Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/SN_GATA3-PVALB_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for SN_GATA3-PVALB_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: SN_GATA3-PVALB_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_GATA3-PVALB_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_GATA3-PVALB_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_GATA3-PVALB_GABA [0.0366, 2.01]
n
218,115,200
mean
0.0458
sd
0.0293

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 218115200 19571696
chr1 17384310 7.98% 1554249
chr2 15169230 7.42% 1366077
chr3 12038200 6.27% 1095470
chr4 12349010 7.10% 1116566
chr5 16190370 9.85% 1431527
chr6 11964130 7.43% 1078499
chr7 13900660 8.82% 1238437
chr8 9152560 7.22% 826980
chr9 10637020 7.94% 953650
chr10 10980260 7.98% 983510
chr11 11138370 8.59% 992132
chr12 11332920 9.10% 1008212
chr13 8969620 7.54% 808852
chr14 8716140 7.78% 782905
chr15 8295980 8.36% 743474
chr16 7073330 7.23% 639902
chr17 5160890 6.89% 467936
chr18 3957710 8.42% 353034
chr19 4486040 8.70% 399944
chr20 4212240 9.23% 373632
chr21 3423290 6.68% 310730
chr22 5662460 11.04% 494821
chrUn_NW_026528016v1 60 6
chrUn_NW_026528017v1 160 16
chrUn_NW_026528021v1 920 82
chrUn_NW_026528026v1 550 54
chrUn_NW_026528029v1 530 49
chrUn_NW_026528038v1 660 64
chrUn_NW_026528039v1 860 83
chrUn_NW_026528065v1 400 37
chrUn_NW_026528075v1 350 34
chrUn_NW_026528103v1 70 7
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 120 12
chrUn_NW_026528140v1 920 84
chrUn_NW_026528210v1 160 16
chrUn_NW_026528215v1 230 23
chrUn_NW_026528219v1 40 4
chrUn_NW_026528224v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 60 6
chrUn_NW_026528226v1 410 37
chrUn_NW_026528228v1 240 24
chrUn_NW_026528230v1 220 22
chrUn_NW_026528232v1 1830 167
chrUn_NW_026528278v1 500 49
chrUn_NW_026528285v1 40 4
chrUn_NW_026528292v1 20 2
chrUn_NW_026528295v1 360 35
chrUn_NW_026528296v1 10730 912
chrUn_NW_026528310v1 120 12
chrUn_NW_026528320v1 20 2
chrUn_NW_026528327v1 20 2
chrUn_NW_026528332v1 60 6
chrUn_NW_026528335v1 40 4
chrUn_NW_026528338v1 20 2
chrUn_NW_026528339v1 60 6
chrUn_NW_026528345v1 40 4
chrUn_NW_026528347v1 20 2
chrUn_NW_026528353v1 100 9
chrUn_NW_026528356v1 80 8
chrUn_NW_026528363v1 340 33
chrUn_NW_026528370v1 290 26
chrUn_NW_026528371v1 1600 144
chrUn_NW_026528372v1 520 50
chrUn_NW_026528373v1 2220 208
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528385v1 20 2
chrUn_NW_026528390v1 60 6
chrUn_NW_026528397v1 40 4
chrUn_NW_026528408v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 40 4
chrUn_NW_026528431v1 480 47
chrUn_NW_026528432v1 750 71
chrUn_NW_026528433v1 2930 269
chrUn_NW_026528440v1 20 2
chrUn_NW_026528480v1 700 68
chrUn_NW_026528558v1 2550 243
chrUn_NW_026528559v1 60 6
chrUn_NW_026528561v1 390 35
chrUn_NW_026528590v1 1970 192
chrUn_NW_026528596v1 2680 268
chrUn_NW_026528609v1 20 2
chrUn_NW_026528611v1 20 2
chrUn_NW_026528621v1 200 20
chrUn_NW_026528631v1 220 21
chrUn_NW_026528634v1 120 12
chrUn_NW_026528650v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 20 2
chrUn_NW_026528708v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 760 74
chrUn_NW_026528737v1 180 18
chrUn_NW_026528750v1 70 7
chrUn_NW_026528755v1 230 23
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 140 14
chrUn_NW_026528795v1 200 18
chrUn_NW_026528796v1 400 39
chrUn_NW_026528797v1 5710 530
chrUn_NW_026528798v1 1430 128
chrUn_NW_026528799v1 330 29
chrUn_NW_026528880v1 30 3
chrUn_NW_026528887v1 100 10
chrUn_NW_026528891v1 20 2
chrUn_NW_026528893v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 500 49
chrUn_NW_026528899v1 20 2
chrUn_NW_026528900v1 310 29
chrUn_NW_026528902v1 260 26
chrUn_NW_026528903v1 2170 202
chrUn_NW_026528917v1 500 45
chrUn_NW_026528926v1 100 10
chrUn_NW_026528928v1 1290 124
chrUn_NW_026528937v1 200 19
chrUn_NW_026528938v1 40 4
chrUn_NW_026528952v1 40 4
chrUn_NW_026528957v1 1740 170
chrUn_NW_026528960v1 420 42
chrUn_NW_026528975v1 160 16
chrUn_NW_026528984v1 80 8
chrUn_NW_026528986v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 40 4
chrUn_NW_026528992v1 40 4
chrUn_NW_026528996v1 20 2
chrUn_NW_026529007v1 890 82
chrUn_NW_026529008v1 7200 632
chrUn_NW_026529013v1 40 4
chrUn_NW_026529015v1 200 20
chrUn_NW_026529016v1 1550 145
chrUn_NW_026529060v1 2520 220
chrUn_NW_026529081v1 420 41
chrUn_NW_026529085v1 1120 105
chrX 5771360 3.90% 537341
chrX_NW_026527892v1_random 650 63
chrX_NW_026527894v1_random 1210 107
chrX_NW_026527897v1_random 180 18
chrY 56480 0.69% 5290
chrY_NW_026527911v1_random 260 26
chrY_NW_026527913v1_random 560 52
chrY_NW_026527914v1_random 610 61
chrY_NW_026527915v1_random 20 2
chrY_NW_026527916v1_random 40 4
chrY_NW_026527918v1_random 40 4
chrY_NW_026527919v1_random 190 18
chrY_NW_026527927v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 100 10
chrY_NW_026527938v1_random 470 47
chrY_NW_026527939v1_random 40 4
chrY_NW_026527942v1_random 160 16
chrY_NW_026527945v1_random 40 4
chrY_NW_026527948v1_random 20 2
chrY_NW_026527949v1_random 2110 200
chrY_NW_026527950v1_random 2570 223
chrY_NW_026527951v1_random 180 18
chrY_NW_026527955v1_random 300 30
chrY_NW_026527956v1_random 740 61
chrY_NW_026527958v1_random 690 54
chrY_NW_026527960v1_random 260 24
chrY_NW_026527961v1_random 600 57
chrY_NW_026527966v1_random 7460 661
chrY_NW_026527967v1_random 360 35
chrY_NW_026527968v1_random 1430 141
chrY_NW_026527969v1_random 180 17
chrY_NW_026527974v1_random 20 2
chrY_NW_026527980v1_random 160 16

Segment lengths

segments min max mean median
segments 19571696 10 110 11.14 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
SN_GATA3-PVALB_GABA.bw 146.51 MB 6d893caf25606a53d2a55506bd97d716
genomic_resource.yaml 1.14 KB ac8e5cf7b2b4114eff910758fd5e9bf2
statistics/