Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/SN_GATA3-PAX8_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for SN_GATA3-PAX8_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: SN_GATA3-PAX8_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_GATA3-PAX8_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_GATA3-PAX8_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_GATA3-PAX8_GABA [0.00879, 1.92]
n
653,487,380
mean
0.0153
sd
0.0207

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 653487380 54333131
chr1 52084870 23.90% 4319630
chr2 44983490 22.00% 3753903
chr3 35270100 18.38% 2979533
chr4 36800120 21.14% 3081490
chr5 48678540 29.62% 3991344
chr6 35954690 22.33% 2997246
chr7 42066650 26.70% 3469693
chr8 27691520 21.83% 2313006
chr9 32245670 24.06% 2676853
chr10 34130090 24.79% 2826293
chr11 33131400 25.55% 2740726
chr12 33155250 26.63% 2731915
chr13 26563690 22.33% 2214789
chr14 25535440 22.78% 2126081
chr15 25474140 25.68% 2105873
chr16 20930460 21.40% 1753128
chr17 16237040 21.67% 1357988
chr18 11439260 24.32% 950233
chr19 13277090 25.75% 1096387
chr20 12249220 26.85% 1008701
chr21 10466560 20.42% 875179
chr22 17220270 33.57% 1405185
chrUn_NW_026528016v1 120 12
chrUn_NW_026528017v1 860 85
chrUn_NW_026528021v1 3035 250
chrUn_NW_026528026v1 2190 206
chrUn_NW_026528029v1 1610 131
chrUn_NW_026528038v1 2620 228
chrUn_NW_026528039v1 5210 462
chrUn_NW_026528065v1 1010 84
chrUn_NW_026528075v1 610 61
chrUn_NW_026528103v1 140 14
chrUn_NW_026528125v1 240 24
chrUn_NW_026528140v1 3330 294
chrUn_NW_026528210v1 460 44
chrUn_NW_026528215v1 970 91
chrUn_NW_026528218v1 70 7
chrUn_NW_026528219v1 80 8
chrUn_NW_026528221v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 450 43
chrUn_NW_026528226v1 1050 89
chrUn_NW_026528228v1 500 48
chrUn_NW_026528230v1 1240 110
chrUn_NW_026528232v1 5560 475
chrUn_NW_026528259v1 40 4
chrUn_NW_026528278v1 2550 213
chrUn_NW_026528285v1 330 32
chrUn_NW_026528292v1 80 8
chrUn_NW_026528295v1 920 84
chrUn_NW_026528296v1 36520 2984
chrUn_NW_026528310v1 530 50
chrUn_NW_026528320v1 100 10
chrUn_NW_026528327v1 170 17
chrUn_NW_026528332v1 110 11
chrUn_NW_026528335v1 60 6
chrUn_NW_026528338v1 280 28
chrUn_NW_026528339v1 100 9
chrUn_NW_026528345v1 70 7
chrUn_NW_026528347v1 170 16
chrUn_NW_026528350v1 80 7
chrUn_NW_026528353v1 100 10
chrUn_NW_026528356v1 100 10
chrUn_NW_026528363v1 820 77
chrUn_NW_026528370v1 800 70
chrUn_NW_026528371v1 4420 373
chrUn_NW_026528372v1 1750 154
chrUn_NW_026528373v1 5260 461
chrUn_NW_026528378v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 160 16
chrUn_NW_026528385v1 100 10
chrUn_NW_026528390v1 210 21
chrUn_NW_026528393v1 40 4
chrUn_NW_026528396v1 20 2
chrUn_NW_026528397v1 40 4
chrUn_NW_026528403v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 20 2
chrUn_NW_026528412v1 80 8
chrUn_NW_026528413v1 60 6
chrUn_NW_026528419v1 20 2
chrUn_NW_026528420v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 390 39
chrUn_NW_026528431v1 1460 139
chrUn_NW_026528432v1 2790 260
chrUn_NW_026528433v1 10420 854
chrUn_NW_026528440v1 60 6
chrUn_NW_026528471v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 1490 142
chrUn_NW_026528558v1 6720 622
chrUn_NW_026528559v1 290 26
chrUn_NW_026528561v1 1110 104
chrUn_NW_026528588v1 100 10
chrUn_NW_026528589v1 80 8
chrUn_NW_026528590v1 5200 501
chrUn_NW_026528596v1 9780 934
chrUn_NW_026528609v1 80 8
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528615v1 60 6
chrUn_NW_026528621v1 740 69
chrUn_NW_026528631v1 920 86
chrUn_NW_026528634v1 780 74
chrUn_NW_026528635v1 50 4
