Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STH_PVALB-PITX2_Glut/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STH_PVALB-PITX2_Glut cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STH_PVALB-PITX2_Glut
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STH_PVALB-PITX2_Glut float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STH_PVALB-PITX2_Glut
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STH_PVALB-PITX2_Glut [0.00756, 1.81]
n
734,855,294
mean
0.0136
sd
0.0192

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 734855294 60897150
chr1 59266230 27.19% 4896791
chr2 49830420 24.37% 4150812
chr3 39488720 20.58% 3325452
chr4 40745670 23.41% 3401497
chr5 53753210 32.71% 4398112
chr6 40451210 25.12% 3357558
chr7 46799760 29.71% 3850924
chr8 31647470 24.95% 2631462
chr9 35681810 26.62% 2955835
chr10 37688480 27.38% 3114294
chr11 37512160 28.92% 3092062
chr12 37697560 30.28% 3094236
chr13 30326400 25.50% 2518069
chr14 28608870 25.52% 2373962
chr15 28948490 29.18% 2382591
chr16 23411020 23.93% 1952468
chr17 18344710 24.48% 1527505
chr18 12724950 27.06% 1053847
chr19 15141600 29.36% 1244949
chr20 13993390 30.68% 1148125
chr21 12039360 23.49% 1001833
chr22 18800770 36.65% 1531632
chrUn_NW_026528016v1 100 10
chrUn_NW_026528017v1 1690 167
chrUn_NW_026528021v1 3625 288
chrUn_NW_026528026v1 2510 222
chrUn_NW_026528029v1 2120 170
chrUn_NW_026528038v1 3080 263
chrUn_NW_026528039v1 4750 439
chrUn_NW_026528065v1 1260 94
chrUn_NW_026528075v1 1110 105
chrUn_NW_026528103v1 190 19
chrUn_NW_026528123v1 20 2
chrUn_NW_026528125v1 250 24
chrUn_NW_026528140v1 3910 345
chrUn_NW_026528210v1 910 82
chrUn_NW_026528215v1 1870 171
chrUn_NW_026528218v1 20 2
chrUn_NW_026528219v1 90 8
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 90 7
chrUn_NW_026528225v1 470 44
chrUn_NW_026528226v1 720 60
chrUn_NW_026528228v1 1200 117
chrUn_NW_026528230v1 1840 161
chrUn_NW_026528232v1 7350 618
chrUn_NW_026528259v1 20 2
chrUn_NW_026528278v1 2240 187
chrUn_NW_026528285v1 250 22
chrUn_NW_026528292v1 250 24
chrUn_NW_026528295v1 1130 107
chrUn_NW_026528296v1 37130 3009
chrUn_NW_026528310v1 670 63
chrUn_NW_026528320v1 100 10
chrUn_NW_026528327v1 80 8
chrUn_NW_026528332v1 100 10
chrUn_NW_026528335v1 100 10
chrUn_NW_026528338v1 320 29
chrUn_NW_026528339v1 220 22
chrUn_NW_026528345v1 60 6
chrUn_NW_026528347v1 80 8
chrUn_NW_026528350v1 150 14
chrUn_NW_026528353v1 210 21
chrUn_NW_026528356v1 130 13
chrUn_NW_026528360v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 1298 124
chrUn_NW_026528370v1 1070 87
chrUn_NW_026528371v1 5130 432
chrUn_NW_026528372v1 1770 159
chrUn_NW_026528373v1 5120 442
chrUn_NW_026528380v1 40 4
chrUn_NW_026528381v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 140 14
chrUn_NW_026528385v1 120 12
chrUn_NW_026528390v1 170 15
chrUn_NW_026528393v1 40 4
chrUn_NW_026528397v1 40 4
chrUn_NW_026528403v1 60 6
chrUn_NW_026528404v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 40 4
chrUn_NW_026528409v1 20 2
chrUn_NW_026528412v1 90 9
chrUn_NW_026528413v1 60 6
chrUn_NW_026528416v1 20 2
chrUn_NW_026528419v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 120 12
chrUn_NW_026528431v1 2890 247
chrUn_NW_026528432v1 3300 272
chrUn_NW_026528433v1 11400 917
chrUn_NW_026528440v1 40 4
chrUn_NW_026528480v1 2260 205
chrUn_NW_026528558v1 7790 732
chrUn_NW_026528559v1 550 50
chrUn_NW_026528561v1 1190 110
chrUn_NW_026528588v1 80 8
chrUn_NW_026528589v1 180 17
chrUn_NW_026528590v1 9910 924
chrUn_NW_026528596v1 12590 1180
chrUn_NW_026528609v1 60 6
chrUn_NW_026528611v1 120 12
chrUn_NW_026528615v1 40 4
