Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/SN-VTR_CALB1_Dopa/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for SN-VTR_CALB1_Dopa cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: SN-VTR_CALB1_Dopa
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN-VTR_CALB1_Dopa float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN-VTR_CALB1_Dopa
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN-VTR_CALB1_Dopa [0.0106, 1.97]
n
577,837,271
mean
0.0173
sd
0.0212

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 577837271 48398086
chr1 46201080 21.20% 3855725
chr2 39006790 19.08% 3283089
chr3 30950940 16.13% 2638408
chr4 32117300 18.45% 2716929
chr5 43720760 26.60% 3602435
chr6 31269389 19.42% 2627631
chr7 37718830 23.94% 3130823
chr8 25044710 19.74% 2104115
chr9 28220180 21.05% 2361260
chr10 30288710 22.00% 2525231
chr11 28816130 22.22% 2402531
chr12 29199970 23.46% 2423306
chr13 23766440 19.98% 1997997
chr14 22281060 19.88% 1871883
chr15 22612990 22.80% 1882897
chr16 18243430 18.65% 1542582
chr17 14280170 19.05% 1204036
chr18 10461220 22.24% 872484
chr19 11589850 22.47% 965888
chr20 11344800 24.87% 938442
chr21 9123050 17.80% 769907
chr22 15544510 30.30% 1272976
chrUn_NW_026528016v1 130 13
chrUn_NW_026528017v1 670 63
chrUn_NW_026528021v1 2950 233
chrUn_NW_026528026v1 2280 203
chrUn_NW_026528029v1 2170 168
chrUn_NW_026528038v1 2010 186
chrUn_NW_026528039v1 4160 380
chrUn_NW_026528065v1 910 73
chrUn_NW_026528075v1 740 69
chrUn_NW_026528103v1 180 17
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 260 24
chrUn_NW_026528140v1 3470 304
chrUn_NW_026528210v1 420 40
chrUn_NW_026528215v1 820 81
chrUn_NW_026528218v1 80 8
chrUn_NW_026528219v1 80 8
chrUn_NW_026528221v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 60 6
chrUn_NW_026528224v1 100 8
chrUn_NW_026528225v1 390 34
chrUn_NW_026528226v1 960 83
chrUn_NW_026528228v1 880 82
chrUn_NW_026528230v1 1360 123
chrUn_NW_026528232v1 3750 335
chrUn_NW_026528278v1 1950 167
chrUn_NW_026528285v1 280 26
chrUn_NW_026528292v1 160 16
chrUn_NW_026528295v1 940 89
chrUn_NW_026528296v1 31070 2532
chrUn_NW_026528310v1 610 61
chrUn_NW_026528320v1 80 8
chrUn_NW_026528327v1 100 10
chrUn_NW_026528332v1 100 10
chrUn_NW_026528335v1 110 10
chrUn_NW_026528338v1 290 29
chrUn_NW_026528339v1 180 18
chrUn_NW_026528345v1 80 8
chrUn_NW_026528347v1 110 11
chrUn_NW_026528350v1 80 8
chrUn_NW_026528353v1 200 20
chrUn_NW_026528356v1 140 14
chrUn_NW_026528360v1 50 5
chrUn_NW_026528363v1 1190 112
chrUn_NW_026528370v1 660 58
chrUn_NW_026528371v1 3640 306
chrUn_NW_026528372v1 930 84
chrUn_NW_026528373v1 3630 322
chrUn_NW_026528378v1 20 2
chrUn_NW_026528380v1 40 4
chrUn_NW_026528384v1 20 2
chrUn_NW_026528385v1 120 12
chrUn_NW_026528390v1 220 22
chrUn_NW_026528393v1 40 4
chrUn_NW_026528396v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 40 4
chrUn_NW_026528403v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 20 2
chrUn_NW_026528409v1 20 2
chrUn_NW_026528412v1 100 10
chrUn_NW_026528416v1 40 4
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 230 23
chrUn_NW_026528431v1 960 88
chrUn_NW_026528432v1 3010 268
chrUn_NW_026528433v1 9860 833
chrUn_NW_026528480v1 1520 146
chrUn_NW_026528558v1 6300 595
chrUn_NW_026528559v1 300 29
chrUn_NW_026528561v1 1110 105
chrUn_NW_026528588v1 80 8
chrUn_NW_026528589v1 140 13
chrUn_NW_026528590v1 5330 514
chrUn_NW_026528596v1 7360 715
chrUn_NW_026528609v1 100 10
chrUn_NW_026528611v1 60 6
chrUn_NW_026528615v1 60 6
chrUn_NW_026528621v1 470 47
chrUn_NW_026528631v1 700 62
chrUn_NW_026528634v1 1270 125
chrUn_NW_026528635v1 60 6
