NW_026527915v1_random 40 3
chrY_NW_026527916v1_random 40 4
chrY_NW_026527919v1_random 140 14
chrY_NW_026527927v1_random 40 4
chrY_NW_026527932v1_random 40 4
chrY_NW_026527938v1_random 2010 195
chrY_NW_026527939v1_random 100 10
chrY_NW_026527942v1_random 250 25
chrY_NW_026527948v1_random 100 10
chrY_NW_026527949v1_random 6280 549
chrY_NW_026527950v1_random 4750 425
chrY_NW_026527951v1_random 390 39
chrY_NW_026527955v1_random 550 55
chrY_NW_026527956v1_random 1490 132
chrY_NW_026527958v1_random 1340 122
chrY_NW_026527960v1_random 300 28
chrY_NW_026527961v1_random 1270 123
chrY_NW_026527966v1_random 17130 1511
chrY_NW_026527967v1_random 760 75
chrY_NW_026527968v1_random 6700 632
chrY_NW_026527969v1_random 80 8
chrY_NW_026527974v1_random 20 2
chrY_NW_026527980v1_random 350 35

Segment lengths

segments min max mean median
segments 41657800 5 130 11.75 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
OT_D1_ICj.bw 242.96 MB 13dc3b301d970c9d52e4e4038592ea41
genomic_resource.yaml 1.1 KB b94f729cd10ce9bda92212ececdf6c6d
statistics/