Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/SN_EBF2_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for SN_EBF2_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: SN_EBF2_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_EBF2_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_EBF2_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_EBF2_GABA [0.027, 2.38]
n
275,119,070
mean
0.0363
sd
0.0312

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 275119070 24214082
chr1 21562280 9.89% 1891325
chr2 19244180 9.41% 1698700
chr3 14465570 7.54% 1297534
chr4 15121610 8.69% 1344760
chr5 21548070 13.11% 1861957
chr6 15216720 9.45% 1345731
chr7 17901400 11.36% 1561561
chr8 11217340 8.84% 995978
chr9 13533280 10.10% 1189240
chr10 14654090 10.64% 1283193
chr11 14289360 11.02% 1247399
chr12 13846210 11.12% 1209476
chr13 11309280 9.51% 999817
chr14 10185000 9.09% 900777
chr15 10454470 10.54% 919807
chr16 8583500 8.78% 762414
chr17 6505840 8.68% 580689
chr18 4960730 10.55% 434400
chr19 5715240 11.08% 499326
chr20 5226080 11.46% 455641
chr21 4173890 8.14% 371808
chr22 8092240 15.77% 689760
chrUn_NW_026528016v1 100 10
chrUn_NW_026528017v1 260 26
chrUn_NW_026528021v1 970 84
chrUn_NW_026528026v1 880 85
chrUn_NW_026528029v1 990 89
chrUn_NW_026528038v1 880 78
chrUn_NW_026528039v1 1320 130
chrUn_NW_026528065v1 410 39
chrUn_NW_026528075v1 410 39
chrUn_NW_026528103v1 120 10
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 270 26
chrUn_NW_026528140v1 1270 122
chrUn_NW_026528210v1 120 12
chrUn_NW_026528215v1 360 35
chrUn_NW_026528218v1 20 2
chrUn_NW_026528219v1 20 2
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 70 7
chrUn_NW_026528225v1 180 17
chrUn_NW_026528226v1 150 15
chrUn_NW_026528228v1 380 38
chrUn_NW_026528230v1 670 63
chrUn_NW_026528232v1 1290 125
chrUn_NW_026528278v1 960 84
chrUn_NW_026528285v1 80 8
chrUn_NW_026528292v1 40 4
chrUn_NW_026528295v1 440 44
chrUn_NW_026528296v1 17100 1436
chrUn_NW_026528310v1 120 12
chrUn_NW_026528320v1 20 2
chrUn_NW_026528327v1 40 4
chrUn_NW_026528332v1 20 2
chrUn_NW_026528338v1 60 6
chrUn_NW_026528339v1 20 2
chrUn_NW_026528345v1 70 6
chrUn_NW_026528350v1 60 6
chrUn_NW_026528353v1 40 4
chrUn_NW_026528356v1 60 6
chrUn_NW_026528358v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 390 39
chrUn_NW_026528370v1 310 28
chrUn_NW_026528371v1 1340 125
chrUn_NW_026528372v1 990 89
chrUn_NW_026528373v1 1750 158
chrUn_NW_026528378v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 60 6
chrUn_NW_026528385v1 40 4
chrUn_NW_026528390v1 100 10
chrUn_NW_026528393v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 20 2
chrUn_NW_026528412v1 20 2
chrUn_NW_026528413v1 40 4
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 80 8
chrUn_NW_026528431v1 460 46
chrUn_NW_026528432v1 600 59
chrUn_NW_026528433v1 4850 407
chrUn_NW_026528480v1 550 54
chrUn_NW_026528558v1 2960 286
chrUn_NW_026528559v1 80 8
chrUn_NW_026528561v1 290 29
chrUn_NW_026528588v1 20 2
chrUn_NW_026528589v1 40 4
chrUn_NW_026528590v1 2370 230
chrUn_NW_026528596v1 3130 305
chrUn_NW_026528609v1 40 4
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528621v1 250 25
chrUn_NW_026528631v1 280 27
chrUn_NW_026528634v1 430 42
