Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/SN_SOX6_Dopa/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for SN_SOX6_Dopa cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: SN_SOX6_Dopa
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_SOX6_Dopa float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_SOX6_Dopa
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_SN_SOX6_Dopa [0.0107, 1.58]
n
582,837,986
mean
0.0172
sd
0.0185

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 582837986 48861442
chr1 45687580 20.96% 3821399
chr2 40717550 19.91% 3425118
chr3 31732110 16.53% 2704108
chr4 33377950 19.18% 2818514
chr5 42488740 25.85% 3511043
chr6 32503910 20.19% 2729331
chr7 37522120 23.82% 3119018
chr8 25675290 20.24% 2156014
chr9 28413350 21.20% 2380608
chr10 29858640 21.69% 2494810
chr11 29497820 22.75% 2460463
chr12 29225350 23.48% 2427938
chr13 24929690 20.96% 2091147
chr14 22703040 20.25% 1907188
chr15 22550950 22.73% 1880764
chr16 18866960 19.29% 1593687
chr17 14594140 19.47% 1231779
chr18 10015350 21.29% 838716
chr19 11356650 22.02% 949134
chr20 10959510 24.03% 909665
chr21 9292490 18.13% 784280
chr22 14626710 28.51% 1201550
chrUn_NW_026528016v1 180 18
chrUn_NW_026528017v1 1210 118
chrUn_NW_026528021v1 3195 258
chrUn_NW_026528026v1 1520 142
chrUn_NW_026528029v1 2030 165
chrUn_NW_026528038v1 2200 195
chrUn_NW_026528039v1 3120 284
chrUn_NW_026528065v1 790 64
chrUn_NW_026528075v1 570 54
chrUn_NW_026528103v1 60 6
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 240 24
chrUn_NW_026528140v1 4320 368
chrUn_NW_026528210v1 250 24
chrUn_NW_026528215v1 680 64
chrUn_NW_026528218v1 40 4
chrUn_NW_026528219v1 140 13
chrUn_NW_026528224v1 40 4
chrUn_NW_026528225v1 240 24
chrUn_NW_026528226v1 770 67
chrUn_NW_026528228v1 680 68
chrUn_NW_026528230v1 1430 134
chrUn_NW_026528232v1 4280 377
chrUn_NW_026528278v1 1900 166
chrUn_NW_026528285v1 430 40
chrUn_NW_026528292v1 120 12
chrUn_NW_026528295v1 490 46
chrUn_NW_026528296v1 29780 2456
chrUn_NW_026528310v1 550 55
chrUn_NW_026528320v1 100 10
chrUn_NW_026528327v1 50 5
chrUn_NW_026528332v1 70 6
chrUn_NW_026528335v1 40 4
chrUn_NW_026528338v1 210 21
chrUn_NW_026528339v1 90 9
chrUn_NW_026528345v1 70 6
chrUn_NW_026528347v1 70 6
chrUn_NW_026528350v1 130 13
chrUn_NW_026528353v1 80 8
chrUn_NW_026528356v1 80 8
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 900 85
chrUn_NW_026528370v1 840 73
chrUn_NW_026528371v1 4900 416
chrUn_NW_026528372v1 1560 137
chrUn_NW_026528373v1 4140 358
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528382v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 120 12
chrUn_NW_026528385v1 100 10
chrUn_NW_026528390v1 430 41
chrUn_NW_026528393v1 40 4
chrUn_NW_026528397v1 60 6
chrUn_NW_026528403v1 60 6
chrUn_NW_026528409v1 20 2
chrUn_NW_026528412v1 40 4
chrUn_NW_026528413v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 120 12
chrUn_NW_026528431v1 1420 133
chrUn_NW_026528432v1 2980 258
chrUn_NW_026528433v1 9310 777
chrUn_NW_026528480v1 1570 150
chrUn_NW_026528558v1 4800 455
chrUn_NW_026528559v1 160 16
chrUn_NW_026528561v1 950 92
chrUn_NW_026528589v1 50 5
chrUn_NW_026528590v1 5360 516
chrUn_NW_026528596v1 8230 780
chrUn_NW_026528609v1 160 16
chrUn_NW_026528611v1 40 4
chrUn_NW_026528615v1 100 10
chrUn_NW_026528621v1 690 66
chrUn_NW_026528631v1 320 30
chrUn_NW_026528634v1 590 58
