Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/SN-VTR-HTH_GATA3-TCF7L2_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for SN-VTR-HTH_GATA3-TCF7L2_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: SN-VTR-HTH_GATA3-TCF7L2_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN-VTR-HTH_GATA3-TCF7L2_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN-VTR-HTH_GATA3-TCF7L2_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN-VTR-HTH_GATA3-TCF7L2_GABA [0.00324, 1.99]
n
1,239,894,240
mean
0.00807
sd
0.0149

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 1239894240 101827703
chr1 97648090 44.80% 8038408
chr2 86575821 42.34% 7100235
chr3 70634450 36.81% 5784105
chr4 71582360 41.13% 5855437
chr5 87474180 53.22% 7224038
chr6 69182949 42.97% 5660299
chr7 77789090 49.38% 6396875
chr8 53812110 42.42% 4405044
chr9 59937570 44.71% 4922960
chr10 64269835 46.68% 5279538
chr11 61531120 47.45% 5064732
chr12 60940700 48.95% 5006950
chr13 51643500 43.42% 4217919
chr14 48726240 43.47% 3990331
chr15 47434990 47.82% 3890005
chr16 41006900 41.92% 3355719
chr17 31660070 42.25% 2583366
chr18 21559140 45.84% 1773788
chr19 24560210 47.62% 2016142
chr20 22894710 50.19% 1882665
chr21 20328850 39.66% 1667132
chr22 29208590 56.94% 2442835
chrUn_NW_026528016v1 230 22
chrUn_NW_026528017v1 2790 271
chrUn_NW_026528021v1 5365 425
chrUn_NW_026528026v1 4570 403
chrUn_NW_026528029v1 4057 329
chrUn_NW_026528038v1 6980 567
chrUn_NW_026528039v1 11240 921
chrUn_NW_026528065v1 2030 156
chrUn_NW_026528075v1 2400 214
chrUn_NW_026528103v1 540 50
chrUn_NW_026528123v1 60 6
chrUn_NW_026528125v1 1290 110
chrUn_NW_026528140v1 7420 615
chrUn_NW_026528210v1 1460 131
chrUn_NW_026528215v1 2250 203
chrUn_NW_026528217v1 40 4
chrUn_NW_026528218v1 90 7
chrUn_NW_026528219v1 210 20
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528221v1 80 8
chrUn_NW_026528222v1 50 5
chrUn_NW_026528224v1 80 5
chrUn_NW_026528225v1 980 85
chrUn_NW_026528226v1 870 74
chrUn_NW_026528228v1 2380 217
chrUn_NW_026528230v1 3540 305
chrUn_NW_026528232v1 13490 1089
chrUn_NW_026528259v1 70 7
chrUn_NW_026528278v1 5680 466
chrUn_NW_026528285v1 510 47
chrUn_NW_026528292v1 180 17
chrUn_NW_026528295v1 2560 235
chrUn_NW_026528296v1 52070 4353
chrUn_NW_026528310v1 1360 127
chrUn_NW_026528320v1 260 26
chrUn_NW_026528327v1 160 16
chrUn_NW_026528332v1 360 34
chrUn_NW_026528335v1 270 26
chrUn_NW_026528338v1 380 37
chrUn_NW_026528339v1 360 33
chrUn_NW_026528345v1 200 17
chrUn_NW_026528347v1 80 8
chrUn_NW_026528350v1 240 23
chrUn_NW_026528353v1 670 60
chrUn_NW_026528356v1 240 24
chrUn_NW_026528358v1 20 2
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 2748 232
chrUn_NW_026528370v1 1920 166
chrUn_NW_026528371v1 10060 797
chrUn_NW_026528372v1 4130 338
chrUn_NW_026528373v1 12470 1006
chrUn_NW_026528378v1 110 9
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528381v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 280 26
chrUn_NW_026528385v1 590 53
chrUn_NW_026528390v1 540 53
chrUn_NW_026528393v1 100 10
chrUn_NW_026528397v1 220 22
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 30 3
chrUn_NW_026528404v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 60 6
chrUn_NW_026528409v1 100 10
chrUn_NW_026528412v1 140 14
chrUn_NW_026528413v1 130 13
chrUn_NW_026528416v1 40 4
chrUn_NW_026528419v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 680 64
chrUn_NW_026528431v1 3850 325
chrUn_NW_026528432v1 6670 549
chrUn_NW_026528433v1 20260 1601
chrUn_NW_026528440v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 3970 355
chrUn_NW_026528558v1 20200 1806
chrUn_NW_026528559v1 900 73
chrUn_NW_026528561v1 2610 234
chrUn_NW_026528588v1 270 27
chrUn_NW_026528589v1 160 16
chrUn_NW_026528590v1 16110 1470
chrUn_NW_026528596v1 24140 2170
chrUn_NW_026528609v1 230 21
chrUn_NW_026528611v1 120 12
chrUn_NW_026528615v1 250 25
chrUn_NW_026528621v1 2220 189
chrUn_NW_026528631v1 2000 174