chrUn_NW_026528650v1 120 12
chrUn_NW_026528660v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 20 2
chrUn_NW_026528668v1 120 12
chrUn_NW_026528670v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 200 18
chrUn_NW_026528708v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 2350 221
chrUn_NW_026528737v1 380 36
chrUn_NW_026528739v1 100 10
chrUn_NW_026528745v1 40 4
chrUn_NW_026528748v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 60 6
chrUn_NW_026528752v1 40 4
chrUn_NW_026528755v1 520 51
chrUn_NW_026528772v1 100 10
chrUn_NW_026528775v1 260 21
chrUn_NW_026528777v1 80 8
chrUn_NW_026528784v1 90 9
chrUn_NW_026528785v1 60 6
chrUn_NW_026528786v1 160 16
chrUn_NW_026528788v1 100 10
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 770 75
chrUn_NW_026528795v1 750 72
chrUn_NW_026528796v1 1130 109
chrUn_NW_026528797v1 19160 1658
chrUn_NW_026528798v1 4330 357
chrUn_NW_026528799v1 1330 119
chrUn_NW_026528880v1 140 12
chrUn_NW_026528882v1 40 4
chrUn_NW_026528884v1 80 8
chrUn_NW_026528887v1 490 46
chrUn_NW_026528888v1 80 8
chrUn_NW_026528889v1 120 12
chrUn_NW_026528891v1 250 25
chrUn_NW_026528893v1 60 6
chrUn_NW_026528894v1 1750 166
chrUn_NW_026528896v1 20 2
chrUn_NW_026528899v1 80 8
chrUn_NW_026528900v1 930 81
chrUn_NW_026528902v1 840 82
chrUn_NW_026528903v1 5620 476
chrUn_NW_026528917v1 1220 112
chrUn_NW_026528926v1 360 35
chrUn_NW_026528928v1 3450 332
chrUn_NW_026528937v1 380 36
chrUn_NW_026528938v1 100 10
chrUn_NW_026528950v1 60 6
chrUn_NW_026528952v1 90 9
chrUn_NW_026528957v1 3770 350
chrUn_NW_026528960v1 1270 117
chrUn_NW_026528975v1 570 56
chrUn_NW_026528984v1 250 25
chrUn_NW_026528985v1 100 7
chrUn_NW_026528987v1 50 5
chrUn_NW_026528988v1 470 45
chrUn_NW_026528989v1 60 6
chrUn_NW_026528992v1 40 4
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 20 2
chrUn_NW_026529007v1 2040 181
chrUn_NW_026529008v1 22540 1876
chrUn_NW_026529013v1 330 32
chrUn_NW_026529015v1 450 44
chrUn_NW_026529016v1 3730 340
chrUn_NW_026529060v1 7265 585
chrUn_NW_026529081v1 1870 178
chrUn_NW_026529085v1 4250 387
chrX 17374630 11.73% 1511362
chrX_NW_026527892v1_random 1900 174
chrX_NW_026527894v1_random 3380 307
chrX_NW_026527897v1_random 550 52
chrY 234630 2.85% 20807
chrY_NW_026527906v1_random 60 6
chrY_NW_026527909v1_random 120 12
chrY_NW_026527911v1_random 1070 101
chrY_NW_026527913v1_random 1230 118
chrY_NW_026527914v1_random 3160 288
chrY_NW_026527915v1_random 100 10
chrY_NW_026527916v1_random 180 18
chrY_NW_026527918v1_random 120 12
chrY_NW_026527919v1_random 570 53
chrY_NW_026527927v1_random 160 16
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 530 49
chrY_NW_026527938v1_random 2040 194
chrY_NW_026527939v1_random 120 12
chrY_NW_026527942v1_random 1430 139
chrY_NW_026527945v1_random 20 2
chrY_NW_026527948v1_random 160 16
chrY_NW_026527949v1_random 6150 538
chrY_NW_026527950v1_random 7750 662
chrY_NW_026527951v1_random 1000 94
chrY_NW_026527955v1_random 1130 103
chrY_NW_026527956v1_random 1320 118
chrY_NW_026527958v1_random 1400 110
chrY_NW_026527960v1_random 600 59
chrY_NW_026527961v1_random 2450 222
chrY_NW_026527966v1_random 19200 1685
chrY_NW_026527967v1_random 830 82
chrY_NW_026527968v1_random 5070 482
chrY_NW_026527969v1_random 550 45
chrY_NW_026527974v1_random 140 13
chrY_NW_026527980v1_random 280 28

Segment lengths

segments min max mean median
segments 54333131 5 150 12.03 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
SN_GATA3-PAX8_GABA.bw 295.76 MB f22053f4b658f8f2e9167d014799852b
genomic_resource.yaml 1.14 KB d7bb4870b30707b832f8bdb513e23605
statistics/