chrUn_NW_026528621v1 1320 119
chrUn_NW_026528631v1 880 83
chrUn_NW_026528634v1 520 50
chrUn_NW_026528650v1 210 21
chrUn_NW_026528656v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 80 8
chrUn_NW_026528670v1 20 2
chrUn_NW_026528677v1 160 16
chrUn_NW_026528708v1 40 4
chrUn_NW_026528719v1 3150 295
chrUn_NW_026528737v1 390 34
chrUn_NW_026528739v1 40 4
chrUn_NW_026528745v1 60 6
chrUn_NW_026528750v1 20 2
chrUn_NW_026528754v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 440 44
chrUn_NW_026528772v1 180 17
chrUn_NW_026528775v1 120 12
chrUn_NW_026528777v1 60 5
chrUn_NW_026528784v1 90 9
chrUn_NW_026528785v1 80 8
chrUn_NW_026528786v1 210 19
chrUn_NW_026528788v1 80 8
chrUn_NW_026528791v1 20 2
chrUn_NW_026528792v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 1020 96
chrUn_NW_026528795v1 580 56
chrUn_NW_026528796v1 1680 156
chrUn_NW_026528797v1 19240 1702
chrUn_NW_026528798v1 5610 472
chrUn_NW_026528799v1 1470 133
chrUn_NW_026528880v1 90 7
chrUn_NW_026528882v1 60 6
chrUn_NW_026528883v1 60 6
chrUn_NW_026528884v1 40 4
chrUn_NW_026528885v1 40 4
chrUn_NW_026528887v1 540 50
chrUn_NW_026528888v1 80 8
chrUn_NW_026528889v1 40 4
chrUn_NW_026528891v1 330 32
chrUn_NW_026528893v1 50 5
chrUn_NW_026528894v1 1830 172
chrUn_NW_026528896v1 40 4
chrUn_NW_026528899v1 140 14
chrUn_NW_026528900v1 1140 94
chrUn_NW_026528902v1 990 90
chrUn_NW_026528903v1 7726 643
chrUn_NW_026528917v1 2020 166
chrUn_NW_026528926v1 540 49
chrUn_NW_026528928v1 5390 512
chrUn_NW_026528937v1 330 32
chrUn_NW_026528938v1 40 4
chrUn_NW_026528950v1 90 9
chrUn_NW_026528952v1 20 2
chrUn_NW_026528957v1 4620 428
chrUn_NW_026528960v1 1540 136
chrUn_NW_026528975v1 1060 97
chrUn_NW_026528984v1 610 57
chrUn_NW_026528985v1 40 4
chrUn_NW_026528986v1 20 2
chrUn_NW_026528987v1 60 6
chrUn_NW_026528988v1 420 42
chrUn_NW_026528989v1 40 4
chrUn_NW_026528992v1 20 2
chrUn_NW_026528994v1 20 2
chrUn_NW_026528996v1 200 19
chrUn_NW_026529007v1 2520 220
chrUn_NW_026529008v1 24810 2063
chrUn_NW_026529013v1 250 25
chrUn_NW_026529015v1 860 81
chrUn_NW_026529016v1 5170 469
chrUn_NW_026529060v1 8425 650
chrUn_NW_026529081v1 1960 184
chrUn_NW_026529085v1 4480 393
chrX 21395090 14.44% 1844000
chrX_NW_026527892v1_random 2580 228
chrX_NW_026527894v1_random 3710 318
chrX_NW_026527897v1_random 1080 100
chrY 214960 2.61% 19076
chrY_NW_026527909v1_random 140 14
chrY_NW_026527911v1_random 860 81
chrY_NW_026527913v1_random 1700 150
chrY_NW_026527914v1_random 4510 401
chrY_NW_026527916v1_random 240 23
chrY_NW_026527918v1_random 160 16
chrY_NW_026527919v1_random 620 56
chrY_NW_026527927v1_random 400 39
chrY_NW_026527928v1_random 20 2
chrY_NW_026527932v1_random 490 47
chrY_NW_026527938v1_random 2770 260
chrY_NW_026527939v1_random 180 18
chrY_NW_026527942v1_random 1290 127
chrY_NW_026527945v1_random 20 2
chrY_NW_026527948v1_random 200 20
chrY_NW_026527949v1_random 9580 815
chrY_NW_026527950v1_random 7510 661
chrY_NW_026527951v1_random 1220 117
chrY_NW_026527955v1_random 1250 116
chrY_NW_026527956v1_random 1500 135
chrY_NW_026527958v1_random 1290 117
chrY_NW_026527960v1_random 1390 124
chrY_NW_026527961v1_random 3660 319
chrY_NW_026527966v1_random 18480 1658
chrY_NW_026527967v1_random 960 94
chrY_NW_026527968v1_random 7320 695
chrY_NW_026527969v1_random 510 46
chrY_NW_026527974v1_random 140 14
chrY_NW_026527980v1_random 320 32

Segment lengths

segments min max mean median
segments 60897150 5 140 12.07 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STH_PVALB-PITX2_Glut.bw 324.19 MB 46483ab6c66e177cfe7eca6c864dfa56
genomic_resource.yaml 1.14 KB d7f4057a7d5ecc6308679f2a0bd36f25
statistics/