chrUn_NW_026528635v1 20 2
chrUn_NW_026528650v1 60 6
chrUn_NW_026528661v1 60 6
chrUn_NW_026528668v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 20 2
chrUn_NW_026528708v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 720 71
chrUn_NW_026528737v1 90 9
chrUn_NW_026528739v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 20 2
chrUn_NW_026528748v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 60 6
chrUn_NW_026528755v1 160 15
chrUn_NW_026528772v1 40 4
chrUn_NW_026528775v1 60 4
chrUn_NW_026528784v1 110 11
chrUn_NW_026528785v1 40 3
chrUn_NW_026528786v1 100 10
chrUn_NW_026528788v1 40 4
chrUn_NW_026528793v1 440 43
chrUn_NW_026528795v1 270 26
chrUn_NW_026528796v1 540 53
chrUn_NW_026528797v1 5950 557
chrUn_NW_026528798v1 1830 158
chrUn_NW_026528799v1 300 28
chrUn_NW_026528880v1 40 4
chrUn_NW_026528887v1 110 11
chrUn_NW_026528888v1 20 2
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 140 14
chrUn_NW_026528893v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 870 85
chrUn_NW_026528896v1 20 2
chrUn_NW_026528899v1 20 2
chrUn_NW_026528900v1 280 25
chrUn_NW_026528902v1 610 60
chrUn_NW_026528903v1 2610 230
chrUn_NW_026528917v1 560 55
chrUn_NW_026528926v1 180 17
chrUn_NW_026528928v1 1710 169
chrUn_NW_026528937v1 100 10
chrUn_NW_026528938v1 20 2
chrUn_NW_026528950v1 40 4
chrUn_NW_026528952v1 40 4
chrUn_NW_026528957v1 1500 147
chrUn_NW_026528960v1 270 27
chrUn_NW_026528975v1 330 33
chrUn_NW_026528984v1 100 10
chrUn_NW_026528986v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 100 10
chrUn_NW_026528996v1 20 2
chrUn_NW_026529007v1 710 65
chrUn_NW_026529008v1 8720 754
chrUn_NW_026529013v1 50 5
chrUn_NW_026529015v1 320 29
chrUn_NW_026529016v1 1910 182
chrUn_NW_026529060v1 3060 254
chrUn_NW_026529081v1 950 93
chrUn_NW_026529085v1 1590 152
chrX 7132960 4.81% 656314
chrX_NW_026527892v1_random 540 52
chrX_NW_026527894v1_random 1950 169
chrX_NW_026527897v1_random 120 12
chrY 60570 0.74% 5615
chrY_NW_026527906v1_random 40 4
chrY_NW_026527909v1_random 40 4
chrY_NW_026527911v1_random 210 19
chrY_NW_026527913v1_random 570 54
chrY_NW_026527914v1_random 1990 183
chrY_NW_026527916v1_random 40 4
chrY_NW_026527918v1_random 100 10
chrY_NW_026527919v1_random 120 12
chrY_NW_026527927v1_random 60 6
chrY_NW_026527932v1_random 60 6
chrY_NW_026527938v1_random 1080 106
chrY_NW_026527939v1_random 100 10
chrY_NW_026527942v1_random 320 31
chrY_NW_026527945v1_random 40 4
chrY_NW_026527948v1_random 60 5
chrY_NW_026527949v1_random 2800 256
chrY_NW_026527950v1_random 2830 255
chrY_NW_026527951v1_random 340 34
chrY_NW_026527955v1_random 230 23
chrY_NW_026527956v1_random 800 72
chrY_NW_026527958v1_random 640 57
chrY_NW_026527960v1_random 110 10
chrY_NW_026527961v1_random 690 66
chrY_NW_026527966v1_random 9660 850
chrY_NW_026527967v1_random 340 34
chrY_NW_026527968v1_random 2930 284
chrY_NW_026527969v1_random 100 10
chrY_NW_026527974v1_random 100 10
chrY_NW_026527980v1_random 180 18

Segment lengths

segments min max mean median
segments 24214082 10 120 11.36 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
SN_EBF2_GABA.bw 167.31 MB 102f7da3f41043e744ac6f316e9e2f64
genomic_resource.yaml 1.11 KB 8e134a08803bd1a4ff0151eb48fff9f8
statistics/