Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/SN-VTR_GAD2_Dopa/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for SN-VTR_GAD2_Dopa cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: SN-VTR_GAD2_Dopa
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN-VTR_GAD2_Dopa float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN-VTR_GAD2_Dopa
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN-VTR_GAD2_Dopa [0.0229, 1.77]
n
318,209,613
mean
0.0314
sd
0.0283

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 318209613 27798052
chr1 25007550 11.47% 2176312
chr2 21471180 10.50% 1885653
chr3 16495370 8.60% 1471217
chr4 17304360 9.94% 1529083
chr5 24997150 15.21% 2141365
chr6 18096700 11.24% 1586547
chr7 20516810 13.02% 1777792
chr8 13676800 10.78% 1201434
chr9 15354840 11.46% 1340703
chr10 16880150 12.26% 1467571
chr11 16273850 12.55% 1410273
chr12 16436250 13.20% 1422047
chr13 12425500 10.45% 1095556
chr14 11978500 10.69% 1053207
chr15 12356240 12.46% 1074832
chr16 10445310 10.68% 920539
chr17 7193130 9.60% 636640
chr18 5770580 12.27% 502276
chr19 6427020 12.46% 558978
chr20 6246490 13.69% 538038
chr21 5096050 9.94% 448635
chr22 9189760 17.91% 776146
chrUn_NW_026528016v1 40 4
chrUn_NW_026528017v1 490 49
chrUn_NW_026528021v1 1505 131
chrUn_NW_026528026v1 1070 105
chrUn_NW_026528029v1 1330 113
chrUn_NW_026528038v1 1340 121
chrUn_NW_026528039v1 2540 238
chrUn_NW_026528065v1 530 43
chrUn_NW_026528075v1 280 27
chrUn_NW_026528103v1 100 10
chrUn_NW_026528125v1 160 16
chrUn_NW_026528140v1 1230 119
chrUn_NW_026528210v1 220 22
chrUn_NW_026528215v1 230 23
chrUn_NW_026528218v1 20 2
chrUn_NW_026528219v1 40 4
chrUn_NW_026528222v1 40 4
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 40 4
chrUn_NW_026528226v1 310 27
chrUn_NW_026528228v1 390 37
chrUn_NW_026528230v1 850 78
chrUn_NW_026528232v1 1280 123
chrUn_NW_026528259v1 20 2
chrUn_NW_026528278v1 1070 94
chrUn_NW_026528285v1 140 14
chrUn_NW_026528295v1 600 57
chrUn_NW_026528296v1 18960 1560
chrUn_NW_026528310v1 380 35
chrUn_NW_026528332v1 100 10
chrUn_NW_026528335v1 80 8
chrUn_NW_026528338v1 200 20
chrUn_NW_026528339v1 40 4
chrUn_NW_026528345v1 20 2
chrUn_NW_026528347v1 60 6
chrUn_NW_026528350v1 100 10
chrUn_NW_026528353v1 120 12
chrUn_NW_026528356v1 60 6
chrUn_NW_026528358v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 460 45
chrUn_NW_026528370v1 380 35
chrUn_NW_026528371v1 2020 176
chrUn_NW_026528372v1 870 78
chrUn_NW_026528373v1 3000 274
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 80 8
chrUn_NW_026528385v1 40 4
chrUn_NW_026528390v1 60 6
chrUn_NW_026528396v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 20 2
chrUn_NW_026528412v1 20 2
chrUn_NW_026528416v1 40 4
chrUn_NW_026528423v1 120 12
chrUn_NW_026528431v1 340 33
chrUn_NW_026528432v1 1700 155
chrUn_NW_026528433v1 6290 537
chrUn_NW_026528440v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 780 75
chrUn_NW_026528558v1 3610 351
chrUn_NW_026528559v1 110 11
chrUn_NW_026528561v1 360 34
chrUn_NW_026528588v1 20 2
chrUn_NW_026528589v1 20 2
chrUn_NW_026528590v1 2710 265
chrUn_NW_026528596v1 4280 418
chrUn_NW_026528609v1 20 2
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 20 2