chrUn_NW_026528644v1 40 4
chrUn_NW_026528650v1 80 8
chrUn_NW_026528656v1 40 4
chrUn_NW_026528661v1 80 8
chrUn_NW_026528668v1 100 10
chrUn_NW_026528677v1 110 9
chrUn_NW_026528708v1 60 6
chrUn_NW_026528719v1 2310 218
chrUn_NW_026528737v1 470 42
chrUn_NW_026528739v1 100 10
chrUn_NW_026528745v1 60 6
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 40 4
chrUn_NW_026528755v1 300 30
chrUn_NW_026528772v1 60 6
chrUn_NW_026528775v1 200 20
chrUn_NW_026528784v1 80 7
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 140 14
chrUn_NW_026528788v1 40 4
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 560 54
chrUn_NW_026528795v1 510 47
chrUn_NW_026528796v1 1610 152
chrUn_NW_026528797v1 15440 1365
chrUn_NW_026528798v1 3950 334
chrUn_NW_026528799v1 730 69
chrUn_NW_026528880v1 130 11
chrUn_NW_026528882v1 120 12
chrUn_NW_026528883v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 40 4
chrUn_NW_026528885v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 410 38
chrUn_NW_026528888v1 100 10
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 300 28
chrUn_NW_026528893v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 1920 180
chrUn_NW_026528896v1 20 2
chrUn_NW_026528899v1 60 6
chrUn_NW_026528900v1 900 74
chrUn_NW_026528902v1 830 80
chrUn_NW_026528903v1 4810 402
chrUn_NW_026528917v1 570 54
chrUn_NW_026528926v1 590 53
chrUn_NW_026528928v1 4170 390
chrUn_NW_026528937v1 260 25
chrUn_NW_026528938v1 60 6
chrUn_NW_026528950v1 60 6
chrUn_NW_026528952v1 130 13
chrUn_NW_026528957v1 3650 345
chrUn_NW_026528960v1 1090 102
chrUn_NW_026528975v1 580 57
chrUn_NW_026528984v1 420 39
chrUn_NW_026528986v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 400 39
chrUn_NW_026528989v1 80 8
chrUn_NW_026528992v1 120 10
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528995v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 120 10
chrUn_NW_026529007v1 2030 177
chrUn_NW_026529008v1 21440 1758
chrUn_NW_026529013v1 380 35
chrUn_NW_026529015v1 510 50
chrUn_NW_026529016v1 4240 396
chrUn_NW_026529060v1 5745 474
chrUn_NW_026529081v1 1860 177
chrUn_NW_026529085v1 3630 337
chrX 15580237 10.52% 1367059
chrX_NW_026527892v1_random 1580 145
chrX_NW_026527894v1_random 2950 254
chrX_NW_026527897v1_random 600 57
chrY 189940 2.31% 16966
chrY_NW_026527906v1_random 20 2
chrY_NW_026527909v1_random 80 8
chrY_NW_026527911v1_random 560 55
chrY_NW_026527913v1_random 1050 100
chrY_NW_026527914v1_random 2950 260
chrY_NW_026527915v1_random 60 6
chrY_NW_026527916v1_random 160 16
chrY_NW_026527918v1_random 60 6
chrY_NW_026527919v1_random 310 31
chrY_NW_026527927v1_random 160 16
chrY_NW_026527932v1_random 430 41
chrY_NW_026527938v1_random 2050 194
chrY_NW_026527939v1_random 160 16
chrY_NW_026527942v1_random 830 82
chrY_NW_026527945v1_random 60 6
chrY_NW_026527948v1_random 100 10
chrY_NW_026527949v1_random 5380 476
chrY_NW_026527950v1_random 6930 593
chrY_NW_026527951v1_random 750 72
chrY_NW_026527955v1_random 1230 120
chrY_NW_026527956v1_random 1290 114
chrY_NW_026527958v1_random 1060 99
chrY_NW_026527960v1_random 1210 112
chrY_NW_026527961v1_random 3210 278
chrY_NW_026527966v1_random 18360 1638
chrY_NW_026527967v1_random 740 71
chrY_NW_026527968v1_random 5470 529
chrY_NW_026527969v1_random 240 23
chrY_NW_026527974v1_random 220 22
chrY_NW_026527980v1_random 310 31

Segment lengths

segments min max mean median
segments 48398086 5 150 11.94 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
SN-VTR_CALB1_Dopa.bw 271.99 MB c490846161489e47d80d8ddd59a458f2
genomic_resource.yaml 1.13 KB 987e7a85afb41ff7a02c01964e639ec1
statistics/