Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STR-BF_TAC3-PLPP4-LHX8_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STR-BF_TAC3-PLPP4-LHX8_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STR-BF_TAC3-PLPP4-LHX8_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR-BF_TAC3-PLPP4-LHX8_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR-BF_TAC3-PLPP4-LHX8_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR-BF_TAC3-PLPP4-LHX8_GABA [0.0157, 2.33]
n
401,917,530
mean
0.0249
sd
0.0319

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 401917530 34342261
chr1 32728740 15.02% 2780471
chr2 27020180 13.21% 2323216
chr3 20038780 10.44% 1755515
chr4 21336900 12.26% 1849594
chr5 32793480 19.95% 2742668
chr6 21552690 13.39% 1852113
chr7 25996260 16.50% 2202082
chr8 16380540 12.91% 1413920
chr9 19343780 14.43% 1654498
chr10 21334730 15.50% 1816079
chr11 20718900 15.98% 1754148
chr12 21190080 17.02% 1789129
chr13 16590910 13.95% 1423817
chr14 15532450 13.86% 1330893
chr15 15838340 15.97% 1346728
chr16 12383480 12.66% 1070466
chr17 8991530 12.00% 782131
chr18 7180430 15.27% 611985
chr19 8114880 15.74% 689675
chr20 7738040 16.96% 653781
chr21 6231970 12.16% 537120
chr22 12612360 24.59% 1039995
chrUn_NW_026528016v1 60 6
chrUn_NW_026528017v1 730 72
chrUn_NW_026528021v1 2255 181
chrUn_NW_026528026v1 1360 127
chrUn_NW_026528029v1 1570 129
chrUn_NW_026528038v1 1020 95
chrUn_NW_026528039v1 2180 206
chrUn_NW_026528065v1 660 58
chrUn_NW_026528075v1 390 37
chrUn_NW_026528103v1 150 15
chrUn_NW_026528125v1 270 27
chrUn_NW_026528140v1 1470 140
chrUn_NW_026528210v1 200 20
chrUn_NW_026528215v1 590 58
chrUn_NW_026528219v1 50 5
chrUn_NW_026528220v1 40 4
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528225v1 140 13
chrUn_NW_026528226v1 300 30
chrUn_NW_026528228v1 220 22
chrUn_NW_026528230v1 420 42
chrUn_NW_026528232v1 1870 175
chrUn_NW_026528278v1 1990 167
chrUn_NW_026528285v1 270 27
chrUn_NW_026528292v1 20 2
chrUn_NW_026528295v1 900 85
chrUn_NW_026528296v1 25150 2063
chrUn_NW_026528310v1 300 30
chrUn_NW_026528320v1 60 6
chrUn_NW_026528327v1 60 6
chrUn_NW_026528332v1 60 6
chrUn_NW_026528335v1 40 4
chrUn_NW_026528338v1 120 12
chrUn_NW_026528339v1 60 5
chrUn_NW_026528345v1 80 6
chrUn_NW_026528350v1 130 13
chrUn_NW_026528353v1 140 14
chrUn_NW_026528356v1 70 5
chrUn_NW_026528363v1 858 79
chrUn_NW_026528370v1 550 49
chrUn_NW_026528371v1 1850 170
chrUn_NW_026528372v1 800 68
chrUn_NW_026528373v1 3600 304
chrUn_NW_026528378v1 20 2
chrUn_NW_026528380v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 100 10
chrUn_NW_026528385v1 80 8
chrUn_NW_026528390v1 160 16
chrUn_NW_026528393v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 40 4
chrUn_NW_026528409v1 60 6
chrUn_NW_026528413v1 20 2
chrUn_NW_026528416v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 160 16
chrUn_NW_026528431v1 610 56
chrUn_NW_026528432v1 1200 109
chrUn_NW_026528433v1 5270 461
chrUn_NW_026528480v1 1240 115
chrUn_NW_026528558v1 6060 568
chrUn_NW_026528559v1 210 21
chrUn_NW_026528561v1 340 34
chrUn_NW_026528588v1 100 10
chrUn_NW_026528589v1 120 12
chrUn_NW_026528590v1 4040 388
chrUn_NW_026528596v1 5830 560
chrUn_NW_026528609v1 100 10
chrUn_NW_026528611v1 40 4
chrUn_NW_026528615v1 40 4
chrUn_NW_026528621v1 240 22
