Resource

Id summary/johansen2025Crossspecies/pseudobulk_atac/marmoset/STR_Cholinergic_GABA/bigwigcontent_copy
Type position_score
Version 0
Summary ATAC big wig for STR_Cholinergic_GABA cell type from marmoset
Description
Labels
  • assay: 10x_Multiome
  • brain_region: basal ganglia
  • cell_type: STR_Cholinergic_GABA
  • data_types: atac_signal
  • dataset: johansen2025Crossspecies
  • modalities: ATAC
  • processing_level: RPKM_normalized
  • reference_genome: reference/Marmoset/genome/calJac4
  • resolution: pseudo_bulk_cell_type
  • sequencing_platform: Illumina
  • species: marmoset
  • vendor: 10x_Genomics

Scores (1)

ID Type Default annotation Description Histogram Range Summary
johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_Cholinergic_GABA float

johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_Cholinergic_GABA
RPKM?
 HISTOGRAM FOR johansen2025Crossspecies_atac_marmoset_STR_Cholinergic_GABA [0.0358, 2.04]
n
218,458,090
mean
0.0458
sd
0.0345

n counts base pairs; sd is the population standard deviation.

Coverage

Chromosome Covered positions Covered % Segments
all chromosomes 218458090 19483997
chr1 16951570 7.78% 1508500
chr2 14535100 7.11% 1301789
chr3 11120700 5.79% 1008592
chr4 12162900 6.99% 1093600
chr5 17491880 10.64% 1533076
chr6 11937590 7.41% 1068980
chr7 14236480 9.04% 1262047
chr8 8854130 6.98% 797158
chr9 10759130 8.03% 959207
chr10 11407280 8.29% 1014639
chr11 11204080 8.64% 992813
chr12 11462880 9.21% 1013165
chr13 8613240 7.24% 773657
chr14 8504660 7.59% 760972
chr15 8644520 8.71% 768253
chr16 7163940 7.32% 643708
chr17 5339410 7.12% 481201
chr18 3918470 8.33% 348343
chr19 4529750 8.78% 401986
chr20 4344260 9.52% 382933
chr21 3347700 6.53% 301506
chr22 6431820 12.54% 557532
chrUn_NW_026528016v1 40 4
chrUn_NW_026528017v1 380 37
chrUn_NW_026528021v1 1190 101
chrUn_NW_026528026v1 850 83
chrUn_NW_026528029v1 650 57
chrUn_NW_026528038v1 660 64
chrUn_NW_026528039v1 1520 147
chrUn_NW_026528065v1 340 31
chrUn_NW_026528075v1 100 10
chrUn_NW_026528103v1 60 6
chrUn_NW_026528125v1 100 10
chrUn_NW_026528140v1 1260 116
chrUn_NW_026528210v1 190 17
chrUn_NW_026528215v1 220 21
chrUn_NW_026528218v1 40 4
chrUn_NW_026528219v1 40 4
chrUn_NW_026528220v1 20 2
chrUn_NW_026528222v1 20 2
chrUn_NW_026528224v1 50 5
chrUn_NW_026528225v1 150 14
chrUn_NW_026528226v1 180 16
chrUn_NW_026528228v1 280 28
chrUn_NW_026528230v1 490 47
chrUn_NW_026528232v1 990 96
chrUn_NW_026528259v1 20 2
chrUn_NW_026528278v1 600 56
chrUn_NW_026528285v1 60 6
chrUn_NW_026528292v1 100 9
chrUn_NW_026528295v1 240 24
chrUn_NW_026528296v1 13980 1187
chrUn_NW_026528310v1 80 8
chrUn_NW_026528327v1 60 5
chrUn_NW_026528335v1 20 2
chrUn_NW_026528338v1 40 4
chrUn_NW_026528339v1 20 2
chrUn_NW_026528345v1 30 3
chrUn_NW_026528350v1 20 2
chrUn_NW_026528353v1 80 7
chrUn_NW_026528356v1 80 8
chrUn_NW_026528358v1 20 2
chrUn_NW_026528363v1 210 20
chrUn_NW_026528370v1 270 27
chrUn_NW_026528371v1 1200 111
chrUn_NW_026528372v1 640 60
chrUn_NW_026528373v1 2130 190
chrUn_NW_026528382v1 20 2
chrUn_NW_026528384v1 20 2
chrUn_NW_026528385v1 40 4
chrUn_NW_026528390v1 140 14
chrUn_NW_026528397v1 40 4
chrUn_NW_026528402v1 20 2
chrUn_NW_026528403v1 20 2
chrUn_NW_026528408v1 20 2
chrUn_NW_026528409v1 20 2
chrUn_NW_026528423v1 120 12
chrUn_NW_026528431v1 340 34
