Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/Pericyte/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for Pericyte cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: Pericyte
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Pericyte float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Pericyte
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_Pericyte [0.0755, 6.19]
n
98,431,400
mean
0.102
sd
0.105

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 98431400 9092424
chr1 7234900 3.32% 666834
chr2 6578270 3.22% 609804
chr3 5064850 2.64% 476513
chr4 5743750 3.30% 532978
chr5 7376470 4.49% 670477
chr6 5499280 3.42% 511376
chr7 6422260 4.08% 590403
chr8 3558560 2.81% 333927
chr9 4754270 3.55% 437858
chr10 5106290 3.71% 470742
chr11 5144500 3.97% 472272
chr12 4827290 3.88% 442498
chr13 3934060 3.31% 365336
chr14 3785340 3.38% 350870
chr15 4042430 4.08% 373199
chr16 3017650 3.08% 282665
chr17 2446040 3.26% 227647
chr18 1972270 4.19% 180579
chr19 1975980 3.83% 182491
chr20 1865980 4.09% 171326
chr21 1624070 3.17% 151204
chr22 3613340 7.04% 321591
chrUn_NW_026528016v1 60 6
chrUn_NW_026528017v1 380 38
chrUn_NW_026528021v1 640 56
chrUn_NW_026528026v1 700 62
chrUn_NW_026528029v1 220 20
chrUn_NW_026528038v1 220 21
chrUn_NW_026528039v1 440 44
chrUn_NW_026528065v1 260 25
chrUn_NW_026528075v1 190 19
chrUn_NW_026528103v1 40 4
chrUn_NW_026528125v1 20 2
chrUn_NW_026528140v1 340 34
chrUn_NW_026528210v1 80 8
chrUn_NW_026528215v1 220 22
chrUn_NW_026528225v1 60 6
chrUn_NW_026528226v1 250 19
chrUn_NW_026528228v1 160 16
chrUn_NW_026528230v1 320 30
chrUn_NW_026528232v1 210 21
chrUn_NW_026528259v1 20 2
chrUn_NW_026528278v1 390 38
chrUn_NW_026528295v1 380 38
chrUn_NW_026528296v1 4550 413
chrUn_NW_026528310v1 110 11
chrUn_NW_026528320v1 50 5
chrUn_NW_026528327v1 30 3
chrUn_NW_026528332v1 60 6
chrUn_NW_026528335v1 20 2
chrUn_NW_026528338v1 20 2
chrUn_NW_026528339v1 100 8
chrUn_NW_026528350v1 40 4
chrUn_NW_026528353v1 80 8
chrUn_NW_026528356v1 40 4
chrUn_NW_026528363v1 140 14
chrUn_NW_026528370v1 40 4
chrUn_NW_026528371v1 300 29
chrUn_NW_026528372v1 40 4
chrUn_NW_026528373v1 460 46
chrUn_NW_026528378v1 30 3
chrUn_NW_026528384v1 20 2
chrUn_NW_026528385v1 60 6
chrUn_NW_026528390v1 80 8
chrUn_NW_026528393v1 40 4
chrUn_NW_026528396v1 20 2
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 20 2
chrUn_NW_026528409v1 20 2
chrUn_NW_026528413v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 40 4
chrUn_NW_026528431v1 280 27
chrUn_NW_026528432v1 910 82
chrUn_NW_026528433v1 2870 251
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 750 75
chrUn_NW_026528558v1 2440 238
chrUn_NW_026528559v1 80 8
chrUn_NW_026528561v1 40 4
chrUn_NW_026528588v1 40 4
chrUn_NW_026528589v1 20 2
chrUn_NW_026528590v1 1440 143
chrUn_NW_026528596v1 2820 279
chrUn_NW_026528609v1 20 2
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 40 4
chrUn_NW_026528621v1 40 4
chrUn_NW_026528631v1 40 4
chrUn_NW_026528634v1 310 31
chrUn_NW_026528668v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 530 53
chrUn_NW_026528737v1 60 6
chrUn_NW_026528739v1 40 4
chrUn_NW_026528745v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 200 20
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 20 2
chrUn_NW_026528788v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 140 14
chrUn_NW_026528795v1 100 10
chrUn_NW_026528796v1 120 11
chrUn_NW_026528797v1 2180 206
chrUn_NW_026528798v1 610 52
chrUn_NW_026528799v1 80 8
chrUn_NW_026528880v1 40 3
chrUn_NW_026528887v1 20 2
chrUn_NW_026528888v1 20 2
chrUn_NW_026528889v1 40 4
chrUn_NW_026528891v1 120 12
chrUn_NW_026528893v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 1180 112
chrUn_NW_026528900v1 110 11
chrUn_NW_026528902v1 260 26
chrUn_NW_026528903v1 1590 141
chrUn_NW_026528917v1 330 33
chrUn_NW_026528926v1 120 12
chrUn_NW_026528928v1 960 93
chrUn_NW_026528937v1 60 6
chrUn_NW_026528938v1 40 4
chrUn_NW_026528957v1 1400 138
chrUn_NW_026528960v1 140 14
chrUn_NW_026528975v1 40 4
chrUn_NW_026528984v1 20 2
chrUn_NW_026528985v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 140 12
chrUn_NW_026528992v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 80 8
chrUn_NW_026529007v1 390 37
chrUn_NW_026529008v1 2820 265
chrUn_NW_026529013v1 80 8
chrUn_NW_026529015v1 130 13
chrUn_NW_026529016v1 1360 129
chrUn_NW_026529060v1 790 75
chrUn_NW_026529081v1 400 39
chrUn_NW_026529085v1 830 78
chrX 2740380 1.85% 260192
chrX_NW_026527892v1_random 290 28
chrX_NW_026527894v1_random 380 37
chrX_NW_026527897v1_random 150 15
chrY 38330 0.47% 3597
chrY_NW_026527909v1_random 40 4
chrY_NW_026527911v1_random 220 19
chrY_NW_026527913v1_random 220 22
chrY_NW_026527914v1_random 530 51
chrY_NW_026527916v1_random 60 6
chrY_NW_026527918v1_random 90 9
chrY_NW_026527919v1_random 130 13
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 40 4
chrY_NW_026527938v1_random 660 66
chrY_NW_026527942v1_random 260 26
chrY_NW_026527945v1_random 20 2
chrY_NW_026527948v1_random 60 6
chrY_NW_026527949v1_random 530 50
chrY_NW_026527950v1_random 2540 212
chrY_NW_026527951v1_random 60 6
chrY_NW_026527955v1_random 280 27
chrY_NW_026527956v1_random 1210 108
chrY_NW_026527958v1_random 1140 100
chrY_NW_026527960v1_random 90 9
chrY_NW_026527961v1_random 380 37
chrY_NW_026527966v1_random 10830 947
chrY_NW_026527967v1_random 310 31
chrY_NW_026527968v1_random 1900 190
chrY_NW_026527969v1_random 100 8
chrY_NW_026527974v1_random 60 6
chrY_NW_026527980v1_random 180 18

Segment lengths

segments min max mean median
segments 9092424 10 100 10.83 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
Pericyte.bw 61.71 MB 300d0ae50b8c127d56c5ef8aae344fad
genomic_resource.yaml 1.1 KB 1acf2bf7cd5f655731bde26e4b2afb03
statistics/