chrUn_NW_026528631v1 580 54
chrUn_NW_026528634v1 420 40
chrUn_NW_026528644v1 20 2
chrUn_NW_026528650v1 40 4
chrUn_NW_026528660v1 60 6
chrUn_NW_026528661v1 40 4
chrUn_NW_026528668v1 40 4
chrUn_NW_026528708v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 1690 162
chrUn_NW_026528737v1 310 31
chrUn_NW_026528739v1 50 5
chrUn_NW_026528745v1 20 2
chrUn_NW_026528748v1 20 2
chrUn_NW_026528750v1 60 6
chrUn_NW_026528755v1 200 20
chrUn_NW_026528772v1 100 10
chrUn_NW_026528775v1 20 2
chrUn_NW_026528777v1 20 2
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528785v1 80 8
chrUn_NW_026528786v1 70 7
chrUn_NW_026528788v1 20 2
chrUn_NW_026528793v1 300 29
chrUn_NW_026528795v1 300 30
chrUn_NW_026528796v1 600 57
chrUn_NW_026528797v1 8400 771
chrUn_NW_026528798v1 2720 236
chrUn_NW_026528799v1 520 46
chrUn_NW_026528880v1 110 10
chrUn_NW_026528882v1 20 2
chrUn_NW_026528884v1 20 2
chrUn_NW_026528885v1 20 2
chrUn_NW_026528887v1 300 28
chrUn_NW_026528888v1 120 11
chrUn_NW_026528891v1 140 14
chrUn_NW_026528893v1 20 2
chrUn_NW_026528894v1 1200 117
chrUn_NW_026528899v1 80 7
chrUn_NW_026528900v1 790 75
chrUn_NW_026528902v1 680 64
chrUn_NW_026528903v1 2200 203
chrUn_NW_026528917v1 190 18
chrUn_NW_026528926v1 320 31
chrUn_NW_026528928v1 3310 317
chrUn_NW_026528937v1 340 34
chrUn_NW_026528938v1 60 6
chrUn_NW_026528950v1 110 10
chrUn_NW_026528952v1 80 8
chrUn_NW_026528957v1 3120 296
chrUn_NW_026528960v1 300 29
chrUn_NW_026528975v1 480 47
chrUn_NW_026528984v1 220 21
chrUn_NW_026528987v1 40 4
chrUn_NW_026528988v1 320 31
chrUn_NW_026528989v1 20 2
chrUn_NW_026528992v1 60 6
chrUn_NW_026528996v1 100 10
chrUn_NW_026529007v1 1350 116
chrUn_NW_026529008v1 10160 894
chrUn_NW_026529013v1 270 27
chrUn_NW_026529015v1 460 43
chrUn_NW_026529016v1 2620 246
chrUn_NW_026529060v1 4780 403
chrUn_NW_026529081v1 680 66
chrUn_NW_026529085v1 2510 233
chrX 9968307 6.73% 895184
chrX_NW_026527892v1_random 620 60
chrX_NW_026527894v1_random 2150 195
chrX_NW_026527897v1_random 250 25
chrY 128780 1.57% 11605
chrY_NW_026527909v1_random 60 5
chrY_NW_026527911v1_random 510 49
chrY_NW_026527913v1_random 850 80
chrY_NW_026527914v1_random 1000 97
chrY_NW_026527915v1_random 60 6
chrY_NW_026527916v1_random 120 12
chrY_NW_026527918v1_random 100 10
chrY_NW_026527919v1_random 280 28
chrY_NW_026527927v1_random 40 4
chrY_NW_026527932v1_random 220 22
chrY_NW_026527938v1_random 1730 166
chrY_NW_026527939v1_random 20 2
chrY_NW_026527942v1_random 530 53
chrY_NW_026527945v1_random 20 2
chrY_NW_026527948v1_random 110 11
chrY_NW_026527949v1_random 2180 210
chrY_NW_026527950v1_random 3790 345
chrY_NW_026527951v1_random 320 31
chrY_NW_026527955v1_random 220 21
chrY_NW_026527956v1_random 1310 114
chrY_NW_026527958v1_random 1050 88
chrY_NW_026527960v1_random 320 32
chrY_NW_026527961v1_random 840 84
chrY_NW_026527966v1_random 14550 1274
chrY_NW_026527967v1_random 520 52
chrY_NW_026527968v1_random 3170 313
chrY_NW_026527969v1_random 180 15
chrY_NW_026527974v1_random 140 14
chrY_NW_026527980v1_random 160 16

Segment lengths

segments min max mean median
segments 34342261 5 130 11.7 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STR-BF_TAC3-PLPP4-LHX8_GABA.bw 210.14 MB 26356d3ee01db5c715b7b06a834e2278
genomic_resource.yaml 1.17 KB 655fb71bfdcd150e0a8edbedf767f0a6
statistics/