chrUn_NW_026528621v1 380 37
chrUn_NW_026528631v1 300 28
chrUn_NW_026528634v1 280 28
chrUn_NW_026528635v1 40 2
chrUn_NW_026528644v1 40 4
chrUn_NW_026528650v1 30 3
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 60 5
chrUn_NW_026528670v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 1560 149
chrUn_NW_026528737v1 220 21
chrUn_NW_026528748v1 40 4
chrUn_NW_026528751v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 60 6
chrUn_NW_026528755v1 260 26
chrUn_NW_026528772v1 80 8
chrUn_NW_026528775v1 60 5
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 20 2
chrUn_NW_026528788v1 40 4
chrUn_NW_026528793v1 160 16
chrUn_NW_026528795v1 320 31
chrUn_NW_026528796v1 770 76
chrUn_NW_026528797v1 8530 783
chrUn_NW_026528798v1 2010 181
chrUn_NW_026528799v1 510 51
chrUn_NW_026528880v1 60 4
chrUn_NW_026528882v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 220 19
chrUn_NW_026528889v1 40 4
chrUn_NW_026528891v1 100 10
chrUn_NW_026528893v1 40 4
chrUn_NW_026528894v1 1100 109
chrUn_NW_026528899v1 20 2
chrUn_NW_026528900v1 510 43
chrUn_NW_026528902v1 260 26
chrUn_NW_026528903v1 1380 132
chrUn_NW_026528917v1 480 46
chrUn_NW_026528926v1 120 12
chrUn_NW_026528928v1 1900 184
chrUn_NW_026528937v1 140 14
chrUn_NW_026528950v1 40 4
chrUn_NW_026528957v1 1600 156
chrUn_NW_026528960v1 600 60
chrUn_NW_026528975v1 360 35
chrUn_NW_026528984v1 140 14
chrUn_NW_026528987v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 310 30
chrUn_NW_026528989v1 60 6
chrUn_NW_026528992v1 40 4
chrUn_NW_026528996v1 20 2
chrUn_NW_026529007v1 1110 100
chrUn_NW_026529008v1 10520 928
chrUn_NW_026529013v1 140 14
chrUn_NW_026529015v1 100 10
chrUn_NW_026529016v1 2220 206
chrUn_NW_026529060v1 3350 282
chrUn_NW_026529081v1 840 83
chrUn_NW_026529085v1 2230 204
chrX 8325200 5.62% 760846
chrX_NW_026527892v1_random 930 90
chrX_NW_026527894v1_random 2028 179
chrX_NW_026527897v1_random 630 61
chrY 101560 1.23% 9350
chrY_NW_026527909v1_random 100 10
chrY_NW_026527911v1_random 340 34
chrY_NW_026527913v1_random 590 54
chrY_NW_026527914v1_random 1280 117
chrY_NW_026527915v1_random 60 6
chrY_NW_026527916v1_random 180 18
chrY_NW_026527918v1_random 120 12
chrY_NW_026527919v1_random 180 14
chrY_NW_026527927v1_random 100 9
chrY_NW_026527932v1_random 270 26
chrY_NW_026527938v1_random 1410 134
chrY_NW_026527939v1_random 60 6
chrY_NW_026527942v1_random 400 40
chrY_NW_026527945v1_random 20 2
chrY_NW_026527948v1_random 20 2
chrY_NW_026527949v1_random 2470 235
chrY_NW_026527950v1_random 2340 213
chrY_NW_026527951v1_random 480 46
chrY_NW_026527955v1_random 600 53
chrY_NW_026527956v1_random 820 71
chrY_NW_026527958v1_random 700 63
chrY_NW_026527960v1_random 540 51
chrY_NW_026527961v1_random 1660 154
chrY_NW_026527966v1_random 11830 1037
chrY_NW_026527967v1_random 450 45
chrY_NW_026527968v1_random 2660 262
chrY_NW_026527969v1_random 240 20
chrY_NW_026527974v1_random 160 16
chrY_NW_026527980v1_random 120 12

Segment lengths

segments min max mean median
segments 27798052 5 120 11.45 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
SN-VTR_GAD2_Dopa.bw 183.31 MB 0f707900e817076789866874e3fd00d9
genomic_resource.yaml 1.13 KB 90b3ebdefc535ef2d61a49ddf604aafa
statistics/