Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/Oligo_PLEKHG1/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for Oligo_PLEKHG1 cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: Oligo_PLEKHG1
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Oligo_PLEKHG1 float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Oligo_PLEKHG1
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Oligo_PLEKHG1 [0.00274, 7.06]
n
1,107,593,906
mean
0.00903
sd
0.0306

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1107593906 91990534
chr1 87063820 39.94% 7241473
chr2 77643080 37.97% 6436249
chr3 65543010 34.15% 5420253
chr4 65689450 37.74% 5442161
chr5 75391530 45.87% 6308676
chr6 63122950 39.21% 5227846
chr7 66603210 42.28% 5557505
chr8 49758400 39.23% 4102103
chr9 52014030 38.80% 4309195
chr10 56454890 41.01% 4689277
chr11 53132750 40.97% 4429794
chr12 51659780 41.50% 4318520
chr13 46246657 38.88% 3815849
chr14 43437090 38.75% 3586232
chr15 41792990 42.13% 3473586
chr16 36822440 37.64% 3035511
chr17 29816200 39.79% 2451417
chr18 19930010 42.38% 1653690
chr19 21715850 42.11% 1806349
chr20 20649820 45.27% 1715445
chr21 18239050 35.58% 1500486
chr22 28170540 54.91% 2398239
chrUn_NW_026528016v1 370 36
chrUn_NW_026528017v1 3680 339
chrUn_NW_026528021v1 5555 448
chrUn_NW_026528026v1 5670 501
chrUn_NW_026528029v1 4317 350
chrUn_NW_026528038v1 4360 366
chrUn_NW_026528039v1 8020 698
chrUn_NW_026528065v1 2560 238
chrUn_NW_026528075v1 2340 199
chrUn_NW_026528103v1 550 50
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 880 85
chrUn_NW_026528140v1 10070 818
chrUn_NW_026528210v1 1950 175
chrUn_NW_026528215v1 3420 307
chrUn_NW_026528217v1 30 2
chrUn_NW_026528218v1 70 7
chrUn_NW_026528219v1 430 35
chrUn_NW_026528220v1 80 6
chrUn_NW_026528221v1 40 4
chrUn_NW_026528222v1 110 11
chrUn_NW_026528224v1 130 11
chrUn_NW_026528225v1 1450 128
chrUn_NW_026528226v1 1870 164
chrUn_NW_026528228v1 2500 224
chrUn_NW_026528230v1 2830 239
chrUn_NW_026528232v1 5130 436
chrUn_NW_026528259v1 80 7
chrUn_NW_026528278v1 6070 497
chrUn_NW_026528285v1 530 45
chrUn_NW_026528292v1 100 10
chrUn_NW_026528295v1 2740 250
chrUn_NW_026528296v1 51470 4327
chrUn_NW_026528310v1 1240 116
chrUn_NW_026528320v1 450 43
chrUn_NW_026528327v1 190 18
chrUn_NW_026528332v1 470 41
chrUn_NW_026528335v1 280 27
chrUn_NW_026528338v1 540 52
chrUn_NW_026528339v1 470 45
chrUn_NW_026528345v1 170 13
chrUn_NW_026528347v1 310 30
chrUn_NW_026528350v1 270 27
chrUn_NW_026528353v1 370 36
chrUn_NW_026528356v1 210 20
chrUn_NW_026528360v1 60 6
chrUn_NW_026528363v1 2970 259
chrUn_NW_026528370v1 3310 282
chrUn_NW_026528371v1 7630 638
chrUn_NW_026528372v1 3390 279
chrUn_NW_026528373v1 6970 565
chrUn_NW_026528378v1 100 10
chrUn_NW_026528380v1 70 6
chrUn_NW_026528382v1 50 5
chrUn_NW_026528384v1 410 40
chrUn_NW_026528385v1 730 69
chrUn_NW_026528390v1 480 45
chrUn_NW_026528393v1 290 26
chrUn_NW_026528396v1 60 6
chrUn_NW_026528397v1 140 14
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 100 10
chrUn_NW_026528404v1 50 3
chrUn_NW_026528408v1 100 10
chrUn_NW_026528409v1 160 12
chrUn_NW_026528412v1 180 18
chrUn_NW_026528413v1 50 5
chrUn_NW_026528416v1 100 8
chrUn_NW_026528419v1 40 4
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 1040 94
chrUn_NW_026528431v1 2600 229
chrUn_NW_026528432v1 4990 424
chrUn_NW_026528433v1 27520 2383
chrUn_NW_026528440v1 40 4
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 5380 483
chrUn_NW_026528558v1 20220 1830
chrUn_NW_026528559v1 780 68
chrUn_NW_026528561v1 1990 178
chrUn_NW_026528588v1 160 16
chrUn_NW_026528589v1 400 38
chrUn_NW_026528590v1 19930 1779
chrUn_NW_026528596v1 25120 2254
chrUn_NW_026528609v1 460 38
chrUn_NW_026528611v1 40 4
chrUn_NW_026528615v1 300 30
chrUn_NW_026528621v1 1220 108
chrUn_NW_026528631v1 1350 116
chrUn_NW_026528634v1 2480 218