chrUn_NW_026528635v1 20 2
chrUn_NW_026528644v1 40 4
chrUn_NW_026528650v1 20 2
chrUn_NW_026528656v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 100 10
chrUn_NW_026528668v1 40 4
chrUn_NW_026528677v1 80 8
chrUn_NW_026528719v1 1690 161
chrUn_NW_026528737v1 300 28
chrUn_NW_026528739v1 40 4
chrUn_NW_026528748v1 20 2
chrUn_NW_026528752v1 40 4
chrUn_NW_026528754v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 330 33
chrUn_NW_026528772v1 60 6
chrUn_NW_026528775v1 130 12
chrUn_NW_026528777v1 40 4
chrUn_NW_026528784v1 40 4
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 80 8
chrUn_NW_026528788v1 60 6
chrUn_NW_026528791v1 30 3
chrUn_NW_026528793v1 270 26
chrUn_NW_026528795v1 610 57
chrUn_NW_026528796v1 1360 128
chrUn_NW_026528797v1 16890 1470
chrUn_NW_026528798v1 3160 275
chrUn_NW_026528799v1 600 57
chrUn_NW_026528880v1 200 18
chrUn_NW_026528882v1 140 13
chrUn_NW_026528883v1 30 2
chrUn_NW_026528884v1 100 9
chrUn_NW_026528885v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 490 46
chrUn_NW_026528888v1 60 5
chrUn_NW_026528889v1 80 8
chrUn_NW_026528891v1 290 28
chrUn_NW_026528893v1 70 6
chrUn_NW_026528894v1 1550 146
chrUn_NW_026528899v1 160 16
chrUn_NW_026528900v1 880 82
chrUn_NW_026528902v1 650 62
chrUn_NW_026528903v1 6270 518
chrUn_NW_026528917v1 1440 124
chrUn_NW_026528926v1 130 12
chrUn_NW_026528928v1 2400 235
chrUn_NW_026528937v1 240 24
chrUn_NW_026528950v1 20 2
chrUn_NW_026528952v1 50 5
chrUn_NW_026528957v1 2170 203
chrUn_NW_026528960v1 771 71
chrUn_NW_026528975v1 410 41
chrUn_NW_026528984v1 320 32
chrUn_NW_026528987v1 20 2
chrUn_NW_026528988v1 190 19
chrUn_NW_026528989v1 20 2
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 160 16
chrUn_NW_026529007v1 2000 170
chrUn_NW_026529008v1 20830 1715
chrUn_NW_026529013v1 210 21
chrUn_NW_026529015v1 360 33
chrUn_NW_026529016v1 3150 302
chrUn_NW_026529060v1 5400 433
chrUn_NW_026529081v1 2050 192
chrUn_NW_026529085v1 4250 387
chrX 15825680 10.68% 1388234
chrX_NW_026527892v1_random 2240 197
chrX_NW_026527894v1_random 3210 281
chrX_NW_026527897v1_random 600 57
chrY 165510 2.01% 14791
chrY_NW_026527906v1_random 20 2
chrY_NW_026527909v1_random 60 6
chrY_NW_026527911v1_random 430 43
chrY_NW_026527913v1_random 620 59
chrY_NW_026527914v1_random 3110 275
chrY_NW_026527916v1_random 140 14
chrY_NW_026527918v1_random 120 11
chrY_NW_026527919v1_random 420 37
chrY_NW_026527927v1_random 120 12
chrY_NW_026527932v1_random 160 16
chrY_NW_026527938v1_random 1320 126
chrY_NW_026527939v1_random 80 8
chrY_NW_026527942v1_random 500 50
chrY_NW_026527945v1_random 40 4
chrY_NW_026527948v1_random 90 8
chrY_NW_026527949v1_random 5690 491
chrY_NW_026527950v1_random 6400 564
chrY_NW_026527951v1_random 930 85
chrY_NW_026527955v1_random 1150 109
chrY_NW_026527956v1_random 1060 99
chrY_NW_026527958v1_random 1060 90
chrY_NW_026527960v1_random 870 80
chrY_NW_026527961v1_random 2420 218
chrY_NW_026527966v1_random 15220 1335
chrY_NW_026527967v1_random 740 72
chrY_NW_026527968v1_random 5370 522
chrY_NW_026527969v1_random 250 23
chrY_NW_026527974v1_random 80 8
chrY_NW_026527980v1_random 260 25

Segment lengths

segments min max mean median
segments 48861442 1 140 11.93 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
SN_SOX6_Dopa.bw 273.65 MB 71db4ab45e7045c1246f54733fd3d588
genomic_resource.yaml 1.11 KB 8d72031030c2e25e528c0c9ef80a2d5d
statistics/