Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/SMC/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for SMC cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: SMC
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SMC float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SMC
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SMC [0.296, 8.89]
n
32,389,970
mean
0.309
sd
0.0628

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 32389970 3177070
chr1 2473460 1.13% 242706
chr2 2374080 1.16% 233182
chr3 2060830 1.07% 202604
chr4 1859100 1.07% 182738
chr5 2039930 1.24% 199748
chr6 1630870 1.01% 160388
chr7 2018800 1.28% 197809
chr8 1392720 1.10% 136935
chr9 1721480 1.28% 168504
chr10 1826920 1.33% 178794
chr11 1604550 1.24% 157219
chr12 1674890 1.35% 163808
chr13 1500550 1.26% 147247
chr14 1153640 1.03% 113327
chr15 1114100 1.12% 109410
chr16 951340 0.97% 93675
chr17 844330 1.13% 82762
chr18 582810 1.24% 57061
chr19 696820 1.35% 68271
chr20 519200 1.14% 50913
chr21 641500 1.25% 62876
chr22 878690 1.71% 85119
chrUn_NW_026528016v1 20 2
chrUn_NW_026528017v1 380 38
chrUn_NW_026528021v1 170 17
chrUn_NW_026528026v1 380 37
chrUn_NW_026528029v1 50 5
chrUn_NW_026528038v1 80 8
chrUn_NW_026528039v1 210 21
chrUn_NW_026528065v1 60 6
chrUn_NW_026528075v1 120 12
chrUn_NW_026528103v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 60 6
chrUn_NW_026528140v1 140 14
chrUn_NW_026528210v1 20 2
chrUn_NW_026528215v1 60 6
chrUn_NW_026528219v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 40 4
chrUn_NW_026528228v1 120 12
chrUn_NW_026528230v1 100 10
chrUn_NW_026528232v1 290 29
chrUn_NW_026528278v1 40 4
chrUn_NW_026528295v1 320 32
chrUn_NW_026528296v1 1590 157
chrUn_NW_026528310v1 120 12
chrUn_NW_026528320v1 80 8
chrUn_NW_026528327v1 20 2
chrUn_NW_026528332v1 20 2
chrUn_NW_026528339v1 100 9
chrUn_NW_026528345v1 20 2
chrUn_NW_026528347v1 20 2
chrUn_NW_026528350v1 40 4
chrUn_NW_026528353v1 100 10
chrUn_NW_026528363v1 80 8
chrUn_NW_026528370v1 20 2
chrUn_NW_026528371v1 140 14
chrUn_NW_026528372v1 100 10
chrUn_NW_026528373v1 120 12
chrUn_NW_026528378v1 40 4
chrUn_NW_026528380v1 40 4
chrUn_NW_026528384v1 20 2
chrUn_NW_026528385v1 40 4
chrUn_NW_026528390v1 60 6
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 60 6
chrUn_NW_026528412v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 80 8
chrUn_NW_026528431v1 160 16
chrUn_NW_026528432v1 930 91
chrUn_NW_026528433v1 310 31
chrUn_NW_026528480v1 860 84
chrUn_NW_026528558v1 1790 175
chrUn_NW_026528559v1 80 8
chrUn_NW_026528561v1 140 14
chrUn_NW_026528589v1 40 4
chrUn_NW_026528590v1 1390 135
chrUn_NW_026528596v1 1980 193
chrUn_NW_026528609v1 20 2
chrUn_NW_026528631v1 80 8
chrUn_NW_026528634v1 60 6
chrUn_NW_026528660v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 340 34
chrUn_NW_026528737v1 60 6
chrUn_NW_026528739v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 40 4
chrUn_NW_026528752v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 120 12
chrUn_NW_026528777v1 40 4
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 140 14
chrUn_NW_026528795v1 20 2
chrUn_NW_026528796v1 40 4
chrUn_NW_026528797v1 970 96
chrUn_NW_026528798v1 140 14
chrUn_NW_026528799v1 20 2
chrUn_NW_026528882v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 20 2
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 100 10
chrUn_NW_026528894v1 320 32
chrUn_NW_026528899v1 20 2
chrUn_NW_026528900v1 30 2
chrUn_NW_026528902v1 100 10
chrUn_NW_026528903v1 460 42
chrUn_NW_026528917v1 100 10
chrUn_NW_026528928v1 710 71
chrUn_NW_026528937v1 120 12
chrUn_NW_026528938v1 20 2
chrUn_NW_026528952v1 40 4
chrUn_NW_026528957v1 820 82
chrUn_NW_026528960v1 20 2
chrUn_NW_026528975v1 170 17
chrUn_NW_026528984v1 80 8
chrUn_NW_026528986v1 20 2
chrUn_NW_026528987v1 40 3
chrUn_NW_026528988v1 140 14
chrUn_NW_026528992v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 20 2
chrUn_NW_026529007v1 40 4
chrUn_NW_026529008v1 1010 100
chrUn_NW_026529013v1 20 2
chrUn_NW_026529015v1 20 2
chrUn_NW_026529016v1 840 84
chrUn_NW_026529060v1 370 37
chrUn_NW_026529081v1 640 61
chrUn_NW_026529085v1 950 93
chrX 767210 0.52% 75940
chrX_NW_026527892v1_random 40 4
chrX_NW_026527894v1_random 60 6
chrX_NW_026527897v1_random 20 2
chrY 25970 0.32% 2560
chrY_NW_026527906v1_random 60 5
chrY_NW_026527909v1_random 40 4
chrY_NW_026527911v1_random 20 2
chrY_NW_026527913v1_random 80 8
chrY_NW_026527914v1_random 100 10
chrY_NW_026527916v1_random 110 11
chrY_NW_026527918v1_random 130 12
chrY_NW_026527919v1_random 60 6
chrY_NW_026527927v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 60 6
chrY_NW_026527938v1_random 280 28
chrY_NW_026527942v1_random 580 57
chrY_NW_026527945v1_random 120 12
chrY_NW_026527948v1_random 100 10
chrY_NW_026527949v1_random 20 2
chrY_NW_026527950v1_random 460 45
chrY_NW_026527951v1_random 120 12
chrY_NW_026527955v1_random 210 21
chrY_NW_026527956v1_random 540 47
chrY_NW_026527958v1_random 420 34
chrY_NW_026527960v1_random 100 10
chrY_NW_026527961v1_random 240 24
chrY_NW_026527966v1_random 6750 586
chrY_NW_026527967v1_random 260 26
chrY_NW_026527968v1_random 2180 216
chrY_NW_026527974v1_random 80 8
chrY_NW_026527980v1_random 80 8

Segment lengths

segments min max mean median
segments 3177070 10 70 10.19 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
SMC.bw 21.86 MB bab6eebd19e7c1c07a847492350b7ae5
genomic_resource.yaml 1.08 KB a499331629f5b27849411428d5c9f31e
statistics/