chrUn_NW_026528634v1 1670 159
chrUn_NW_026528635v1 20 2
chrUn_NW_026528644v1 60 6
chrUn_NW_026528650v1 290 29
chrUn_NW_026528656v1 60 6
chrUn_NW_026528660v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 160 15
chrUn_NW_026528668v1 180 18
chrUn_NW_026528670v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 170 17
chrUn_NW_026528708v1 80 8
chrUn_NW_026528719v1 6800 615
chrUn_NW_026528737v1 850 78
chrUn_NW_026528739v1 80 8
chrUn_NW_026528740v1 20 2
chrUn_NW_026528741v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 200 19
chrUn_NW_026528748v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 100 10
chrUn_NW_026528751v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 80 8
chrUn_NW_026528755v1 1160 112
chrUn_NW_026528772v1 320 29
chrUn_NW_026528775v1 250 21
chrUn_NW_026528777v1 40 4
chrUn_NW_026528784v1 170 16
chrUn_NW_026528785v1 170 16
chrUn_NW_026528786v1 300 30
chrUn_NW_026528788v1 60 6
chrUn_NW_026528791v1 60 6
chrUn_NW_026528793v1 1640 140
chrUn_NW_026528795v1 1630 146
chrUn_NW_026528796v1 4260 362
chrUn_NW_026528797v1 41980 3504
chrUn_NW_026528798v1 7630 646
chrUn_NW_026528799v1 2800 237
chrUn_NW_026528880v1 270 25
chrUn_NW_026528882v1 140 14
chrUn_NW_026528883v1 50 5
chrUn_NW_026528884v1 100 10
chrUn_NW_026528885v1 40 4
chrUn_NW_026528887v1 1350 114
chrUn_NW_026528888v1 110 10
chrUn_NW_026528889v1 100 10
chrUn_NW_026528891v1 440 42
chrUn_NW_026528893v1 120 11
chrUn_NW_026528894v1 5010 441
chrUn_NW_026528899v1 220 19
chrUn_NW_026528900v1 2030 168
chrUn_NW_026528902v1 1700 161
chrUn_NW_026528903v1 11370 924
chrUn_NW_026528917v1 2740 227
chrUn_NW_026528926v1 1210 101
chrUn_NW_026528928v1 10110 922
chrUn_NW_026528937v1 850 77
chrUn_NW_026528938v1 320 31
chrUn_NW_026528950v1 170 16
chrUn_NW_026528952v1 200 20
chrUn_NW_026528957v1 11020 976
chrUn_NW_026528960v1 3180 260
chrUn_NW_026528975v1 2030 181
chrUn_NW_026528984v1 820 78
chrUn_NW_026528985v1 60 6
chrUn_NW_026528986v1 40 4
chrUn_NW_026528987v1 170 15
chrUn_NW_026528988v1 980 95
chrUn_NW_026528989v1 140 13
chrUn_NW_026528992v1 60 6
chrUn_NW_026528994v1 60 6
chrUn_NW_026528995v1 60 6
chrUn_NW_026528996v1 490 47
chrUn_NW_026529007v1 4470 374
chrUn_NW_026529008v1 38020 3155
chrUn_NW_026529013v1 870 78
chrUn_NW_026529015v1 1180 111
chrUn_NW_026529016v1 11410 1009
chrUn_NW_026529060v1 14145 1154
chrUn_NW_026529081v1 4110 368
chrUn_NW_026529085v1 8950 777
chrX 38379517 25.90% 3174225
chrX_NW_026527892v1_random 4770 390
chrX_NW_026527894v1_random 6780 570
chrX_NW_026527897v1_random 1810 161
chrY 486860 5.92% 41246
chrY_NW_026527906v1_random 100 10
chrY_NW_026527909v1_random 290 29
chrY_NW_026527911v1_random 1810 167
chrY_NW_026527913v1_random 3320 297
chrY_NW_026527914v1_random 6703 530
chrY_NW_026527915v1_random 100 9
chrY_NW_026527916v1_random 640 60
chrY_NW_026527918v1_random 380 33
chrY_NW_026527919v1_random 1210 113
chrY_NW_026527927v1_random 390 37
chrY_NW_026527932v1_random 820 81
chrY_NW_026527938v1_random 5690 512
chrY_NW_026527939v1_random 310 31
chrY_NW_026527942v1_random 2940 271
chrY_NW_026527945v1_random 180 18
chrY_NW_026527948v1_random 430 40
chrY_NW_026527949v1_random 14170 1175
chrY_NW_026527950v1_random 10830 911
chrY_NW_026527951v1_random 1820 172
chrY_NW_026527955v1_random 2840 257
chrY_NW_026527956v1_random 1910 174
chrY_NW_026527958v1_random 1920 173
chrY_NW_026527960v1_random 1980 178
chrY_NW_026527961v1_random 6600 567
chrY_NW_026527966v1_random 33480 2959
chrY_NW_026527967v1_random 2220 212
chrY_NW_026527968v1_random 14930 1339
chrY_NW_026527969v1_random 880 76
chrY_NW_026527974v1_random 390 37
chrY_NW_026527980v1_random 730 67

Segment lengths

segments min max mean median
segments 101827703 1 160 12.18 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
SN-VTR-HTH_GATA3-TCF7L2_GABA.bw 638.06 MB 7e48f2e5fadb56873eb825c3b3a879a3
genomic_resource.yaml 1.17 KB 94ce3e45ca358b8cdb8bf2ea256a3307
statistics/