chrUn_NW_026528432v1 640 62
chrUn_NW_026528433v1 3990 345
chrUn_NW_026528480v1 520 50
chrUn_NW_026528558v1 2070 207
chrUn_NW_026528559v1 60 6
chrUn_NW_026528561v1 380 35
chrUn_NW_026528589v1 20 2
chrUn_NW_026528590v1 1960 194
chrUn_NW_026528596v1 1830 182
chrUn_NW_026528609v1 40 4
chrUn_NW_026528615v1 40 4
chrUn_NW_026528621v1 180 18
chrUn_NW_026528631v1 270 24
chrUn_NW_026528634v1 330 33
chrUn_NW_026528635v1 20 2
chrUn_NW_026528660v1 20 2
chrUn_NW_026528661v1 20 2
chrUn_NW_026528668v1 60 6
chrUn_NW_026528677v1 20 2
chrUn_NW_026528719v1 980 94
chrUn_NW_026528737v1 130 13
chrUn_NW_026528739v1 20 2
chrUn_NW_026528745v1 60 6
chrUn_NW_026528748v1 40 4
chrUn_NW_026528750v1 40 4
chrUn_NW_026528754v1 20 2
chrUn_NW_026528755v1 240 24
chrUn_NW_026528775v1 50 5
chrUn_NW_026528784v1 20 2
chrUn_NW_026528785v1 20 2
chrUn_NW_026528786v1 60 6
chrUn_NW_026528793v1 320 32
chrUn_NW_026528795v1 60 6
chrUn_NW_026528796v1 420 40
chrUn_NW_026528797v1 5740 545
chrUn_NW_026528798v1 1220 114
chrUn_NW_026528799v1 330 33
chrUn_NW_026528880v1 20 2
chrUn_NW_026528882v1 40 4
chrUn_NW_026528887v1 100 10
chrUn_NW_026528888v1 40 4
chrUn_NW_026528889v1 20 2
chrUn_NW_026528891v1 40 4
chrUn_NW_026528894v1 780 75
chrUn_NW_026528899v1 20 2
chrUn_NW_026528900v1 340 31
chrUn_NW_026528902v1 220 22
chrUn_NW_026528903v1 1890 177
chrUn_NW_026528917v1 190 18
chrUn_NW_026528926v1 120 11
chrUn_NW_026528928v1 840 83
chrUn_NW_026528937v1 100 10
chrUn_NW_026528938v1 60 6
chrUn_NW_026528957v1 960 95
chrUn_NW_026528960v1 320 31
chrUn_NW_026528975v1 170 17
chrUn_NW_026528984v1 120 12
chrUn_NW_026528988v1 100 10
chrUn_NW_026528992v1 60 6
chrUn_NW_026528996v1 40 4
chrUn_NW_026529007v1 840 75
chrUn_NW_026529008v1 6500 577
chrUn_NW_026529013v1 100 10
chrUn_NW_026529015v1 80 8
chrUn_NW_026529016v1 1110 108
chrUn_NW_026529060v1 2580 227
chrUn_NW_026529081v1 540 54
chrUn_NW_026529085v1 1310 127
chrX 5341270 3.60% 495954
chrX_NW_026527892v1_random 570 55
chrX_NW_026527894v1_random 1400 122
chrX_NW_026527897v1_random 160 15
chrY 61620 0.75% 5724
chrY_NW_026527906v1_random 40 4
chrY_NW_026527909v1_random 40 4
chrY_NW_026527911v1_random 100 8
chrY_NW_026527913v1_random 260 25
chrY_NW_026527914v1_random 670 66
chrY_NW_026527915v1_random 20 2
chrY_NW_026527916v1_random 20 2
chrY_NW_026527918v1_random 60 6
chrY_NW_026527919v1_random 80 8
chrY_NW_026527927v1_random 60 6
chrY_NW_026527932v1_random 70 7
chrY_NW_026527938v1_random 530 53
chrY_NW_026527939v1_random 60 6
chrY_NW_026527942v1_random 480 48
chrY_NW_026527948v1_random 60 6
chrY_NW_026527949v1_random 1700 162
chrY_NW_026527950v1_random 1830 167
chrY_NW_026527951v1_random 200 18
chrY_NW_026527955v1_random 220 22
chrY_NW_026527956v1_random 870 81
chrY_NW_026527958v1_random 610 54
chrY_NW_026527960v1_random 260 25
chrY_NW_026527961v1_random 650 63
chrY_NW_026527966v1_random 7410 671
chrY_NW_026527967v1_random 360 35
chrY_NW_026527968v1_random 2290 226
chrY_NW_026527969v1_random 80 8
chrY_NW_026527974v1_random 40 4
chrY_NW_026527980v1_random 100 10

Segment lengths

segments min max mean median
segments 19483997 10 130 11.21 10
global segment-length histogram

Files

Filename Size md5
STR_Cholinergic_GABA.bw 144.86 MB fbaaee63be5e040e8a94ea93d31b0716
genomic_resource.yaml 1.14 KB 9db9e826ca16c0959a412ca740614b24
statistics/