chrUn_NW_026528635v1 20 2
chrUn_NW_026528644v1 100 9
chrUn_NW_026528650v1 240 22
chrUn_NW_026528656v1 40 4
chrUn_NW_026528660v1 60 6
chrUn_NW_026528661v1 120 12
chrUn_NW_026528668v1 180 18
chrUn_NW_026528670v1 80 6
chrUn_NW_026528677v1 240 21
chrUn_NW_026528708v1 50 5
chrUn_NW_026528719v1 5840 523
chrUn_NW_026528737v1 810 71
chrUn_NW_026528739v1 230 23
chrUn_NW_026528741v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 200 20
chrUn_NW_026528748v1 80 8
chrUn_NW_026528750v1 160 15
chrUn_NW_026528751v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 40 4
chrUn_NW_026528754v1 80 8
chrUn_NW_026528755v1 1240 119
chrUn_NW_026528772v1 180 17
chrUn_NW_026528775v1 140 13
chrUn_NW_026528777v1 140 12
chrUn_NW_026528784v1 140 14
chrUn_NW_026528785v1 80 8
chrUn_NW_026528786v1 310 31
chrUn_NW_026528788v1 90 8
chrUn_NW_026528792v1 50 5
chrUn_NW_026528793v1 1690 152
chrUn_NW_026528795v1 2850 252
chrUn_NW_026528796v1 8100 682
chrUn_NW_026528797v1 66730 5584
chrUn_NW_026528798v1 7170 590
chrUn_NW_026528799v1 1880 173
chrUn_NW_026528880v1 450 43
chrUn_NW_026528882v1 230 20
chrUn_NW_026528884v1 260 26
chrUn_NW_026528885v1 100 10
chrUn_NW_026528887v1 1130 101
chrUn_NW_026528888v1 280 26
chrUn_NW_026528889v1 190 17
chrUn_NW_026528891v1 600 53
chrUn_NW_026528893v1 110 11
chrUn_NW_026528894v1 5830 511
chrUn_NW_026528896v1 40 4
chrUn_NW_026528899v1 220 21
chrUn_NW_026528900v1 1810 152
chrUn_NW_026528902v1 2290 214
chrUn_NW_026528903v1 8330 688
chrUn_NW_026528917v1 1570 143
chrUn_NW_026528926v1 1250 101
chrUn_NW_026528928v1 11140 985
chrUn_NW_026528937v1 720 67
chrUn_NW_026528938v1 80 8
chrUn_NW_026528950v1 360 32
chrUn_NW_026528952v1 270 25
chrUn_NW_026528957v1 9800 874
chrUn_NW_026528960v1 2590 219
chrUn_NW_026528975v1 1840 162
chrUn_NW_026528984v1 620 62
chrUn_NW_026528985v1 160 15
chrUn_NW_026528986v1 20 2
chrUn_NW_026528987v1 220 19
chrUn_NW_026528988v1 1360 121
chrUn_NW_026528989v1 160 14
chrUn_NW_026528992v1 140 14
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 380 33
chrUn_NW_026529007v1 5130 424
chrUn_NW_026529008v1 38750 3217
chrUn_NW_026529013v1 850 71
chrUn_NW_026529015v1 1700 155
chrUn_NW_026529016v1 11430 1013
chrUn_NW_026529060v1 11745 923
chrUn_NW_026529081v1 3900 362
chrUn_NW_026529085v1 9260 805
chrX 35625727 24.04% 2978146
chrX_NW_026527892v1_random 4010 341
chrX_NW_026527894v1_random 4380 372
chrX_NW_026527897v1_random 2290 198
chrY 413850 5.03% 35596
chrY_NW_026527906v1_random 80 8
chrY_NW_026527909v1_random 520 52
chrY_NW_026527911v1_random 1130 105
chrY_NW_026527913v1_random 1320 127
chrY_NW_026527914v1_random 4260 381
chrY_NW_026527915v1_random 170 16
chrY_NW_026527916v1_random 700 64
chrY_NW_026527918v1_random 600 56
chrY_NW_026527919v1_random 560 51
chrY_NW_026527927v1_random 160 16
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527931v1_random 80 8
chrY_NW_026527932v1_random 430 41
chrY_NW_026527938v1_random 6130 548
chrY_NW_026527939v1_random 250 24
chrY_NW_026527942v1_random 3770 353
chrY_NW_026527945v1_random 110 11
chrY_NW_026527948v1_random 540 52
chrY_NW_026527949v1_random 11360 932
chrY_NW_026527950v1_random 16920 1416
chrY_NW_026527951v1_random 2120 202
chrY_NW_026527955v1_random 2330 216
chrY_NW_026527956v1_random 2935 265
chrY_NW_026527958v1_random 3260 293
chrY_NW_026527960v1_random 1440 131
chrY_NW_026527961v1_random 3340 287
chrY_NW_026527966v1_random 42440 3847
chrY_NW_026527967v1_random 4050 369
chrY_NW_026527968v1_random 18680 1679
chrY_NW_026527969v1_random 440 38
chrY_NW_026527974v1_random 380 38
chrY_NW_026527980v1_random 930 88

Segment lengths

segments min max mean median
segments 91990534 5 150 12.04 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
Oligo_PLEKHG1.bw 600.09 MB 4ce3c7c2d12b041cc8d63fdbdbea885c
genomic_resource.yaml 1.12 KB 88eb58f7f0d12261be57ca9dea0a7018
statistics/